Tombusvirus 5 ′ UTR - Tombusvirus 5′ UTR

Tombusvirus 5 ′ UTR
RF00171.jpg
Tahmin edilen ikincil yapı ve dizi koruma Tombus_5'te
Tanımlayıcılar
SembolTombus_5
RfamRF00171
Diğer veri
RNA tipCis-reg
Alan (lar)Virüsler
YANİİşletim Sistemi: 0000204
PDB yapılarPDBe

Tombusvirus 5 ′ UTR önemli cis-düzenleyici bölgesi Tombus virüsü genetik şifre.

Domates gür dublör virüsü, Tombusviridae aile. Bu virüsün genomu pozitif his tek sarmallı RNA. Replikasyon, bir negatif iplikli RNA ara ürünü aracılığıyla gerçekleşir. Viral proteinler p33 ve RNA'ya bağımlı RNA polimeraz p92'ye ve bilinmeyen konakçı faktörlere ek olarak, korunmuş ve yapısal bölgeler 5, çevrilmemiş bölge (5 ′ UTR) genom replikasyonunu düzenlemek için önemlidir.

5 ′ UTR'de 2 RNA alanı rapor edilmiştir, 5 shaped T-şekilli alan (TSD) ve ardından bir gövde-döngü (SL5)[1][2] ve bir aşağı akış alanı (DSD).[3] TSD-DSD etkileşimlerinin, viral RNA replikasyonuna aracılık etmede rol oynadığı öne sürülmüştür.[3]

Tombusvirus'un ilginç bir özelliği, kusurlu karışan (DI) RNA'ların replikasyonunu destekleme yeteneğidir. Bu alt viral replikonlar, replikasyon için gerekli olan cis-etkili RNA elemanlarını muhafaza eden viral genomun küçük, kodlayıcı olmayan silme mutantlarıdır. [1]

Diğer kodlamayan RNA Tombusvirus'daki yapılar şunları içerir: 3 ′ UTR bölge IV[4] ve bir dahili çoğaltma öğesi.[5]

Referanslar

  1. ^ a b Wu B, Vanti WB, Beyaz KA (2001). "Domates gür bodur virüs genomunun 5 'çevrilmemiş bölgesi içindeki bir RNA alanı viral RNA replikasyonunu modüle eder". J. Mol. Biol. 305 (4): 741–756. doi:10.1006 / jmbi.2000.4298. PMID  11162089.
  2. ^ Ray D, Na H, Beyaz KA (2004). "Etkili domates gür dublör virüs RNA replikasyonuna aracılık eden çok işlevli T-şekilli bir RNA alanının yapısal özellikleri". J. Virol. 78 (19): 10490–10500. doi:10.1128 / JVI.78.19.10490-10500.2004. PMC  516415. PMID  15367615.
  3. ^ a b Ray D, Wu B, Beyaz KA (2003). "Tomato bushy dublör virüs genomunun 5 ′ UTR'sindeki ikinci bir fonksiyonel RNA alanı: alan içi ve alanlar arası etkileşimler viral RNA replikasyonuna aracılık eder". RNA. 9 (10): 1232–1245. doi:10.1261 / rna.5630203. PMC  1370487. PMID  13130137.
  4. ^ Fabian MR, Na H, Ray D, Beyaz KA (2003). "3′-Terminal RNA ikincil yapıları, domates gür dublör virüsü DI RNA'larının birikimi için önemlidir". Viroloji. 313 (2): 567–580. doi:10.1016 / S0042-6822 (03) 00349-0. PMID  12954222.
  5. ^ Monkewich, S; Lin HX; Fabian MR; Xu W; Hayır; Ray D; Chernysheva OA; Nagy PD; Beyaz KA (2005). "P92 Polimeraz Kodlama Bölgesi, Tombusvirüs Genomu Replikasyonunda Erken Bir Adımda Gerekli Olan Bir Dahili RNA Öğesi İçerir". J Virol. 79 (8): 4848–4858. doi:10.1128 / JVI.79.8.4848-4858.2005. PMC  1069561. PMID  15795270.

Dış bağlantılar