JUMPstart RNA motifi - JUMPstart RNA motif

JUMPstart RNA
JUMPstart-RNA.svg
JUMPstart RNA'larının konsensüs sekonder yapısı
Tanımlayıcılar
SembolJUMPstart RNA
RfamRF01707
Diğer veri
RNA tipCisdüzenleyici unsur
Alan (lar)Bakteri
PDB yapılarPDBe

JUMPstart RNA motifi korunmuş bir RNA tabanlı ikincil yapı JUMPstart öğeleriyle ilişkili.[1] 39 baz çiftli JUMPstart dizisi, yukarı akışta korunan bir öğeyi tanımlar genler Katılan polisakkarit sentez.[2] JUMPstart öğesinin bir RNA olarak işlev gördüğü gösterilmiştir ve 5 'çevrilmemiş bölgeler düzenlediği genlerin[3]

JUMPstart dizileri, "operon polarite baskılayıcı" nın kısaltması olan bir ops öğesini içerir ve nükleotid fikir birliği GGCGGUAG.[4] Operasyon öğesi, RfaH protein geliştirmek transkripsiyon ops öğesinin aşağı akışındaki genlerin, özellikle uzun süre uzaktaki genlerin operonlar.[3][4][5][6]

Referanslar

  1. ^ Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, vd. (Mart 2010). "Karşılaştırmalı genomik, bakteriler, arkeler ve bunların metagenomlarından 104 aday yapılandırılmış RNA ortaya koyuyor". Genom Biol. 11 (3): R31. doi:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. PMC  2864571. PMID  20230605.
  2. ^ Hobbs M, Reeves PR (Haziran 1994). "JUMPstart dizisi: birkaç polisakkarit gen kümesinde ortak olan 39 bp'lik bir eleman". Mol. Mikrobiyol. 12 (5): 855–856. doi:10.1111 / j.1365-2958.1994.tb01071.x. PMID  8052136.
  3. ^ a b Marolda CL, Valvano MA (Haziran 1998). "Escherichia coli O7'ye özgü lipopolisakkarit gen kümesinin promoter bölgesi: yukarı akışta çevrilmemiş bir mRNA dizisinin yapısal ve fonksiyonel karakterizasyonu". J. Bakteriyol. 180 (12): 3070–3079. PMC  107806. PMID  9620955.
  4. ^ a b Nieto JM, Bailey MJ, Hughes C, Koronakis V (Şubat 1996). "Escherichia coli hemolizin operonundaki transkripsiyon polaritesinin polisakkarit ve DNA transfer belirleyicileri tarafından paylaşılan kısa bir yukarı akış elementi tarafından bastırılması". Mol. Mikrobiyol. 19 (4): 705–713. doi:10.1046 / j.1365-2958.1996.446951.x. PMID  8820641.
  5. ^ Leeds JA, Welch RA (Haziran 1997). "Escherichia coli hemolizin operonu aracılığıyla transkripsiyonun iyileştirilmesi, hlyCABD: RfaH ve yukarı akış JUMPStart DNA dizileri, bir başlatma sonrası mekanizma yoluyla birlikte çalışır". J. Bakteriyol. 179 (11): 3519–3527. doi:10.1128 / jb.179.11.3519-3527.1997. PMC  179143. PMID  9171395.
  6. ^ Wang L, Jensen S, Hallman R, Reeves PR (Ağustos 1998). "O antijen gen kümesinin ifadesi, JUMPstart dizisi aracılığıyla RfaH tarafından düzenlenir". FEMS Microbiol. Mektup. 165 (1): 201–206. doi:10.1111 / j.1574-6968.1998.tb13147.x. PMID  9711858.

Dış bağlantılar