Staden Paketi - Staden Package - Wikipedia

Staden Paketi
Orijinal yazar (lar)Rodger Staden
Geliştirici (ler)James Bonfield, et al.
İlk sürüm1977; 43 yıl önce (1977)
Kararlı sürüm
2.0.0b9 / 24 Ocak 2012; 8 yıl önce (2012-01-24)
Önizleme sürümü
2.0.0b11 / 25 Nisan 2016; 4 yıl önce (2016-04-25)
DepoSourceforge.ağ/ projeler/ staden
YazılmışC, C ++, Fortran, Tcl
İşletim sistemiUnix, Linux, Mac os işletim sistemi, pencereler
PlatformIA-32, x86-64
Uyguningilizce
TürBiyoinformatik
LisansBSD 3 maddeli
İnternet sitesiStaden.sourceforge.ağ

Staden Paketi bilgisayar yazılım, DNA için bir dizi araç sıra montajı, düzenleme ve dizi analizi. Bu açık kaynaklı yazılım, altında yayınlandı BSD 3 maddeli lisans.

Paket bileşenleri

Staden paketi birkaç farklı programdan oluşur. Ana bileşenler şunlardır:

  • pregap4 - ile baz arama Phred, kırpmayı sonlandır ve vektör kırpmayı
  • trev - izleme görüntüleme ve düzenleme
  • gap4 - sıra montajı, bitişik düzenleme ve sonlandırma
  • gap5 - NGS verilerinin montaj görselleştirilmesi, düzenlenmesi ve tamamlanması[1]
  • Spin - DNA ve protein dizisi analizi

Tarih

Staden Paketi, Rodger Staden'in grubu tarafından Tıbbi Araştırma Konseyi (MRC) Moleküler Biyoloji Laboratuvarı, Cambridge, İngiltere, 1977'den beri.[2][3][4] Paket, 2003 yılında verilen 2.500 lisans ve daha fazla geliştirme için finansman sona erdiğinde tahmini 10.000 kullanıcıyla akademik kullanıcılara ücretsiz olarak sunuldu.[5] Paket, açık kaynak 2004'te ve o zamandan beri birkaç yeni sürüm yayınlandı.

Aktif geliştirme yıllarında, Staden grubu, SCF dosya formatı da dahil olmak üzere yaygın olarak kullanılan bir dizi dosya formatı ve fikri yayınladı.[6] Doğru konsensüs dizileri oluşturmak için dizi kalite puanlarının kullanılması,[7] ve ZTR dosya biçimi.[8]

Ayrıca bakınız

Referanslar

  1. ^ Bonfield JK, Whitwham A (2010). "Gap5 - milyar parça dizisi derlemesini düzenleme". Biyoinformatik. 26 (14): 1699–1703. doi:10.1093 / biyoinformatik / btq268. PMC  2894512. PMID  20513662.
  2. ^ Staden R (1979). "Bilgisayar programları kullanan bir DNA dizileme stratejisi". Nükleik Asitler Res. 6 (7): 2601–2610. doi:10.1093 / nar / 6.7.2601. PMC  327874. PMID  461197.
  3. ^ Staden R (1984). "DNA dizilerinin belirlenmesi ve analizine yardımcı olacak bilgisayar yöntemleri". Biochem Soc Trans. 12 (6): 1005–1008. doi:10.1042 / bst0121005. PMID  6397374.
  4. ^ Staden R, Beal KF, Bonfield JK (2000). "Staden paketi, 1998". Yöntemler Mol Biol. 132: 115–130. doi:10.1385/1-59259-192-2:115. PMID  10547834.
  5. ^ "İngiltere MRC'si Staden Paketine Desteği Sona Erdiriyor: HGP Sonrası Finansman Öncelik Değişikliğinin İlk İşareti?". Genomeweb. Genomeweb LLC. 5 Mayıs 2003. Alındı 15 Kasım 2016.
  6. ^ Sevgili S, Staden R (1992). "DNA sıralama araçlarından gelen veriler için standart bir dosya formatı". DNA Dizisi. 3 (2): 107–110. doi:10.3109/10425179209034003. PMID  1457811.
  7. ^ Bonfield JK, Staden R (1995). "Baz arama doğruluğunun sayısal tahminlerinin DNA sıralama projelerine uygulanması". Nükleik Asitler Res. 23: 1406–1410. doi:10.1093 / nar / 23.8.1406. PMC  306869. PMID  7753633.
  8. ^ Bonfield JK, Staden R (2002). "ZTR: DNA dizisi izleme verileri için yeni bir format". Biyoinformatik. 18: 3–10. doi:10.1093 / biyoinformatik / 18.1.3. PMID  11836205.

Dış bağlantılar