İstila geni ile ilişkili RNA (InvR) - Invasion gene associated RNA (InvR)
| İstila geni ile ilişkili RNA | |
|---|---|
 Tahmin edilen ikincil yapı ve dizi koruma InvR | |
| Tanımlayıcılar | |
| Sembol | InvR |
| Rfam | RF01384 |
| Diğer veri | |
| RNA tip | Gen |
| Alan (lar) | Bakteri |
| YANİ | İşletim Sistemi: 0001263 |
| PDB yapılar | PDBe |
İstila geni ile ilişkili RNA (Ayrıca şöyle bilinir InvR) Küçük kodlamayan RNA büyük dışlardan birinin düzenlenmesinde yer alan hücre zarı porin içindeki proteinler Salmonella Türler.
InvR, başlangıçta genomun hesaplamalı taramasıyla tahmin edilmiştir. Salmonella typhimurium roman için sRNA genler.[1] Bu ekranda 46 aday sRNA genler korunmamış Escherichia coli tanımlandı.
Salmonella şiddet konakçı bağırsak istilasını kolaylaştıran faktörler epithlium ~ 40 kb'lik bir bölgede bulunur. Salmonella Salmonella patojenitesi Ada 1 (SPI-1) olarak anılan genom. InvR'yi kodlayan gen, bu SPI-1 bölgesinde, adı verilen iki gen arasında bulunur. invH ve STM2901. InvR şuna benzersiz görünüyor: Salmonella herhangi bir tahmin edilmediği gibi türler homologlar diğer Enterobacteriaceae Türler.
InvR ~ 80nt uzunluğundadır ve kendisinden bağımsız olarak ifade edilmiş gibi görünmektedir. organizatör.[1] İfadesi, transkripsiyon faktörü HilD tarafından aktive edilir ve sırasında bolca ifade edildiği gösterilmiştir. üstel büyüme.[1][2] InvR'nin RNA şaperon Hfq'yi in vitro bağladığı gösterilmiştir ve in vivo stabilite için Hfq gereklidir.[1] İçinde S. typhimurium InvR RNA'nın, bol miktarda dış zar porin proteini OmpD'nin sentezini baskıladığı gösterilmiştir. SPI-1 bölgesinde bulunmasına rağmen, InvR'nin işlevi ile SPI-1'e bağlı salgılama yolu veya istilası arasında hiçbir bağlantı tanımlanmamıştır.
Ayrıca bakınız
Referanslar
- ^ a b c d Pfeiffer V, Sittka A, Tomer R, Tedin K, Brinkmann V, Vogel J (Aralık 2007). "İstila gen adasının (SPI-1) küçük bir kodlamayan RNA'sı, Salmonella çekirdek genomundan dış zar protein sentezini bastırır". Moleküler Mikrobiyoloji. 66 (5): 1174–1191. doi:10.1111 / j.1365-2958.2007.05991.x. PMID 17971080.
- ^ Sittka A, Lucchini S, Papenfort K, vd. (2008). Burkholder WF (ed.). "Global transkripsiyon sonrası regülatör Hfq'nin küçük kodlamayan RNA ve mRNA hedeflerinin derin sekans analizi". PLOS Genetiği. 4 (8): e1000163. doi:10.1371 / journal.pgen.1000163. PMC 2515195. PMID 18725932.