Sib RNA - Sib RNA
| Sib RNA | |
|---|---|
 Tahmin edilen ikincil yapı ve dizi koruma QUAD | |
| Tanımlayıcılar | |
| Sembol | DÖRTLÜ |
| Alt. Semboller | Sib RNA, DÖRTLÜ RNA |
| Rfam | RF00113 |
| Diğer veri | |
| RNA tip | Gen; sRNA |
| Alan (lar) | Bakteri |
| YANİ | İşletim Sistemi: 0000655 |
| PDB yapılar | PDBe |
| Tip I toksin antitoksin sisteminin Ibs Toksini | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Tanımlayıcılar | |||||||||
| Sembol | Ibs_toxin | ||||||||
| Pfam | PF13957 | ||||||||
| Membranom | 391 | ||||||||
| |||||||||
Sib RNA ilgili bir grup anlamına gelir kodlamayan RNA. İlk olarak QUAD RNA olarak adlandırıldılar, sonra dört tekrar elementi olarak keşfedildi. Escherichia coli intergenik bölgeler.[1] Aile daha sonra Sib olarak yeniden adlandırıldı ( short benntergenik birbistenmeyen diziler) tekrarların sayısının diğerinde değişken olduğu keşfedildiğinde Türler ve diğerinde E. coli suşlar.[2]
Kimlik
Bu küçük RNA'nın genomu araştırılarak hesaplamalı olarak tanımlandı E. coli için intergenik yakından ilişkili bakterilerin genomları ile yüksek sekans özdeşliği (sekans koruma) bölgeleri (birkaç Salmonella türler ve Klebsiella pneumoniae ).[3] Bu veriler ile birleştirildi mikrodizi ifade analizi ve potansiyel yeni ncRNA'lar belirlendi. İlgilenilen yeni ncRNA'nın ifadesi, kuzey lekesi.
Bu büyük ölçekli taramada, bu ncRNA'lar basitçe 43, 55 ve 61 numaralı adaylar olarak adlandırıldı.[3] Bu 3 ncRNA, oldukça yüksek homolog ve genomun bir tekrar bölgesinden türetilmiştir. NcRNA'nın her biri, kutu C'ye homolog kısa bir streç, içinde 50 kopya veya daha fazla sayıda bulunan bilinmeyen fonksiyonun bir tekrar elemanı içerir. genetik şifre nın-nin E. coli.[4]
Fonksiyon
Sib RNA, ifade zehirli protein tip I'de toksin-antitoksin sistemi benzer hok / sok veldr-rdl genler.[5] Kurucu olarak ifade edilen Sib transkript düzenler IBS, İrritabl Barsak Sendromu (bengiriş byüzükler stasis) açık okuma çerçevesi küçük bir 18-19 amino asidi kodlayan hidrofobik orta düzey ifade düzeylerinde büyümeyi yavaşlatan ve aşırı ifade edildiğinde toksik olan protein. IBS, İrritabl Barsak Sendromu gen zıt şeritte kardeş ve tamamen tamamlayıcıdır, bu nedenle antisense Sib RNA'nın IBS, İrritabl Barsak Sendromu mRNA ortaya çıkarır dsRNA aracılı bozulma.[2]
Ne zaman kardeş oldu silindi çoklu kopyada plazmitler, baskılanmamışların toksisitesi nedeniyle hücreler muhafaza edilemedi IBS, İrritabl Barsak Sendromu protein. İbs proteininin toksisite mekanizması tam olarak anlaşılmamıştır, ancak proteinin aşırı ekspresyonu üzerine membran potansiyelindeki bir değişiklik, zar proteinleri veya membran yerleştirilmesi hücre ölümü.[2]
Ayrıca bakınız
Referanslar
- ^ Rudd KE (1999). "Escherichia coli K-12'nin yeni intergenik tekrarları". Res. Mikrobiyol. 150 (9–10): 653–664. doi:10.1016 / S0923-2508 (99) 00126-6. PMID 10673004.
- ^ a b c Fozo EM, Kawano M, Fontaine F, vd. (Aralık 2008). "Küçük toksik protein sentezinin Sib ve OhsC küçük RNA'ları tarafından bastırılması". Mol. Mikrobiyol. 70 (5): 1076–1093. doi:10.1111 / j.1365-2958.2008.06394.x. PMC 2597788. PMID 18710431.
- ^ a b Wassarman KM, Repoila F, Rosenow C, Storz G, Gottesman S (2001). "Karşılaştırmalı genomik ve mikrodiziler kullanılarak yeni küçük RNA'ların belirlenmesi". Genes Dev. 15 (13): 1637–1651. doi:10.1101 / gad.901001. PMC 312727. PMID 11445539.
- ^ Bachellier, S., Gilson, E., Hofnung, M. ve Hill, C.W. 1996. Tekrarlanan diziler. Escherichia coli ve Salmonella'da: Hücresel ve moleküler biyoloji (ed. F.C. Neidhardt, ve ark.), S. 2012–2040. Amerikan Mikrobiyoloji Derneği, Washington, D.C.
- ^ Kawano M, Oshima T, Kasai H, Mori H (Temmuz 2002). "Escherichia coli'de bir 35-amino-asit hücre öldürücü peptidi ve cis-kodlu küçük bir antisens RNA'yı kodlayan kararlı bir mRNA'yı ifade eden uzun doğrudan tekrar (LDR) dizilerinin moleküler karakterizasyonu". Mol. Mikrobiyol. 45 (2): 333–349. doi:10.1046 / j.1365-2958.2002.03042.x. PMID 12123448.
daha fazla okuma
- Fozo EM, Makarova KS, Shabalina SA, Yutin N, Koonin EV, Storz G (Haziran 2010). "Bakterilerde tip I toksin-antitoksin sistemlerinin bolluğu: yeni adaylar arıyor ve yeni ailelerin keşfi". Nükleik Asitler Res. 38 (11): 3743–3759. doi:10.1093 / nar / gkq054. PMC 2887945. PMID 20156992. Alındı 2010-08-11.
- Han K, Kim KS, Bak G, Park H, Lee Y (2010). "Hedef mRNA'ların cis kodlu bir sRNA ailesi olan Sib RNA'ları tarafından tanınması ve ayrılması". Nükleik Asitler Res. 38 (17): 5851–5866. doi:10.1093 / nar / gkq292. PMC 2943612. PMID 20453032.
- Hayashi K, Morooka N, Yamamoto Y, vd. (2006). "Escherichia coli K-12 suşlarının MG1655 ve W3110'un son derece hassas genom dizileri". Mol. Syst. Biol. 2 (1): 2006.0007. doi:10.1038 / msb4100049. PMC 1681481. PMID 16738553.
- Papenfort K, Vogel J (Temmuz 2010). "Bakteriyel patojenlerde düzenleyici RNA". Hücre Konakçı Mikrop. 8 (1): 116–127. doi:10.1016 / j.chom.2010.06.008. PMID 20638647.
- Rudd KE (1999). "Escherichia coli K-12'nin yeni intergenik tekrarları". Res. Mikrobiyol. 150 (9–10): 653–664. doi:10.1016 / S0923-2508 (99) 00126-6. PMID 10673004.
Dış bağlantılar
- QUAD RNA sayfası -de Rfam