COX5B - COX5B

COX5B
Tanımlayıcılar
Takma adlar	COX5B, sitokrom c oksidaz alt birimi Vb, COXVB, sitokrom c oksidaz alt birimi 5B
Harici kimlikler	OMIM: 123866 HomoloGene: 37538 GeneCard'lar: COX5B
Gen konumu (İnsan)
Chr.	Kromozom 2 (insan)
Son	97,648,383 bp
RNA ifadesi Desen
	; ; ; ;
	Daha fazla referans ifade verisi
Gen ontolojisi
Moleküler fonksiyon	• GO: 0001948 protein bağlama; • metal iyon bağlama; • sitokrom-c oksidaz aktivitesi;
Hücresel bileşen	• mitokondriyal iç zar; • mitokondriyal zarf; • mitokondri; • zar; • mitokondriyal solunum zinciri kompleksi IV;
Biyolojik süreç	• solunum gaz değişimi; • mitokondriyal elektron taşınması, sitokrom c'den oksijene; • mitokondriyal ATP sentezine bağlı proton taşınması;
	Kaynaklar:Amigo / QuickGO
Ortologlar
	1329
	n / a
	ENSG00000135940
	n / a
	P10606
	n / a
	NM_001862
	n / a
	NP_001853
	n / a
	Vikiveri
İnsanı Görüntüle / Düzenle

Mevcut protein yapıları:
Pfam	yapılar / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	yapı özeti
PDB	1v55S: 30-98 1occS: 30-98 1v54F: 30-98 1ocoF: 30-98 1oczS: 30-98 1ocrF: 30-982occS: 30-98

Sitokrom c oksidaz alt birimi Vb
	13 alt birim oksitlenmiş sitokrom c oksidazın yapısı.
Tanımlayıcılar
Sembol	COX5B
Pfam	PF01215
InterPro	IPR002124
PROSITE	PDOC00663
SCOP2	1occ / Dürbün / SUPFAM
OPM üst ailesi	4
OPM proteini	1v55
CDD	cd00924
Mevcut protein yapıları:
Pfam	yapılar / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	yapı özeti
PDB	1v55S: 30-98 1occS: 30-98 1v54F: 30-98 1ocoF: 30-98 1oczS: 30-98 1ocrF: 30-982occS: 30-98

Sitokrom c oksidaz alt birimi 5B, mitokondriyal bir enzim insanlarda bu alt birim sitokrom c oksidaz kompleks, aynı zamanda Karmaşık IV, içindeki son enzim mitokondriyal elektron taşıma zinciri.^[2] İnsanlarda, sitokrom c oksidaz alt birimi 5B, COX5B gen.

Yapısı

Enzim 14 kDa ağırlığındadır ve 129'dan oluşur. amino asitler.^[3]^[4] Protein bir alt birimdir Karmaşık IV 13 mitokondriyal ve nükleer kodlu alt birimden oluşan.^[2] Alt birim Vb dizisi iyi korunmuştur ve çinko iyonunu koordine eden üç korunmuş sistein içerir.^[5]^[6] Bu sisteinlerden ikisi, alt birimin C-terminal bölümünde kümelenmiştir.

Gen

COX5B geni, kromozom 2 11.2 konumunda, 4'ten oluşur Eksonlar ve 2.137 baz çiftleri uzunluğunda.^[2]

Fonksiyon

Sitokrom c oksidaz (COX), mitokondriyal Solunum zinciri. Elektronların sitokromdan transferini birleştiren çok alt birimli bir enzim kompleksidir. c oksijene ve iç mitokondriyal zar boyunca proton elektrokimyasal gradyanına katkıda bulunur ATP yoluyla sentez protonmotor kuvvet. Mitokondriyal olarak kodlanmış alt birimler, proton pompalama faaliyetlerinin elektron transferini gerçekleştirir. Nükleer kodlu alt birimlerin işlevleri bilinmemektedir ancak kompleksin düzenlenmesinde ve birleştirilmesinde rol oynayabilir.^[2]

Özet reaksiyon:

4 Fe²⁺-sitokrom c + 8 H⁺_içinde + O₂ → 4 Fe³⁺-sitokrom c + 2 H₂O + 4 H⁺_dışarı^[9]

Klinik önemi

COX5A ve COX5B, kanser hücresi metabolizmasının düzenlenmesinde rol oynar. Bcl-2.^[10]

Trans- transkripsiyon proteini aktivatörü (Tat) insan bağışıklık eksikliği virüsü (HIV) sitokromu inhibe eder c Hem fare hem de insan karaciğer, kalp ve beyin örneklerinden izole edilmiş geçirgenleştirilmiş mitokondrilerde oksidaz (COX) aktivitesi.^[11]

Etkileşimler

COX5B'nin etkileşim ile Androjen reseptörü.^[12]

Referanslar

^ Miki K, Sogabe S, Uno A, vd. (Mayıs 1994). "Rhodopseudomonas viridis'ten sitokrom c2'nin kristal yapı analizine otomatik bir moleküler değiştirme prosedürünün uygulanması" (PDF). Açta Crystallogr. D. 50 (Pt 3): 271–5. doi:10.1107 / S0907444993013952. PMID 15299438.
^ ^a ^b ^c ^d "Entrez Geni: COX5B sitokrom c oksidaz alt birimi Vb".
^ ]Zong NC, Li H, Li H, Lam MP, Jimenez RC, Kim CS, Deng N, Kim AK, Choi JH, Zelaya I, Liem D, Meyer D, Odeberg J, Fang C, Lu HJ, Xu T, Weiss J , Duan H, Uhlen M, Yates JR, Apweiler R, Ge J, Hermjakob H, Ping P (Ekim 2013). "Kardiyak proteom biyolojisi ve tıbbın uzmanlaşmış bir bilgi tabanı tarafından entegrasyonu". Dolaşım Araştırması. 113 (9): 1043–53. doi:10.1161 / CIRCRESAHA.113.301151. PMC 4076475. PMID 23965338.
^ "Sitokrom c oksidaz alt birimi 5B, mitokondriyal". Kardiyak Organellar Protein Atlas Bilgi Bankası (COPaKB). Arşivlenen orijinal 2018-07-19 tarihinde. Alındı 2018-07-18.
^ Rizzuto R, Sandona D, Brini M, Capaldi RA, Bisson R (1991). "Sitokrom c oksidazın en korunmuş nükleer kodlu polipeptidi, varsayılan çinko bağlayıcı alt birimdir: Dictyostelium discoideum'dan gelen alt birim V'in birincil yapısı". Biochim. Biophys. Açta. 1129 (1): 100–104. doi:10.1016 / 0167-4781 (91) 90220-G. PMID 1661610.
^ Tsukihara T, Yamaguchi H, Aoyama H, Yamashita E, Tomizaki T, Shinzawa-Itoh K, Nakashima R, Yaono R, Yoshikawa S (1996). "2,8 A'da 13 alt birim oksitlenmiş sitokrom c oksidazın tüm yapısı". Bilim. 272 (5265): 1136–1144. Bibcode:1996Sci ... 272.1136T. doi:10.1126 / science.272.5265.1136. PMID 8638158. S2CID 20860573.
^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl sürüm 89: ENSG00000135940 - Topluluk, Mayıs 2017
^ "İnsan PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
^ Pratt, Donald Voet, Judith G. Voet, Charlotte W. (2013). "18". Biyokimyanın temelleri: moleküler düzeyde yaşam (4. baskı). Hoboken, NJ: Wiley. s. 581–620. ISBN 9780470547847.
^ Chen ZX, Pervaiz S (Mart 2010). "Sitokrom c oksidaz alt birimleri Va ve Vb'nin Bcl-2 tarafından kanser hücresi metabolizmasının düzenlenmesinde rolü". Hücre Ölümü ve Farklılaşması. 17 (3): 408–20. doi:10.1038 / cdd.2009.132. PMID 19834492.
^ Lecoeur H, Borgne-Sanchez A, Chaloin O, El-Khoury R, Brabant M, Langonné A, Porceddu M, Brière JJ, Buron N, Rebouillat D, Péchoux C, Deniaud A, Brenner C, Briand JP, Muller S, Rustin P, Jacotot E (2012). "HIV-1 Tat proteini, mitokondriyal membran geçirgenliğini doğrudan indükler ve sitokrom c oksidazı inaktive eder". Hücre Ölümü ve Hastalığı. 3 (3): e282. doi:10.1038 / cddis.2012.21. PMC 3317353. PMID 22419111.
^ Beauchemin AM, Gottlieb B, Beitel LK, Elhaji YA, Pinsky L, Trifiro MA (2001). "Sitokrom c oksidaz alt birimi Vb, insan androjen reseptörü ile etkileşir: spinobulbar kas atrofisinde potansiyel bir nörotoksisite mekanizması". Brain Res. Boğa. 56 (3–4): 285–97. doi:10.1016 / S0361-9230 (01) 00583-4. PMID 11719263. S2CID 24740136.

daha fazla okuma

Lomax MI, Hsieh CL, Darras BT, Francke U (1991). "İnsan sitokrom c oksidaz alt birimi Vb geninin yapısı ve kodlama geninin ve yedi psödojenin kromozomal haritalaması". Genomik. 10 (1): 1–9. doi:10.1016 / 0888-7543 (91) 90476-U. hdl:2027.42/29338. PMID 1646156.
Romero N, Marsac C, Fardeau M, Droste M, Schneyder B, Kadenbach B (1990). "İnsan iskelet kasında lif tipine özgü sitokrom c oksidaz izozimlerinin immünohistokimyasal gösterimi". Histokimya. 94 (2): 211–5. doi:10.1007 / BF02440190. PMID 2162812. S2CID 33365867.
Zeviani M, Sakoda S, Sherbany AA, Nakase H, Rizzuto R, Samitt CE, DiMauro S, Schon EA (1988). "İnsan ve sığır sitokrom c oksidazının Vb alt birimini kodlayan cDNA dizisi". Gen. 65 (1): 1–11. doi:10.1016/0378-1119(88)90411-8. PMID 2840351.
Hughes GJ, Frutiger S, Paquet N, Pasquali C, Sanchez JC, Tissot JD, Bairoch A, Appel RD, Hochstrasser DF (1993). "İnsan karaciğer protein haritası: 1993 güncellemesi". Elektroforez. 14 (11): 1216–22. doi:10.1002 / elps.11501401181. PMID 8313870. S2CID 33424554.
Bachman NJ, Yang TL, Dasen JS, Ernst RE, Lomax MI (1996). "İnsan sitokrom c oksidaz alt birimi VB promotörünün filogenetik ayak izi". Arch. Biochem. Biophys. 333 (1): 152–62. doi:10.1006 / abbi.1996.0376. PMID 8806766.
Lefai E, Vincent A, Boespflug-Tanguy O, Tanguy A, Alziari S (1997). "Geliştirme sırasında insan sitokrom c oksidazının kantitatif düşüşü: transkripsiyon sonrası düzenleme için kanıtlar". Biochim. Biophys. Açta. 1318 (1–2): 191–201. doi:10.1016 / S0005-2728 (96) 00136-3. PMID 9030264.
Wu H, Rao GN, Dai B, Singh P (2000). "Kolon kanseri hücrelerinde otokrin gastrinler, sitokrom c oksidaz Vb'yi yukarı regüle eder ve sitokrom c'nin dışarı akışını ve kaspaz-3'ün aktivasyonunu aşağı regüle eder". J. Biol. Kimya. 275 (42): 32491–8. doi:10.1074 / jbc.M002458200. PMID 10915781.
Beauchemin AM, Gottlieb B, Beitel LK, Elhaji YA, Pinsky L, Trifiro MA (2002). "Sitokrom c oksidaz alt birimi Vb, insan androjen reseptörü ile etkileşir: spinobulbar kas atrofisinde potansiyel bir nörotoksisite mekanizması". Brain Res. Boğa. 56 (3–4): 285–97. doi:10.1016 / S0361-9230 (01) 00583-4. PMID 11719263. S2CID 24740136.
Ewing RM, Chu P, Elisma F, Li H, Taylor P, Climie S, McBroom-Cerajewski L, Robinson MD, O'Connor L, Li M, Taylor R, Dharsee M, Ho Y, Heilbut A, Moore L, Zhang S, Ornatsky O, Bukhman YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams SL, Moran MF, Morin GB, Topaloglou T, Figeys D (2007). "İnsan protein-protein etkileşimlerinin kütle spektrometresi ile geniş ölçekli haritalanması". Mol. Syst. Biol. 3 (1): 89. doi:10.1038 / msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.

Dış bağlantılar

İnsan COX5B genom konumu ve COX5B gen ayrıntıları sayfası UCSC Genom Tarayıcısı.
COPaKB'de COX5B'nin kütle spektrometresi karakterizasyonu
Sitokrom c oksidaz alt birimi Vb içinde PROSITE
Mevcut tüm yapısal bilgilere genel bakış PDB için UniProt: P10606 (Sitokrom c oksidaz alt birimi 5B, mitokondriyal) PDBe-KB.

Bu makale, Birleşik Devletler Ulusal Tıp Kütüphanesi içinde olan kamu malı.

[pmid15299438-1] Miki K, Sogabe S, Uno A, vd. (Mayıs 1994). "Rhodopseudomonas viridis'ten sitokrom c2'nin kristal yapı analizine otomatik bir moleküler değiştirme prosedürünün uygulanması" (PDF). Açta Crystallogr. D. 50 (Pt 3): 271–5. doi:10.1107 / S0907444993013952. PMID 15299438.

[entrez-2] "Entrez Geni: COX5B sitokrom c oksidaz alt birimi Vb".

[COPaKB-3] ]Zong NC, Li H, Li H, Lam MP, Jimenez RC, Kim CS, Deng N, Kim AK, Choi JH, Zelaya I, Liem D, Meyer D, Odeberg J, Fang C, Lu HJ, Xu T, Weiss J , Duan H, Uhlen M, Yates JR, Apweiler R, Ge J, Hermjakob H, Ping P (Ekim 2013). "Kardiyak proteom biyolojisi ve tıbbın uzmanlaşmış bir bilgi tabanı tarafından entegrasyonu". Dolaşım Araştırması. 113 (9): 1043–53. doi:10.1161 / CIRCRESAHA.113.301151. PMC 4076475. PMID 23965338.

[url_COPaKB-4] "Sitokrom c oksidaz alt birimi 5B, mitokondriyal". Kardiyak Organellar Protein Atlas Bilgi Bankası (COPaKB). Arşivlenen orijinal 2018-07-19 tarihinde. Alındı 2018-07-18.

[PUB00000625-5] Rizzuto R, Sandona D, Brini M, Capaldi RA, Bisson R (1991). "Sitokrom c oksidazın en korunmuş nükleer kodlu polipeptidi, varsayılan çinko bağlayıcı alt birimdir: Dictyostelium discoideum'dan gelen alt birim V'in birincil yapısı". Biochim. Biophys. Açta. 1129 (1): 100–104. doi:10.1016 / 0167-4781 (91) 90220-G. PMID 1661610.

[PUB00005218-6] Tsukihara T, Yamaguchi H, Aoyama H, Yamashita E, Tomizaki T, Shinzawa-Itoh K, Nakashima R, Yaono R, Yoshikawa S (1996). "2,8 A'da 13 alt birim oksitlenmiş sitokrom c oksidazın tüm yapısı". Bilim. 272 (5265): 1136–1144. Bibcode:1996Sci ... 272.1136T. doi:10.1126 / science.272.5265.1136. PMID 8638158. S2CID 20860573.

[refGRCh38Ensembl-7] GRCh38: Ensembl sürüm 89: ENSG00000135940 - Topluluk, Mayıs 2017

[8] "İnsan PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.

[Biochem-9] Pratt, Donald Voet, Judith G. Voet, Charlotte W. (2013). "18". Biyokimyanın temelleri: moleküler düzeyde yaşam (4. baskı). Hoboken, NJ: Wiley. s. 581–620. ISBN 9780470547847.

[10] Chen ZX, Pervaiz S (Mart 2010). "Sitokrom c oksidaz alt birimleri Va ve Vb'nin Bcl-2 tarafından kanser hücresi metabolizmasının düzenlenmesinde rolü". Hücre Ölümü ve Farklılaşması. 17 (3): 408–20. doi:10.1038 / cdd.2009.132. PMID 19834492.

[11] Lecoeur H, Borgne-Sanchez A, Chaloin O, El-Khoury R, Brabant M, Langonné A, Porceddu M, Brière JJ, Buron N, Rebouillat D, Péchoux C, Deniaud A, Brenner C, Briand JP, Muller S, Rustin P, Jacotot E (2012). "HIV-1 Tat proteini, mitokondriyal membran geçirgenliğini doğrudan indükler ve sitokrom c oksidazı inaktive eder". Hücre Ölümü ve Hastalığı. 3 (3): e282. doi:10.1038 / cddis.2012.21. PMC 3317353. PMID 22419111.

[pmid11719263-12] Beauchemin AM, Gottlieb B, Beitel LK, Elhaji YA, Pinsky L, Trifiro MA (2001). "Sitokrom c oksidaz alt birimi Vb, insan androjen reseptörü ile etkileşir: spinobulbar kas atrofisinde potansiyel bir nörotoksisite mekanizması". Brain Res. Boğa. 56 (3–4): 285–97. doi:10.1016 / S0361-9230 (01) 00583-4. PMID 11719263. S2CID 24740136.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]