CLIP4 - CLIP4
| CLIP4 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| |||||||||||||||||||||||||
| Tanımlayıcılar | |||||||||||||||||||||||||
| Takma adlar | CLIP4, RSNL2, bağlayıcı protein aile üyesi içeren CAP-Gly alanı 4 | ||||||||||||||||||||||||
| Harici kimlikler | MGI: 1919100 HomoloGene: 11662 GeneCard'lar: CLIP4 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortologlar | |||||||||||||||||||||||||
| Türler | İnsan | Fare | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Topluluk | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Konum (UCSC) | Chr 2: 29.1 - 29.19 Mb | Tarih 17: 71.77 - 71.86 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed arama | [4] | [5] | |||||||||||||||||||||||
| Vikiveri | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Bağlayıcı Protein Aile Üyesi İçeren CAP-Gly Alanı 4 insanlarda CLIP4 geni tarafından kodlanan bir proteindir.[6] Korunan alanlar açısından, CLIP4 geni esas olarak ankirin tekrarlarını ve isimsiz CAP-Gly alanlarını içerir.[6] CLIP4 proteininin yapısı büyük ölçüde sarmaldan oluşur ve alfa sarmalları proteinin geri kalanına hakimdir.[7] CLIP4 mRNA ekspresyonu büyük ölçüde adrenal kortekste ve atriyoventriküler düğümde meydana gelir.[8] CLIP4'ün korunmuş alanlarını ve paraloglarını kapsayan literatür, CLIP4'ün olası bir işlevi olarak mikrotübül düzenlemesine işaret etmektedir.
Gen
Restin-Like Protein 2 (RSNL2) olarak da bilinen insan CLIP4 geni,[9] bölge 2, bant 3'te kromozom 2'nin kısa (p) kolunun artı ipinde bulunur[9] 29,096,676 baz çiftinden 29,189,643 baz çiftine. CLIP4 92.968 baz çifti uzunluğundadır ve 23 eksondan oluşur.[9]
Transcript
Transkript çeşitleri
| Transcript | mRNA boyutu (nükleotidler) |
| CLIP4 transkript varyantı 1[10] | 4299 |
| CLIP4 transkript varyantı 2[11] | 4295 |
| CLIP4 transkript varyantı 3[12] | 2353 |
Protein
İnsan CLIP4 proteininin uzunluğu 705 amino asittir ve iki ana korunmuş alan tipinden oluşur: İki CAP-Gly alanı ve çok sayıda ankirin tekrarı.[9] CLIP4'ün ikincil yapısı büyük ölçüde rastgele sarmaldan oluşur; ikinci en bol yapı olarak alfa sarmallar ve üçüncü en bol yapı olarak beta tabakalar bulunur.[7]
İşlenmemiş CLIP4 proteininin izoelektronik noktası biraz baziktir (8.62 pI), yani asidik amino asitlere kıyasla biraz fazla bazik amino asit vardır.[13] Moleküler ağırlık yaklaşık 65 kD'dir.[13] CLIP4'te en bol bulunan amino asit, proteinin% 10.7'sini oluşturan Serine'dir.[14] Ayrı, ardışık ve periyodik tekrarların hizalanmış eşleşen blokları 340-345 ve 542-547 ile 447-547 ve 564-568 konumları arasında bulunur.[14] Tekil bir Lizinin alışılmadık 9 rakamlı periyodik elementi ve ardından başka sekiz amino asit, swp23s.q veri setiyle karşılaştırıldığında protein içinde beş kez meydana gelir.[14] Başka bir olağandışı fenomen, negatif yüklü bir amino asidin 7 rakamlı periyodik elementi ve ardından swp23s.q veri setiyle karşılaştırıldığında protein içinde altı kez oluşan diğer altı hidrofobik amino asittir.[14] Swp23s.q veri kümesine kıyasla alışılmadık derecede büyük mesafeler içeren iki Serin aralığı ve iki Fenilalanin aralığı örneği vardır.[14]
Protein izoformları
| İzoform | Protein boyutu (amino asitler) |
| CLIP4 izoformu 1[15] | 705 |
| CLIP4 izoformu 2[16] | 599 |
İfade
CLIP4 RNA ifadesi sürekli olarak tiroidde yüksek derecede ölçülür.[6] Ek olarak, adrenal kortekste ve atriyoventriküler düğümde yüksek derecede transkripsiyon meydana gelir.[8] İnsan Protein Atlası, kas dokularında ve ayrıca ciltte, endokrin dokularda ve proksimal sindirim sisteminde bazılarında yüksek RNA ekspresyon değerlerine işaret eder.[17] En büyük protein ekspresyon değerleri, akciğer, gastrointestinal sistem, karaciğer ve safra kesesi, kemik iliği ve lenfoid dokulara ek olarak kas dokularında da ortaya çıktı.[17]
CLIP4 protein ekspresyonu, Ada3 eksikliği sırasında yüksek oranda ifade ediliyor gibi görünmektedir.[18] U28'in yokluğunda daha yüksek CLIP4 ekspresyonuna doğru daha yüksek bir eğilim vardır.[18]
Yönetmelik
Gen
Yaygın transkripsiyon faktörü bağlama siteleri
Bu transkripsiyon faktörleri, destekleyiciye yakınlık ve matris benzerliğine göre seçildi ve düzenlendi.[19]
| Transkripsiyon Faktörü | Ayrıntılı Matris Bilgisi | Çapa Tabanı | Matris Benzerliği | Sıra |
| NOLF | Erken B hücre faktörü 1 | 17 | 0.98 | taagagTCCCcagggcagaaaca |
| PAX2 | Zebra balığı PAX2 eşleştirilmiş alan proteini | 18 | 0.8 | aagagtccccagggcagAAACaa |
| AP2F | Transkripsiyon faktörü AP-2, alfa | 16 | 0.98 | ctgcCCTGgggactc |
| AP2F | Transkripsiyon faktörü AP-2, beta | 16 | 0.899 | gagTCCCcagggcag |
| SORY | SRY (cinsiyet belirleme bölgesi Y) kutu 9, dimerik bağlanma siteleri | 35 | 0.768 | aAACAaaatccagtgagggagag |
| HNF6 | CUT-homeodomain transkripsiyon faktörü Onecut-2 | 32 | 0.827 | aaacaaAATCcagtgag |
| PAX5 | B hücresine özgü aktivatör protein | 40 | 0.815 | acaaaaTCCAgtgagggagagatgcaggg |
| ZF16 | PR / SET alanı 15 | 36 | 0.852 | aaatccagtgaGGGA |
| SORY | HMGI (Y) yüksek mobilite grubu protein I (Y), bir nükleer protein-DNA transkripsiyonel kompleksinin çerçevesini düzenleyen mimari transkripsiyon faktörü | 78 | 0.945 | tggaAATTttctaccttaggagc |
| NFAT | Aktif T hücrelerinin nükleer faktörü 5 | 83 | 0.955 | ttttGGAAattttctacct |
| NFAT | Aktif T hücrelerinin nükleer faktörü 5 | 83 | 0.871 | aggtAGAAaatttccaaaa |
| CEBP | CCAAT / güçlendirici bağlayıcı protein (C / EBP), epsilon | 89 | 0.975 | agccttttGGAAatt |
| CAAT | Hücresel ve viral CCAAT kutusu | 110 | 0.91 | gcagCCATttaatct |
| CAAT | Avian C-tipi LTR CCAAT kutusu | 165 | 0.875 | cccaCCAAgcagtgg |
| CEBP | CCAAT / güçlendirici bağlayıcı protein (C / EBP), gama | 650 | 0.866 | ctaaTTGCtcaacgt |
| CEBP | CCAAT / güçlendirici bağlayıcı protein alfa | 651 | 0.971 | cacgttgaGCAAtta |
| VTBP | Memeli C-tipi LTR TATA kutusu | 680 | 0.903 | tgctgTAAAaggcctaa |
| TF2B | Transkripsiyon faktörü II B (TFIIB) tanıma öğesi | 983 | 1 | ccgCGCC |
| TF2B | Transkripsiyon faktörü II B (TFIIB) tanıma öğesi | 1157 | 1 | ccgCGCC |
| TF2B | Transkripsiyon faktörü II B (TFIIB) tanıma öğesi | 1228 | 1 | ccgCGCC |
Transkripsiyonel
İnsan CLIP4 mRNA dizisi, 5 'UTR'sinde 12 gövde-halka yapısına ve 3' UTR'sinde 13 gövde-halka yapısına sahiptir. Bu ikincil yapılardan, 5'UTR'de 12 korunmuş gövde-ilmek ikincil yapı ve 3 'UTR'de 1 korunmuş gövde-ilmek ikincil yapı vardır.[20]
Protein
İnsan CLIP4 proteini, hücresel nükleer membran içinde lokalizedir.[21] CLIP4, hücre içi lokalizasyonu nedeniyle bir sinyal peptidine sahip değildir.[22] Aynı nedenle N-bağlantılı glikosilasyon bölgelerine de sahip değildir.[23] CLIP4 bölünmemiş.[24] Bununla birlikte, çok sayıda O-bağlantılı glikosilasyon yeri mevcuttur.[25] CLIP4 proteini üzerindeki 400-599 amino asit pozisyonlarında yüksek yoğunluklu fosforilasyon yerleri mevcuttur, ancak çoğu proteinin geri kalanı boyunca da mevcuttur.[26]
Fonksiyon
CAP-Gly alanları genellikle mikrotübül regülasyonu ile ilişkilendirilir.[27] Ek olarak, ankirin tekrarlarının protein-protein etkileşimlerine aracılık ettiği bilinmektedir.[28] Dahası, insanlarda CLIP4'ün bir paralogu olan CLIP1'in mikrotübüllere bağlandığı ve mikrotübül hücre iskeletini düzenlediği bilinmektedir.[29] CLIP4 proteininin ayrıca çeşitli mikrotübül ile ilişkili proteinlerle etkileşime girdiği tahmin edilmektedir.[30] Sonuç olarak, CLIP4 proteininin karakterize edilmemiş olmasına rağmen mikrotübül regülasyonu ile ilişkili olması muhtemeldir.
Etkileşen Proteinler
CLIP4 proteininin, mikrotübüllerle ilişkili birçok protein ile etkileşime gireceği tahmin edilmektedir; yani MAPRE1, MAPRE2 ve MAPRE3. Ayrıca, sırasıyla hücre iskeleti ile ilişkili bir protein ve dinaktin ile ilişkili bir protein olan CKAP5 ve DCTN1 ile etkileşime gireceği tahmin edilmektedir.[30]
Klinik önemi
Çeşitli kanserlerde önemi
CLIP4 aktivitesi, renal hücreli karsinomların (RCC'ler) konakçıdaki yayılması ile ilişkilidir ve bu nedenle kanser hastalarında RCC metastazı için potansiyel bir biyobelirteç olabilir.[31] Ek olarak, bir Global Metilasyon DNA İndeksi kullanılarak CLIP4'ün promotor metilasyon seviyelerinin ölçülmesi, CLIP4'ün daha yüksek metilasyonunun, muhtemelen mide kanserine karşı gastrit şiddetindeki bir artışla ilişkili olduğunu ortaya koymaktadır.[32] Bu, CLIP4'ün mide kanserinin erken teşhisi için kullanılabileceğini gösterir.[33] Benzer bir bulgu, prostat kanseri olan hastalarda CLIP4'ün hipermetile olduğu bulunan prostat kanseri için de belgelenmiştir.[34]
Diğer hastalıklarda önemi
Kronik Hepatit C virüsünün (HCV) bir sonucu olarak tahmin edilen şiddetli fibrozlu numunelerde CLIP4 varlığının oldukça arttığı bulunmuştur.[35] Ek olarak, Systmic Lupus Aritematozusta yeni bir kendi kendine antijen olarak CLIP4'ün varlığı, hastalık mekanizmasında potansiyel bir role sahip olduğuna işaret eder.[36]
Homoloji
CLIP4 ortologlar
Bu ortologlar, insan proteininden tahmini sapma tarihine ve ayrıca global sekans özdeşliğine göre seçildi ve düzenlendi.[37]
| Binom İsimlendirme | Yaygın isim | Taksonomik Grup | İnsandan Tahmini DoD (MYA) | Erişim numarası | Sıra Uzunluğu (AA) | İnsan Proteinine Küresel Dizi Kimliği (%) | İnsan Proteinine Global Dizi Benzerliği (%) |
| Homo sapiens (Hsa) | İnsan | Primat | 0 | AAP97312 | 601 | 100 | 100 |
| Aotus nancymaae (Ana) | Annemin gece maymunu | Primat | 43.2 | XP_012330895 | 704 | 83.5 | 83.7 |
| Sorex araneus (Sar) | Ortak fahişe | Eulipotyphla | 96 | XP_004620056 | 707 | 74 | 78.5 |
| Antrostomus carolinensis (Aca) | Chuck-Will'in dul eşi | Aves | 312 | XP_028942997 | 702 | 66.5 | 75.4 |
| Gekko japonicus (Gja) | Schlegel'in Japon gekosu | Reptilia | 312 | XP_015270366 | 702 | 63.8 | 73.1 |
| Rhinatrema bivittatum (Rbi) | İki çizgili çekil | Amfibiler | 351.8 | XP_029448862 | 707 | 59.5 | 70.5 |
| Callorhinchus milii (Cmi) | Fil köpekbalığı | Chondrichthyes | 473 | XP_007895016 | 715 | 52.5 | 65.6 |
| Branchiostoma floridae (Bfl) | Florida lancelet | Leptocardii | 684 | XP_002606824 | 481 | 40.4 | 52.8 |
| Saccoglossus kowalevskii (Sko) | Meşe palamudu solucanı | Enteropneusta | 684 | XP_006822686 | 648 | 35.7 | 47.5 |
| Ixodes scapularis (Isc) | Siyah bacaklı kene | Arachnid | 797 | XP_029831090 | 527 | 38.9 | 53 |
| Limulus polyphemus (Lpo) | Atlantik at nalı yengeci | Arachnid | 797 | XP_013786376 | 462 | 38 | 51.6 |
| Lottia gigantea (Lgi) | Baykuş limpet | Gastropodlar | 797 | XP_009046843 | 669 | 36.3 | 49.3 |
| Mizuhopecten yessoensis (Mye) | Yesso tarak | Bivalvia | 797 | XP_021359747 | 633 | 35.4 | 47.2 |
| Parasteatoda tepidariorum (Pte) | Ortak ev örümceği | Arachnid | 797 | XP_015914966 | 616 | 34.7 | 47.6 |
| Aplysia californica (Aca) | Kaliforniya deniz tavşanı | Gastropodlar | 797 | XP_012945346 | 653 | 33.7 | 45.7 |
| Crassostrea virginica (Cvi) | Doğu istiridye | Bivalvia | 797 | XP_022315879 | 646 | 32.7 | 45.1 |
| Tetranychus urticae (Tur) | İki benekli örümcek akarı | Arachnid | 797 | XP_015790536 | 652 | 31.9 | 43.5 |
| Centruroides sculpturatus (Csc) | Akrep kabuğu | Arachnid | 797 | XP_023229484 | 605 | 30.6 | 43.4 |
| Penaeus vannamei (Pva) | Pasifik beyaz karidesi | Malacostracans | 797 | XP_027206746 | 681 | 22.9 | 34 |
| Monosiga brevicollis (Mbr) | Choanoflagellate | Choanoflagellatea | 1023 | XP_001748580 | 576 | 25.3 | 40.8 |
Referanslar
- ^ "PhyreRisk". phyrerisk.bc.ic.ac.uk. Alındı 2020-05-03.
- ^ a b c GRCh38: Ensembl sürüm 89: ENSG00000115295 - Topluluk, Mayıs 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl sürüm 89: ENSMUSG00000024059 - Topluluk, Mayıs 2017
- ^ "İnsan PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
- ^ "Mouse PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
- ^ a b c "CLIP4 CAP-Gly alanı içeren bağlayıcı protein ailesi üyesi 4 [Homo sapiens (insan)] - Gene - NCBI". ncbi.nlm.nih.gov. Alındı 2020-05-01.
- ^ a b "CFSSP: Chou & Fasman İkincil Yapı Tahmin Sunucusu". biogem.org. Alındı 2020-05-03.
- ^ a b "BioGPS - Gene Portal Sisteminiz". biogps.org. Alındı 2020-05-01.
- ^ a b c d "CLIP4 Gene - GeneCards | CLIP4 Protein | CLIP4 Antikoru". genecards.org. Alındı 2020-05-01.
- ^ "Homo sapiens CAP-Gly alanı içeren bağlayıcı protein ailesi üyesi 4 (CLIP4), transkript varyantı 1, mRNA". 2020-04-25. Alıntı dergisi gerektirir
| günlük =(Yardım) - ^ "Homo sapiens CAP-Gly alanı içeren bağlayıcı protein ailesi üyesi 4 (CLIP4), transkript varyantı 2, mRNA". 2020-04-25. Alıntı dergisi gerektirir
| günlük =(Yardım) - ^ "Homo sapiens CAP-Gly alanı içeren bağlayıcı protein ailesi üyesi 4 (CLIP4), transkript varyantı 3, mRNA". 2020-04-25. Alıntı dergisi gerektirir
| günlük =(Yardım) - ^ a b "ExPASy - pI / Mw hesaplama aracı". web.expasy.org. Alındı 2020-05-03.
- ^ a b c d e "SAPS
. ebi.ac.uk. Alındı 2020-05-03. - ^ "CAP-Gly alanı içeren bağlayıcı protein 4 izoform 1 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". ncbi.nlm.nih.gov. Alındı 2020-05-03.
- ^ "CAP-Gly alanı içeren bağlayıcı protein 4 izoform 2 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". ncbi.nlm.nih.gov. Alındı 2020-05-03.
- ^ a b "CLIP4 protein ekspresyon özeti - İnsan Protein Atlası". proteinatlas.org. Alındı 2020-05-01.
- ^ a b "CLIP4 - GEO Profilleri - NCBI". ncbi.nlm.nih.gov. Alındı 2020-05-01.
- ^ "Sıra Araçları". bioline.com. Alındı 2020-05-01.
- ^ "RNA ikincil yapı tahmini". genebee.msu.su. Alındı 2020-05-01.
- ^ "PSORT II Tahmini". psort.hgc.jp. Alındı 2020-05-03.
- ^ "SignalP-5.0". cbs.dtu.dk. Alındı 2020-05-03.
- ^ "NetNGlyc 1.0 Sunucusu". cbs.dtu.dk. Alındı 2020-05-03.
- ^ "ProP 1.0 Sunucusu". cbs.dtu.dk. Alındı 2020-05-03.
- ^ "NetOGlyc 4.0 Sunucusu". cbs.dtu.dk. Alındı 2020-05-03.
- ^ "NetPhos 3.1 Sunucusu". cbs.dtu.dk. Alındı 2020-05-03.
- ^ Weisbrich A, Honnappa S, Jaussi R, Okhrimenko O, Frey D, Jelesarov I, ve diğerleri. (Ekim 2007). "CAP-Gly alanlarının yapı-fonksiyon ilişkisi". Doğa Yapısal ve Moleküler Biyoloji. 14 (10): 959–67. doi:10.1038 / nsmb1291. PMID 17828277. S2CID 37088265.
- ^ Li J, Mahajan A, Tsai MD (Aralık 2006). "Ankirin tekrarı: protein-protein etkileşimlerine aracılık eden benzersiz bir motif". Biyokimya. 45 (51): 15168–78. doi:10.1021 / bi062188q. PMID 17176038.
- ^ "UniProtKB - P30622 (CLIP1_ İNSAN)". UniProt. Alındı 3 Mayıs 2020.
- ^ a b "CLIP4 proteini (insan) - STRING etkileşim ağı". string-db.org. Alındı 2020-05-03.
- ^ "CLIP4 - CAP-Gly alan içeren bağlayıcı protein 4 - Homo sapiens (İnsan) - CLIP4 geni ve proteini". uniprot.org. Alındı 2020-05-01.
- ^ Pirini F, Noazin S, Jahuira-Arias MH, Rodriguez-Torres S, Friess L, Michailidi C, ve diğerleri. (Haziran 2017). "Endoskopik biyopsilerde global, genom çapında ve IRF4, ELMO1, CLIP4 ve MSC DNA metilasyonu kullanarak mide kanserinin erken tespiti". Oncotarget. 8 (24): 38501–38516. doi:10.18632 / oncotarget.16258. PMC 5503549. PMID 28418867.
- ^ Pirini F, Noazin S, Jahuira-Arias MH, Rodriguez-Torres S, Friess L, Michailidi C, ve diğerleri. (Haziran 2017). "Endoskopik biyopsilerde global, genom çapında ve IRF4, ELMO1, CLIP4 ve MSC DNA metilasyonu kullanarak mide kanserinin erken tespiti". Oncotarget. 8 (24): 38501–38516. doi:10.18632 / oncotarget.16258. PMC 5503549. PMID 28418867.
- ^ Kron K, Pethe V, Briollais L, Sadikovic B, Ozcelik H, Sunderji A, et al. (2009-03-13). "Genomik CpG ada mikrodizileri kullanılarak prostat kanserinde yeni hipermetile genlerin keşfi". PLOS ONE. 4 (3): e4830. Bibcode:2009PLoSO ... 4,4830K. doi:10.1371 / journal.pone.0004830. PMC 2653233. PMID 19283074.
- ^ Gehrau R, Mas V, Archer K, Maluf D (2012-06-06). "Hastalık farklılaşmasının biyobelirteçleri: HCV rekürrensi ile akut hücre reddi". Fibrogenez ve Doku Onarımı. 5 (Ek 1): S11. doi:10.1186 / 1755-1536-5-S1-S11. PMC 3368799. PMID 23259646.
- ^ "Barbara Dema". Discovery Medicine.
- ^ "Nükleotid BLAST: Bir nükleotid sorgusu kullanarak nükleotid veritabanlarında arama yapın". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Alındı 2020-05-03.