FluChip - FluChip - Wikipedia

FluChip düşük yoğunluklu DNA mikrodizi tanımlanması için grip virüsler, başlangıçta geliştirildi Boulder'daki Colorado Üniversitesi Profesör Kathy Rowlen'ın laboratuvarında[1] ile işbirliği içinde Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezleri (CDC) Atlanta'da.

Proje, 2003 yılında, Ulusal Alerji ve Bulaşıcı Hastalıklar Enstitüsü (NIAID), Ulusal Sağlık Enstitüleri Orijinal FluChip [2][3]üç gen hedefini kullanarak hem influenza A hem de B virüslerini tespit etmek için tasarlanmıştır: HA (Hemaglutinin ), NA (Nöraminidaz ) ve M (matris) gen segmentleri. Çok sayıda kısa DNA yakalama dizisi tasarlandı, [4] ve genetik benzerliklerden ve farklılıklardan yararlanarak influenza A virüslerini hem tip hem de alt tiplemek için kullanılır. Genel test şunlardan oluşuyordu: RT-PCR influenza RNA'sının amplifikasyonu, sonraki akış transkripsiyonu kullanılarak PCR şablon olarak ürün ve floresan etiketli fragmanların hibridizasyonu RNA mikrodizi yüzeyine. Floresan yoğunluklarının genel modeli, mevcut influenza virüsünün (virüslerinin) tipini ve alt tipini belirlemek için kullanılmıştır.

MChip

çeşitli influenza A alt tipleri.

M geni segmentinin tek başına alt tip bilgileri sağlamak için alt tipler arasında yeterli genetik çeşitlilik içerdiği keşfedildiğinde, sonraki çalışma bunu influenza A için bir alt tip belirleme deneyi olarak keşfetmeye odaklandı ('MChip'). MChip, insan H1N1, insan H3N2 ve insan H3N2'yi ayırt etme becerisine odaklanarak yüzlerce numuneyi incelemek için kullanıldı. Kuş gribi (H5N1) alt tipleri ve yayınlanmış birkaç çalışmada ayrıntılı olarak belirtildiği gibi yüksek klinik duyarlılık ve özgüllükle sonuçlandı.[5][6][7][8]Yakın zamanda MChip ile incelenen diğer ilgili influenza A virüsleri 1918 'İspanyol gribi ' Gerginlik,[9]ve çeşitli pandemik H1N1 / 09 virüsü örnekler.[10]InDevR Inc. (Boulder, CO) FluChip teknolojisini Colorado Üniversitesi ve CDC'den 2009 yılında lisanslamıştır.[11]ve uygulamayı yakında çıkacak bir moleküler teşhis platformunda kullanılmak üzere geliştiriyor.

Referanslar

  1. ^ "" Grip Çipi "- Gribi Teşhis Etmenin Yeni Bir Yolu".
  2. ^ Townsend, Michael B .; Dawson, Erica D .; Mehlmann, Martin; Smagala, James A .; Dankbar, Daniela M .; Moore, Chad L .; Smith, Catherine B .; Cox, Nancy J .; et al. (2006). "Grip Virüsü Gözetimi için FluChip Tanısal Mikroarrayin Deneysel Değerlendirmesi". Klinik Mikrobiyoloji Dergisi. 44 (8): 2863–2871. doi:10.1128 / JCM.00134-06. PMC  1594652. PMID  16891504.
  3. ^ Mehlmann, Martin; Dawson, Erica D .; Townsend, Michael B .; Smagala, James A .; Moore, Chad L .; Smith, Catherine B .; Cox, Nancy J .; Kuchta, Robert D .; Rowlen, Kathy L. (2006). "İnfluenza Virüsü için FluChip Teşhis Mikroarrayını Geliştirmek İçin Kullanılan Güçlü Sıra Seçim Yöntemi". Klinik Mikrobiyoloji Dergisi. 44 (8): 2857–2862. doi:10.1128 / JCM.00135-06. PMC  1594657. PMID  16891503.
  4. ^ Smagala, James A .; Dawson, Erica D .; Mehlmann, Martin; Townsend, Michael B .; Kuchta, Robert D .; Rowlen, Kathy L. (2005). "ConFind: Korunan Dizi Tanımlama için Güçlü Bir Araç". Biyoinformatik. 21 (24): 4420–4422. doi:10.1093 / biyoinformatik / bti719. PMID  16239306.
  5. ^ Dawson, Erica D .; Moore, Chad L .; Smagala, James A .; Dankbar, Daniela M .; Mehlmann, Martin; Townsend, Michael B .; Smith, Catherine B .; Cox, Nancy J .; et al. (2006). "MChip: Grip Gözetimi için Bir Araç". Analitik Kimya. 78 (22): 7610–7615. doi:10.1021 / ac061739f. PMID  17105150.
  6. ^ Dawson, Erica D .; Moore, Chad L .; Dankbar, Daniela M .; Mehlmann, Martin; Townsend, Michael B .; Smagala, James A .; Smith, Catherine B .; Cox, Nancy J .; et al. (2007). "A / H5N1 İnfluenza Virüslerinin Tanımlanması Tek Gen Teşhis Mikroarray". Analitik Kimya. 79 (1): 378–384. doi:10.1021 / ac061920o. PMID  17194164.
  7. ^ Mehlmann, Martin; Bonner, Aleta B .; Williams, John V .; Dankbar, Daniela M .; Moore, Chad L .; Kuchta, Robert D .; Podsiad, Amy B .; Tamerius, John D .; et al. (2007). "MChip'in Viral Kültür, Reverse Transcription-PCR ve Hızlı İnfluenza Teşhisi için QuickVue İnfluenza A + B Testi ile Karşılaştırılması". Klinik Mikrobiyoloji Dergisi. 45 (4): 1234–1237. doi:10.1128 / JCM.02202-06. PMC  1865827. PMID  17301287.
  8. ^ Dawson, Erica D .; Rowlen, Kathy L. (Şubat 2010). FluChip: Teşhis Amaçlı İnfluenza Mikroarray için Sağlam Sıra Seçim Yöntemi. Influenza: Molecular Virology, Wang, Q. ve Tao, Y. J., eds. Norfolk, İngiltere, Caister Academic Press. ISBN  978-1-904455-57-8.
  9. ^ Moore, Chad L .; Smagala, James A .; Smith, Catherine B .; Dawson, Erica D .; Cox, Nancy J .; Kuchta, Robert J .; Rowlen, Kathy L. (2007). "1918" İspanyol Gribi "Suşu" Dahil Tarihi Alt Tip H1N1 Influenza A Virüsleriyle MChip'in Değerlendirilmesi. Klinik Mikrobiyoloji Dergisi. 45 (11): 3807–3810. doi:10.1128 / JCM.01089-07. PMC  2168478. PMID  17855577.
  10. ^ "Basın Bülteni 5 Mayıs 2009".
  11. ^ "Basın Bülteni 28 Nisan 2009".

Dış bağlantılar