RAGATH RNA motifleri - RAGATH RNA motifs

RAGATH-8
RF02687.svg
Uzlaşma ikincil yapı ve dizi koruma RAGATH-8 RNA'sı
Tanımlayıcılar
SembolRAGATH-8
RfamRF02687
Diğer veri
RNA tipGen; sRNA
GİTGO terimi GO ile başlamalıdır:
YANİİşletim Sistemi: 0000370
PDB yapılarPDBe

Twister ve Hammerhead ribozimleriyle İlişkili Genlerle İlişkili RNA'lar (RAGATH) kendi kendine parçalanmayı bulmak için tasarlanmış bir biyoinformatik stratejisini ifade eder ribozimler içinde bakteri.[1] Aynı zamanda aday RNA'ları da ifade eder veya RAGATH RNA motifleri, bu strateji kullanılarak keşfedildi.

Keşfi ile kasırga ribozim,[2] Bakterilerdeki birçok genetik elementin genellikle ribozimleri bükmek için yakınlarda bulunduğu ve ayrıca daha önce keşfedilenlerin çekiç kafalı ribozimler.[2] Bu genetik elementler, birçoğu karakteristik olan birkaç gen sınıfını içerir Mu benzeri fajlar. Yakındaki elemanlar ayrıca burgu ve çekiç başlı ribozimler içerir. Başka bir deyişle, bükücü ve çekiç başlı ribozimler genellikle diğer bükücü veya çekiç başlı ribozimlerin yakınındaki bakterilerde bulunur.

Bu gözlemler göz önüne alındığında, araştırmacılar kendi kendini parçalayan ribozimlerin diğer sınıflarının da bu genetik unsurlarla ilişkilendirileceğini varsaydılar. Bu nedenle, korunmuş olanı bulmak için ilgili genetik öğelerin yakınındaki kodlamayan bölgelerde araştırmalar yapıldı. RNA önceden kurulmuş bir yöntemi kullanan yapılar.[3] Bu tür RNA yapıları daha sonra kendi kendine parçalanan ribozimler olarak aday olacaktır.

Bu yöntemi kullanarak, önceden bilinmeyen kendi kendine parçalanan ribozim sınıfları bulundu: kasırga kardeş, tabanca ve balta ribozimleri. Sıradışı örnekleri çekiç başlı ve HDV ribozimler ayrıca bulundu. On iki ilave korunmuş RNA yapısı, ribozimler olarak işlev görmüyordu ve bu RNA'ların biyolojik ve biyokimyasal işlevleri bilinmemektedir. Tüm korunmuş RNA'lar "RAGATH RNA motifleri" olarak adlandırıldı ve çözülmemiş RNA'lar, RAGATH-4 ila RAGATH-15 arasında numaralandırıldı. 'İn vitro' kendi kendine yarılmayan ilave RAGATH motifleri de daha sonra yayınlandı.[4]

Referanslar

  1. ^ Weinberg Z, Kim PB, Chen TH, Li S, Harris KA, Lünse CE, Breaker RR (2015). "Karşılaştırmalı genomik analizi ile ortaya çıkan yeni kendi kendine parçalanan ribozim sınıfları". Nat. Chem. Biol. 11 (8): 606–10. doi:10.1038 / nchembio.1846. PMC  4509812. PMID  26167874.
  2. ^ a b Roth A, Weinberg Z, Chen AG, Kim PB, Ames TD, Breaker RR (2014). "Yaygın bir kendi kendine parçalanan ribozim sınıfı biyoinformatik tarafından ortaya çıkarılır". Nat. Chem. Biol. 10 (1): 56–60. doi:10.1038 / nchembio.1386. PMC  3867598. PMID  24240507.
  3. ^ Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, Yang J, Corbino K, Moy RH, Breaker RR (2010). "Karşılaştırmalı genomik, bakteriler, arkeler ve bunların metagenomlarından 104 aday yapılandırılmış RNA ortaya koyuyor". Genom Biol. 11 (3): R31. doi:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. PMC  2864571. PMID  20230605.
  4. ^ Weinberg Z, Lünse CE, Corbino KA, Ames TD, Nelson JW, Roth A, Perkins KR, Sherlock ME, Breaker RR (Ekim 2017). "Genler arası bölgelerin belirli alt kümelerinin karşılaştırmalı analizi ile 224 aday yapılandırılmış RNA'nın saptanması". Nükleik Asitler Res. 45 (18): 10811–10823. doi:10.1093 / nar / gkx699. PMC  5737381. PMID  28977401.