RBM8A - RBM8A

RBM8A
Mevcut yapılar
PDB	Ortolog araması: PDBe RCSB
PDB kimlik kodlarının listesi
	1P27, 2HYI, 2J0Q, 2J0S, 2XB2, 3EX7
Tanımlayıcılar
Takma adlar	RBM8A, BOV-1A, BOV-1B, BOV-1C, C1DELq21.1, DEL1q21.1, MDS014, RBM8, RBM8B, TAR, Y14, ZNRP, ZRNP1, RNA motifli protein 8A
Harici kimlikler	OMIM: 605313 MGI: 1913129 HomoloGene: 3744 GeneCard'lar: RBM8A
Gen konumu (İnsan)
Chr.	Kromozom 1 (insan)
Son	145,927,678 bp
Gen konumu (Fare)
Chr.	Kromozom 3 (fare)
Son	96,633,791 bp
RNA ifadesi Desen
	; ; ; ;
	Daha fazla referans ifade verisi
Gen ontolojisi
Moleküler fonksiyon	• GO: 0001948 protein bağlama; • nükleik asit bağlanması; • RNA bağlanması; • mRNA bağlanması;
Hücresel bileşen	• sitozol; • katalitik adım 2 spliceosome; • ekson-ekson bağlantı kompleksi; • nöronal hücre gövdesi; • dendrit; • spliceozomal kompleks; • hücre çekirdeği; • sitoplazma; • nükleoplazma; • nükleer benek; • U2 tipi katalitik adım 1 spliceozom;
Biyolojik süreç	• spliceozom yoluyla mRNA ekleme; • RNA polimeraz II transkripsiyonunun sonlandırılması; • mRNA aktarımı; • RNA işleme; • mRNA işleme; • spliceozom yoluyla alternatif mRNA eklemenin düzenlenmesi; • Çekirdekten mRNA ihracatı; • mRNA 3'-uç işleme; • çeviri düzenlemesi; • Çekirdekten RNA ihracatı; • nükleer-transkripsiyonlu mRNA katabolik süreç, anlamsız aracılı bozunma; • RNA ekleme; • Ulaşım;
	Kaynaklar:Amigo / QuickGO
Ortologlar
	9939
	60365
	ENSG00000265241
	ENSMUSG00000038374
	Q9Y5S9
	Q9CWZ3
	NM_005105
	NM_001102407; NM_025875
	NP_005096
	NP_001095877; NP_080151
	Vikiveri
İnsanı Görüntüle / Düzenle	Fareyi Görüntüle / Düzenle

RNA bağlayıcı protein 8A bir protein insanlarda kodlanır RBM8A gen.^[5]^[6]

Bu gen, korunmuş bir RNA bağlama motifine sahip bir proteini kodlar. Protein, sitoplazmada da mevcut olmasına rağmen, ağırlıklı olarak çekirdekte bulunur. Tercihen, hem nükleer mRNA'lar hem de yeni ihraç edilen sitoplazmik mRNA'lar dahil olmak üzere ekleme yoluyla üretilen mRNA'lar ile ilişkilidir. Proteinin, intronların nerede bulunduğunu belirtmek için bir etiket olarak eklenmiş mRNA'lar ile ilişkili kaldığı ve böylece mRNA öncesi ve sonrası birleştirme olaylarını birleştirdiği düşünülmektedir. Önceden, bu proteini, RBM8A ve RBM8B'yi iki genin kodladığı düşünülüyordu; şimdi RBM8B lokusunun bir psödogen olduğu düşünülmektedir. İki alternatif başlangıç kodonu, proteinin iki formu ile sonuçlanır ve bu gen ayrıca birden fazla poliadenilasyon sahası kullanır.^[7]

Etkileşimler

RBM8A'nın etkileşim ile IPO13,^[8] MAGOH^[9]^[10] ve UPF3A.^[11]

İlgili gen sorunları

Referanslar

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl sürümü 89: ENSG00000265241 - Topluluk, Mayıs 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Topluluk sürümü 89: ENSMUSG00000038374 - Topluluk, Mayıs 2017
^ "İnsan PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
^ "Mouse PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
^ Conklin DC, Rixon MW, Kuestner RE, Maurer MF, Whitmore TE, Millar RP (Ekim 2000). "Yeni bir insan ribonükleoproteininin klonlanması ve gen ifadesi". Biochim Biophys Açta. 1492 (2–3): 465–9. doi:10.1016 / s0167-4781 (00) 00090-7. PMID 11004516.
^ Salicioni AM, Xi M, Vanderveer LA, Balsara B, Testa JR, Dunbrack RL Jr, Godwin AK (Ekim 2000). "İnsan RBM8A ve RBM8B'nin tanımlanması ve yapısal analizi: bir aday tümör baskılayıcı olan OVCA1 ile etkileşime giren yüksek oranda korunmuş iki RNA bağlama motif proteini". Genomik. 69 (1): 54–62. doi:10.1006 / geno.2000.6315. PMID 11013075.
^ "Entrez Geni: RBM8A RNA bağlama motif proteini 8A".
^ Mingot, J M; Kostka S; Kraft R; Hartmann E; Görlich D (Temmuz 2001). "Importin 13: Nükleer ithalat ve ihracatta yeni bir arabulucu". EMBO J. İngiltere. 20 (14): 3685–94. doi:10.1093 / emboj / 20.14.3685. ISSN 0261-4189. PMC 125545. PMID 11447110.
^ Zhao, X F; Nowak N J; T B'yi gösterir; Aplan P D (Ocak 2000). "MAGOH, yeni bir RNA bağlayıcı protein ile etkileşime girer". Genomik. AMERİKA BİRLEŞİK DEVLETLERİ. 63 (1): 145–8. doi:10.1006 / geno.1999.6064. ISSN 0888-7543. PMID 10662555.
^ Kataoka, N; Diem M D; Kim V N; Yong J; Dreyfuss G (Kasım 2001). "Drosophila mago nashi proteininin insan homologu olan Magoh, eklemeye bağlı ekson-ekson birleşim kompleksinin bir bileşenidir". EMBO J. İngiltere. 20 (22): 6424–33. doi:10.1093 / emboj / 20.22.6424. ISSN 0261-4189. PMC 125744. PMID 11707413.
^ Kim, VN; Kataoka N; Dreyfuss G (Eylül 2001). "Ekson-ekson bağlantı kompleksinde saçma-aracılı bozunma faktörü hUpf3'ün rolü". Bilim. Amerika Birleşik Devletleri. 293 (5536): 1832–6. Bibcode:2001Sci ... 293.1832K. doi:10.1126 / science.1062829. ISSN 0036-8075. PMID 11546873.
^ Klopocki E, Schulze H, Strauss G, vd. (Şubat 2007). "Trombositopenide Mikrodelesyon İçeren Otozomal Resesif Kalıtıma Benzeyen Karmaşık Kalıtım Modeli - Radius Sendromu Yok". Am. J. Hum. Genet. 80 (2): 232–40. doi:10.1086/510919. PMC 1785342. PMID 17236129.

daha fazla okuma

Wilson KF, Fortes P, Singh US, vd. (1999). "Nükleer başlık bağlama kompleksi, büyüme faktörü reseptörüne bağlı sinyal iletiminde yeni bir hedeftir". J. Biol. Kimya. 274 (7): 4166–73. doi:10.1074 / jbc.274.7.4166. PMID 9933612.
Zhao XF, Nowak NJ, TB'yi gösterir, Aplan PD (2000). "MAGOH, yeni bir RNA bağlayıcı protein ile etkileşime girer". Genomik. 63 (1): 145–8. doi:10.1006 / geno.1999.6064. PMID 10662555.
Kataoka N, Yong J, Kim VN, vd. (2000). "Pre-mRNA splicing, mRNA'yı, sitoplazmada kalıcı olan yeni bir RNA bağlayıcı protein ile çekirdekte gösterir". Mol. Hücre. 6 (3): 673–82. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 00065-4. PMID 11030346.
Zhang QH, Ye M, Wu XY ve diğerleri. (2001). "CD34 + Hematopoietik Kök / Progenitör Hücrelerde İfade Edilen Daha Önce Tanımlanmamış 300 Gen için Açık Okuma Çerçeveli cDNA'ların Klonlanması ve Fonksiyonel Analizi". Genom Res. 10 (10): 1546–60. doi:10.1101 / gr.140200. PMC 310934. PMID 11042152.
Le Hir H, Izaurralde E, Maquat LE, Moore MJ (2001). "Spliceozom, mRNA ekson-ekson bağlantılarının yukarısında birden çok protein 20-24 nükleotid biriktirir". EMBO J. 19 (24): 6860–9. doi:10.1093 / emboj / 19.24.6860. PMC 305905. PMID 11118221.
Mingot JM, Kostka S, Kraft R, vd. (2001). "Importin 13: Nükleer ithalat ve ihracatta yeni bir arabulucu". EMBO J. 20 (14): 3685–94. doi:10.1093 / emboj / 20.14.3685. PMC 125545. PMID 11447110.
Kim VN, Kataoka N, Dreyfuss G (2001). "Ekson-ekson bağlantı kompleksinde saçma-aracılı bozunma faktörü hUpf3'ün rolü". Bilim. 293 (5536): 1832–6. Bibcode:2001Sci ... 293.1832K. doi:10.1126 / science.1062829. PMID 11546873.
Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2001). "Ekson-ekson bağlantılarının pozisyonunun mRNA gözetim mekanizmasına RNPS1 proteini tarafından iletilmesi". Bilim. 293 (5536): 1836–9. Bibcode:2001Sci ... 293.1836L. doi:10.1126 / science.1062786. PMID 11546874.
Hachet O, Ephrussi A (2002). "Drosophila Y14, oositin arka tarafına hareket eder ve oskar mRNA taşınması için gereklidir". Curr. Biol. 11 (21): 1666–74. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00508-5. PMID 11696323.
Faurholm B, Millar RP, Katz AA (2002). "İnsanlarda tip II gonadotropin salgılayan hormon reseptörünü ve ribonükleoprotein RBM8A'yı kodlayan genler, iki genomik lokusta örtüşüyor". Genomik. 78 (1–2): 15–8. doi:10.1006 / geno.2001.6650. PMID 11707068.
Kataoka N, Diem MD, Kim VN, vd. (2002). "Drosophila mago nashi proteininin insan homologu olan Magoh, eklemeye bağlı ekson-ekson birleşim kompleksinin bir bileşenidir". EMBO J. 20 (22): 6424–33. doi:10.1093 / emboj / 20.22.6424. PMC 125744. PMID 11707413.
Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR, ve diğerleri. (2002). "Üç boyutlu yapısal analize uygun doğal spliceozomların saflaştırılması ve karakterizasyonu". RNA. 8 (4): 426–39. doi:10.1017 / S1355838202021088. PMC 1370266. PMID 11991638.
Okubo K, Mitani H, Naruse K ve diğerleri. (2002). "Medaka ve insan genomlarında GnRH-R ve RBM8'in korunmuş fiziksel bağlantısı". Biochem. Biophys. Res. Commun. 293 (1): 327–31. doi:10.1016 / S0006-291X (02) 00161-4. PMID 12054603.
Lejeune F, Ishigaki Y, Li X, Maquat LE (2002). "Ekson bağlantı kompleksi, memeli hücrelerinde CBP80'e bağlı ancak eIF4E'ye bağlı mRNA'da tespit edilmedi: mRNP yeniden modellemesinin dinamikleri". EMBO J. 21 (13): 3536–45. doi:10.1093 / emboj / cdf345. PMC 126094. PMID 12093754.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, vd. (2003). "15.000'den fazla tam uzunlukta insan ve fare cDNA dizisinin üretimi ve ilk analizi". Proc. Natl. Acad. Sci. AMERİKA BİRLEŞİK DEVLETLERİ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS ... 9916899M. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Gehring NH, Neu-Yilik G, Schell T, vd. (2003). "Y14 ve hUpf3b, NMD'yi aktive eden bir kompleks oluşturur". Mol. Hücre. 11 (4): 939–49. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00142-4. PMID 12718880.
Fribourg S, Gatfield D, Izaurralde E, Conti E (2003). "Y14-Mago kompleksinde yeni bir RBD-protein tanıma modu". Nat. Struct. Biol. 10 (6): 433–9. doi:10.1038 / nsb926. PMID 12730685.
Lau CK, Diem MD, Dreyfuss G, Van Duyne GD (2004). "Ekson bağlantı kompleksinin Y14-Magoh çekirdeğinin yapısı". Curr. Biol. 13 (11): 933–41. doi:10.1016 / S0960-9822 (03) 00328-2. PMID 12781131.

Bu makale bir gen açık insan kromozomu 1 bir Taslak. Wikipedia'ya şu yolla yardım edebilirsiniz: genişletmek.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl sürümü 89: ENSG00000265241 - Topluluk, Mayıs 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Topluluk sürümü 89: ENSMUSG00000038374 - Topluluk, Mayıs 2017

[3] "İnsan PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.

[4] "Mouse PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.

[pmid11004516-5] Conklin DC, Rixon MW, Kuestner RE, Maurer MF, Whitmore TE, Millar RP (Ekim 2000). "Yeni bir insan ribonükleoproteininin klonlanması ve gen ifadesi". Biochim Biophys Açta. 1492 (2–3): 465–9. doi:10.1016 / s0167-4781 (00) 00090-7. PMID 11004516.

[pmid11013075-6] Salicioni AM, Xi M, Vanderveer LA, Balsara B, Testa JR, Dunbrack RL Jr, Godwin AK (Ekim 2000). "İnsan RBM8A ve RBM8B'nin tanımlanması ve yapısal analizi: bir aday tümör baskılayıcı olan OVCA1 ile etkileşime giren yüksek oranda korunmuş iki RNA bağlama motif proteini". Genomik. 69 (1): 54–62. doi:10.1006 / geno.2000.6315. PMID 11013075.

[entrez-7] "Entrez Geni: RBM8A RNA bağlama motif proteini 8A".

[pmid11447110-8] Mingot, J M; Kostka S; Kraft R; Hartmann E; Görlich D (Temmuz 2001). "Importin 13: Nükleer ithalat ve ihracatta yeni bir arabulucu". EMBO J. İngiltere. 20 (14): 3685–94. doi:10.1093 / emboj / 20.14.3685. ISSN 0261-4189. PMC 125545. PMID 11447110.

[pmid10662555-9] Zhao, X F; Nowak N J; T B'yi gösterir; Aplan P D (Ocak 2000). "MAGOH, yeni bir RNA bağlayıcı protein ile etkileşime girer". Genomik. AMERİKA BİRLEŞİK DEVLETLERİ. 63 (1): 145–8. doi:10.1006 / geno.1999.6064. ISSN 0888-7543. PMID 10662555.

[pmid11707413-10] Kataoka, N; Diem M D; Kim V N; Yong J; Dreyfuss G (Kasım 2001). "Drosophila mago nashi proteininin insan homologu olan Magoh, eklemeye bağlı ekson-ekson birleşim kompleksinin bir bileşenidir". EMBO J. İngiltere. 20 (22): 6424–33. doi:10.1093 / emboj / 20.22.6424. ISSN 0261-4189. PMC 125744. PMID 11707413.

[pmid11546873-11] Kim, VN; Kataoka N; Dreyfuss G (Eylül 2001). "Ekson-ekson bağlantı kompleksinde saçma-aracılı bozunma faktörü hUpf3'ün rolü". Bilim. Amerika Birleşik Devletleri. 293 (5536): 1832–6. Bibcode:2001Sci ... 293.1832K. doi:10.1126 / science.1062829. ISSN 0036-8075. PMID 11546873.

[pmid17236129-12] Klopocki E, Schulze H, Strauss G, vd. (Şubat 2007). "Trombositopenide Mikrodelesyon İçeren Otozomal Resesif Kalıtıma Benzeyen Karmaşık Kalıtım Modeli - Radius Sendromu Yok". Am. J. Hum. Genet. 80 (2): 232–40. doi:10.1086/510919. PMC 1785342. PMID 17236129.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]