Phycobiliprotein - Phycobiliprotein
 | Bu makale için ek alıntılara ihtiyaç var doğrulama. (Aralık 2009) (Bu şablon mesajını nasıl ve ne zaman kaldıracağınızı öğrenin) |
Fikobiliproteinler suda çözünür proteinler içinde mevcut siyanobakteriler ve belirli algler (Rodofitler, kriptomonadlar, glokokistofitler ) ışık enerjisini yakalayan ve daha sonra klorofiller sırasında fotosentez. Fikobiliproteinler, proteinler ve proteinler arasında bir kompleksten oluşur. kovalent olarak ciltli fikobilinler gibi davranmak kromoforlar (ışık yakalama kısmı). En önemli bileşenleridir. fikobilizomlar.
Başlıca fikobiliproteinler
| Phycobiliprotein | MW (kDa ) | Ör (nm) / Em (nm) | Kuantum verimi | Molar Tükenme Katsayısı (M−1santimetre−1) | Yorum Yap | Resim |
|---|---|---|---|---|---|---|
| R-Fikoeritrin (R-PE) | 240 | 498,546,566 nm / 576 nm | 0,84 | 1.53 106 | Kr / Ar lazer ile heyecanlanabilir R-Phycoerythrin için Uygulamalar Özellikle R-fikoeritrin için birçok uygulama ve araç geliştirilmiştir. FACS, akış sitometrisi, multimer / tetramer uygulamaları gibi immunoassaylerde yaygın olarak kullanılır. Yapısal Özellikler R-fikoeritrin ayrıca bazı kırmızı algler tarafından üretilir. Protein, en az üç farklı alt birimden oluşur ve onu üreten alg türlerine göre değişir. En yaygın R-PE'nin alt birim yapısı (αβ)6γ. Α alt biriminde iki fikoeritrobilin (PEB) vardır, β alt biriminde 2 veya 3 PEB ve bir phycourobilin (PUB) bulunurken, farklı gama alt birimlerinin 3 PEB ve 2 PUB olduğu bildirilmiştir (γ1) veya 1 veya 2 PEB ve 1 PUB (γ2). |  R-fikoeritrinin kristal yapısı kırmızı yosun Gracilaria chilensis (PDB ID: 1EYX [1][2][3]) - temel oligomer (αβγ)2 (sözde asimetrik birim). Bu içerir fikosiyanobilin, biliverdine IX alfa, filozobilin, N-metil asparajin, YANİ42−. Γ zincirinin bir parçası kırmızı, ikincisi beyaz, çünkü alfa sarmalı özdeş aminoasit dizisine rağmen. |
| B-Fikoeritrin (B-PE) | 240 | 546,566 nm / 576 nm | 0,98 | (545 nm) 2,4 106 (563 deniz mili) 2,33 106 | B-Phycoerythrin için Uygulamalar Yüksek kuantum verimi nedeniyle, B-PE dünyanın en parlak floroforu olarak kabul edilir. Yaygın olarak bulunan lazerlerle uyumludur ve akış sitometrisi, Luminex® ve immünofloresan boyamada olağanüstü sonuçlar verir. B-PE ayrıca yaygın sentetik floroforlardan daha az "yapışkandır" ve bu nedenle daha az arka plan paraziti sağlar. Yapısal Özellikler B-fikoeritrin (B-PE) bazı kırmızı algler tarafından üretilir. Rodella sp. Spesifik spektral özellikler, alt birimlerinin kompozisyonunun bir sonucudur. B-PE, en az üç alt birimden ve bazen daha fazlasından oluşur. Kromofor dağılımı şu şekildedir: 2 fikoeritrobilin (PEB) içeren a alt birimi, 3 PEB'li alt birimi ve 2 PEB ve 2 fiycourobilin (PUB) içeren γ alt birimi. Kuaterner yapı (αβ) olarak rapor edilir6γ. |  B-fikoeritrinin kristal yapısı kırmızı yosun Porphyridium cruentum (PDB KİMLİĞİ: 3V57 [4][5][3]). Asimetrik birim (αβ)2 solda ve varsayılan biyolojik molekül (αβ)3. Bu içerir fikoeritrobilin, N-metil asparajin ve YANİ42−. |
| C-Fikosiyanin (TBM) | 232 | 620 nm / 642 nm | 0,81 | 1.54 106 | R-PE için floresansı kabul eder; Kırmızı floresansı Allophycocyanin'e bulaşabilir. | |
| Allofikosiyanin (APC) | 105 | 651 nm / 662 nm | 0,68 | 7.3 105 | He / Ne lazer ile heyecanlı; Sulfo-Rhodamine 101 veya herhangi bir eşdeğer florokrom ile çift etiketleme. Allophycocyanin için uygulamalar Allophycocyanin için özel olarak birçok uygulama ve alet geliştirilmiştir. Yaygın olarak akış sitometrisi ve yüksek verimli tarama gibi immünolojik testlerde kullanılır. Aynı zamanda FRET tahlilleri için ortak bir alıcı boyadır. Yapısal Özellikler Allophycocyanin, her biri molekülün biraz farklı formlarını üreten çeşitli kırmızı veya mavi-yeşil alg türlerinden izole edilebilir. Her alt birimin bir fikosiyanobilin (PCB) kromoforuna sahip olduğu iki farklı alt birimden (α ve β) oluşur. APC için alt birim yapısı (αβ) olarak belirlenmiştir.3. |  Allophycocyanin dodekamer + 12 phycocyanobilin (yeşil), Gloeobacter violaceus |
| ↑ = FluoProbes PhycoBiliProteins verileri | ||||||
Biyoteknolojideki özellikler ve uygulamalar
Phycobiliproteinler, özellikle yüksek hassasiyet veya çok renkli algılama gerektiğinde, küçük organik floroforlara kıyasla harika floresan özellikleri ortaya çıkarır:
- Geniş ve yüksek ışık emilimi birçok ışık kaynağına uyar
- Çok yoğun ışık emisyonu: Küçük organik floroforlardan 10-20 kat daha parlak
- Nispeten büyük Stokes kayması düşük arka plan verir ve çok renkli algılamalara izin verir.
- Uyarma ve emisyon spektrumları, geleneksel organik boyalarla karşılaştırıldığında örtüşmez.
- Tandem olarak kullanılabilir (aynı anda FRET ) geleneksel kromoforlarla (yani PE ve FITC veya aynı ışık kaynağına sahip APC ve SR101).
- Floresans tutma süresi daha uzundur.
- Suda çok yüksek çözünürlük
Sonuç olarak, fikobiliproteinler çok yüksek algılama hassasiyetine izin verir ve çeşitli floresan bazlı tekniklerde kullanılabilir. florimetrik mikroplaka testleri,[6] Akış Sitometrisi,[7] BALIK ve çok renkli algılama.
Referanslar
- ^ Contreras-Martel, C .; Legrand, P .; Piras, C .; Vernede, X .; et al. (2000-05-09). "2.2 angstromda R-fikoeritrinin kristal yapısı". RCSB Protein Veri Bankası (PDB). doi:10.2210 / pdb1eyx / pdb. PDB Kimliği: 1EYX. Alındı 11 Ekim 2012. Alıntı dergisi gerektirir
| günlük =(Yardım) - ^ Contreras-Martel C, Martinez-Oyanedel J, Bunster M, Legrand P, Piras C, Vernede X, Fontecilla-Camps JC (Ocak 2001). "Kristalizasyon ve 2.2 Gracilaria chilensis kaynaklı R-fikoeritrin çözünürlük yapısı: mükemmel hemihedral ikizlenme durumu". Açta Crystallographica D. 57 (Pt 1): 52–60. doi:10.1107 / S0907444900015274. PMID 11134927. PDB Kimliği: 1EYX.
- ^ a b Görüntü ile oluşturuldu RasTop (Moleküler Görselleştirme Yazılımı).
- ^ Camara-Artigas, A. (2011-12-16). "Kırmızı alglerden B-fikoeritrinin Kristal Yapısı Porphyridium cruentum pH8'de. RCSB Protein Veri Bankası (PDB). doi:10.2210 / pdb3v57 / pdb. PDB Kimliği: 3V57. Alındı 12 Ekim 2012. Alıntı dergisi gerektirir
| günlük =(Yardım) - ^ Camara-Artigas A, Bacarizo J, Andujar-Sanchez M, Ortiz-Salmeron E, Mesa-Valle C, Cuadri C, Martin-Garcia JM, Martinez-Rodriguez S, Mazzuca-Sobczuk T, Ibañez MJ, Allen JP (Ekim 2012) . "Porphyridium cruentum'dan B-fikoeritrinin pH'a bağlı yapısal konformasyonları". FEBS Dergisi. 279 (19): 3680–3691. doi:10.1111 / j.1742-4658.2012.08730.x. PMID 22863205. PDB Kimliği: 3V57.
- ^ SureLight®P-3L, diğer floroforlar ve enzimatik saptama arasındaki MicroPlate Algılama karşılaştırması Columbia Biosciences, 2010
- ^ Akış sitometrisi ile hücre dışı antijen tespiti için florokromlar olarak siyanobakteriyel stabilize fikobilizomlar Telford - J. Immun. Yöntemler, 2001