ExoCarta - ExoCarta

ExoCarta
Database.png
İçerik
AçıklamaEkzozomal proteinler, RNA ve lipidler veritabanı
İletişim
Araştırma MerkeziLa Trobe Moleküler Bilimler Enstitüsü
YazarlarSuresh Mathivanan
Giriş
İnternet sitesihttp://www.exocarta.org

ExoCarta manuel olarak seçilmiş bir veritabanıdır ekzozomal proteinler, RNA ve lipidler.[1][2]

Ekzozomlar hücre kaynaklıdır veziküller dahil olmak üzere birçok ve belki de tüm biyolojik sıvılarda bulunan kan, idrar ve kültür ortamı hücre kültürleri.[3][4] Ekzozomların bildirilen çapı 30 ila 100 nm arasındadır ve LDL, ancak örneğin çok daha küçük Kırmızı kan hücreleri. Ekzozomlar ya hücreden salınır. çok biçimli cisimler ile kaynaşmak hücre zarı veya doğrudan plazma zarından salınırlar.[5] Ekzozomların özelleşmiş işlevleri olduğu ve örneğin, pıhtılaşma, hücreler arası sinyalleşme ve atık yönetimi.[3] Sonuç olarak, eksozomların klinik uygulamalarına artan bir ilgi vardır. Ekzozomlar potansiyel olarak sağlık ve hastalık için prognoz, tedavi ve biyobelirteçler için kullanılabilir.

Ekzozomların biyoinformatik analizi

Ekzozomlar, hücre orijin türünü yansıtan RNA, proteinler, lipitler ve metabolitler içerir. Ekzozomlar çok sayıda protein, RNA ve lipid içerdiğinden, proteomik ve transkriptomik genellikle yapılır. Şu anda, bu verileri analiz etmek için FunRich gibi ticari olmayan araçlar[6] aşırı temsil edilen molekül gruplarını tanımlamak için kullanılabilir.

Referanslar

  1. ^ Mathivanan, Suresh; Fahner Cassie J; Reid Gavin E; Simpson Richard J (Ekim 2011). "ExoCarta 2012: ekzozomal proteinler, RNA ve lipidler veritabanı". Nükleik Asit Araştırması. 40 (Veritabanı sorunu): D1241–4. doi:10.1093 / nar / gkr828. PMC  3245025. PMID  21989406.
  2. ^ Mathivanan S, Simpson RJ (2009). "ExoCarta: Ekzozomal proteinler ve RNA'nın bir özeti". Proteomik. 9 (21): 4997–5000. doi:10.1002 / pmic.200900351. PMID  19810033.
  3. ^ a b van der Pol E; Böing, AN; Harrison P; Sturk A; Nieuwland R (2012). "Hücre dışı veziküllerin sınıflandırılması, işlevleri ve klinik önemi". Pharmacol. Rev. 64 (3): 676–705. doi:10.1124 / pr.112.005983. PMID  22722893.
  4. ^ Keller S; Sanderson MP; Stoeck A; Altevogt P (2006). "Ekzozomlar: biyogenez ve salgılamadan biyolojik işleve". Immunol. Mektup. 107 (2): 102–8. doi:10.1016 / j.imlet.2006.09.005. PMID  17067686.
  5. ^ Booth AM; Fang Y; Fallon JK; Yang JM; Hildreth JE; Gould SJ (2006). "T hücresi plazma zarının endozom benzeri alanlarından eksozomlar ve HIV Gag tomurcuğu". J. Hücre Biol. 172 (6): 932–935. doi:10.1083 / jcb.200508014. PMC  2063735. PMID  16533950.
  6. ^ Pathan, M; Keerthikumar, S; Ang, C. S .; Gangoda, L; Quek, C. Y .; Williamson, N. A .; Mouradov, D; Sieber, O. M .; Simpson, R. J .; Salim, A; Bacic, A; Hill, A; Stroud, D. A .; Ryan, M. T .; Agbinya, J. I .; Mariadasson, J. M .; Burgess, A. W .; Mathivanan, S (2015). "Teknik özet funrich: Açık erişimli bağımsız bir işlevsel zenginleştirme ve etkileşim ağı analiz aracı". Proteomik. 15: 2597–601. doi:10.1002 / pmic.201400515. PMID  25921073.

Dış bağlantılar