İşlev Açıklamasının Kritik Değerlendirmesi - Critical Assessment of Function Annotation

İşlevsel Ek Açıklamanın Kritik Değerlendirmesi (CAFA), hesaplama yöntemlerinin büyük ölçekli bir değerlendirmesini sağlamak için tasarlanmış bir deneydir. protein fonksiyonunu tahmin etmek.[1] Farklı algoritmalar tahmin etme yetenekleri ile değerlendirilir Gen ontolojisi Kategorilerindeki (GO) terimleri Moleküler Fonksiyon, Biyolojik Süreç, ve Hücresel Bileşen.

Deney iki yoldan oluşmaktadır: (i) ökaryotik parça, (ii) prokaryotik Izlemek. Her yolda, organizatörler tarafından bir dizi hedef sağlanır. Katılımcılardan tahminlerini son teslim tarihine kadar sunmaları beklenir ve ardından bir dizi belirli ölçütlere göre değerlendirilirler.

Motivasyon

genetik şifre bir organizmanın yüzleri ile onbinleri arasında olabilir. genler, yüz binlerce farklı protein diziler. Nispeten düşük maliyet nedeniyle genom dizileme, gen ve protein dizilerinin belirlenmesi hızlı ve ucuzdur. Şimdiye kadar binlerce tür sıralandı, ancak proteinlerin çoğu iyi karakterize edilmedi.[2] Hücredeki bir proteinin rolünü deneysel olarak belirleme süreci, pahalı ve zaman alıcı bir iştir. Dahası, işlevsel olduğunda bile tahliller gerçekleştirildiğinde, protein işlevi hakkında tam bir kavrayış sağlama olasılığı düşüktür. Bu nedenle, proteinleri işlevsel olarak açıklamak için hesaplama araçlarının kullanılması önemli hale geldi. Çeşitli biyolojik ve evrimsel verileri kullanarak protein fonksiyonunu çıkarabilen birkaç hesaplamalı protein fonksiyonu tahmini yöntemi vardır, ancak iyileştirme için önemli bir alan vardır. Protein işlevinin doğru tahmin edilmesi, biyomedikal ve farmasötik araştırmalar üzerinde uzun süredir devam eden etkilere sahip olabilir.

CAFA deneyi, hesaplama yöntemlerinin tarafsız bir şekilde değerlendirilmesini sağlamak, hesaplama işlevi tahmininde araştırmayı teşvik etmek ve işlev tahmininde genel son teknoloji hakkında bilgi sağlamak için tasarlanmıştır.

Organizasyon

Deney üç aşamadan oluşmaktadır:

  1. Tahmin aşaması: ~ 4 ay

Organizatörler, bilinmeyen veya eksik işleve sahip protein dizilerini topluluğa sağlar ve tahminlerin sunulması için son tarihi belirler.

  1. Hedef birikim: 6–12 ay

Tüm tahminler depolandıktan ve deney, protein fonksiyonlarının halka açık veritabanlarında birikmesinin beklendiği bir bekleme süresine girdikten sonra

  1. Analiz Aşaması: 1 ay

Tahmin ediciler performanslarına göre sıralanır. Sonuçlar bilimsel toplantılarda kamuya açık olarak paylaşılır ve sonrasında yayınlanır. akran değerlendirmesi.

Tarih

CAFA deneyi, Otomatik Fonksiyon Tahmin (AFP) Özel İlgi Grubu (AFP / SIG) tarafından gerçekleştirilir. Bir AFP / SIG toplantısı düzenlenmiştir. Moleküler Biyoloji için Akıllı Sistemler 2005, 2006, 2008, 2011 ve 2012'de konferans.[3][4][5]

CAFA 2010-2012

İlk CAFA deneyi 2010 sonbaharıyla 2012 baharı arasında düzenlendi. Organizatörler, bu dizilerin her biri için Gene Ontoloji ek açıklamalarını tahmin etme görevi ile topluluğa 48.000 dizi sağladı. Bu 48.000 proteinden 866 tanesi, hedef birikim aşamasında deneysel olarak açıklandı. Sonuçlar, mevcut işlev tahmin algoritmalarının basit bir alan atamasından veya basit bir kullanımdan önemli ölçüde daha iyi performans gösterdiğini gösterdi. ÜFLEME paketi. Bununla birlikte, bir proteinin biyolojik işlevinin doğru tahmin edilmesinin hala açık ve zorlu bir sorun olduğunu da ortaya çıkardılar.

CAFA 2013-2014

İkinci CAFA deneyi 2013 sonbaharında başladı. Ağustos ayından itibaren, ilgilenen taraflar 27 türde 100.000'den fazla hedef diziyi indirebildi. Kayıtlı ekipler, dizileri Gen Ontoloji terimleriyle açıklamaya davet edilirken, insan dizilerine ek açıklama getirme zorunluluğu vardır. İnsan Fenotip Ontolojisi şartlar. Son teslim tarihi 15 Ocak 2014 idi. Tahminlerin değerlendirilmesi Haziran 2014'te yapılacaktır.

Ayrıca bakınız

CASP: Protein Yapısı Tahmininin Kritik Değerlendirmesi
CAPRI: Etkileşim Tahmininin Kritik Değerlendirmesi

Referanslar

  1. ^ Predrag, Radivojac; et al. (2013). "Hesaplamalı protein işlevi tahmininin büyük ölçekli bir değerlendirmesi". Doğa Yöntemleri. 10 (3): 221–227. doi:10.1038 / nmeth.2340. PMC  3584181. PMID  23353650.
  2. ^ Bernal, Axel; Uy Kulak; Nikos Kyrpides (2001). "Genomes OnLine Database (GOLD): dünya çapındaki genom projelerinin izleyicisi". Nükleik Asit Araştırması. 29 (1): 126–127. doi:10.1093 / nar / 29.1.126. PMC  29859. PMID  11125068.
  3. ^ Friedberg, Iddo; Martin Jambon; Adam Godzik (Haziran 2006). "Protein işlevi tahmininde yeni yollar". Protein Bilimi. 15 (6): 1527–1529. doi:10.1110 / ps.062158406. PMC  2242544. PMID  16731984.
  4. ^ Rodrigues, Ana; Barry Grant; Adam Godzik; Iddo Friedberg (2007). "2006 Otomatik İşlev Tahmin Toplantısı". Biyoinformatik. 8 (Ek 4): S1–4. doi:10.1186 / 1471-2105-8-s4-s1. PMC  1892079. PMID  17570143.
  5. ^ Gillis, Jesse; Paul Pavlidis (Nisan 2013). "Gen işlevinin hesaplamalı atamasında son teknolojiyi karakterize etmek: işlevsel ek açıklamanın (CAFA) ilk kritik değerlendirmesinden dersler" (PDF). BMC Biyoinformatik. 14 (Ek 3): S15. doi:10.1186 / 1471-2105-14-s3-s15. PMC  3633048. PMID  23630983.

Dış bağlantılar