E. Coli Metabolom Veritabanı - E. Coli Metabolome Database - Wikipedia

E. coli Metabolom Veritabanı (ECMDB)^[1] Escherichia coli'de (E. coli suşu K12, MG1655) bulunan veya tarafından üretilen küçük moleküllü metabolitlerin kapsamlı, yüksek kaliteli, ücretsiz olarak erişilebilen, çevrimiçi bir veritabanıdır. Escherichia coli belki de en iyi çalışılan bakteri dünyada "model mikrop" olarak hizmet etmiştir. mikrobiyoloji 60 yıldan fazla araştırma. ECMDB, esasen E. coli hastalığı hakkında ayrıntılı veriler içeren bir E. coli "omics" ansiklopedisidir. genetik şifre, proteom ve Onun metabolom. ECMDB, organizmaya özgü metabolomik veri tabanları paketinin bir parçasıdır. DrugBank, HMDB, YMDB ve SMPDB. Bir metabolomik kaynağı olarak ECMDB, bağırsak / mikrobiyom metabolomikleri alanında araştırmayı kolaylaştırmak için tasarlanmıştır ve çevresel metabolomikler. ECMDB iki tür veri içerir: 1) kimyasal veriler ve 2) moleküler biyoloji ve / veya biyokimyasal veriler. Kimyasal veriler, ayrıntılı metabolit açıklamaları ve yaklaşık 5000 NMR ile 2700'den fazla metabolit yapısını içerir, GC-MS ve LC-MS bu metabolitlere karşılık gelen spektrumlar. Biyokimyasal veriler, yaklaşık 1600 protein (ve DNA) dizisini ve bu metabolit girişlerine bağlı 3100'den fazla biyokimyasal reaksiyonu içerir.^[1] ECMDB'deki her bir metabolit girişi, bilginin yaklaşık% 65'i kimyasal verilere ve diğer% 35'i enzimatik veya biyokimyasal verilere ayrılan 80'den fazla veri alanı içerir. Birçok veri alanı diğer veritabanlarına (KEGG, PubChem, MetaCyc, ChEBI, PDB, UniProt, ve GenBank ). ECMDB ayrıca çeşitli yapı ve yol görüntüleme uygulamalarına sahiptir. ECMDB veritabanı, bir dizi metin, dizi, spektral, kimyasal yapı ve ilişkisel sorgu aramaları sunar. Bunlar aşağıda daha ayrıntılı olarak açıklanmaktadır.

Veritabanına erişim

ECMDB'nin içeriği, çeşitli veritabanına özgü araçlar kullanılarak araştırılabilir veya aranabilir. Metin arama kutusu (her ECMDB sayfasının en üstünde bulunur), kullanıcıların isimler, eş anlamlılar, sayılar ve tanımlayıcılar dahil olmak üzere veritabanının metin verilerinde genel bir metin araması yapmasına olanak tanır. ECMDB, yanlış yazımlara ve belirsiz metin eşleştirmeye izin veren "Esnek Arama" adlı bir yazılım aracı kullanır. Metin aramasını kullanarak, kullanıcılar metin arama kutusunun sağ tarafında bulunan açılır kutuyu kullanarak "arama" alanındaki metabolitleri veya proteinleri seçebilirler. Bu şekilde, aramayı yalnızca E. coli metabolitleri veya E. coli proteinleri ile ilişkili öğeler için sonuçları döndürmek üzere sınırlandırmak mümkündür. ECMB, her sayfanın üstünde bulunan 7 seçilebilir sekmeye sahiptir: 1) Ana Sayfa; 2) Gözat; 3) Arama; 4) Hakkında; 5) Yardım; 6) İndirmeler ve 7) Bize Ulaşın. ECMDB'nin tarayıcısı (Gözat sekmesi aracılığıyla erişilir), veri tabanına göz atmak ve içeriğini yeniden sıralamak için kullanılabilir. Altı farklı gözatma seçeneği mevcuttur: 1) Metabolit Tarama (Şekil 1); 2) Protein Taraması; 3) Reaksiyon Taraması (Şekil 2); 4) Yol Taraması (Şekil 3); 5) Sınıf Taraması; ve 6) Konsantrasyon Taraması. Belirli bir Gözat seçeneği seçilerek, ECMDB'nin içeriği, yeniden sıralanabilir tablolarda görüntülenen ECMDB tanımlayıcıları, isimler ve diğer verilerle birlikte özet bir tablo formatında görüntülenebilir. Bir ECMDB MetaboCard veya ProteinCard düğmesine tıklamak, karşılık gelen metabolit (Şekil 4) veya karşılık gelen protein için tüm veri içeriğini getirecektir. ECMDB ayrıca Arama bağlantısının altında listelenen bir dizi Arama seçeneği sunar. Bunlar şunları içerir: 1) Kimya Sorgusu; 2) Metin Sorgusu; 3) Sıra Arama; 4) Veri Çıkarıcı; ve 4 başka MS veya NMR spektral arama aracı. Kimyasal Sorgu seçeneği, kullanıcıların bir kimyasal bileşiği çizmesine veya yazmasına (bir SMILES dizisi aracılığıyla) ve sorgu bileşiğine benzer veya aynı metabolitler için ECMDB'de arama yapmasına olanak tanır. Sıra Arama gerçekleştirmek için kullanılabilir ÜFLEME (protein) dizisi ECMDB'de bulunan tüm protein dizilerine karşı araştırır. Tekli ve çoklu dizi (yani tüm proteom) ÜFLEME sorgular bu arama aracıyla desteklenir. ECMDB'nin MS'si aracılığıyla ECMDB'nin referans bileşiği NMR ve MS spektral verilerinin ayrıntılı spektral aramalarını gerçekleştirmek de mümkündür. MS / MS, GC / MS ve NMR Spectra Arama bağlantıları. Bu araçlar, bakteriyel (esas olarak E. coli) metabolitlerinin tanımlanmasını ve karakterizasyonunu desteklemek için tasarlanmıştır. NMR spektroskopisi, GC-MS spektrometresi ve LC-MS spektrometresi. ECMDB ayrıca, yalnızca içeriği hakkında değil, aynı zamanda genel olarak E. coli hakkında ayrıntılı bilgiler içeren çok sayıda istatistiksel tablo içerir. Özellikle, "Hakkında" sekmesinin altında, "E. coli sayıları ve istatistikleri" adlı bir bölüm, E. coli ve E. coli fizyolojisi hakkında yüzlerce ilginç bilgi içerir. ECMDB'nin çoğu bileşeni, metin verilerinin, kimyasal yapıların ve sekans verilerinin çoğu dahil olmak üzere tamamen indirilebilir. Bunlar, İndir düğmesine tıklanarak, farklı dosyalar arasında gezinilerek ve uygun köprüler seçilerek alınabilir.

Kapsam ve erişim

ECMDB'deki tüm veriler tescilli değildir veya tescilli olmayan bir kaynaktan türetilmiştir. Ücretsiz olarak erişilebilir ve herkes tarafından kullanılabilir. Ek olarak, neredeyse her veri öğesi tamamen izlenebilirdir ve orijinal kaynağa açıkça atıfta bulunulur. ECMDB verileri, halka açık bir web arayüzü ve indirmeler yoluyla kullanılabilir.

Ayrıca bakınız

• EcoCyc
• KEGG
• Metabolik ağ
• Metabolom
• Metabolomik
• Biyolojik veri tabanlarının listesi

Referanslar