BioFabric - BioFabric

BioFabric
Geliştirici (ler)Sistem Biyolojisi Enstitüsü
Kararlı sürüm
1.0.0 / 27 Temmuz 2012
İşletim sistemiHiç (Java tabanlı)
LisansLGPL
İnternet sitesiBioFabric ana sayfası

BioFabric bir açık kaynak için yazılım uygulaması grafik çizimi.[1][2][3] Grafikleri bir düğüm-bağlantı diyagramı olarak sunar, ancak düğümleri ayrı semboller kullanarak gösteren diğer grafik çizim araçlarının aksine, düğümleri yatay çizgiler kullanarak temsil eder.[4][5]

Gerekçe

Ağları görselleştirmek için kullanılan geleneksel düğüm-bağlantı yöntemleri, büyük ağlarla uğraşırken, aşağılayıcı bir şekilde 'kıl yumağı' olarak adlandırılan şey olarak biriken kenar geçişlerinin çoğalması nedeniyle okunabilirlik açısından kötüleşir.[6][7] BioFabric, bu ölçeklenebilirlik sorununu çözmek için özel olarak tasarlanmış bir dizi alternatif yaklaşımdan biridir.[6] düğümleri her satırda bir tane olmak üzere yatay eksende çizgiler olarak göstererek bunu yapmayı seçmek; uç nokta düğümleri ile ilişkili iki satırda sona eren sütun başına bir olmak üzere dikey eksende çizgiler olarak kenarlar. Bu nedenle, düğümlerin ve kenarların her birine kendi boyutları sağlanır (yalnızca düğümlerin boyutsuz noktalar olduğu kenarların aksine). BioFabric, olay kenarlarının uçlarını gruplar halinde yerleştirmek için bu şekilde üretilen ek serbestlik derecesini kullanır. Bu yerleşim potansiyel olarak anlamsal bilgi taşıyabilir, oysa düğüm-bağlantılı grafiklerde yerleşim genellikle zorla yönlendirilmiş grafik çizimi sırasında olduğu gibi estetik kısıtlamalar dahilinde rastgele oluşturulur ve görünüşte bilgilendirici yapılarla sonuçlanabilir.

Kenarlar (yatay) düğümlerden daha koyu bir gölgede (dikey olarak) çizilerek görsel ayrım oluşturulur. Ek kenarlar grafiğin genişliğini artırır.

Bir bağlantının her iki ucu, küçük ölçeklerde bile yukarıdaki etkiyi güçlendirmek için bir kare olarak temsil edilir. Yönlendirilmiş grafikler ayrıca ok uçları içerir.

Geliştirme

İlk sürüm 1.0.0, Temmuz 2012'de yayınlandı. BioFabric üzerinde geliştirme çalışmaları devam ediyor. 2013 yılında açık kaynak kodlu bir R uygulaması yayınlandı, RBioFabric,[8] igraph paketi ile kullanım için,[9] ve daha sonra proje web günlüğünde açıklanmıştır.[10]


Özellikleri

Giriş

  • Ağlar, giriş olarak SIF dosyaları kullanılarak içe aktarılabilir.

Alakalı iş

Blakley vd.[11] BioFabric tarafından kullanılan tekniğin nasıl kullanıldığını açıklamışlardır. kartografik temsil, ağları karşılaştırmak için kullanılabilir Bir ve B kenarları yan yana koyarak (Bir ∖ B), (Bir ∩ B), ve (B ∖ Bir), anımsatan bir teknik Venn şeması. Rossi ve Magnani[12][13] geliştirdi sıralı sosyogramlar, düğüm sıralamasının bir sıralama metriğine dayandığı BioFabric benzeri bir sunum. Bu yaklaşım, kenar çizgilerinin uzunluğuna anlamsal anlam yükler ve bunu görselleştirmek için kullanılabilir. çeşitlilik veya bir ağın disortativitesi.

Referanslar

  1. ^ Longabaugh, William (2012), "Tüy yumağını BioFabric ile birleştirmek: büyük ağların görselleştirilmesi için yeni bir yaklaşım" (PDF), BMC Biyoinformatik, 13: 275, doi:10.1186/1471-2105-13-275, PMC  3574047, PMID  23102059.
  2. ^ Andrews, Christopher (2014-04-15). "Middlebury College CS465 İlkbahar 2014, Ders 18: Hiyerarşiler, Grafikler ve Ağlar (aman tanrım) ikinci bölüm" (PDF). Alındı 2016-01-07.
  3. ^ Kirk Andy (2013-02-19). "Görselleştirme web'in en iyisi ... Ocak 2013 - Verileri Görselleştirme". Arşivlenen orijinal 2015-02-11 tarihinde. Alındı 2015-02-10.
  4. ^ Iliinsky, Noah (2013). "Daha Derin Görselleştirme Örnekleri" (PDF). Arşivlenen orijinal (PDF) 2015-02-11 tarihinde. Alındı 2015-02-10.
  5. ^ Jeffries, Tanya (2013-02-06). "BioFabric: Tüy Yumaklarındaki Çizgileri Taramak!". Alındı 2015-02-10.
  6. ^ a b Krzywinski, M .; Birol, I .; Jones, S. J .; Marra, M.A. (2011). "Kovan grafikleri - ağları görselleştirmek için rasyonel yaklaşım". Biyoinformatikte Brifingler. 13 (5): 627–644. doi:10.1093 / önlük / bbr069. ISSN  1467-5463. PMID  22155641.
  7. ^ Kosara, Robert (2012-02-01). "Tüy Yumağının Ötesinde Grafikler". Alındı 2015-02-10.
  8. ^ Longabaugh William (2013-07-01). "GitHub: wjrl / RBioFabric". Alındı 2015-03-07.
  9. ^ İgraph çekirdek ekibi. "igraph R paketi". Alındı 2015-03-07. İgraph R paketini kurun ve kullanmaya başlayın
  10. ^ Longabaugh William (2013-07-01). "Tüy yumağının taranması: Temmuz 2013". Alındı 2015-03-07. Ağları görselleştirmenin yeni bir yolu olan BioFabric (www.BioFabric.org) hakkında yorum.
  11. ^ Blakley, Bob; Blakley, G R; Blakley, Sean M (3 Mart 2014). "Grafikler Nasıl Çizilir: Güvenlik ve Biyolojide Büyük Ağları Görme ve Yeniden Tasarlama"". arXiv:1405.5523 [cs.HC ].
  12. ^ Rossi, Luca; Magnani, Matteo (2015), "Çok katlı ve çok katmanlı ağlarda etkili görsel analize doğru", Kaos, Solitonlar ve Fraktallar, 72: 68–76, arXiv:1501.01666, Bibcode:2015CSF .... 72 ... 68R, doi:10.1016 / j.chaos.2014.12.022.
  13. ^ Rossi, Luca; Magnani, Matteo (7 Ocak 2015). "Çok katlı ve çok katmanlı ağlarda etkili görsel analize doğru". arXiv:1501.01666 [cs.SI ].

Dış bağlantılar

Ayrıca bakınız