Pan-Kanser Analizi - Pan-Cancer Analysis

Pan-Kanser Analizi çeşitli alanlarda bulunan genomik ve hücresel değişiklikler arasındaki benzerlikleri ve farklılıkları incelemeyi amaçlamaktadır. tümör türleri.[1][2] Uluslararası çabalar, pan-kanser analizi gerçekleştirmiştir. Ekzomlar ve genel olarak genomlar kodlamayan bölgeler de dahil olmak üzere kanserlerin oranı. Kanser Genom Atlası (TCGA) Araştırma Ağı, 2018'de kullanıldı ekzom, transkriptom ve DNA metilom Tümör türleri arasında ortak özellikler, farklılıklar ve ortaya çıkan temaların entegre bir resmini geliştirmek için veriler [bkz. http://www.nature.com/tcga/ TCGA Pan-Kanser Analizi].

2020 yılında Tüm Genomların ICGC / TCGA Pan-Kanser Analizi (PCAWG) proje, tüm kanser genomlarını ve 38 tümör türünden transkriptomik verileri analiz eden 23 makale yayınladı [1]. Projenin kapsamlı bir özeti, amiral gemisi belgesinde sunulmaktadır.[3]

RNA Bağlayıcı Proteinlerin Pan-Kanser analizi[4] İnsan Kanserlerinde ayrıca 15 kanser türünde ∼7.000 klinik örnekte 1.542 RBP'nin ekspresyonunu, somatik kopya sayısı değişikliğini (SCNA) ve mutasyon profillerini keşfetmek için inşa edildi. RNA Bağlayıcı proteinlerin pan-kanser analizi, fonksiyonel deneyler kullanılarak kolorektal ve karaciğer kanseri hücre hatlarında altı RBP'nin (NSUN6, ZC3H13, BYSL, ELAC1, RBMS3 ve ZGPAT) onkojenik özelliğini ortaya çıkardı.

Çeşitli çalışmalar, tüm tümör türlerinde genomik değişiklikler (kısa nükleotid varyantları veya büyük kopya sayısı varyantları olarak tasarlanmıştır) ile gen ekspresyonu arasında nedensel, öngörülebilir bir bağlantı olduğunu kanıtlamıştır. Genomik durum ile transkriptomik nicel veriler arasındaki bu pan-kanser ilişkisi genellikle geçerlidir ve tek başına gen ekspresyon profillerinden belirli bir genomik değişikliğin varlığını tahmin etmek için makine öğrenimi yaklaşımlarının temeli olarak kullanılabilir.[5]


Kaynaklar ve Veritabanları

TCGA çalışmalarından elde edilen tüm veriler ABD Ulusal Kanser Enstitüsü TARGET Data Matrix ve ProteinPaint web portalında mevcuttur.[6].

Son günlerde, Pan-Cancer kaynakları[7] Networks Of için oluşturuldu lncRNA'lar, mikroRNA'lar, CeRNA'lar ve RNA Bağlayıcı Proteinler (RBP'ler).

ICGC / TCGA PCAWG projesinden yaklaşık 800 Terabaytlık veri, aşağıdakiler de dahil olmak üzere çeşitli portallar ve havuzlar aracılığıyla kullanıma sunulmuştur. Ontario Kanser Araştırma Enstitüsü, Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı 's Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü, ve Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi (anahtar halka açık portallar şu adreste listelenmiştir: http://www.nature.com/collections/PCAWG ).

Pan-Kanser Çalışmaları

Pan-Cancer çalışmaları, iletken genleri tam olarak konumlandırmayı ve aynı zamanda tekrarlayan genomik olayları veya farklı türler arasındaki sapmaları hedefler. tümörler. Bu çalışmalar için, veriler üzerinde çalışmak ve sonuçları sunmak için farklı araştırmacı grupları arasında kriterler oluşturan çoklu platformlar arasında verilerin standartlaştırılması gereklidir. Omik veriler, binlerce molekülün kısa bir sürede tek bir deneyde tanımlanmasına ve ölçülmesine izin verir. Genomik ne olduğu hakkında bilgi verir, yani bir şeyin meydana gelme potansiyeli, proteomik neler olduğunu ve metabolomik ne olduğunu. genler Olası bir şey olabileceğine dair bilgiler içerir. proteinler Şu anda çalışılan bir dokuda ne olduğu hakkında bilgi verin, işlevleri uygulayanlar mı ve metabolitler proteinlerin işlevlerinin bir sonucu olarak ortaya çıkar. Hepsinin birleşimi biyoloji sistemleri hakkında bilgi verir.


Dış bağlantılar

Referanslar:

  1. ^ Kanser Genom Atlası Araştırması, Ağ; Weinstein, JN; Collisson, EA; Mills, GB; Shaw, KR; Ozenberger, BA; Ellrott, K; Shmulevich, I; Sander, C; Stuart, JM (Ekim 2013). "Kanser Genom Atlası Pan-Kanser analiz projesi". Doğa Genetiği. 45 (10): 1113–20. doi:10.1038 / ng.2764. PMC  3919969. PMID  24071849.
  2. ^ Omberg, L; Ellrott, K; Yuan, Y; Kandoth, C; Wong, C; Kellen, MR; Arkadaş, SH; Stuart, J; Liang, H; Margolin, AA (Ekim 2013). "Kanser Genom Atlası içindeki 12 tümör türünün şeffaf ve işbirliğine dayalı hesaplamalı analizini sağlama". Doğa Genetiği. 45 (10): 1121–6. doi:10.1038 / ng.2761. PMC  3950337. PMID  24071850.
  3. ^ The ICGC / TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium (5 Şubat 2020). "Tüm genomların pan-kanser analizi". Doğa. 578 (7793): 82–93. doi:10.1038 / s41586-020-1969-6. PMC  7025898. PMID  32025007.
  4. ^ Wang, ZL; Li, B; Luo, YX; Lin, Q; Liu, SR; Zhang, XQ; Zhou, H; Yang, JH; Qu, LH (2 Ocak 2018). "İnsan Kanserlerinde RNA Bağlayıcı Proteinlerin Kapsamlı Genomik Karakterizasyonu". Hücre Raporları. 22 (1): 286–298. doi:10.1016 / j.celrep.2017.12.035. PMID  29298429.
  5. ^ Mercatelli, Daniele; Ray, Orman; Giorgi, Federico M. (2019). "Gen İfadesi Yoluyla Genomik Değişikliklerin Pan-Kanseri ve Tek Hücreli Modellemesi". Genetikte Sınırlar. 10: 671. doi:10.3389 / fgene.2019.00671. ISSN  1664-8021. PMC  6657420. PMID  31379928.
  6. ^ "ProteinPaint kullanarak pediatrik kanserde genomik değişikliği keşfetmek". Nature Genetics.
  7. ^ Li, JH; Liu, S; Zhou, H; Qu, LH; Yang, JH (Ocak 2014). "starBase v2.0: büyük ölçekli CLIP-Seq verilerinden miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA ve protein-RNA etkileşim ağlarının kodunu çözme". Nükleik Asit Araştırması. 42 (Veritabanı sorunu): D92-7. doi:10.1093 / nar / gkt1248. PMC  3964941. PMID  24297251.