Sekretome - Secretome

sekretom kümesidir proteinler bir organizma tarafından ifade edilen ve gizli içine hücre dışı boşluk. İnsanlarda, bu alt küme proteom dahil olmak üzere tüm proteinlerin% 13-20'sini kapsar sitokinler, büyüme faktörleri, hücre dışı matris proteinler ve düzenleyiciler ve alıcı reseptörler. Belirli bir dokunun sekretomu ölçülebilir kütle spektrometrisi ve analizi bir tür oluşturur proteomik olarak bilinir sekrettomik.

Tanım

Dönem sekretom 2004 yılında Tjalsma ve arkadaşları tarafından, bir hücre tarafından salgılanan tüm faktörlerin yanı sıra salgı yolu bileşenlerini belirtmek için icat edilmiştir.[1] 2010 yılında, sekretomun bu tanımı sadece hücre dışı boşluğa salgılanan proteinleri içerecek şekilde revize edildi.[2] İlgili kavramlar şunları içerir: matrisli sekretomun alt kümesi olan hücre dışı matris proteinler ve bunlarla ilişkili proteinler;[3] reseptör tüm membran reseptörlerini içeren,[4] ve yapışkan, dahil olan tüm proteinleri içeren Hücre adezyonu.[5][6]

Niceleme

İnsanlarda salgılanan proteinler tüm salgının% 13-20'sini oluşturur proteom ve büyüme faktörlerini, kemokinleri, sitokinleri, yapışma moleküllerini, proteazları ve yayılma reseptörlerini içerir.[2] İnsan protein kodlayan genler (% 39, 19613 gen[7]) ya bir sinyal peptidine ve / veya karşılık gelen proteinin hücre dışına aktif taşınmasını (salgılama) ya da hücre içindeki çok sayıda zar sisteminden birinde konumlandığını gösteren en az bir transmembran bölgesine sahip olduğu tahmin edilmektedir. Artan kanıtlar, protein yüküne ek olarak, lipid, mikro-RNA'lar ve haberci-RNA gibi protein olmayan bileşenlerin de hücreler tarafından her ikisi yoluyla da salgılanabileceğini göstermiştir. mikroveziküller (100–> 1000 nm çap) - plazma membranından dökülme - ve eksozomlar (30-150 nm çap) - endozomal ekzositoz olayı yoluyla salınır.[8] Her iki organelde de bulunan faktörler sekretomun% 42'sini oluşturur ve kolektif sekretom olarak dahil edilmiştir.[9] Bitki hücrelerinin, memeli hücrelerinin, kök hücrelerin ve kanser hücrelerinin hücre salgılarını incelemek için çok sayıda metodoloji mevcuttur.[9]

Ayrıca bakınız

Referanslar

  1. ^ Tjalsma, H .; Antelmann, H .; Jongbloed, J. D.H .; Braun, P. G .; Darmon, E .; Dorenbos, R .; Dubois, J.-Y. F .; Westers, H .; Zanen, G .; Quax, W. J .; Kuipers, O. P .; Bron, S .; Hecker, M .; van Dijl, J.M. (8 Haziran 2004). "Bacillus subtilis Tarafından Protein Salgısının Proteomikleri: Secretom'un" Sırlarını "Ayırma". Mikrobiyoloji ve Moleküler Biyoloji İncelemeleri. 68 (2): 207–233. doi:10.1128 / MMBR.68.2.207-233.2004. PMID  15187182.
  2. ^ a b Agrawal GK, Jwa NS, Lebrun MH, Job D, Rakwal R (Şubat 2010). "Bitki sekretomu: salgılanan proteinlerin sırlarını çözmek". Proteomik. 10 (4): 799–827. doi:10.1002 / pmic.200900514. PMID  19953550.
  3. ^ Hynes, R. O .; Naba, A. (21 Eylül 2011). "Matrisoma Genel Bakış - Hücre Dışı Matris Bileşenleri ve İşlevleri Envanteri". Biyolojide Cold Spring Harbor Perspektifleri. 4 (1): a004903. doi:10.1101 / cshperspect.a004903. PMC  3249625. PMID  21937732.
  4. ^ Ben-Shlomo, I .; Yu Hsu, S .; Rauch, R .; Kowalski, H. W .; Hsueh, A.J. W. (17 Haziran 2003). "Sinyal Alma Receptomu: Sinyal İletiminde Yer Alan Plazma Membran Reseptörlerinin Genomik ve Evrimsel Perspektifi". Bilim Sinyali. 2003 (187): re9. doi:10.1126 / stke.2003.187.re9. PMID  12815191.
  5. ^ Zaidel-Bar, Ronen; Itzkovitz, Shalev; Ma'ayan, Avi; İyengar, Ravi; Geiger, Benjamin (Ağustos 2007). "İntegrin adezomunun işlevsel atlası". Doğa Hücre Biyolojisi. 9 (8): 858–867. doi:10.1038 / ncb0807-858. PMC  2735470. PMID  17671451.
  6. ^ Horton, Edward R. .; Byron, Adam; Askari, Janet A .; Ng, Daniel H. J .; Millon-Frémillon, Angélique; Robertson, Joseph; Koper, Ewa J .; Paul, Nikki R .; Warwood, Stacey; Şövalye, David; Humphries, Jonathan D .; Humphries, Martin J. (19 Ekim 2015). "Bir konsensüs integrinin adhezomunun tanımı ve yapışma karmaşık montaj ve demontaj sırasında dinamikleri". Doğa Hücre Biyolojisi. 17 (12): 1577–1587. doi:10.1038 / ncb3257. PMC  4663675. PMID  26479319.
  7. ^ Uhlén M, Fagerberg L, Hallström BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoğlu A, ve diğerleri. (Ocak 2015). "Proteomik. İnsan proteomunun dokuya dayalı haritası". Bilim. 347 (6220): 1260419. doi:10.1126 / science.1260419. PMID  25613900.
  8. ^ Xu R, Greening DW, Zhu HJ, Takahashi N, Simpson RJ (Nisan 2016). "Hücre dışı vezikül izolasyonu ve karakterizasyonu: klinik uygulamaya doğru". Klinik Araştırma Dergisi. 126 (4): 1152–62. doi:10.1172 / JCI81129. PMC  4811150. PMID  27035807.
  9. ^ a b Mukherjee P, Mani S (Kasım 2013). "Hücre sekretomunu deşifre etmek için metodolojiler". Biochimica et Biophysica Açta (BBA) - Proteinler ve Proteomikler. 1834 (11): 2226–32. doi:10.1016 / j.bbapap.2013.01.022. PMC  3652893. PMID  23376189.

daha fazla okuma