Süper Poz - SuperPose
| İçerik | |
|---|---|
| Açıklama | Protein yapısı süperpozisyonu için |
| İletişim | |
| Araştırma Merkezi | Alberta Üniversitesi |
| Laboratuvar | Dr. David Wishart |
| Birincil alıntı | [1] |
| Yayın tarihi | 2004 |
| Giriş | |
| Veri formatı | Veri girişi: Üst üste bindirilecek iki yapının PDB dosyaları. Veri çıkışı: Sekans hizalamaları, yapı hizalamaları, PDB (Protein Veri Bankası) koordinatları ve RMSD istatistiklerinin yanı sıra üst üste binen moleküllerin fark uzaklık grafikleri ve görüntüleri (hem statik hem de etkileşimli). |
| İnternet sitesi | http://wishart.biology.ualberta.ca/SuperPose/ |
Süper Poz hem ikili hem de çoklu performans için tasarlanmış ücretsiz bir web sunucusudur protein yapısı süperpozisyonlar.[1] "Yapısal süperpozisyon ”Terimi, bir yapının başka bir yapı veya yapılarla eşleşmesini veya hizalanmasını sağlamak için bir yapı üzerinde gerçekleştirilen döndürme ve ötelemelere atıfta bulunur. Yapısal süperpozisyon benzerlik veya farklılık ölçüleri açısından ölçülebilir. Optimum süperpozisyon, içinde benzerlik ölçüsü maksimize edilir (önceki durum) veya fark ölçüsü (sonraki durum) en aza indirilir. "SuperPose" web sunucusu "RMSD "Veya Kök-Ortalama-Kare Sapma optimal ikili veya çoklu protein yapısı süperpozisyonunu bulmak için bir fark ölçüsü olarak. İlk diziden sonra ve ikincil yapı (düşük sıra özdeşliği durumunda) hizalama, SuperPose bir Fark Mesafesi (DD) matrisi oluşturur [2] iki molekülün eşdeğer C-alfa atomlarından. Sıra / yapı hizalaması ve DD matris analizi bilgileri daha sonra değiştirilmiş bir dörtlü özdeğer algoritmasına beslenir. [3] hızlı bir şekilde yapısal süperpozisyonu gerçekleştirmek ve iki makromolekülün hizalı bölgeleri arasındaki RMSD'yi hesaplamak için.
Giriş ve çıkış
SuperPose web sunucusu şunları gerektirir: PDB biçimlendirilmiş dosyalar (iki veya daha fazla protein yapıları üst üste eklenecek) veya giriş olarak PDB erişim numaraları. SuperPose hem X-ray hem de NMR yapılar. NMR yapılar genellikle çok yapılı bir "blurogram" oluşturmak için üst üste bindirilmesi gereken 20-30 adet neredeyse aynı yapıdan oluşur. İki veya daha fazla yapının üst üste binmesi için SuperPose, sıra hizalamaları, yapı hizalamaları, PDB (Protein Veri Bankası) koordine eder ve RMSD istatistiklerin yanı sıra üst üste binen moleküllerin fark uzaklık çizimleri ve görüntüleri (hem statik hem de etkileşimli).[1] Tüm üst üste bindirilmiş yapı görüntüleri, Çıkış Seçenekleri menüsü kullanılarak tel çerçeve veya şerit, renkli veya gri tonlamalı, stereo veya mono olarak yeniden biçimlendirilebilir. Görüntülerin arka plan rengi de siyahtan beyaza değiştirilebilir.
Genel kapsam
SuperPose çok esnektir ve sıra, boyut veya şekil bakımından önemli farklılıklara sahip yapıları üst üste yerleştirebilir. Sonuç olarak, diğer programların veya sunucuların çoğundan çok daha fazla çeşitlilikteki üst üste binme sorgularını ve durumlarını işleyebilir. Özellikle, SuperPose süperpozisyonları şu şekilde idare edebilir: (i) aynı diziler ancak biraz farklı yapılar; (ii) özdeş sekanslar, ancak son derece farklı yapılar (örn., kalmodülinin açık ve kapalı formları); (iii) orta derecede farklı diziler, uzunluklar ve yapılar; (iv) farklı dizi uzunlukları, ancak benzer yapılar veya diziler; ve (v) büyük ölçüde farklı diziler, ancak büyük ölçüde benzer yapılar. Superpose, hem ikili hem de çoklu yapı süperpozisyonlarını hesaplayabilir. Ayrıca, alfa karbonları, omurga atomları, ağır atomlar ve tüm atomlar için ortalama ve ikili RMSD değerleri üretebilir. Özdeş dizi karşılaştırması durumunda, SuperPose "kalıntı başına" üretir RMSD kullanıcıların bireysel kalıntı kaymalarını veya konumsal yer değiştirmeleri tanımlamasına, değerlendirmesine ve görüntülemesine olanak tanıyan tablolar ve grafikler
Figür: SuperPose sunucusunun farklı türde grafiksel ve metinsel çıktıları gösteren ekran görüntüsü görüntüleri. (a) Bir WebMol görüntüleyici, (b) bir MolScript görüntüsü, (c) ikili bir hizalama, (d) bir fark mesafe matrisi ve (e) 2TRX_A ve 3TRX_A (Escherichia coli tioredoksin ve insan tioredoksini) gösterilmiştir. İki protein arasındaki sekans özdeşliğinin% 29 olduğuna dikkat edin.
Ayrıca bakınız
Referanslar
- ^ a b c Maiti, Rajarshi; Gary H. Van Domselaar; Haiyan Zhang; David S. Wishart (Temmuz 2004). "SuperPose: karmaşık yapısal süperpozisyon için basit bir sunucu". Nükleik Asitler Res. 32 (Web Sunucusu sorunu): W590-594. doi:10.1093 / nar / gkh477. PMC 441615. PMID 15215457.
- ^ Richards, F.M .; Kundrot, CE (1988). "Protein koordinat verilerinden yapısal motiflerin tanımlanması: ikincil yapı ve birinci düzey süper ikincil yapı". Proteinler. 3 (2): 71–84. doi:10.1002 / prot.340030202. PMID 3399495.
- ^ Kearsley, S.K. (1990). "Bir yapısal serinin eşzamanlı süperpozisyonu için bir algoritma". J. Comput. Kimya. 11 (10): 1187–1192. doi:10.1002 / jcc.540111011.