Moleküler tasarım yazılımı - Molecular design software

Moleküler tasarım yazılımı dikkate değer bir yazılımdır moleküler modelleme geliştirme için özel destek sağlayan moleküler modeller de novo.

Olağan moleküler modelleme programlarının aksine, örneğin moleküler dinamik ve kuantum kimyası, böyle bir yazılım direkt olarak aşağıdakiler dahil olmak üzere moleküler modellerin oluşturulmasıyla ilgili yönleri destekler:

Moleküler grafikler
etkileşimli moleküler çizim ve konformasyonel düzenleme
polimerik moleküller, kristaller oluşturmak ve çözülmüş sistemler
kısmi masraflar gelişme
geometri optimizasyonu
farklı yönleri için destek güç alanı gelişme

Moleküler tasarımın ana yönlerini kapsayan yazılımın karşılaştırılması

3B - moleküler grafikler
Fare - fare ile molekül çizimi
Poli - polimer yapı
DNA - nükleik asit oluşumu
Pept - peptid oluşturma
Cryst - kristal yapı
Solv - solvent ilavesi
Q - kısmi masraflar
Dock - yerleştirme
Min - optimizasyon
MM - moleküler mekanik
QM - Kuantum mekaniği
FF - kuvvet alanı gelişimini destekler
QSAR - 2D, 3D ve grup QSAR
FBLD - Fragman Bazlı Ligand Tasarımı
FE - Serbest Enerji yaklaşımları
SN - Uzay Navigasyonu

	3 boyutlu	Fare	Poli	DNA	Pept	Kristal	Solv	Q	Rıhtım	Min	MM	QM	FF	QSAR	FBLD	FE	İnternet sitesi	Yorumlar
Abalone	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Hayır	Evet	Evet	Evet	Evet	Hayır			biomolecular-modeling.com	Biyomoleküler grafik ortamı: makromolekül oluşturucular, GPU hızlandırmalı MD
KEHRİBAR	Hayır	Hayır	Hayır	Evet	Evet	Hayır	Hayır	Evet	Hayır	Evet	Evet	Hayır	Evet	Hayır		Evet	ambermd.org	Klasik moleküler modelleme programı
Ascalaph Tasarımcısı	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Hayır	Evet	Evet	Evet	Evet	Hayır			Çevik Molekül	Ortak moleküler modelleme paketi
PATRON	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Evet	Hayır	Evet	Evet	Evet	Evet	Hayır			Yale Üniversitesi	OPLS mucit
Keşif Stüdyosu	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet			Dassault Systèmes BIOVIA	Hem küçük hem de makro moleküler sistemler için molekül modelleme ortamı
RIHTIM	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Evet	Evet	Evet	Evet	Hayır	Hayır	Hayır			Kaliforniya Üniversitesi	DOCK algoritması
Ateşböceği (PC OYUNU)	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Evet	Hayır	Evet	Hayır	Evet	Evet	Hayır			Moskova Devlet Üniversitesi	Ab initio ve DFT hesaplamalı kimya programı
FoldX	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Evet	Hayır	Evet	Evet	Hayır	Evet	Hayır			CRG	Enerji hesaplamaları ve protein tasarımı için bir kuvvet alanı
Potansiyel Müşteri Bulucu	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Evet	Evet	Hayır	Evet	Hayır	Hayır	Hayır			MolTech	Moleküler yerleştirme paketi
Materials Studio	Evet	Evet	Evet	Hayır	Hayır	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Hayır			Dassault Systèmes BIOVIA	Yazılım ortamı
Moleküler Çalışma Ortamı (MOE)	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet		Kimyasal Hesaplama Grubu	Uygulama özelleştirmesini ve geliştirilmesini sağlamak için Scientific Vector Language ile programlanmış moleküler modelleme / ilaç keşif uygulamaları platformu
Rosetta (RosettaCommons)	Hayır	Hayır	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Hayır	Evet	Hayır			RosettaCommons	Makromolekül modelleme için bir paket. Protein yapılarının modellenmesi ve analizi için algoritmalar. De novo protein tasarımı, enzim tasarımı, ligand yerleştirme, yapı tahmininde önemli gelişmeler
SAMSON	Evet	Evet	Hayır	Hayır	Hayır	Evet	Hayır	Hayır	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Hayır			SAMSON Connect	Hesaplamalı nanobilim (yaşam bilimleri, malzemeler vb.); modüler mimari, modüller Öğeler olarak adlandırılır; Bedava
Scigress	Evet	Evet	Evet	Hayır	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet	Evet			Fujitsu	Genel amaçlı moleküler modelleme paketi
Spartalı	Evet	Evet	Hayır	Evet	Evet	Hayır	Evet	Evet	Hayır	Evet	Evet	Evet	Hayır	Hayır			Dalga fonksiyonu	Moleküler mekanik ve kuantum kimya motorlu moleküler modelleme aracı
Tamircilik	Hayır	Hayır	Hayır	Hayır	Evet	Hayır	Hayır	Evet	Hayır	Evet	Evet	Hayır	Hayır	Hayır			Washington Üniversitesi	Protein tasarımı için araçlar; ücretsiz yazılım
Winmostar	Evet	Evet	Evet	Hayır	Hayır	Evet	Evet	Evet	Hayır	Evet	Evet	Evet	Evet	Hayır			X-Yeteneği	Malzeme bilimi için moleküler modelleme ve görselleştirme programı

Notlar ve referanslar

Ayrıca bakınız

Dış bağlantılar

moleküler tasarım IUPAC terim tanımı.
Bilgisayar Destekli Moleküler Tasarım Dergisi
Moleküler Modelleme kaynakları
Malzeme modelleme ve bilgisayar simülasyon kodları
Click2Drug.org İn silico (bilgisayar destekli) ilaç tasarım araçları rehberi.
Kimyasal Bilgi ve Modelleme Dergisi
Hesaplamalı Kimya Dergisi