Xenophilus azovorans - Xenophilus azovorans

Xenophilus azovorans
bilimsel sınıflandırma
Krallık:
Bakteri
Şube:
Proteobakteriler
Sınıf:
Betaproteobacteria
Sipariş:
Burkholderiales
Aile:
Comamonadaceae
Cins:
Xenophilus
Türler:
X. azovoranlar
Binom adı
Xenophilus azovorans
Blümel vd. 2001[1]
Tip suşu
ATCC BAA-794, ATCCBAA-794, CCUG 47268, DSM 13620, KF46F, NCIMB 13707[2]

Xenophilus azovorans bir bakteri cinsten Xenophilus topraktan izole edilmiş olan İsviçre.[3][4]

Genel Bakış

Xenophilus azovorans bir hareketli, Gram negatif, olmayanspor şekillendirme Çubuk şekilli bakteri.[5] Çubuklar düz veya bazen hafif kavislidir ve 0,5-1 μm ile 1-3 μm arasında ölçülmüştür. ışık mikroskobu.[5] Tek başlarına veya çiftler halinde bulunurlar.[5] 30 derecede büyümüş Santigrat besleyici agar üzerinde, opak, sarı renkli koloniler.[5] Bu kolonilerin sümüksü olması nedeniyle bazen tekil olarak tespit edilmesi zor olabilir. hücre dışı salgılar.[5] X. azovoranlar yüksek GC içeriği cinsinin özelliği olan yüzde 69,73.[5] En dikkate değer özelliği Orange II'yi bozma kabiliyetidir. azo boyalar.[5] Sentetik azo boyalar inşaat için gereklidir. makyaj malzemeleri, deri ürünleri, tekstil, ve kağıt Ürün:% s.[5] Ancak, genellikle tipik olarak bozulmazlar. atık arıtma sistemler ve çevreciler için önemli bir endişe kaynağıdır.[5]

İsimlendirme

Cins Xenophilus Yunanca kelimelerden gelir "xeno "yabancı veya garip anlamında ve"Philia "bu da arkadaşlığa veya sevgiye dönüşüyor.[5] Tür adı Azovoranlar bozulma kabiliyetinden gelir azo boyalar ve yutmak anlamına gelen Latince "vorare".[5]

Keşif ve izolasyon

Daha önce olarak biliniyordu Pseudomonas sp. KF46F suşu,[6] Xenophilus azovorans ilk olarak Kulla tarafından izole edildi et al. 1984'te bir topraktan aşılamak karboksi-turuncu II (1- (4'-karboksifenilazo) -2-naftol) ile zenginleştirilmiş[7] tek karbon kaynağı olarak.[8] Ardından, netleştirmek için taksonomi nın-nin Bakteri soyları önce bileşikleri parçalayabilen bilim adamları, X. azovoranlar KF46F suşuT bu orijinal kültürden.[8] Bu suş, 25 yıldan uzun süredir dondurularak korunan KF46F'nin mukoid olmayan bir versiyonudur.[8] Laboratuvarda, tür besin açısından zengin bir şekilde büyüyebildi. medya, ancak bu koşullar altında Orange II'yi indirgemede başarısız oldu.[8] Yağ asidi ekstraksiyon bir Hewlett Packard modeli ile analiz edildi gaz Kromatografisi ve tarafından hazırlandı Mikrobiyal Tanımlama Sistemi protokolü. İzolasyonu genomik DNA Ausubel tarafından yapıldı et al. 1996'da.[8] 16S ribozomal RNA'nın amplifikasyonu ve ardından filogenetik analiz, ARB yazılımı paketi.[8] ARB yazılımı, sekans veritabanı ve veri analizinin işlenmesi için gerekli araçları içeren ve disiplinler arası bir biyoinformatik grubunun kurulmasına yol açan bir grafik paketidir.[9] Ekstrakromozomal DNA iki büyük şeklinde plazmitler tarafından tespit edildi darbeli alan jel elektroforezi.[5]

Komşu suşlar

16S ribozomal RNA geninin dizilimi ortaya çıktı filogenetik yüzde 95,0 ile 96,1 arasında akraba benzerliği.[5] Bu akrabalar şu şekildedir: Hydrogena, Asidovoraks, Comamonas, ve Ksilofil.[5] Xenophilus azovorans benzersiz olması nedeniyle bu diğer cinslerden ayrı tutulabilir yağ asidi kompozisyon.[5] Bir filogenetik ağaç kullanılarak inşa edildi maksimum cimrilik yöntemi ve kapatılan şubeler aşağıda listelenmiştir.[5]

Acidovorax anthurii

Acidovorax anthurii, ayrıca bir Aile üyesi Comamonadacea, nedenler bakteriyel yaprak lekesi bitki üzerinde antoryum.[10]

Comamonas testosteron

Comamonas testosteron nadir insan patojeni akut ile ilişkili apandisit.[11] Son derece düşük olduğu bilinmektedir şiddet ve çok nadiren hastalığa neden olur. Benzer X. azovoranlar, daha önce içinde sınıflandırılmıştı Pseudomonas grubu.[11]

Hydrogenophaga flava

Çamur ve topraktan izole edilmiş SSCB, Hydrogenophaga flava bir Gram negatif isteğe bağlı olarak ototrofik hidrojen bakterisi.[12]

Xenophilus aerolatus

Xenophilus aerolatus, suş tanımı 5516S-2T bir Gram negatif, hareketli, basil aerobe.[13] Kolonileri, tüm (düz) kenar boşlukları ile, pigmentte dairesel ve sarıdır.[13] İlk olarak 16 Mayıs 2005'te şehir merkezinin açık bir bölgesindeki havadan izole edildi. Suwon, Kore Soo-Jin Kim tarafından. Optimum büyüme koşulları 25 ila 35 santigrat derece arasında gerçekleşir. NaCl yüzde 0-2 konsantrasyonda ve pH 5.0 ila 9.0'da.[13] Bu oksidaz ve katalaz pozitif. X. aerolatus var GC içeriği cinsi için normal olan yüzde 69'dur.[13] Adından da anlaşılacağı gibi, X. aerolatus ilk olarak Kore, Suwon'un havadan izole edildi.[13] Bilinmese de patojenik, Xenophilus aerolatus bir komplikasyon olarak kaydedildi Periton diyalizi.[14]

Fizyoloji

X. azovoranlar vardır Gram negatif 0,5 ila 1 μm genişliğinde ve 1 ila 3 μm uzunluğunda hücreli bakteriler.[15] Organizma, KF46F suşu olarak bilinirT ve büyüdü besleyici agar 30 santigrat derecede üç gün boyunca.[15] Yetiştirme için kullanılan karbon ve enerji kaynağı karboksi-Orange II idi.[15] Bir yönetiminde ışık mikroskobu organizmanın dairesel, sarı pigmentli kolonilere yol açtığı bulundu.[15] Sonra yetiştirme, X. azovoranlar olduğu belirlendi aerobik, hareketli ve olmayanspor şekillendirme.[15] X. azovoranlar 30 santigrat derece optimum sıcaklıkta büyür.[15] KF46F suşunun da not edilmesi önemlidir.T gibi çeşitli ortamlarda büyüyebilir besin suyu (30 santigrat derece) ve Luria-Burtani, ancak bu ortamlarda büyütüldüğünde genellikle karboksi-Orange II'yi indirgeyemez.[15] KF46F türüT baskın kutuplardan oluşur lipidler gibi fosfatidiletanolamin, difosfatidilgliserol, fosfatidilgliserol ve bilinmeyen bir aminofosfolipide sahiptir.[15]

Genomik

Tam genomu X. azovoranlar DSM 13620T DOE tarafından sıralandı Ortak Genom Enstitüsü (JGI) sorumlu araştırmacı olmak üzere Nikos Kyrpides.[16] Genom kullanılarak dizildi Tüm Genom Dizileme.[16] Yöntemler özellikle şunları içerir: Ilumina, Illumina HiSeq 2000, ve Illumina HiSeq 2500 sıralama.[16] Bakterinin 6349 geni ve 6280'i vardır. protein kodlama genleri.[16] Ayrıca 69 RNA genleri genomunda.[16]

16s ribozomal RNA geni X. azovoranlar KF46FT kullanılarak güçlendirildi polimeraz zincirleme reaksiyonu (PCR) ve sekanslandı.[15] Gen, 1484 baz çiftinden oluşan bir dizi uzunluğuna sahiptir.[15] Araştırmacılar gerçekleştirdi darbe alanı jel elektroforezi Barton tarafından açıklanan benzer bir yöntem ve diğerleri.,[17] ve suşun iki plazmitler 100 ve 350 kb boyutlarında.[15] Başına yüksek performanslı sıvı kromatografisi Mesbah ve Whitman tarafından açıklanan (HPLC) yöntemleri,[18] GC içeriği nın-nin X. azovoranlar KF46FT yaklaşık yüzde 70 olarak belirlendi.[15]

Metabolizma

X. azovoranlar bir kemoorganoheterotrof o gerçekleştirir oksidatif fosforilasyon ve oksijeni terminal olarak kullanır elektron alıcısı.[16] Organizmanın ayrıca nitrat indirgeme.[16] Büyük Kinon izole edildi ubikinon S-8.[15] Bu izolasyon, B.J. Tindall tarafından tarif edildiği gibi HPLC yöntemleriyle gerçekleştirildi.[19][15]

Blumel tarafından yapılan araştırmaya göre et al.,[5] organizma, farklı karbon kaynakları ve şeker üzerinde büyüme ile karakterize edildi mayalanma.[15] Karakterizasyon yöntemleri Kampfer'den alınmıştır. et al. [20][15] Organizma bir dizi kullanabilir amino asitler, şeker, ve karboksilik asitler bir karbon ve enerji kaynağı olarak.[15] Birkaç örnek şunları içerir: D-Fruktoz ve D-Mannitol.[15] Gösterilen yollara göre KEGG, Yüzde 10,51 X.azovoran'ın genom, katkıda bulunan genlerdir amino asit metabolizması.[16] Kadarıyla Karbonhidrat metabolizması anlaşılırsa, organizmanın da tam bir TCA döngüsü ve glikoliz KEGG üzerindeki yol.[16] Organizmanın genlerinin yaklaşık yüzde 6,79'u Ksenobiyotik biyodegradasyon ve metabolizma.[16] Spesifik olarak, organizmanın tahmin edilen genleri vardır. aminobenzoat ve benzoat bozulma.[16]

Organizma testler pozitif oksidaz ve katalaz ama üretemez üreaz,[15] yakın akraba komşusunun aksine Xenophilus aerolatus.[21]

Ekoloji

X. azovoranlar ağızdan yetiştirildi mikrobiyota nın-nin evcil köpekler.[22] Araştırmacılar, karşılaştırmalı 16s rRNA dizilimi kullanarak bakteriyi tanımladılar.[22] Spesifik olarak, küçük bir ekilebilir yüzdesi X. azovoranlar bulundu diş plağı köpeklerin.[22]

X. azovoranlar ayrıca bir organik gübre paketlenmiş biyofiltre.[23] Biyofiltre ile muamele edildi benzen - kirlenmiş hava.[23] Bakteri mikrobiyal kullanılarak tanımlandı nüfus parmak izi yöntemler ve daha sonra popülasyondaki fragmanların PCR ile sıralanması.[23] Filtredeki benzen miktarı arttıkça, kültive edilebilir bakteri miktarı da arttı.[23] Bu belirlendi hücre plakası sayımı ve ribozomal intergenik boşluk analizi (RISA).[23]

Başvurular

Aerobik azoredüktazlar aerobik tedavisine önemli bir katkı yapmak atık sular renkli olan azo boyalar.[24] Azo boyaların olduğu belirlendi ksenobiyotik bileşikler biyolojik bozunmayı erteleyen özelliklere sahip.[24] Bu önemli kullanım nedeniyle, azoredüktaz geni X. azovoranlar KF46F suşuT kullanılarak saflaştırıldı Afinite kromatografisi yöntemler ve PCR kullanılarak klonlanmıştır.[24] Spesifik olarak, genin aşağıdaki azo boyalarla yüksek aktiviteye sahip olduğu belirlenmiştir: Asit Portakal 7 1- (2-Piridilazo) -2-naftol, Solvent Turuncu 7, ve Asit Kırmızı 88.[24] Arıtılmamış atık su, oynadıkları rol nedeniyle insan topluluklarına zararlı olabilir. mutajenik aktivite.[25] Araştırma, büyük bir nehrin yakınında bulunan bir azo boya işleme tesisinde yapıldı. içme suyu arıtma tesisi.[25] Azo boya işleme tesisinden çıkan atığın yüzde 3'ünün binlerce kişiye su sağlayan nehirde sona erdiği tespit edildi.[25] Bu çok tehlikeli bir durum çünkü CYP450 içindeki enzimler insan bağırsağı azo boyalarını etkinleştirin.[25] Bununla birlikte, bağırsağın çok fazla zarar gördüğü ve zarar gördüğü tespit edilmiştir. DNA kolon hücrelerinde.[25] Myslak'ın yaptığı gibi diğer çalışmalar et al.[26], uzun süre azo boyalarına maruz kalan ressamların geliştiğini belirledi mesane kanseri.[25] Sonuç olarak, daha fazla araştırma yapılması önemlidir. X. azovoranlar parçalanma kabiliyeti nedeniyle azoredukataz geni kimyasallar atık suda ve potansiyel olarak birçok insanın gelişmesini önlemek için bağırsak hastalıkları.[24]

Referanslar

  1. ^ Parte, A.C. "Xenophilus". LPSN.
  2. ^ "Xenophilus azovorans Takson Pasaportu - StrainInfo". www.straininfo.net.
  3. ^ "Xenophilus azovorans". www.uniprot.org.
  4. ^ "Ayrıntılar: DSM-13620". www.dsmz.de.
  5. ^ a b c d e f g h ben j k l m n Ö p q Blumel, Silke (2001). "Xenophilus azovorans gen. Nov., Sp. Nov., Orange II tipi boyaları daha önce bozabilen bir toprak bakterisi". Uluslararası Sistematik ve Evrimsel Mikrobiyoloji Dergisi. 51 (Pt 5): 1831–1837. doi:10.1099/00207713-51-5-1831. PMID  11594616.
  6. ^ Blumel, Silke (2002). "Xenophilus azovorans KF46F'den Aerobik Azoredüktaz için Gen Kodlamasının Moleküler Klonlanması ve Karakterizasyonu". Uygulamalı ve Çevresel Mikrobiyoloji. 68 (8): 3948–3955. doi:10.1128 / AEM.68.8.3948-3955.2002. PMC  123998. PMID  12147495.
  7. ^ Kulla, Hans G .; Klausener, Franziska; Meyer, Ulrich; Lüdeke, Barbara; Leisinger, Thomas (1983-08-01). "Aromatik sülfo gruplarının azo boyaları Orange I ve Orange II'nin mikrobiyal bozunmasına karışması". Mikrobiyoloji Arşivleri. 135 (1): 1–7. doi:10.1007 / BF00419473. ISSN  0302-8933.
  8. ^ a b c d e f Kulla, H (1984). "Boya çözücü bakterilerin deneysel evrimi". Mikrobiyal Ekolojide Güncel Perspektifler: 663–667.
  9. ^ Wolfgang, Ludwig; Strunk Oliver (2004). "ARB". Nükleik Asit Araştırması. 32 (4): 1363–1371. doi:10.1093 / nar / gkh293. PMC  390282. PMID  14985472.
  10. ^ Gardan, L (2000). "Acidovorax anthurii sp. Nov., Antoryumun bakteriyel yaprak lekesine neden olan yeni bir fitopatojenik bakteri". Uluslararası Sistematik ve Evrimsel Mikrobiyoloji Dergisi. 50: 235–246. doi:10.1099/00207713-50-1-235. PMID  10826809.
  11. ^ a b Bayhan, Gülsüm (2013). "Comamonas testosteroni: Akut Apandisite Bağlı Olağandışı Bir Bakteri". Balkan Tıp Dergisi. 30 (4): 447–448. doi:10.5152 / balkanmedj.2013.9135. PMC  4115943. PMID  25207159.
  12. ^ WILLEMS, A .; BUSSE, J .; GOOR, M .; POT, B .; FALSEN, E .; JANTZEN, E .; HOSTE, B .; GILLIS, M .; KERSTERS, K. ​​(1989). "Hydrogenophaga, Hydrogenophaga flava tarağı İçeren Yeni Bir Hidrojen Oksitleyici Bakteriler Cinsi. Nov. (Eski adıyla Pseudomonas flava), Hydrogenophaga palleronii (Eski adıyla Pseudomonas palleronii), Hydrogenophaga pseudoflava (Eski adıyla Pseudomonas pseudoflava ve" Pseophomonas pseudoflava ") Eskiden Pseudomonas taeniospiralis) ". Uluslararası Sistematik ve Evrimsel Mikrobiyoloji Dergisi. 39 (3): 319–333. doi:10.1099/00207713-39-3-319.
  13. ^ a b c d e Kim, Soo-Jin (2010). "Xenophilus aerolatus sp. Nov., Havadan izole edilmiş". Uluslararası Sistematik ve Evrimsel Mikrobiyoloji Dergisi. 60 (2): 237–330. doi:10.1099 / ijs.0.013185-0. PMID  19651735.
  14. ^ Tsampalieros, Anne; Gooden, Marsha (2011). "Periton Diyalizi Tedavisinde Olan Altı Yaşındaki Bir Erkek Çocukta Xenophilus aerolatus Peritonitis" (PDF). Periton Diyalizindeki Gelişmeler. 27: 45–47.
  15. ^ a b c d e f g h ben j k l m n Ö p q r s Blümel, S; Busse, H J; Stolz, A; Kämpfer, P (2001). "Xenophilus azovorans gen. Nov., Sp. Nov., Orange II tipi azo boyalarını parçalayabilen bir toprak bakterisi". Uluslararası Sistematik ve Evrimsel Mikrobiyoloji Dergisi. 51 (5): 1831–1837. doi:10.1099/00207713-51-5-1831. PMID  11594616.
  16. ^ a b c d e f g h ben j k Markowitz, V. M .; Chen, I.-M. A .; Palaniappan, K .; Chu, K .; Szeto, E .; Grechkin, Y .; Ratner, A .; Jacob, B .; Huang, J. (2012-01-01). "IMG: entegre mikrobiyal genom veritabanı ve karşılaştırmalı analiz sistemi". Nükleik Asit Araştırması. 40 (D1): D115 – D122. doi:10.1093 / nar / gkr1044. ISSN  0305-1048. PMC  3245086. PMID  22194640.
  17. ^ Barton, B. M .; Harding, G. P .; Zuccarelli, A. J. (1995-04-10). "Büyük plazmitleri tespit etmek ve boyutlandırmak için genel bir yöntem". Analitik Biyokimya. 226 (2): 235–240. doi:10.1006 / abio.1995.1220. ISSN  0003-2697. PMID  7793624.
  18. ^ Mesbah, M .; Whitman, W. B. (1989-10-06). "Mol yüzdesi guanin + DNA sitozininin belirlenmesi için yüksek performanslı sıvı kromatografisi ile kompleks karışımlarda deoksiguanozin / timidin oranlarının ölçümü". Journal of Chromatography. 479 (2): 297–306. doi:10.1016 / s0021-9673 (01) 83344-6. PMID  2509507.
  19. ^ Tindall, B.J. (1990-01-01). "Halobacterium lacusprofundi'nin lipid bileşimi". FEMS Mikrobiyoloji Mektupları. 66 (1–3): 199–202. doi:10.1111 / j.1574-6968.1990.tb03996.x. ISSN  0378-1097.
  20. ^ Kämpfer, Peter; Steiof, Martin; Dott, Wolfgang (1991-12-01). "Heterotrofik su ve toprak bakterilerinin sayısal tanımlaması dahil olmak üzere fuel-oil ile kirlenmiş bir sahanın mikrobiyolojik karakterizasyonu". Mikrobiyal Ekoloji. 21 (1): 227–251. doi:10.1007 / bf02539156. ISSN  0095-3628. PMID  24194213.
  21. ^ Kim, Soo-Jin; Kim, Yi-Seul; Weon, Hang-Yeon; Anandham, Rangasamy; Noh, Hyung-Jun; Kwon, Soon-Wo (2010). "Xenophilus aerolatus sp. Nov., Havadan izole edilmiş". Uluslararası Sistematik ve Evrimsel Mikrobiyoloji Dergisi. 60 (2): 327–330. doi:10.1099 / ijs.0.013185-0. PMID  19651735.
  22. ^ a b c Elliott, David R .; Wilson, Michael; Buckley, Catherine M. F .; Spratt, David A. (2005-11-01). "Evcil Köpeklerin Yetiştirilebilir Oral Mikrobiyotası". Klinik Mikrobiyoloji Dergisi. 43 (11): 5470–5476. doi:10.1128 / jcm.43.11.5470-5476.2005. ISSN  0095-1137. PMC  1287777. PMID  16272472.
  23. ^ a b c d e Borin, Sara; Marzorati, Massimo; Brusetti, Lorenzo; Zilli, Mario; Cherif, Hanene; Hassen, Abdennaceur; Converti, Attilio; Sorlini, Claudia; Daffonchio, Daniele (2006-03-01). "Benzenle Kirlenmiş Havayı Arıtarak Kompost Paketlenmiş Biyofiltrede Mikrobiyal Artış". Biyolojik bozunma. 17 (2): 79–89. doi:10.1007 / s10532-005-7565-5. ISSN  0923-9820. PMID  16502043.
  24. ^ a b c d e Blümel, Silke; Knackmuss, Hans-Joachim; Stolz Andreas (2002-08-01). "Xenophilus azovorans KF46F'den Aerobik Azoredüktaz için Gen Kodlamasının Moleküler Klonlanması ve Karakterizasyonu". Uygulamalı ve Çevresel Mikrobiyoloji. 68 (8): 3948–3955. doi:10.1128 / AEM.68.8.3948-3955.2002. ISSN  0099-2240. PMC  123998. PMID  12147495.
  25. ^ a b c d e f Alves De Lima, Rodrigo Otávio; Bazo, Ana Paula; Salvadori, Daisy Maria Fávero; Rech, Célia Maria; De Palma Oliveira, Danielle; De Aragão Umbuzeiro, Gisela (2007-01-10). "Bir içme suyu kaynağını etkileyen bir tekstil azo boya işleme tesisi atığının mutajenik ve kanserojen potansiyeli". Mutasyon Araştırması / Genetik Toksikoloji ve Çevresel Mutagenez. 626 (1–2): 53–60. doi:10.1016 / j.mrgentox.2006.08.002. ISSN  1383-5718. PMID  17027325.
  26. ^ Myslak, Z. W .; Bolt, H. M .; Brockmann, W. (1991). "Ressamlarda idrar kesesi tümörleri: bir vaka kontrol çalışması". Amerikan Endüstriyel Tıp Dergisi. 19 (6): 705–713. doi:10.1002 / ajim.4700190604. ISSN  0271-3586. PMID  1882850.

Dış bağlantılar