Dünya İçin Besleyici Pirinç - Nutritious Rice for the World

Bu makale çok güveniyor Referanslar -e birincil kaynaklar. Lütfen ekleyerek bunu geliştirin ikincil veya üçüncül kaynaklar. (Temmuz 2008) (Bu şablon mesajını nasıl ve ne zaman kaldıracağınızı öğrenin)

Dünya İçin Besleyici Pirinç^[2] bir World Community Grid alanında araştırma projesi tarım bilimi Samudrala Hesaplamalı Biyoloji Araştırma Grubu liderliğinde^[1] -de Washington Üniversitesi. 12 Mayıs 2008'de piyasaya sürüldü.^[3][4] Bu projenin amacı, projenin yapısını tahmin etmektir. proteinler büyük suşlar pirincin. Amaç çiftçilere yardım etmektir doğurmak daha yüksek olan daha iyi pirinç türleri Ekin verimleri, daha büyük tanıt hastalık ve haşere direnç ve tam kapsamlı biyolojik olarak kullanılabilir besinler bu, dünyanın dört bir yanındaki insanlara, özellikle de yetersiz beslenme kritik bir endişedir.

Belirlenmesi proteinlerin yapısı son derece zor ve pahalı bir süreçtir. Bir proteinin yapısını karşılık gelen protein yapısından hesaplamalı olarak tahmin etmek mümkün olsa da DNA dizisi pirinçte bulunan binlerce farklı protein vardır. Bu, tek bir bilgisayarın makul bir zaman çerçevesi içinde çözemeyeceği bir hesaplama zorluğu sunar.^[5]

Bir kez bütün pirinç genetik şifre sıralandı, çaba tanımlamaya kaydırıldı genler artan verim, hastalık direnci ve besin değeri ile ilgili olanlar. Bu sorun daha da zorlaştı çünkü çok az tahıl bitkisi dizildi ve bu nedenle pirinç genlerinin çoğu, bilinen işleve sahip herhangi bir gene benzemiyor. Washington Üniversitesi'ndeki Hesaplamalı Biyoloji Araştırma Grubu, Protinfo'yu geliştirdi^[6] maliyet ve zamanın çok altında protein yapıları üretebilen yazılım.

Protinfo oluşturmak için kullanılıyor üç boyutlu modeller on binlerce pirinç proteininden. Bu modeller daha sonra her bir proteinin işlevini tahmin etmek ve onu kodlayan genin rolünü anlamak için kullanılır. Modeller ve bunların incelenmesinden kaynaklanan herhangi bir analiz Bioverse'de yer alacaktır. veri tabanı ve Web sunucusu, proteinler ve DNA gibi molekülleri bir ile ilişkilendirmek için kapsamlı bir çerçeve olan organizma yolları ve sistemleri.

Gönüllülerin World Community Grid'deki bilgisayarları, pirinç genomu tarafından kodlanan ve yapısı güvenilir bir şekilde tahmin edilebilen tüm proteinlerin modellerini oluşturmak için Protinfo yazılımını çalıştıracak. En iyilerini seçmek için bu modeller analiz edilecektir. Ortaya çıkan yapılardan, tahmin araçları her bir proteinin işlevini ve onu kodlayan genin rolünü belirleyecektir. Protinfo'nun gücünü kullanan World Community Grid, başlangıçta 10.000'den fazla geni inceleyecek ve gen başına 100.000 model üretecek.

Sonunda, 30.000 ila 60.000 proteinin yapıları incelenecektir.^[7] Hesaplamalı Biyoloji Araştırma Grubundaki 320 CPU kümesinde bir milyar model üretmenin tamamlanması yaklaşık 30 yıl sürmesi bekleniyordu; Bununla birlikte, World Community Grid'i kullanmak 167'de sadece iki yıl sürdü TFLOPS.^[8] Dağıtılmış hesaplama işlevi Nisan 2010'da askıya alındı ​​ve sonuçların kurum içi analizi devam ediyor. İleriki aşamalar için finansman sağlandığında DC işlevi devam edecektir.

Ortaya çıkan bilgi tabanı, umarım iyileştirilmiş melezler daha yüksek verim, daha fazla hastalık ve zararlı direnci ve biyoyararlanabilen tam bir besin yelpazesine sahip pirinç türleri. Bu bilgi, buğday ve mısır gibi diğer gıda mahsullerine de genişletilebilir.^[9]

sistem gereksinimleri

Proje minimum sistem gereksinimleri^[10] proje için hesaplamalar yapan bilgisayarın uyması gerekenler:

• En az 128 MB Veri deposu (ile sanal bellek etkinleştirildi)
• 200 MB Sabit disk sürücüsü en az 50 MB kullanılabilir
• 8- görüntüleme yeteneğibit 640x480'de grafikler çözüm
• Minimum 28 internet bağlantısıkbit / sn hız
• İşletim sistemi: Windows 98, BEN Mİ, 2000, XP, Vista, Linux veya Mac OS X kullanarak Intel veya PowerPC işlemci

Ayrıca bakınız

• Şebeke bilişim
• World Community Grid
• Monte Carlo yöntemi

Referanslar