HERPUD1 - HERPUD1

HERPUD1
Mevcut yapılar
PDB	Ortolog araması: PDBe RCSB
PDB kimlik kodlarının listesi
	1WGD
Tanımlayıcılar
Takma adlar	HERPUD1, HERP, Mif1, SUP, homosistein ile indüklenebilir ER proteini, ubikitin benzeri alan 1
Harici kimlikler	OMIM: 608070 MGI: 1927406 HomoloGene: 40973 GeneCard'lar: HERPUD1
Gen konumu (İnsan)
Chr.	Kromozom 16 (insan)
Son	56,944,864 bp
Gen konumu (Fare)
Chr.	Kromozom 8 (fare)
Son	94,395,377 bp
RNA ifadesi Desen
	Daha fazla referans ifade verisi
Gen ontolojisi
Moleküler fonksiyon	• iyon kanalı bağlama; • GO: 0001948 protein bağlama; • moleküler fonksiyon; • protein bağlama, ubikitinasyon için substrat tanımada yer alan köprüleme;
Hücresel bileşen	• zarın ayrılmaz bileşeni; • Lewy vücut çekirdeği; • kalsiyum kanal kompleksi; • endoplazmik retikulum zarı; • zar; • endoplazmik retikulum;
Biyolojik süreç	• endoplazmik retikulum stresinin neden olduğu içsel apoptotik sinyal yolunun negatif düzenlenmesi; • apoptotik sürece dahil olan sistein tipi endopeptidaz aktivitesinin negatif düzenlenmesi; • ubikitin bağımlı protein katabolik süreç; • iç apoptotik sinyal yolunun negatif düzenlenmesi; • protein ubikitinasyonunun düzenlenmesi; • endoplazmik retikulum stres kaynaklı içsel apoptotik sinyal yolunun düzenlenmesi; • hücresel kalsiyum iyonu homeostazı; • endoplazmik retikulum kalsiyum iyonu homeostazı; • endoplazmik retikulum stresine yanıt; • PERK aracılı katlanmamış protein yanıtı; • ER ile ilişkili ubikuitin bağımlı protein katabolik sürecin pozitif düzenlenmesi; • ER ile ilişkili ubikuitin bağımlı protein katabolik sürecin düzenlenmesi; • katlanmamış proteine yanıt; • retrograd protein taşınması, ER'den sitozole; • protein bağlanmasının pozitif düzenlenmesi; • endoplazmik retikulum katlanmamış protein yanıtı; • proteinin aynı anda bulunması;
	Kaynaklar:Amigo / QuickGO
Ortologlar
	9709
	64209
	ENSG00000051108
	ENSMUSG00000031770
	Q15011
	Q9JJK5
	NM_001010989; NM_001010990; NM_001272103; NM_014685
	NM_022331; NM_001357205
	NP_001010989; NP_001259032; NP_055500; NP_001259032.1
	NP_071726; NP_001344134
	Vikiveri
İnsanı Görüntüle / Düzenle	Fareyi Görüntüle / Düzenle

Homosisteine duyarlı endoplazmik retikulum yerleşik ubikuitin benzeri alan üyesi 1 proteini bir protein insanlarda kodlanır HERPUD1 gen.^[5]^[6]^[7]

Endoplazmik retikulumda (ER) katlanmamış proteinlerin birikmesi, ER stres yanıtını tetikler. Bu yanıt, katlanmamış proteinlerin daha fazla birikmesini önlemek için translasyonun inhibisyonunu, katlanmamış protein yanıtı (UPR) olarak bilinen polipeptid katlanmasında rol oynayan proteinlerin artmış ekspresyonunu ve yanlış katlanmış proteinlerin ER ile ilişkili protein yıkımı (ERAD) sistemi. Bu gen, hem UPR hem de ERAD'de rol oynayabilir. Ekspresyonu UPR tarafından indüklenir ve promoter bölgesinde bir ER stres yanıt elementine sahipken, kodlanmış protein ERAD sistemi ile etkileşime girebilen N-terminal ubikuitin benzeri bir alana sahiptir. Bu proteinin presenilin proteinleri ile etkileşime girdiği ve aşırı ekspresyonunu takiben amiloid-beta proteini seviyesini arttırdığı gösterilmiştir. Bu genin alternatif eklenmesi, bazıları farklı izoformları kodlayan çoklu transkript varyantları üretir. Tüm transkript varyantlarının tam uzunluktaki doğası belirlenmemiştir.^[7]

Etkileşimler

HERPUD1 şu şekilde gösterilmiştir: etkileşim ile UBQLN1^[8] ve UBQLN2.^[8]

Referanslar

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl sürümü 89: ENSG00000051108 - Topluluk, Mayıs 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl sürüm 89: ENSMUSG00000031770 - Topluluk, Mayıs 2017
^ "İnsan PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
^ "Mouse PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
^ Kokame K, Agarwala KL, Kato H, Miyata T (Ekim 2000). "Herp, endoplazmik retikulum stresi ile indüklenen yeni bir ubikuitin benzeri zar proteini". Biyolojik Kimya Dergisi. 275 (42): 32846–53. doi:10.1074 / jbc.M002063200. PMID 10922362.
^ van Laar T, Schouten T, Hoogervorst E, van Eck M, van der Eb AJ, Terleth C (Mart 2000). "Yeni MMS ile indüklenebilir gen Mif1 / KIAA0025, katlanmamış protein yanıt yolunun bir hedefidir". FEBS Mektupları. 469 (1): 123–31. doi:10.1016 / S0014-5793 (00) 01253-9. PMID 10708769. S2CID 6419566.
^ ^a ^b "Entrez Geni: HERPUD1 homosisteinle indüklenebilir, endoplazmik retikulum stresle indüklenebilir, ubikitin benzeri alan üyesi 1".
^ ^a ^b Kim TY, Kim E, Yoon SK, Yoon JB (Mayıs 2008). "Herp, ubikuilinleri toplayarak ER ile ilişkili protein yıkımını artırır". Biyokimyasal ve Biyofiziksel Araştırma İletişimi. 369 (2): 741–6. doi:10.1016 / j.bbrc.2008.02.086. PMID 18307982.

daha fazla okuma

van Laar T, van der Eb AJ, Terleth C (Haziran 2001). "Mif1: katlanmamış protein yanıt yolu ile ER ile ilişkili protein bozunması arasındaki kayıp bir bağlantı mı?". Güncel Protein ve Peptit Bilimi. 2 (2): 169–90. doi:10.2174/1389203013381189. PMID 12370023.
Nomura N, Miyajima N, Sazuka T, Tanaka A, Kawarabayasi Y, Sato S, vd. (1995). "Tanımlanmamış insan genlerinin kodlama dizilerinin tahmini. I. İnsan olgunlaşmamış miyeloid hücre hattı KG-1'den rastgele örneklenmiş cDNA klonlarının analizi ile çıkarılan 40 yeni genin (KIAA0001-KIAA0040) kodlama dizileri". DNA Araştırması. 1 (1): 27–35. doi:10.1093 / dnares / 1.1.27. PMID 7584026.
Maruyama K, Sugano S (Ocak 1994). "Oligo kapaklama: ökaryotik mRNA'ların kapak yapısını oligoribonükleotidlerle değiştirmek için basit bir yöntem". Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Andersson B, Wentland MA, Ricafrente JY, Liu W, Gibbs RA (Nisan 1996). Gelişmiş av tüfeği kütüphanesi yapımı için "bir" çift adaptör "yöntemi". Analitik Biyokimya. 236 (1): 107–13. doi:10.1006 / abio.1996.0138. PMID 8619474.
Yu W, Andersson B, Worley KC, Muzny DM, Ding Y, Liu W, ve diğerleri. (Nisan 1997). "Büyük ölçekli birleştirme cDNA sıralaması". Genom Araştırması. 7 (4): 353–8. doi:10.1101 / gr.7.4.353. PMC 139146. PMID 9110174.
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (Ekim 1997). "Tam uzunlukta zenginleştirilmiş ve 5'-uçta zenginleştirilmiş bir cDNA kitaplığının yapımı ve karakterizasyonu". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
Kokame K, Kato H, Miyata T (Mart 2001). "ATF6'ya bağımlı memeli katlanmamış protein yanıtından sorumlu yeni bir cis-etkili element olan ERSE-II'nin tanımlanması". Biyolojik Kimya Dergisi. 276 (12): 9199–205. doi:10.1074 / jbc.M010486200. PMID 11112790.
Sai X, Kawamura Y, Kokame K, Yamaguchi H, Shiraishi H, Suzuki R, vd. (Nisan 2002). "Endoplazmik retikulum stresle indüklenebilir protein, Herp, presenilin aracılı amiloid beta-proteini oluşumunu artırır". Biyolojik Kimya Dergisi. 277 (15): 12915–20. doi:10.1074 / jbc.M112372200. PMID 11799129.
Chtarbova S, Nimmrich I, Erdmann S, Herter P, Renner M, Kitajewski J, Müller O (Kasım 2002). "Murin Nr4a1 ve Herpud1, Wnt-1 tarafından yukarı regüle edilir, ancak homolog insan genleri beta-katenin aktivasyonundan bağımsızdır". Biyokimyasal Dergi. 367 (Pt 3): 723–8. doi:10.1042 / BJ20020699. PMC 1222938. PMID 12153396.
Sai X, Kokame K, Shiraishi H, Kawamura Y, Miyata T, Yanagisawa K, Komano H (Ekim 2003). "Herp'in ubikitin benzeri alanı, Herp bozunmasında rol oynar, ancak amiloid beta-protein oluşumunu güçlendirmesi için gerekli değildir". FEBS Mektupları. 553 (1–2): 151–6. doi:10.1016 / S0014-5793 (03) 01009-3. PMID 14550564. S2CID 1109038.
Schulze A, Standera S, Buerger E, Kikkert M, van Voorden S, Wiertz E, vd. (Aralık 2005). "Ubiquitin alan proteini HERP, endoplazmik retikulum ilişkili degradasyon yolunun bileşenleri ile bir kompleks oluşturur". Moleküler Biyoloji Dergisi. 354 (5): 1021–7. doi:10.1016 / j.jmb.2005.10.020. PMID 16289116.
Lim J, Hao T, Shaw C, Patel AJ, Szabó G, Rual JF, vd. (Mayıs 2006). "İnsan kalıtsal ataksiler ve Purkinje hücre dejenerasyonu bozuklukları için bir protein-protein etkileşim ağı". Hücre. 125 (4): 801–14. doi:10.1016 / j.cell.2006.03.032. PMID 16713569. S2CID 13709685.
Liang G, Audas TE, Li Y, Cockram GP, Dean JD, Martyn AC, ve diğerleri. (Kasım 2006). "Luman / CREB3, endoplazmik retikulum (ER) stres yanıt proteini Herp'nin bir ER stres yanıt öğesi yoluyla transkripsiyonunu indükler". Moleküler ve Hücresel Biyoloji. 26 (21): 7999–8010. doi:10.1128 / MCB.01046-06. PMC 1636730. PMID 16940180.
Lenz B, Bleich S, Beutler S, Schlierf B, Schwager K, Reulbach U, vd. (Aralık 2006). "Homosistein, AARE ve CREB bağlanma bölgelerini içeren DNA metilasyonu ile Herp ekspresyonunu düzenler". Deneysel Hücre Araştırması. 312 (20): 4049–55. doi:10.1016 / j.yexcr.2006.09.004. PMID 17020760.

Bu makale bir gen açık insan kromozomu 16 bir Taslak. Wikipedia'ya şu yolla yardım edebilirsiniz: genişletmek.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl sürümü 89: ENSG00000051108 - Topluluk, Mayıs 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl sürüm 89: ENSMUSG00000031770 - Topluluk, Mayıs 2017

[3] "İnsan PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.

[4] "Mouse PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.

[pmid10922362-5] Kokame K, Agarwala KL, Kato H, Miyata T (Ekim 2000). "Herp, endoplazmik retikulum stresi ile indüklenen yeni bir ubikuitin benzeri zar proteini". Biyolojik Kimya Dergisi. 275 (42): 32846–53. doi:10.1074 / jbc.M002063200. PMID 10922362.

[pmid10708769-6] van Laar T, Schouten T, Hoogervorst E, van Eck M, van der Eb AJ, Terleth C (Mart 2000). "Yeni MMS ile indüklenebilir gen Mif1 / KIAA0025, katlanmamış protein yanıt yolunun bir hedefidir". FEBS Mektupları. 469 (1): 123–31. doi:10.1016 / S0014-5793 (00) 01253-9. PMID 10708769. S2CID 6419566.

[entrez-7] "Entrez Geni: HERPUD1 homosisteinle indüklenebilir, endoplazmik retikulum stresle indüklenebilir, ubikitin benzeri alan üyesi 1".

[pmid18307982-8] Kim TY, Kim E, Yoon SK, Yoon JB (Mayıs 2008). "Herp, ubikuilinleri toplayarak ER ile ilişkili protein yıkımını artırır". Biyokimyasal ve Biyofiziksel Araştırma İletişimi. 369 (2): 741–6. doi:10.1016 / j.bbrc.2008.02.086. PMID 18307982.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]