Alicia Oshlack - Alicia Oshlack

Alicia Oshlack
Alicia Oshlack.jpg
Doğum
Alicia Yinema Kate Nungarai Oshlack[1]

1975 (44–45 yaş)[2]
Roleystone, Perth, Batı Avustralya.
MilliyetAvustralyalı
gidilen okulMelbourne Üniversitesi (BSc, PhD)
BilinenGenom geniş ifade profili oluşturma
ÖdüllerRuth Stephens Gani Madalyası (2011), Milenyum Ödülü (2015)[3]
Bilimsel kariyer
Alanlar
Kurumlar
TezRadyo kuasarlarının merkezi yapısı  (2002)
İnternet sitesiOshlacklab.com

Alicia Yinema Kate Nungarai Oshlack[1][4][5] bir Avustralyalı biyoinformatikçi ve Hesaplamalı Biyoloji Eş Başkanı'dır. Peter MacCallum Kanser Merkezi içinde Melbourne, Victoria, Avustralya. En çok, analiz için yöntemler geliştiren çalışmaları ile tanınır. transkriptom veri[6] ölçüsü olarak gen ifadesi. Gen ifadesinin rolünü karakterize etmiştir. insan evrimi insanların karşılaştırılmasıyla, şempanzeler, orangutanlar, ve rhesus makakları ve RNA örneklerinin klinik sekanslama kullanımını iyileştirmek için veri analizinde işbirliği içinde çalışır. RNAseq insan hastalığı teşhisi için.[7]

Hayatın erken dönemi ve eğitim

Alicia Oshlack doğdu Roleystone 1975'te Perth. Dux'tan mezun oldu. Warrnambool Koleji Victoria, Avustralya, 1993.[8] Lisans derecesini (Hons) (1994–98) Melbourne Üniversitesi, fizik alanında uzman. Melbourne Üniversitesi'nde kaldı. Doktora içinde astrofizik radyo kuasarlarının merkezi yapısı (1999-2003) konusunda tamamladı.[1][9]

Kariyer

Oshlack, matematiğini genetiğe uygulamak için kariyerine geçiş yaptı. Walter ve Eliza Hall Enstitüsü Biyoinformatik Bölümü'nde araştırma görevlisi (2003-07) ve ardından kıdemli araştırma görevlisi (2007-11) olarak çalıştı.[10] Oshlack, Biyoinformatik Başkanlığı görevini üstlenmek için 2011 yılında Melbourne'daki Murdoch Çocuk Araştırma Enstitüsü'ne taşındı ve The Melbourne Genomics Health Alliance için Genomik ve Biyoinformatik danışmanlık grubunun eş başkanı olarak atandı.[11] 2013'te Beyond the Genome'un organizasyon komitesinde yer aldı.[12] 2019 yılında Oshlack, Hesaplamalı Biyoloji Eş Başkanı olarak atandı. Peter MacCallum Kanser Merkezi.[13]

Araştırma

Gen ifade analizi

Oshlack'in araştırması[4][5][14] genom ekspresyonunun analizi için yöntemlere, özellikle de hesaplamalı ve istatistiksel analizlere odaklanmıştır. transkriptom veri. Bu, iki renkli mikro diziler için arka plan düzeltme yöntemleri üzerinde çalışmayı içerir,[15] mikrodizi verilerinin normalleştirilmesi,[16] RNAseq verilerinin karşılaştırmalı analizi[17][18] ve insan DNA boncuk çipi verilerinde metilasyon modellerinin normalizasyonu.[19]

İnsan evrimi

Oshlack'in metodolojisi, insanlar ve diğer primatlar arasındaki gen ekspresyon seviyelerinin tarafsız bir şekilde analiz edilmesini sağlamıştır. Dört farklı primat türünden beş bireyin karaciğer dokularından gen ekspresyon seviyelerini karşılaştıran çalışması: insanlar, şempanzeler, orangutanlar ve rhesus makakları, insanlarda transkripsiyon faktörlerinin hızlı evrimini belirledi.[20] Daha fazla ilgili çalışma, birden fazla insan dokusunda bu faktörlerin ifade seviyesi değişikliklerine baktı.[21] Bu çalışma için Alicia Oshlack, 2011 yılında Avustralya Bilim Akademisi'nden Ruth Gani İnsan Genetiği Madalyası ile ödüllendirildi.[22]

Klinik gen ekspresyon analizi

Oshlack, teşhis amaçlı DNA dizileme verilerinin klinik sınıf analizini gerçekleştirmek için bir yazılım hattı geliştirdi. Bu araçlar şu anda Victoria Klinik Genetik Servisi'nde kardiyomiyopatilerin teşhisinde sıralama verilerinin analizi için kullanılmaktadır.[23] Ayrıca tümör verilerinin analizi için, özellikle tümör genomunun yeniden düzenlenmesinin neden olduğu ve onkojenik füzyon genleriyle sonuçlanan mutasyonları saptayan araçlar geliştirdi.[24]

Kişisel hayat

Oshlack'in bilimde iş hayatı dengesi hakkındaki görüşleri[25] ve biyoinformatisyenlerin partilerdeki genel izleyici kitlesine ne yaptığını iletmek[26] yayınlandı.

Referanslar

  1. ^ a b c Oshlack, Alicia Yinema Kate Nungarai. (2015). Radyo kuasarlarının merkezi yapısı (Doktora tezi). Melbourne Üniversitesi.
  2. ^ BİYOGRAFİK GİRİŞ Oshlack, Alicia (1975 -), Avustralya Bilim Ansiklopedisi
  3. ^ Lorne Genom Konferansı - Ödüller
  4. ^ a b c Alicia Oshlack tarafından indekslenen yayınlar Google Scholar
  5. ^ a b Alicia Oshlack'ın yayınları tarafından indekslendi Scopus bibliyografik veritabanı. (abonelik gereklidir)
  6. ^ Oshlack, A; Wakefield, M.J. (2009). "RNA sekans verilerindeki transkript uzunluğu sapması, sistem biyolojisini karıştırır". Biyoloji Doğrudan. 4: 14. doi:10.1186/1745-6150-4-14. PMC  2678084. PMID  19371405.
  7. ^ Alicia Oshlack ile röportaj2013-10-22 açık Youtube
  8. ^ "Avustralya Bilim Akademisi - Dr. Alicia Oshlack". Arşivlenen orijinal 2014-08-14 tarihinde. Alındı 2014-08-14.
  9. ^ Oshlack, A.Y. K. N .; Webster, R. L .; Mezgit, M.T. (2002). "Radyodan Seçilmiş Kuasarların Kara Delik Kütle Tahminleri". Astrofizik Dergisi. 576 (1): 81–8. arXiv:astro-ph / 0205171. Bibcode:2002ApJ ... 576 ... 81O. doi:10.1086/341729.
  10. ^ Astronomide Kadınlar: Kariyer Profilleri: Gökbilimci Biyoinformatik Bölüm Başkanlığına
  11. ^ Melbourne Genomics
  12. ^ "Alicia Oshlack | Genomun Ötesinde 2013 | Mission Bay | San Francisco". Arşivlenen orijinal 2014-08-14 tarihinde. Alındı 2014-08-14.
  13. ^ "Hesaplamalı Biyoloji Programına yeni eş-başkan atandı". Peter MacCallum Kanser Merkezi. Alındı 13 Ağustos 2020.
  14. ^ Young, M. D .; Wakefield, M. J .; Smyth, G.K .; Oshlack, A (2010). "RNA sekansı için gen ontoloji analizi: Seçim yanlılığını hesaba katma". Genom Biyolojisi. 11 (2): R14. doi:10.1186 / gb-2010-11-2-r14. PMC  2872874. PMID  20132535.
  15. ^ Ritchie, M.E .; Gümüş, J; Oshlack, A; Holmes, M; Diyagama, D; Holloway, A; Smyth, G.K. (2007). "İki renkli mikro diziler için arka plan düzeltme yöntemlerinin karşılaştırması". Biyoinformatik. 23 (20): 2700–7. doi:10.1093 / biyoinformatik / btm412. PMID  17720982.
  16. ^ Holloway, A. J .; Oshlack, A; Diyagama, D. S .; Bowtell, D. D .; Smyth, G.K. (2006). "Bir RNA titrasyon serisinin istatistiksel analizi, mikrodizi hassasiyetini ve hassasiyeti tüm dizi temelinde değerlendirir". BMC Biyoinformatik. 7: 511. doi:10.1186/1471-2105-7-511. PMC  1664592. PMID  17118209.
  17. ^ Robinson, M. D .; Oshlack, A (2010). "RNA-seq verilerinin diferansiyel ifade analizi için bir ölçeklendirme normalleştirme yöntemi". Genom Biyolojisi. 11 (3): R25. doi:10.1186 / gb-2010-11-3-r25. PMC  2864565. PMID  20196867.
  18. ^ Oshlack, A; Robinson, M. D .; Genç, M.D. (2010). "RNA-seq okumalardan diferansiyel ifade sonuçlarına". Genom Biyolojisi. 11 (12): 220. doi:10.1186 / gb-2010-11-12-220. PMC  3046478. PMID  21176179.
  19. ^ Maksimovic, J; Gordon, L; Oshlack, A (2012). "SWAN: illumina infinium HumanMethylation450 Bead için dizi normalizasyonu içinde alt küme-kuantil Cips". Genom Biyolojisi. 13 (6): R44. doi:10.1186 / gb-2012-13-6-r44. PMC  3446316. PMID  22703947.
  20. ^ Gilad, Y .; Oshlack, A.; Smyth, G.K .; Hız, T. P.; Beyaz, K.P. (2006). "Primatlarda ifade profili, insan transkripsiyon faktörlerinin hızlı bir evrimini ortaya koymaktadır". Doğa. 440 (7081): 242–245. Bibcode:2006Natur.440..242G. doi:10.1038 / nature04559. PMID  16525476.
  21. ^ Blekhman, R; Oshlack, A; Chabot, A. E .; Smyth, G.K .; Gilad, Y (2008). "Primatlarda gen düzenlemesi, dokuya özgü seçim baskıları altında gelişir". PLoS Genetiği. 4 (11): e1000271. doi:10.1371 / journal.pgen.1000271. PMC  2581600. PMID  19023414.
  22. ^ "Avustralya Bilim Akademisi - 2011 Ödülü Sahipleri". Arşivlenen orijinal 2014-04-15 tarihinde. Alındı 2014-08-14.
  23. ^ Victoria Klinik Genetik Hizmetleri (VCGS)
  24. ^ Majewski, I. J .; Mittempergher, L .; Davidson, N. M .; Bosma, A .; Willems, S. M .; Horlings, H. M .; De Rink, I .; Greger, L .; Hooijer, G.K .; Peters, D .; Nederlof, P. M .; Hofland, I .; De Jong, J .; Wesseling, J .; Kluin, R. J .; Brugman, W .; Kerkhoven, R .; Nieboer, F .; Roepman, P .; Broeks, A .; Muley, T. R .; Jassem, J .; Niklinski, J .; Van Zandwijk, N .; Brazma, A .; Oshlack, A .; Van Den Heuvel, M .; Bernards, R. (2013). "Akciğer kanserinde tekrarlayan FGFR3füzyon genlerinin kinom merkezli RNA sıralaması yoluyla belirlenmesi". Patoloji Dergisi. 230 (3): 270–276. doi:10.1002 / yol.4209.
  25. ^ Dean, Caroline; Osborn, Mary; Oshlack, Alicia; Thornton, Janet (2012). "Bilimde Kadın". Genom Biyolojisi. 13 (3): 148. doi:10.1186 / gb4005. PMC  3439960. PMID  22405408.
  26. ^ Oshlack, A. (2013). "Biyoinformatikçiler için 10 aşamalı parti sohbeti kılavuzu". Genom Biyolojisi. 14: 104. doi:10.1186 / gb-2013-14-1-104. PMC  3663102. PMID  23360612.

Dış bağlantılar