Protein-ligand yerleştirme - Protein–ligand docking

Protein-ligand yerleştirme bir moleküler modelleme tekniği. Protein-ligand yerleştirme işleminin amacı, bir proteinin konumunu ve yönünü tahmin etmektir. ligand (küçük bir molekül) bir protein reseptör veya enzim.[1] Farmasötik araştırma, çeşitli amaçlar için yerleştirme tekniklerini kullanır, özellikle de sanal gösterim Muhtemel ilaç adaylarını seçmek için mevcut kimyasalların geniş veri tabanları.

Proteinlerle etkileşime giren küçük moleküllerin veya peptitlerin yerini, geometrisini ve enerjisini hesaplayan çeşitli protein ligand yerleştirme yazılım uygulamaları mevcuttur. AutoDock ve AutoDock Vina, rDock, FlexAID, Moleküler Çalışma Ortamı, ve Kayma.

Protein esnekliği

Hesaplama kapasitesi, bilgisayar destekli ilaç tasarımında daha sofistike ve hesaplama açısından yoğun yöntemlerin kullanılmasını mümkün kılarak, son yirmi yılda önemli ölçüde artmıştır. Ancak, kenetlenme metodolojilerinde reseptör esnekliği ile uğraşmak hala çetrefilli bir konudur.[2] Bu zorluğun arkasındaki ana sebep, bu tür hesaplamalarda dikkate alınması gereken çok sayıda serbestlik derecesidir. Bununla birlikte, çoğu durumda, ihmal edilmesi, gerçek dünya ortamlarında bağlayıcı poz tahmini açısından zayıf yerleştirme sonuçlarına yol açar.[3] Bu sorunun üstesinden gelmek için iri taneli protein modellerini kullanmak umut verici bir yaklaşım gibi görünüyor.[2] Kaba taneli modeller genellikle şu durumlarda uygulanır protein-peptid kenetlenmesi sık sık büyük ölçekli konformasyon geçişlerini içerdikleri için protein reseptör.[4]

Ayrıca bakınız

Referanslar

  1. ^ Taylor, R.D .; Jewsbury, P.J .; Essex, J.W. (2002-03-01). "Protein-küçük molekül yerleştirme yöntemlerinin bir incelemesi". Bilgisayar Destekli Moleküler Tasarım Dergisi. 16 (3): 151–166. doi:10.1023 / A: 1020155510718. ISSN  1573-4951. PMID  12363215.
  2. ^ a b Antunes, Dinler A; Devaurs, Didier; Kavraki, Lydia E (2015-09-28). "İlaç tasarımında protein esnekliğinin zorluklarını anlamak" (PDF). İlaç Keşfi Konusunda Uzman Görüşü. 10 (12): 1301–1313. doi:10.1517/17460441.2015.1094458. hdl:1911/88215. ISSN  1746-0441. PMID  26414598.
  3. ^ Cerqueira, N. M. F. S. A .; Bras, N. F .; Fernandes, P. A .; Ramos, M.J. (2009-07-10). "MADAMM: Otomatik moleküler modelleme protokolüne sahip çok aşamalı bir yerleştirme". Proteinler: Yapı, İşlev ve Biyoinformatik. 74 (1): 192–206. doi:10.1002 / prot.22146. PMID  18618708.
  4. ^ Ciemny, Maciej; Kurcinski, Mateusz; Kamel, Karol; Kolinski, Andrzej; Alam, Nawsad; Schueler-Furman, Ora; Kmiecik, Sebastian (2018/05/04). "Protein-peptid kenetlenmesi: fırsatlar ve zorluklar". Bugün İlaç Keşfi. 23 (8): 1530–1537. doi:10.1016 / j.drudis.2018.05.006. ISSN  1359-6446. PMID  29733895.

Dış bağlantılar

  • BioLiP kapsamlı bir ligand-protein etkileşim veritabanı