Astar uzantısı - Primer extension - Wikipedia

Bu makale çoğu okuyucunun anlayamayacağı kadar teknik olabilir. Lütfen geliştirmeye yardım et -e uzman olmayanlar için anlaşılır hale getirinteknik detayları kaldırmadan. (Ekim 2014) (Bu şablon mesajını nasıl ve ne zaman kaldıracağınızı öğrenin)

Astar uzantısına genel bakış. İlgili transkript + 1'de urasil içermektedir (testten önce bilinmemektedir). 2) 5 'uç etiketli bir primer sentezleyin ([γ32P] ATP kullanarak. 3) Primerleri ters transkriptaz ile transkriptin 5’ ucuna genişleterek cDNA oluşturun. 4) Sonuç, bir poliakrilamid jel üzerinde denatüre edilen ve ayrılan ve otoradyografi ile saptanan radyoaktif olarak etiketlenmiş genişletilmiş bir primer cDNA'dır. Tipik olarak, aynı primeri kullanan bir sıralama merdiveni de jel üzerindedir ve +1 nükleotidin (morla gösterilmiştir) hızlı bir şekilde tanımlanmasına izin verir.

Astar uzantısı bir tekniktir ki 5 'uç nın-nin RNA haritalanabilir - yani, sıralanabilir ve uygun şekilde tanımlanabilirler.

Primer uzantısı, dizisinin bilindiği transkripsiyonun başlangıç ​​bölgesini (bu yöntemle son site belirlenemez) belirlemek için kullanılabilir. Bu teknik, mRNA'nın 3 'ucuna yakın bir bölgeye tamamlayıcı olan radyo-etiketli bir primer (genellikle 20 - 50 nükleotid uzunluğunda) gerektirir. Primerin RNA'ya bağlanmasına izin verilir ve sentezlemek için ters transkriptaz kullanılır cDNA RNA'dan RNA'nın 5 'ucuna ulaşıncaya kadar. Hibridin denatüre edilmesi ve genişletilmiş primer cDNA'nın bir elektroforetik jel üzerinde bir markör olarak kullanılmasıyla, transkripsiyon başlangıç ​​sitesi. Genellikle jel üzerindeki konumu DNA dizisiyle karşılaştırılarak yapılır (örn. Sanger sıralaması ), tercihen DNA şablon ipliği üzerinde aynı primeri kullanarak. Transkripsiyonun başladığı kesin nükleotid, etiketlenmiş genişletilmiş primerin, jel üzerinde aynı migrasyon mesafesini paylaşan işaretçi nükleotid ile eşleştirilmesiyle kesin olarak belirlenebilir.

Primer uzantısı, bir nükleaz koruma deneyi (S1 nükleaz haritalama) RNA transkriptlerini ölçmek ve haritalamak için. hibridizasyon probu primer uzantısı için sentezlenmiş bir oligonükleotid iken S1 eşleme bir DNA parçasının izolasyonunu gerektirir. Her iki yöntem de bir mRNA'nın başladığı yerde bilgi sağlar ve sonuçta elde edilen otoradyograf üzerindeki transkript bandının yoğunluğu ile bir transkriptin konsantrasyonunun bir tahminini sağlar. Bununla birlikte, S1 eşlemesinden farklı olarak, primer uzantısı yalnızca bir mRNA transkriptinin 5'-ucunu bulmak için kullanılabilir çünkü tahlil için gerekli DNA sentezi ters transkriptaza dayanır (yalnızca 5 ’→ 3’ yönünde polimerleşir).

Primer uzantısı, ekleme bölgelerinden etkilenmez ve bu nedenle, araya giren ekleme yerlerinin S1 eşlemesini engellediği durumlarda tercih edilir. Son olarak, primer uzantısı S1 eşlemesinden daha doğrudur çünkü S1 nükleaz S1 haritalamada kullanılan RNA-DNA hibritinin uçlarını "kırabilir" veya tek sarmallı bölgeleri tamamen bozarak bir transkriptin daha kısa veya daha uzun görünmesine neden olabilir.

Referanslar

Bu makale şunları içerir: referans listesi, ilgili okuma veya Dış bağlantılar, ancak kaynakları belirsizliğini koruyor çünkü eksik satır içi alıntılar. Lütfen yardım edin geliştirmek bu makale tanıtım daha kesin alıntılar. (Ekim 2014) (Bu şablon mesajını nasıl ve ne zaman kaldıracağınızı öğrenin)

• https://www.nationaldiagnostics.com/electrophoresis/article/primer-extension
• Shenk, T. E., C. Rhodes, P.W.J. Rigby ve P. Berg. "Simian Virus 40 DNA'sında Küçük Delesyonların Üretilmesi için Biyokimyasal Prosedür." Ulusal Bilimler Akademisi Bildirileri 72.4 (1975): 1392-396. Yazdır.

Bu moleküler veya hücre Biyolojisi makale bir Taslak. Wikipedia'ya şu yollarla yardımcı olabilirsiniz: genişletmek.