LONI Boru Hattı - LONI Pipeline

LONI Boru Hattı
LONI Boru Hattı Logosu faucet.png
Boru Hattı Ortamı
Boru Hattı Ortamı
Geliştirici (ler)Samuel Hobel
Kararlı sürüm
7.0.3 / 3 Mart 2020 (2020-03-03)
YazılmışJava
İşletim sistemiLinux, Mac OS X, Microsoft Windows
TürBilimsel iş akışı sistemi, İş akışı işleme ortamları
LisansLONI Lisansı
İnternet sitesiboru hattı.loni.usc.edu

LONI Boru Hattı bilimsel tasarım, yürütme, izleme ve paylaşma için ücretsiz dağıtılmış bir sistemdir. iş akışları[1][2] açık ızgara hesaplama mimariler. Pipeline, kullanıcıların herhangi bir sayıda farklı yazılım aracına bağlanıp çalıştırmasına ve sonuçları uygun şekilde görselleştirip indirmesine olanak tanır.

Aksine diğer iş akışı işleme ortamları Pipeline, çekirdek Pipeline kitaplıklarını dahil etmek veya bunlara karşı inşa etmek için yeni araçlar ve hizmetler gerektirmez. Pipeline ortamı tüm verilere, hizmetlere ve araçlara harici nesneler olarak başvurur. Bu, Pipeline'ın hafif bir ara yazılım olarak çalışmasına izin verir, ancak aynı zamanda uygulamalarının kapsamını kısıtlar. Örneğin, Ardışık Düzen, ilkel görüntü işleme (örneğin, görüntü ekleme) için bir dizi dahili çekirdek kitaplığı, filtre ve işlem sağlamaz. Bir analiz protokolünü tamamlamak için gerekli tüm araçlar, önce, arayüz yöntemleri Ardışık Düzen XML dilinde açıklanan harici bağımsız uygulamalar veya hizmetler olarak oluşturulmalıdır. Kullanıcılar, çok çeşitli önceden oluşturulmuş yazılım uygulamalarına hızlı erişim elde etmek için LONI Cranium sunucusuna bağlanabilirler. FSL, AFNI, ve FreeSurfer XML'de modüller ve iş akışları olarak zaten tanımlanmıştır. Pipeline, kullanıcıların yeni iş akışı açıklamaları oluşturmasına, mevcut olanları düzenlemesine ve çalışmalarını başkalarıyla paylaşmasına olanak tanır.

Tipik ardışık düzen sunucu kurulumları, belirli sunucuya erişimi olan tüm kullanıcılar tarafından kullanılabilen bir çekirdek kaynaklar paketini içerir, ancak farklı sunucular, farklı varsayılan modül ve modül grubu (kanal) tanımlarına sahip olacaktır. LONI Pipeline'ın önceki sürümü (sürüm 5)[3] görüntüler, klinik tablolar ve demografik meta veriler dahil olmak üzere heterojen ve uyumsuz verileri entegre etmek için bir mekanizma sağladı.

LONI Pipeline'ın çeşitli alanlarda (ör. Genomik,[4] nöro-görüntüleme,[5] ve Biyomedikal Bilişim[6]) dünyadaki akademik kurumlardan.

Özellikleri

Pipeline, çapraz platform uyumluluğu ve diğer işletim sistemlerinde işleme ve analizi yürütmek için yerel istemcinizden uzak sunucuya bağlanma yeteneğine sahiptir.

Pipeline, geliştiricilere çeşitli şebeke yöneticileriyle iletişim kurmaları için kendi eklentilerini oluşturma fırsatı verir. Varsayılan Ardışık Düzen paketi, Sun Grid Engine için oluşturulan JGDIPlugin ve DRMAAPlugin eklentilerini içerir, ancak Oracle Grid Engine, Univa Grid Engine veya Son of Grid Engine ile çalışabilirler. Her iki eklenti de kurulu Pipeline paketindeki dist dizini altında bulunan gridplugins dizini altında yer alır. Kullanmak istediğiniz tüm ek eklentiler ayrı olarak indirilebilir.

Pipeline Kitaplığı, kullanıcıların düzenli olarak güncellenen veriler, modüller ve iş akışları dahil olmak üzere önceden tanımlanmış yüzlerce nöro görüntüleme çözümüne erişimini sağlar.

LONI Pipeline'ın diğer ayrılmaz özellikleri şunlardır:

  • Dağıtılmış istemci-sunucu ve platformdan bağımsız bilgi işlem altyapısı
  • Güvenilir, eşzamansız ve güvenli veri işleme
  • Otomatik ve akıllı veri formatı dönüşümü
  • Yerel ve uzak dosya tarayıcısı
  • Görüntüleme ve meta veri işleme modülleri
  • Koşullu ve yinelenen modüller
  • Ayrıntılı bir parametre dönüştürme sistemi
  • Pipeline Web Start aracılığıyla web tarayıcısından istemciyi başlatın

Geliştiriciler

Mevcut:

  • Samuel Hobel

Geçmiş:

  • Denis Trotckii
  • David Rex
  • Michael Pan
  • Celia Cheung
  • Kamen Lozev
  • Jia-Wei Tam
  • Zhizhong Liu
  • Wei Yan
  • Petros Petrosyan
  • Arash Payan
  • Ivo Dinov

Ayrıca bakınız

Referanslar

  1. ^ Rex, D. E., Ma, J.Q. ve Toga, A.W. (2003). "LONI Boru Hattı İşleme Ortamı." Neuroimage, 19 (3), 1033-48.
  2. ^ Rex, D.E., Shattuck, D.W., Woods, R.P., Narr, K. L., Luders, E., Rehm, K., Stolzner, S. E., Rottenberg, D. E., ve Toga, A.W. (2004). "MRI'da beyin ekstraksiyonu için bir meta-algoritma." NeuroImage, 23 (2), 625–637
  3. ^ Dinov ID, Lozev K, Petrosyan P, Liu Z, Eggert P, Pierce, J, Zamanyan, A, Chakrapani, S, Van Horn, JD, Parker, DS, Magsipoc, R, Leung, K, Gutman, B, Woods, RP, Toga, AW. (2010). "Nörogörüntüleme Çalışması Tasarımları, Hesaplamalı Analizler ve LONI Pipeline Kullanarak Veri Kaynağı." PLoS ONE 5 (9): e13070. doi:10.1371 / journal.pone.0013070.
  4. ^ Torri, F., Dinov, ID, Zamanyan, A, Hobel, S, Genco, A, Petrosyan, P, Clark, AP, Liu, Z, Eggert, P, Pierce, J, Knowles, JA, Ames, J, Kesselman , C, Toga, AW, Potkin, SG, Vawter, MP, Macciardi, F. (2012) Grafik Ardışık Düzen İş Akışlarını Kullanarak Yeni Nesil Dizi Analizi ve Hesaplamalı Genomikler, Genler, 3 (3): 545-575; doi: 10.3390 / genes3030545.
  5. ^ Woo MS, Dinov, ID, Hobel, S, Zamanyan, A, Choi, YC, Thompson, PM, Toga, AW ve Alzheimer Hastalığı Nörogörüntüleme Girişimi (ADNI) (2015) LONI Kullanan Erken Başlangıçlı Alzheimer Hastalığı Konularında Yapısal Beyin Değişiklikleri Boru Hattı Ortamı. Journal of Neuroimaging., Baskıda. DOI: 10.1111 / jon.12252
  6. ^ Toga, WA, Dinov, Kimlik. (2015) Büyük biyomedikal verileri paylaşmak. Büyük Veri Dergisi, 2 (7): 1-12. DOI: 10.1186 / s40537-015-0016-1.

Dış bağlantılar