Monte Carlo moleküler modelleme - Monte Carlo molecular modeling
Monte Carlo moleküler modelleme uygulaması Monte Carlo yöntemleri moleküler problemlere. Bu sorunlar aynı zamanda moleküler dinamik yöntem. Aradaki fark, bu yaklaşımın denge istatistiksel mekanik moleküler dinamiklerden ziyade. Bir sistemin dinamiklerini yeniden üretmeye çalışmak yerine, uygun durumlara göre durumlar üretir. Boltzmann dağılımı Boltzmann olasılıkları. Bu nedenle, uygulama Metropolis Monte Carlo simülasyonu moleküler sistemlere. Bu nedenle, aynı zamanda daha genel bir alt kümesidir. İstatistik fizikte Monte Carlo yöntemi.
Bir Markov zinciri belirlemek için prosedür yeni durum önceki sistemden bir sistem için. Stokastik doğasına göre, bu yeni durum rastgele kabul edilir. Her deneme genellikle asa sayılır hareket. Dinamiklerden kaçınmak, yöntemi yalnızca statik büyüklüklerin çalışmalarıyla sınırlandırır, ancak hareketleri seçme özgürlüğü yöntemi çok esnek kılar. Bu hamleler yalnızca temel bir koşulu karşılamalıdır:denge dengenin doğru bir şekilde tanımlanması için, ancak detaylı denge, daha güçlü bir koşul, genellikle yeni algoritmalar tasarlanırken uygulanır. Ek bir avantaj, bazı sistemlerin Ising modeli dinamik bir tanımdan yoksundur ve yalnızca bir enerji reçetesiyle tanımlanır; bunlar için Monte Carlo yaklaşımı tek uygulanabilir yaklaşımdır.
Bu yöntemin istatistiksel mekanikteki büyük başarısı, yöntemi gibi çeşitli genellemelere yol açmıştır. benzetimli tavlama optimizasyon için, burada hayali bir sıcaklığın tanıtıldığı ve ardından kademeli olarak düşürüldüğü.
Metropolis Monte Carlo yönteminin moleküler simülasyonlarda kullanımı için özel olarak bir dizi yazılım paketi geliştirilmiştir. Bunlar şunları içerir:
Ayrıca bakınız
- Kuantum Monte Carlo
- İstatistik fizikte Monte Carlo yöntemi
- Monte Carlo moleküler modelleme için yazılım listesi
- Moleküler mekanik modelleme yazılımı
- Tahvil dalgalanma modeli
Dış bağlantılar
Referanslar
- ^ BOSS & MCPro Dağıtımı
- ^ BOSS & MCPro Dağıtımı
- ^ Sire web sitesi Arşivlendi 2016-04-15 de Wayback Makinesi
- ^ ProtoMS web sitesi
- ^ "Faunus Mk2". Faunus. Alındı 2020-07-23.
- Allen, M.P. & Tildesley, D.J. (1987). Sıvıların Bilgisayar Simülasyonu. Oxford University Press. ISBN 0-19-855645-4.
- Frenkel, D. ve Smit, B. (2001). Moleküler Simülasyonu Anlamak. Akademik Basın. ISBN 0-12-267351-4.
- Binder, K. & Heermann, D.W. (2002). İstatistiksel Fizikte Monte Carlo Simülasyonu. Giriş (4. baskı). Springer. ISBN 3-540-43221-3.