AmpliPHOX - AmpliPHOX - Wikipedia

ampliPHOX Kolorimetrik Algılama Teknolojisi, minimum kullanıcı girdisiyle hızlı, uygun maliyetli kolorimetrik algılama sağlayarak düşük yoğunluklu mikrodizilerin analizi için bir araştırma aracı olarak oluşturulmuştur. Basit bir reaktif kiti ile küçük bir tezgah üstü cihazın kombinasyonu, düşük yoğunluklu (<2500 nokta) mikrodizi uygulamaları için güçlü ve yeni bir algılama teknolojisi sağlar ve InDevR, Inc. Tipik bir mikrodizi tarayıcı için gerekenden yaklaşık on kat daha düşük bir yatırımla ampliPHOX, basit bir kolorimetrik okuma ile floresana eşdeğer analitik hassasiyet sağlar.^[1]

AmpliPHOX Kolorimetrik Tespit Teknolojisinin anahtarı, mikrodizi üzerinde katı polimer noktalar oluşturan ışıkla başlatılan bir kimyasal reaksiyondur. Biyotinlenmiş hedefler ilk önce mikrodizi üzerinde yakalanır ve ardından streptavidin ile birleştirilmiş bir başlatıcı ile etiketlenir. Tescilli bir çözüm eklendiğinde ve ampliPHOX Reader'dan gelen ışık diziyi aydınlattığında, polimer yalnızca biyotinlenmiş hedeflerin yakalandığı yerlerden seçici olarak büyür. İşlem sadece birkaç dakika içinde gerçekleşir ve çıplak gözle görülebilir ve ardından ampliPHOX Okuyucu ile görüntülenebilir.

Çalışma Prensipleri

AmpliPHOX testi, yüksek düzeyde optimize edilmiş bir monomer solüsyonunun (ampliPHY) polimerizasyonunu başlatmak için ışık ve tescilli bir streptavidin etiketi (ampliTAG) kullanılarak biyotin etiketli hedeflerin saptanmasına izin verir. Şeffaf polimer yalnızca bir etiketleme olayının meydana geldiği noktalarda oluşur. Polimerin kontrastı, ampliVIEW yazılımı kullanılarak görüntüleme ve analizden önce basit bir leke (ampliRED) uygulanarak artırılır. Oluşan polimer lekeler çıplak gözle görülebilir. InDevR web sitesinde bir video kavramı açıklamak için mevcuttur.

AmpliPHOX saptaması yapılmadan önce biyotin molekülleri mikrodizi hedef (ler) ine dahil edilmelidir. Bu, uygulamanıza bağlı olarak piyasada bulunan bir dizi veya özel seçenek kullanılarak gerçekleştirilebilir. AmpliPHOX testi ve ampliPHOX Okuyucunun temel adımlarının ve özelliklerinin kısa açıklamaları aşağıda verilmiştir.

Etiketleme

AmpliTAG'ın biyotinlenmiş mikrodizi üzerine dahil edilmesi, mikrodizi yakalama olayını tespit etmeye yönelik ilk adımdır. Mikrodizi ampliTAG ile etiketleme manuel olarak gerçekleştirilir ve ampliPHOX Okuyucu kullanılarak gerçekleştirilmez. Mikrodizi etiketleme işlemi, beş dakikalık bir inkübasyon adımını takiben beş dakikalık bir yıkamadan oluşur.

Sinyal Yükseltme

AmpliPHY çözümü, etiketli mikrodiziye manuel olarak uygulanır ve aletin Fotoaktivasyon Bölmesi kullanılarak ışığa maruz bırakılır. Fotoaktivasyon sırasında ampliTAG, ampliPHY'nin polimerizasyonunu tetikler. Fazla ampliPHY çıkarıldıktan sonra sonuç, yalnızca hedeflerin ampliTAG ile etiketlendiği bölgelerde bulunan renksiz ancak görünür bir polimerdir. Bu polimer daha sonra, spotların çıplak gözle görülebilmesi ve ampliPHOX Reader ve beraberindeki ampliVIEW yazılımı kullanılarak elde edilen sinyallerin basit dijital görüntüleme ve analizine izin vermek için ampliRED ile boyanır.

Veri analizi

Polimer boyandıktan sonra slayt, analiz için cihazın Görüntüleme Bölmesine aktarılır. İlk olarak, dizinin basit bir dijital görüntüsü yakalanır. Bu görüntü, mikroarray hakkındaki diğer önemli bilgilerle birlikte ".ari" uzantılı bir veri dosyasına derlenir. .Ari dosyaları kaydedildikten sonra herhangi bir zamanda ampliVIEW yazılımı içindeki Analiz Sekmesi kullanılarak analiz edilebilir. Verilen hedef için tüm noktalar aşağıdaki kriterleri karşılıyorsa hedef pozitif kabul edilir:

{ displaystyle { çubuğu {x}}}

_s >

{ displaystyle { çubuğu {x}}}

_b + 1.8 σ_b

Nerede ${ displaystyle { çubuğu {x}}}$ _s ortalama nokta yoğunluğu, ${ displaystyle { çubuğu {x}}}$ _b ortalama arka plan yoğunluğu (48 pikselden hesaplanır) ve σ_b arka plan yoğunluğunun standart sapmasıdır.

Başvurular

ampliPHOX, cam mikrodizi substratları ile kullanım için optimize edilmiştir ve hem nükleik asit hem de protein bazlı sistemlerle kullanılabilir ve prensip olarak herhangi bir biyotin etiketli ürünü tespit etmek için kullanılabilir. Araştırma USDA bu teknolojiyi profil oluşturmak için kullandı Shiga toksini üretim Escherichia coli O-antijen gen kümelerini ve virülans genlerini tanımlayarak.^[2] Ek olarak, InDevR'de araştırma yapıldı. Grip RT-PCR ile birlikte ampliPHOX ve InDevR'nin Özel Mikroarraylerini kullanarak. Bu çalışma, ampliPHOX Detection'ın düşük yoğunluklu bir mikrodizi ile eşleştirildiğinin, özellikle kaynak sınırlı ortamlarda influenzanın gözetimi için qRT-PCR gibi yöntemlere düşük maliyetli bir alternatif sağlayabileceğini göstermektedir.^[1]

Referanslar

^ ^a ^b "Düşük Yoğunluklu Bir Mikroarrayde Gribin Uygun Maliyetli Tanımlanması için Yeni Kolorimetrik Saptama Yöntemi" (PDF).^{[kalıcı ölü bağlantı ]}
^ Quiñones, Beatriz; Swimley, Michelle S .; Narm, Koh-Eun; Patel, Ronak N .; Cooley, Michael B .; Mandrell, Robert E. (2012). "Shiga toksini üreten Escherichia coli'nin O-antijen ve virülans profili, hızlı ve uygun maliyetli bir DNA mikrodizi kolorimetrik yöntemle". Hücresel ve Enfeksiyon Mikrobiyolojisinde Sınırlar. 2: 61. doi:10.3389 / fcimb.2012.00061. PMC 3417394. PMID 22919652.

Dış bağlantılar

[Influenza-1] "Düşük Yoğunluklu Bir Mikroarrayde Gribin Uygun Maliyetli Tanımlanması için Yeni Kolorimetrik Saptama Yöntemi" (PDF).^{[kalıcı ölü bağlantı ]}

[2] Quiñones, Beatriz; Swimley, Michelle S .; Narm, Koh-Eun; Patel, Ronak N .; Cooley, Michael B .; Mandrell, Robert E. (2012). "Shiga toksini üreten Escherichia coli'nin O-antijen ve virülans profili, hızlı ve uygun maliyetli bir DNA mikrodizi kolorimetrik yöntemle". Hücresel ve Enfeksiyon Mikrobiyolojisinde Sınırlar. 2: 61. doi:10.3389 / fcimb.2012.00061. PMC 3417394. PMID 22919652.

[1]

[2]