WikiPathways - WikiPathways

WikiPathways: biyolojik yollar için açık bir kaynak.
WikiPathways logosu
İçerik
AçıklamaBiyolojik yolların toplanması, bakımı ve dağıtımı için wiki tabanlı bir kaynak
İletişim
Birincil alıntıPMID  18651794
Giriş
Veri formatıGPML
BioPAX
İnternet sitesihttp://www.wikipathways.org
URL'yi indirYollar
internet servisi URLDİNLENME
Sparql uç noktahttp://sparql.wikipathways.org/sparql
Çeşitli
LisansCreative Commons 0
Veri yayınlama
Sıklık		aylık

WikiPathways[1][2] adanmış içeriğe katkıda bulunmak ve bunları sürdürmek için bir topluluk kaynağıdır biyolojik yollar. Kayıtlı herhangi bir WikiPathways kullanıcısı katkıda bulunabilir ve herkes kayıtlı bir kullanıcı olabilir.[3] Katkılar bir grup yönetici tarafından izlenir, ancak çoğu akran değerlendirmesi, editoryal küratörlük ve bakım, kullanıcı topluluğunun sorumluluğundadır. WikiPathways, MediaWiki yazılımı, özel bir grafik yol düzenleme aracı (PathVisio[4]) ve entegre BridgeDb[5] başlıca veri tabanları gen, protein, ve metabolit sistemleri.

Yol içeriği

WikiPathways'deki her makale belirli bir yola adanmıştır. Aşağıdakiler dahil birçok moleküler yol türü ele alınmıştır metabolik,[6] sinyal verme, düzenleyici vb. ve desteklenen[7] Türler Dahil etmek insan, fare, zebra balığı, Meyve sineği, C. elegans, Maya, pirinç ve Arabidopsis,[8] Hem de bakteri ve bitki Türler. Bir arama özelliğini kullanarak, belirli bir yolu ada göre, içerdiği genlere ve proteinlere göre veya açıklamasında görüntülenen metne göre bulabilirsiniz. Yol koleksiyonuna tür isimleri ve ontolojiye dayalı kategorilerin kombinasyonları ile de göz atılabilir.

Yol şemasına ek olarak, her bir yol sayfası ayrıca bir açıklama, bibliyografya, yol sürüm geçmişi ve kamu kaynaklarına bağlantılar içeren bileşen genlerin ve proteinlerin listesini içerir. Bireysel yol düğümleri için, kullanıcılar o düğümle diğer yolların bir listesine erişebilir. Yol değişiklikleri, önceki revizyonları görüntüleyerek veya belirli revizyonlar arasındaki farkları görüntüleyerek izlenebilir. Yol geçmişini kullanarak, bir yolun önceki bir revizyonuna da geri dönülebilir.Yollar ayrıca üç ana yolun ontoloji terimleriyle etiketlenebilir. BioPortal ontolojiler (Yol, Hastalık ve Hücre Tipi).

WikiPathways'deki yol içeriği, çeşitli veri ve görüntü formatlarında ücretsiz olarak indirilebilir. WikiPathways tamamen açık Erişim ve açık kaynak. Tüm içerik altında mevcuttur Creative Commons 0. WikiPathways için tüm kaynak kodu ve PathVisio editör altında mevcuttur Apache Lisansı, Sürüm 2.0.

Erişim ve entegrasyon

Çeşitli birincil veri formatları (ör. GPML, BioPAX, Reaktom,[9] KEGG ve RDF[10]), WikiPathways, yol içeriği ile entegrasyon ve etkileşim için çeşitli yolları destekler. Bunlar, yönlendirilmiş bağlantıları içerir, görüntü haritaları, RSS beslemeleri ve derin Ağ hizmetleri.[11]

WikiPathways içeriği, çeşitli genleri, proteinleri, metabolitleri ve yolları kapsayan Wikipedia makalelerine açıklama eklemek ve bunları çapraz bağlamak için kullanılır. İşte birkaç örnek:

Ayrıca bakınız

Referanslar

İtibariyle bu düzenleme, bu makale şuradan içerik kullanıyor: "WikiPathWays: Hakkında", altında yeniden kullanıma izin verecek şekilde lisanslanmıştır. Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 Unported Lisansıama altında değil GFDL. İlgili tüm şartlara uyulmalıdır.

  1. ^ Pico, A. R .; Kelder, T .; Van Iersel, M. P .; Hanspers, K .; Conklin, B. R .; Evelo, C. (2008). "WikiPathways: Kişiler için Yol Düzenleme". PLOS Biyoloji. 6 (7): e184. doi:10.1371 / journal.pbio.0060184. PMC  2475545. PMID  18651794.
  2. ^ Kutmon, M .; Riutta, A .; Nunes, N .; Haspers, K .; Willighagen, E.L .; Bohler, A .; Mélius, J .; Waagmeester, A .; Sinha, S.R .; Miller, R .; Coort, S.L .; Cirillo, M .; Smeets, B .; Evelo, C.T .; Pico, A. (2015). "WikiPathways: yol bilgisinin tüm çeşitliliğini yakalama". Nükleik Asit Araştırması. 44 (D1): D488 – D494. doi:10.1093 / nar / gkv1024. PMC  4702772. PMID  26481357.
  3. ^ Marvin Martens; Ammar Ammar; Anders Riutta; et al. (19 Kasım 2020), "WikiPathways: bağlantı toplulukları", Nükleik Asit Araştırması, doi:10.1093 / NAR / GKAA1024, ISSN  0305-1048, PMID  33211851 Kontrol | pmid = değer (Yardım), Vikiveri  Q102205677
  4. ^ Van Iersel, M. P .; Kelder, T .; Pico, A. R .; Hanspers, K .; Coort, S .; Conklin, B. R .; Evelo, C. (2008). "PathVisio ile biyolojik yolları sunma ve keşfetme". BMC Biyoinformatik. 9: 399. doi:10.1186/1471-2105-9-399. PMC  2569944. PMID  18817533.
  5. ^ Van Iersel, M. P .; Pico, A. R .; Kelder, T .; Gao, J .; Ho, I .; Hanspers, K .; Conklin, B. R .; Evelo, C.T. (2010). "BridgeDb çerçevesi: gen, protein ve metabolit tanımlayıcı eşleme hizmetlerine standart erişim". BMC Biyoinformatik. 11: 5. doi:10.1186/1471-2105-11-5. PMC  2824678. PMID  20047655.
  6. ^ Slenter, Denise N .; Kutmon, Martina; Hanspers, Kristina; Riutta, Anders; Windsor, Jacob; Nunes, Nuno; Mélius, Jonathan; Cirillo, Elisa; Coort, Susan L .; Digles, Daniela; Ehrhart, Friederike; Giesbertz, Pieter; Kalafati, Marianthi; Martens, Marvin; Miller, Ryan; Nishida, Kozo; Rieswijk, Linda; Waagmeester, Andra; Eijssen, Lars M.T .; Evelo, Chris T .; Pico, Alexander R .; Willighagen, Egon L. (10 Kasım 2017). "WikiPathways: metabolomikleri diğer omik araştırmalarına bağlayan çok yönlü bir yol veritabanı". Nükleik Asit Araştırması. 46 (D1): D661 – D667. doi:10.1093 / NAR / GKX1064. PMC  5753270. PMID  29136241.
  7. ^ "Yollara göz atın - WikiPathways".
  8. ^ Hanumappa, Mamatha; Preece, Justin; Elser, Justin; Nemeth, Denise; Bono, Gina; Wu, Kenny; Jaiswal, Pankaj (2013). "Bitkiler için WikiPathways: bir topluluk yolu iyileştirme portalı ve pirinç ve arabidopsis tohum geliştirme ağlarında bir vaka çalışması". Pirinç. 6 (1): 14. doi:10.1186/1939-8433-6-14. PMC  4883732. PMID  24280312.
  9. ^ Bohler, Anwesha; Wu, Guanming; Kutmon, Martina; Pradhana, Leontius Adhika; Coort, Susan L .; Hanspers, Kristina; Haw, Robin; Pico, Alexander R .; Evelo, Chris T. (20 Mayıs 2016). "WikiPathways Perspektifinden Reactome". PLOS Hesaplamalı Biyoloji. 12 (5): e1004941. Bibcode:2016PLSCB..12E4941B. doi:10.1371 / journal.pcbi.1004941. PMC  4874630. PMID  27203685.
  10. ^ Waagmeester, Andra; Kutmon, Martina; Riutta, Anders; Miller, Ryan; Willighagen, Egon L .; Evelo, Chris T .; Pico, Alexander R. (23 Haziran 2016). "WikiPathways'in Diğer Biyolojik Çevrimiçi Veri Kaynaklarıyla Hızlı Entegrasyonu için Anlamsal Web'i Kullanma". PLOS Hesaplamalı Biyoloji. 12 (6): e1004989. Bibcode:2016PLSCB..12E4989W. doi:10.1371 / journal.pcbi.1004989. PMC  4918977. PMID  27336457.
  11. ^ Kelder, T .; Pico, A. R .; Hanspers, K .; Van Iersel, M. P .; Evelo, C .; Conklin, B. R .; Gizle, W. (2009). Gizle, Winston (ed.). "WikiPathways Web Hizmetlerini Kullanarak Biyolojik Yol Madenciliği". PLOS ONE. 4 (7): e6447. Bibcode:2009PLoSO ... 4,6447K. doi:10.1371 / journal.pone.0006447. PMC  2714472. PMID  19649250.

Dış bağlantılar