Komşu ağı - Neighbor-net
 | Bu makale çoğu okuyucunun anlayamayacağı kadar teknik olabilir. Lütfen geliştirmeye yardım et -e uzman olmayanlar için anlaşılır hale getirinteknik detayları kaldırmadan. (Aralık 2019) (Bu şablon mesajını nasıl ve ne zaman kaldıracağınızı öğrenin) |
Komşu ağına bir örnek filogenetik ağ tarafından oluşturuldu Bölünmüş ağaç v4.6.
NeighborNet[1] inşa etmek için bir algoritmadır filogenetik ağlar genel olarak temel alınan komşu katılıyor algoritması. Komşunun katılması gibi, yöntem bir mesafe matrisi girdi olarak ve kümeleri toplayarak çalışır. Bununla birlikte, NeighborNet algoritması, üst üste binen ve bir hiyerarşi ve bir tür filogenetik ağ kullanılarak temsil edilir. grafiği böler. Mesafe matrisi, Kalmanson kombinatoryal koşullar daha sonra Neighbor-net, karşılık gelen dairesel sıralamayı döndürür.[2][3] Yöntem, Bölünmüş ağaç ve R / Phangorn[4][5] paketleri.
Neighbor-net uygulamasının örnekleri virolojide bulunabilir,[6] bahçecilik[7] dinozor genetiği,[8] karşılaştırmalı dilbilim ve arkeoloji.[9]
Referanslar
- ^ Bryant D, Moulton V (Şubat 2004). "Komşu-ağ: filogenetik ağların inşası için kümeleşen bir yöntem". Moleküler Biyoloji ve Evrim. 21 (2): 255–65. doi:10.1093 / molbev / msh018. PMID 14660700.
- ^ Bryant D, Moulton V, Spillner A (Haziran 2007). "Komşu ağ algoritmasının tutarlılığı". Moleküler Biyoloji Algoritmaları. 2: 8. doi:10.1186/1748-7188-2-8. PMC 1948893. PMID 17597551.
- ^ Levy D, Pachter L (Ağustos 2011). "Komşu ağ algoritması". Uygulamalı Matematikteki Gelişmeler. 47 (2): 240–58. doi:10.1016 / j.aam.2010.09.002.
- ^ Schliep KP (Şubat 2011). "phangorn: R'de filogenetik analiz". Biyoinformatik. 27 (4): 592–3. doi:10.1093 / biyoinformatik / btq706. PMC 3035803. PMID 21169378.
- ^ Schliep K, Potts AA, Morrison DA, Grimm GW (2017). "Filogenetik ağaçların ve ağların iç içe geçmesi". Ekoloji ve Evrimde Yöntemler. 8 (10): 1212–1220. doi:10.1111 / 2041-210X.12760.
- ^ Schmidt-Chanasit J, Bialonski A, Heinemann P, Ulrich RG, Günther S, Rabenau HF, Doerr HW (Mart 2009). "Almanya'da herpes simpleks virüsü tip 1'in 10 yıllık bir moleküler araştırması, stabil ve yüksek bir genotip A ve B prevalansını göstermektedir". Klinik Viroloji Dergisi. 44 (3): 235–7. doi:10.1016 / j.jcv.2008.12.016. PMID 19186100.
- ^ Kilian B, Özkan H, Deusch O, Effgen S, Brandolini A, Kohl J, vd. (Ocak 2007). "Aegilops progenitör haplotiplerini aşan bağımsız buğday B ve G genom kökenleri". Moleküler Biyoloji ve Evrim. 24 (1): 217–27. doi:10.1093 / molbev / msl151. PMID 17053048.
- ^ Buckley M, Walker A, Ho SY, Yang Y, Smith C, Ashton P, ve diğerleri. (Ocak 2008). Mastodon ve Tyrannosaurus rex'ten elde edilen protein dizilerinin kütle spektrometresiyle ortaya çıkan "yorumu""". Bilim. 319 (5859): 33, yazar yanıtı 33. Bibcode:2008Sci ... 319 ... 33B. doi:10.1126 / science.1147046. PMC 2694913. PMID 18174420.
- ^ Shennan S (200). Kültürel evrimde model ve süreç. California Üniversitesi Yayınları.
  | Biyoinformatik ile ilgili bu makale bir Taslak. Wikipedia'ya şu yolla yardım edebilirsiniz: genişletmek. |