PDBbind veritabanı - PDBbind database

PDBbind veritabanı deneysel olarak ölçülen kapsamlı bir koleksiyondur Bağlanma afinitesi veri (Kd, Ki, ve IC50 ) içinde biriken protein-ligand kompleksleri için Protein Veri Bankası (PDB).^[1]^[2] Böylelikle protein-ligand komplekslerinin enerjik ve yapısal bilgileri arasında bir bağlantı sağlar ve biyolojik sistemlerde meydana gelen moleküler tanıma üzerine çeşitli çalışmalar için büyük değer taşır.

Tarih

PDBbind veritabanının amacı, Protein Veri Bankasında (PDB) depolanan tüm biyomoleküler kompleks türleri için deneysel olarak ölçülen bağlanma afinite verilerinin kapsamlı bir koleksiyonunu sağlamaktır. Böylelikle, biyolojik sistemlerde meydana gelen moleküler tanıma üzerine çeşitli çalışmalar için kullanılabilen bu komplekslerin enerjik ve yapısal bilgileri arasında bir bağlantı sağlar.

PDBbind veritabanı ilk olarak Mayıs 2004'te halka yayınlandı. Veritabanına şu anda PDBbind-CN sitesinden erişilebiliyor. http://www.pdbbind.org.cn/ ve http://www.pdbbind-cn.org/, Prof. Renxiao Wang'ın Çin'deki Şangay Organik Kimya Enstitüsü'ndeki grubu tarafından sürdürülürken, orijinal PDBbind sitesi Prof. Shaomeng Wang'ın grubu tarafından Michigan üniversitesi ABD'de artık sunulmamaktadır.

Mevcut sürüm

PDBbind veritabanı, Protein Veri Bankasının büyümesine ayak uydurmak için yıllık olarak güncellenir. Mevcut sürüm, yani 2014 versiyonu,^[3]^[4]^[5] 1 Ocak 2014'te yayınlanan Protein Veri Bankası içeriğine dayanmaktadır.

Bu sürüm iki temel bilgi türü sağlar:

Protein-küçük molekül ligand, protein-protein, protein-nükleik asit ve nükleik asit-küçük molekül ligand arasında oluşan ~ 13000 kompleks yapıların temel bilgileri. Kullanıcı bu karmaşık yapıları çevrimiçi olarak görüntüleyebilir ve inceleyebilir. Kullanıcı, bu komplekslerde bulunan ligand moleküllerinin kimyasal yapılarını da araştırabilir.
Protein-ligand (10656), nükleik asit-ligand (87), protein-nükleik asit (660) ve protein-protein kompleksleri (1592) dahil olmak üzere toplam 12.995 biyomoleküler kompleks için bağlanma afinite verileri ve yapısal bilgiler şimdiye kadar bu türden en büyük koleksiyon. 2014 sürümüne dahil edilen bağlayıcı veriler, 2013 sürümüne kıyasla% 20 artmıştır. Tüm bu veriler PDBbind ekibi tarafından 28.000'den fazla orijinal referanstan toplanmıştır. Hepsi, Protein Veri Bankasındaki karmaşık yapılarla eşleştiğinden emin olmak için iki kez kontrol edildi. Ayrıca, bir "rafine küme" ve bir "çekirdek küme", yerleştirme / puanlama çalışmaları için protein-ligand komplekslerinin yüksek kaliteli veri kümeleri olarak derlenir.

Ulaşılabilirlik

PDBbind'deki her bir kompleksin temel bilgileri taramaya tamamen açıktır. Bununla birlikte, kullanıcıların, bu web sitesinde sağlanan tüm işlevleri kullanmak veya PDBbind içeriğini indirmek için bir lisans sözleşmesi kapsamında erişim için kayıt yaptırmaları gerekir. Kayıt, tüm akademik ve endüstriyel kullanıcılar için ücretsizdir.

Referanslar

^ Wang R, Fang X, Lu Y, Yang CY, Wang S (2005). "PDBbind veritabanı: metodolojiler ve güncellemeler". J. Med. Kimya. 48 (12): 4111–9. doi:10.1021 / jm048957q. PMID 15943484.
^ Wang R, Fang X, Lu Y, Wang S (2004). "PDBbind veritabanı: bilinen üç boyutlu yapılara sahip protein-ligand kompleksleri için bağlanma afinitelerinin toplanması". J. Med. Kimya. 47 (12): 2977–80. doi:10.1021 / jm030580l. PMID 15163179.
^ Li Y .; Liu Z.H .; Li J .; Han L .; Liu J .; Zhao Z.X .; Wang R.X. (2014). "Güncellenmiş Bir Kıyaslama Üzerinde Puanlama İşlevlerinin Karşılaştırmalı Değerlendirmesi: I. Test Setinin Derlenmesi". J. Chem. Inf. Modeli. 54 (6): 1700–1716. doi:10.1021 / ci500080q. PMID 24716849.
^ Li Y .; Han L .; Liu Z.H .; Wang R.X. (2014). "Güncellenmiş Bir Kıyaslamada Puanlama Fonksiyonlarının Karşılaştırmalı Değerlendirmesi: II. Değerlendirme Yöntemleri ve Genel Sonuçlar". J. Chem. Inf. Modeli. 54 (6): 1717–1736. doi:10.1021 / ci500081m. PMID 24708446.
^ Zhihai Liu; Yan Li; Li Han; Jie Li; Jie Liu; Zhixiong Zhao; Wei Nie; Yuchen Liu ve Renxiao Wang (2014). "PDB çapında bağlama verileri toplama: PDBbind veritabanının mevcut durumu". Biyoinformatik. 31 (3): 405–12. doi:10.1093 / biyoinformatik / btu626. PMID 25301850.

Dış bağlantılar

PDBbind-CN sunucusunun en son alan adı:

[pmid15943484-1] Wang R, Fang X, Lu Y, Yang CY, Wang S (2005). "PDBbind veritabanı: metodolojiler ve güncellemeler". J. Med. Kimya. 48 (12): 4111–9. doi:10.1021 / jm048957q. PMID 15943484.

[pmid15163179-2] Wang R, Fang X, Lu Y, Wang S (2004). "PDBbind veritabanı: bilinen üç boyutlu yapılara sahip protein-ligand kompleksleri için bağlanma afinitelerinin toplanması". J. Med. Kimya. 47 (12): 2977–80. doi:10.1021 / jm030580l. PMID 15163179.

[3] Li Y .; Liu Z.H .; Li J .; Han L .; Liu J .; Zhao Z.X .; Wang R.X. (2014). "Güncellenmiş Bir Kıyaslama Üzerinde Puanlama İşlevlerinin Karşılaştırmalı Değerlendirmesi: I. Test Setinin Derlenmesi". J. Chem. Inf. Modeli. 54 (6): 1700–1716. doi:10.1021 / ci500080q. PMID 24716849.

[4] Li Y .; Han L .; Liu Z.H .; Wang R.X. (2014). "Güncellenmiş Bir Kıyaslamada Puanlama Fonksiyonlarının Karşılaştırmalı Değerlendirmesi: II. Değerlendirme Yöntemleri ve Genel Sonuçlar". J. Chem. Inf. Modeli. 54 (6): 1717–1736. doi:10.1021 / ci500081m. PMID 24708446.

[5] Zhihai Liu; Yan Li; Li Han; Jie Li; Jie Liu; Zhixiong Zhao; Wei Nie; Yuchen Liu ve Renxiao Wang (2014). "PDB çapında bağlama verileri toplama: PDBbind veritabanının mevcut durumu". Biyoinformatik. 31 (3): 405–12. doi:10.1093 / biyoinformatik / btu626. PMID 25301850.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]