Fonksiyonel Glikomik Konsorsiyumu - Consortium for Functional Glycomics

Fonksiyonel Glikomik Konsorsiyumu
CFGLogo.jpg
Oluşumu2001
Amaçprotein-karbonhidrat etkileşimlerinin hücre iletişimine aracılık ettiği paradigmaları tanımlamak
MerkezScripps Araştırma Enstitüsü
Üyelik
glikan bağlayıcı proteinler veya bunların ligandları hakkında hibe destekli araştırmalar yürüten herhangi bir araştırmacıya açık
Baş araştırmacı
James Paulson, Ph.D.
Bütçe
ABD Ulusal Sağlık Enstitüleri'nin (NIH) bir parçası olan Ulusal Genel Tıp Bilimleri Enstitüsü'nden 10 yıllık yapıştırıcı hibe ile finanse edildi
İnternet sitesihttp://www.functionalglycomics.org

Fonksiyonel Konsorsiyum Glikomikler (CFG), 2001 yılında bir tutkal hibesi ile finanse edilen büyük bir araştırma girişimidir. Ulusal Genel Tıp Bilimleri Enstitüsü (NIGMS) "paradigmaları tanımlamak için protein -karbonhidrat etkileşimler aracılık eder hücre iletişimi ”.[1] Bu hedefe ulaşmak için, CFG aşağıdakilerin işlevlerini inceler:

CFG, kaynakları ve hizmetleri geliştirmek ve bunları bilim topluluğuna ücretsiz olarak sunmak için birlikte çalışan sekiz temel tesis ve 500'den fazla katılımcı araştırmacıdan oluşur. Bu kaynaklar tarafından üretilen veriler, CFG ile CFG arasındaki bir ortaklık aracılığıyla sürdürülen bir web kaynağı olan Functional Glycomics Gateway aracılığıyla erişilebilen veritabanlarında tutulur. Nature Publishing Group.

Organizasyon

CFG üç ana bileşenden oluşur: katılan araştırmacılar, çekirdekler ve yönlendirme komitesi.

Katılan araştırmacılar

CFG’nin genel hedefine yönelik ilerleme, dünya çapında 500’den fazla katılımcı araştırmacının] (PI) araştırması ve bunların laboratuvarları CFG bilimsel çekirdeklerinin ürettiği kaynakları, hizmetleri ve verileri kullanır.

PI'lar programın en büyük bileşenidir ve her yıl yeni üyelerle büyümeye devam etmektedir. Her bir PI, CFG dışı fonlarla desteklenen, CFG kapsamında bir araştırma programına da sahiptir. Müfettişler üyelik için başvururlar ve CFG kapsamında finanse edilmiş bir hibe almaları gerekir, ancak kaynaklara erişmek için CFG'ye katılmaları gerekmez. Bazı PI'lar ayrıca, tüm PI'ların yararına, öncelikli olarak bilimsel çekirdeklere bağlı olan ve hedeflerini mümkün kılan CFG tarafından finanse edilen köprü hibelerine sahiptir.

PI'lar, alt grup liderleri tarafından yönetilen 10 alt grup halinde düzenlenmiştir:

  • Konak glikanların mikroorganizma tanıması
  • Glikanların bağışıklık tarafından tanınması
  • Bağışıklık hücresi iletişiminde glikanlar
  • Gelişim ve fizyolojide glikanlar
  • Kanser biyolojisinde glikanlar
  • Protein yapısında ve işlevinde glikanlar
  • Analitik glikomikler
  • Kimyasal sentez ve glikan mikrodizileri
  • 3-D Yapısal glikobiyoloji
  • Biyoinformatik

Alt gruplar, GBP biyolojisini tanımlama çabalarında CFG finansmanından yararlanmak için birkaç çalışma grubu oluşturdukları yılda en az üç çalıştay düzenlemektedir. GBP işlevini tanımlayan paradigmaları aydınlatmaya yönelik PI katkıları, CFG'nin veri tabanlarının yanı sıra araştırma yayınları ve inceleme makalelerinde de yer alır.

Çekirdekler

CFG fonlarının çoğu, yeni kaynaklar, yeni teknolojiler ve araştırmacıların araştırmalarında kullandıkları bir bilgi platformu oluşturmaktan sorumlu olan bilimsel çekirdeklere yatırılır. Sekiz CFG çekirdeği aşağıda açıklanmıştır:

  • İdari Çekirdek (A), da yerleşmiş Scripps Araştırma Enstitüsü, CFG yönlendirme komitesini, çekirdeklerini ve katılan araştırmacıları destekler, toplantılar ve çalıştaylar planlar, üç ayda bir yayınlanan bir haber bülteni yayınlar, kaynak taleplerini kolaylaştırır, CFG ile ilgili yayınları izler ve NIGMS'ye ilerleme raporları yazar. Core A ayrıca, Functional Glycomics Gateway sitesi için yeni içerik güncellemek ve geliştirmek için Core B ile yakın bir şekilde çalışır.
  • Biyoinformatik Çekirdek (B)adresinde Massachusetts Teknoloji Enstitüsü, CFG ile ilgili tüm veri ve bilgilerin edinilmesi, depolanması ve yayılmasından sorumludur. Bu amaçla Core B, CFG’nin Functional Glycomics Gateway sitesini geliştirmek için Nature Publishing Group ile birlikte çalışır. Burada Core B, CFG bilimsel çekirdeklerinin ve katılımcı araştırmacıların ürettiği çeşitli veri setlerinin yanı sıra diğer halka açık veritabanlarından veri setlerini entegre etmek için karmaşık ilişkisel veritabanları oluşturmuştur. Bu veritabanlarının kullanılabilirliğini artırmak için Core B, veri madenciliği ve tahmin için biyoinformatik araçlar geliştirmek için bilimsel çekirdeklerle işbirliği yapıyor.[2][3]
  • Analitik Glikoteknoloji Çekirdeği (C), da yerleşmiş Imperial College London, teklifler kütle spektrometrisi memeli hücrelerinden alınan protein N ve O bağlantılı glikanların profilinin çıkarılması, en yüksek öncelik saf insan veya murin immün hücre popülasyonlarına verilir.[4][5]
  • Glikan Dizi Sentez Çekirdeği (D), da yerleşmiş Scripps Araştırma Enstitüsü, araştırmacılara dağıtılmak üzere karbonhidrat bileşikleri (monosakkaritler, disakkaritler, vb.), glikan bağlayıcı proteinler ve anti-glikan antikorları üretir ve toplar. Bu reaktiflerin çoğu, katılan araştırmacılar tarafından cömertçe katkıda bulunmuştur. Core D ayrıca CFG glikan dizisi için glikanları sentezler ve yazdırır (aşağıdaki Core H'ye bakın)[6][7][8]
  • Gen Mikroarray Çekirdeği (E), da yerleşmiş Scripps Araştırma Enstitüsü, araştırmacılar tarafından sağlanan RNA örneklerini, kullanılarak geliştirilen özel olarak tasarlanmış bir glikojen çip dizisi üzerinde tarar. Afimetriks teknoloji. Çip, glikosiltransferazlar, glikan bağlayıcı proteinler, glikan bozunma proteinleri, hücreler arası protein taşıma proteinleri, şeker taşıyıcıları, adezyon molekülleri, interlökinler, müsinler, büyüme faktörleri, sitokinler dahil olmak üzere yaklaşık 2000 insan ve fare geninin ekspresyonunu izlemek için tasarlanmış prob setleri içerir. kemokinler ve daha fazlası.[9]
  • Fare Transgenik Çekirdeği (F), eskiden şurada bulunuyordu: Scripps Araştırma Enstitüsü, şimdi kapalıdır. 2001-2009 yılları arasında Core F, glikan bağlayıcı proteinler veya glikosiltransferazlar bakımından eksik 26 toplam ve koşullu devre dışı bırakılmış fare çizgisi üretti. Tüm Core F suşları artık Mutant Mouse Regional Resource Center'da (MMRRC) arşivlenmiştir. California Üniversitesi, Davis veya Jackson Laboratuvarı (Jax). Topluluğa bir hizmet olarak, CFG, araştırmacıların potansiyel glikojen nakavt fare hatlarını bulmalarına yardımcı olmak için hala Fonksiyonel Glikomik Ağ Geçidi'nde bir site tutmaktadır.
  • Fare Fenotip Çekirdeği (G)adresinde Sanford-Burnham Tıbbi Araştırma Enstitüsü, bir veya daha fazla glikojeni silmenin fenotipik sonuçlarını açıklamak için Core F tarafından üretilen fare hatlarının histolojisini, hematolojisini, metabolizmasını, immünolojik fonksiyonunu ve davranışını değerlendirmek için katılımcı araştırmacı "akıl hocaları" ile birlikte çalışır. Fare Alt Komitesinin takdirine bağlı olarak, Core G ayrıca ara sıra araştırmacılar tarafından sağlanan fare hatlarını da değerlendirir.
  • Protein-Glikan Etkileşim Çekirdeği (H), da yerleşmiş Emory Üniversitesi, bir memeli glikan dizisi üzerinde araştırmacı tarafından üretilen lektinleri, antikorları, antiserumları, mikroorganizmaları veya şüpheli glikan bağlayıcı proteinleri bir memeli glikan dizisinde analiz eder ve spesifik ligandları tanımlar. Core D tarafından geliştirilen ve basılan dizinin güncel versiyonu (v4.1) 465 farklı glikan içermektedir.[10][11]

Yönetim Kurulu

CFG, başkanlık ettiği bir yönlendirme komitesi tarafından yönetilmektedir. James C. Paulson, Ph.D., profesör Scripps Araştırma Enstitüsü ve CFG yapıştırıcı hibesinin Baş Araştırmacısı. Komitenin geri kalanını on bir ek glikomik uzmanı ve bir NIGMS bilimsel görevlisi oluşturur.

Beş alt komite, çekirdekleri denetler ve kaynak öncelikleri ve teknoloji geliştirme ile ilgili yönlendirme komitesine tavsiyelerde bulunur: Biyoinformatik Alt Komitesi, Glycan Dizisi / Karbonhidrat Kütüphanesi Alt Komitesi, Glikan Analizi Alt Komitesi, Fare Alt Komitesi ve İsimlendirme Alt Komitesi.

Kaynaklar

Yukarıda açıklanan CFG kaynakları ve hizmetleri, glikan bağlayıcı proteinlerin ve bunların ligandlarının hücre iletişimine aracılık etme etkileşimlerini yöneten karmaşık biyolojiyi inceleyen araştırmacıların kullanımı için ücretsizdir.

Functional Glycomics Gateway web sitesinde bir form gönderilerek kaynaklar talep edilebilir. Bir talep alındığında, uygun çekirdek müdür onu inceler ve daha fazla bilgiye ihtiyaç duyulursa araştırmacıyla iletişime geçer. Çekirdek yönetici bir talebi sonuçlandırdığında ve çekirdeğin bunu yerine getirip getiremeyeceğini belirlediğinde, CFG Yönlendirme Komitesi nihai onay talebini inceler.

CFG'ye üyelik, kaynakları almak için bir gereklilik değildir, ancak bir araştırmacı kurumu, kaynak talebi sürecini tamamlamak için CFG'nin veri paylaşım anlaşmasını onaylamalıdır.

Veritabanları

PI'lar tarafından gönderilen numunelerle CFG bilimsel çekirdeklerinden elde edilen veriler ve araştırmacılar tarafından kendi laboratuvarlarında CFG kaynaklarını kullanarak elde edilen veriler, araştırmacılara ve bilim camiasına yayılmak üzere CFG veritabanlarına yüklenir. GBP'ler, glikan yapıları ve glikosiltransferazlar için özel veritabanları, verileri entegre etmeye ve genel hedefe göre ilerlemeyi değerlendirmeye yardımcı olmak için tasarlanmıştır.[12]

CFG ile ilgili tüm bilgilerde arama yapmanın en kolay yolu, Fonksiyonel Glikomik Ağ Geçidinin üst kısmındaki arama kutusuna bir anahtar kelime (ör. "Galektin-1", "sialik asit" vb.) Veya IUPAC karbonhidrat isimlendirme girmektir.

Finansman

2001 yılında, CFG, NIGMS'den beş yıllık, 34 milyon dolarlık yapıştırıcı hibesi ile ödüllendirildi.[13] 2006 yılında, CFG yapıştırıcı hibesi, ilave 40,7 milyon $ ile beş yıl daha yenilenmiştir.[14] Glue hibe fonu 31 Ağustos 2011'de sona erdi. CFG, CFG'nin birçok yönünü yapıştırıcı hibe fonu döneminin ötesinde devam ettirmek için alternatif fon arıyor.

Referanslar

  1. ^ NIGMS basın bülteni: "Arşivlenmiş kopya". Arşivlenen orijinal 2010-05-27 tarihinde. Alındı 2010-03-05.CS1 Maint: başlık olarak arşivlenmiş kopya (bağlantı)
  2. ^ Raman R, Raguram S, Venkataraman G, Paulson JC, Sasisekharan R (2005). "Glikomikler: glikanların yapı-işlev ilişkilerine entegre bir sistem yaklaşımı". Doğa Yöntemleri. 2 (11): 817–24. doi:10.1038 / nmeth807. PMID  16278650.
  3. ^ Taniguchi N, Paulson JC (Mayıs 2007). "Glikomikte sınırlar; hastalıkta biyoinformatik ve biyobelirteçler. 11–13 Eylül 2006 Natcher Konferans Merkezi, NIH Kampüsü, Bethesda, MD, ABD". Proteomik. 7 (9): 1360–3. doi:10.1002 / pmic.200700123. PMID  17436269.
  4. ^ Haslam SM, North SJ, Dell A (Ekim 2006). "Doku ve hücrelerin N- ve O-glikosilasyonunun kütle spektrometrik analizi". Yapısal Biyolojide Güncel Görüş. 16 (5): 584–91. doi:10.1016 / j.sbi.2006.08.006. PMID  16938453.
  5. ^ Haslam SM, Julien S, Burchell JM, Monk CR, Ceroni A, Garden OA, Dell A (Ekim 2008). "Memeli bağışıklık sisteminin glikolunu karakterize etmek". İmmünoloji ve Hücre Biyolojisi. 86 (7): 564–73. doi:10.1038 / icb.2008.54. PMID  18725885.
  6. ^ Yeni teknoloji, vücuttaki hücrelerin yüzeyini süsleyen karmaşık şeker zincirlerinin rolüne ilişkin anlayışımızı geliştirecek.. News-Medical.Net. 8 Aralık 2004.
  7. ^ Paulson JC, Blixt O, Collins BE (Mayıs 2006). "Fonksiyonel glikomiklerde tatlı noktalar". Doğa Kimyasal Biyoloji. 2 (5): 238–48. doi:10.1038 / nchembio785. PMID  16619023.
  8. ^ Blixt O, Razi N (2006). "Glikan kitaplıklarının kemoenzimatik sentezi". Enzimolojide Yöntemler. 415: 137–53. doi:10.1016 / S0076-6879 (06) 15009-0. PMID  17116472.
  9. ^ Comelli EM, Amado M, Baş SR, Paulson JC (2002). "Glikobiyologlar için özel mikroarray: glikosiltransferaz gen ekspresyon profili için hususlar". Biyokimya Derneği Sempozyumu (69): 135–42. PMID  12655780.
  10. ^ Blixt O, Head S, Mondala T, vd. (Aralık 2004). "Çeşitli glikan bağlama proteinlerinin ligand profili için basılı kovalent glikan dizisi". Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi Bildirileri. 101 (49): 17033–8. doi:10.1073 / pnas.0407902101. PMC  534418. PMID  15563589.
  11. ^ Alvarez RA, Blixt O (2006). "Glikan dizileri kullanılarak glikan bağlayıcı proteinler için ligand spesifikliklerinin belirlenmesi". Enzimolojide Yöntemler. 415: 292–310. doi:10.1016 / S0076-6879 (06) 15018-1. PMID  17116481.
  12. ^ Raman R, Venkataraman M, Ramakrishnan S, Lang W, Raguram S, Sasisekharan R (Mayıs 2006). "Gelişmiş glikomikler: fonksiyonel glikomikler için konsorsiyumda uygulama stratejileri". Glikobiyoloji. 16 (5): 82R-90R. doi:10.1093 / glikob / cwj080. PMID  16478800.
  13. ^ "Glue Grants - Ulusal Genel Tıp Bilimleri Enstitüsü". 29 Ocak 2010. Arşivlenen orijinal 29 Ocak 2010.
  14. ^ TSRI basın bildirisi: http://www.scripps.edu/news/press/090706.html