Maya Metabolom Veritabanı - Yeast Metabolome Database
| İçerik | |
|---|---|
| Açıklama | Metabolomik veritabanı |
| Veri tipleri yakalanan | Maya metabolit yapıları, metabolit tanımları, metabolit reaksiyonları, metabolit enzimleri ve taşıyıcıları, maya enzimi ve taşıyıcı dizileri, kimyasal özellikler, isimlendirme, eşanlamlılar, kimyasal taksonomi, metabolit NMR spektrumları, metabolit GC-MS spektrumları, metabolit LC-MS spektrumları |
| İletişim | |
| Araştırma Merkezi | Alberta Üniversitesi ve Metabolomik İnovasyon Merkezi |
| Laboratuvar | Dr. David Wishart |
| Birincil alıntı | Maya Metabolom Veritabanı.[1] |
| Giriş | |
| İnternet sitesi | http://www.ymdb.ca |
| URL'yi indir | http://www.ymdb.ca/downloads |
| Çeşitli | |
| Veri yayınlama Sıklık | Periyodik düzeltmeler ve güncellemelerle 2-3 yılda bir |
| Kürasyon politikası | Manuel olarak seçilmiş |
Maya Metabolom Veritabanı (YMDB)[1] kapsamlı, yüksek kaliteli, ücretsiz erişilebilen, küçük moleküllerin çevrimiçi veritabanıdır metabolitler bulunan veya ürettiği Saccharomyces cerevisiae (Fırıncının mayası ). YMDB, mayayı kolaylaştırmak için tasarlanmıştır. metabolomik araştırma, özellikle genel alanlarda mayalanma yanı sıra şarap, bira ve fermente gıda analizi. YMDB, maya metabolitlerinin tanımlanmasını ve karakterizasyonunu destekler. NMR spektroskopisi, GC-MS spektrometri ve Sıvı kromatografi-kütle spektrometresi (LC-MS spektrometresi). YMDB iki tür veri içerir: 1) kimyasal veriler ve 2) moleküler Biyoloji /biyokimya veri. Kimyasal veriler, ayrıntılı metabolit tanımlamalarına sahip 2027 metabolit yapısını ve yaklaşık 4000 NMR, GC-MS ve LC / MS spektrumlar.
Biyokimyasal veriler 1104'ü içerir protein (ve DNA ) diziler ve 900'den fazla biyokimyasal reaksiyonlar (Şekil 1) bu metabolit girişleriyle bağlantılı.[1] YMDB'deki her bir metabolit girişi, bilginin 2 / 3'ü kimyasal verilere ve diğer 1 / 3'ü enzimatik veya biyokimyasal verilere ayrılmış 80'den fazla veri alanı içerir. Birçok veri alanı diğer veritabanlarına (KEGG, PubChem, MetaCyc, ChEBI, Protein Veri Bankası, UniProt, ve GenBank ) ve çeşitli yapı ve yol görüntüleme uygulamaları. YMDB veritabanı, kapsamlı metin, dizi, spektral, kimyasal yapı ve ilişkisel sorgu aramalarını destekler.
Kapsam ve Erişim
YMDB'deki tüm veriler tescilli değildir veya tescilli olmayan bir kaynaktan türetilmiştir. Ücretsiz olarak erişilebilir ve herkes tarafından kullanılabilir. Ek olarak, neredeyse her veri öğesi tamamen izlenebilirdir ve orijinal kaynağa açıkça atıfta bulunulur. YMDB verileri, halka açık bir web arayüzü ve indirmeler yoluyla kullanılabilir.
Kullanıcılar, veritabanına özgü çeşitli araçlar kullanarak YMDB'de arama yapabilir. Basit metin sorgusu, veritabanının metin bileşeninin genel metin sorgularını destekler. "Arama" alanında metabolitleri veya proteinleri seçerek, aramayı ve döndürülen sonuçları yalnızca metabolitler veya proteinlerle ilişkili verilerle sınırlandırmak mümkündür. YMDB’nin göz atma aracı, YMDB içeriğinin tablo şeklinde bir özetini oluşturur (Şekil 2). Bu tarayıcı görünümü, kullanıcıların veritabanında rasgele gezinmesine veya içeriğini yeniden sıralamasına olanak tanır. Belirli bir MetaboCard düğmesine tıklamak, karşılık gelen metabolit için tüm veri içeriğini getirir (Şekil 3). Arama bağlantısının altında, kullanıcılar bir açılır menüde listelenen bir dizi arama seçeneği bulacaktır. Kimya Sorgusu seçeneği, kullanıcıların çizim yapmasına (MarvinSketch uygulaması veya bir ChemSketch uygulaması kullanarak) veya yazmasına (GÜLÜMSEME string) bir kimyasal bileşik ve YMDB'de sorgu bileşiğine benzer veya aynı kimyasalları aramak için. Gelişmiş Arama seçeneği, YMDB'nin metin bölümünde daha karmaşık bir metin aramasını destekler. Sıra Arama düğmesi, kullanıcıların ÜFLEME (protein ) YMDB'de bulunan tüm dizilerin dizi araştırmaları. Hem tek hem de çoklu dizi (yani bütün proteom ) ÜFLEME sorgular desteklenmektedir. YMDB ayrıca, belirli veri alanlarının veya veri alanlarının kombinasyonlarının aranmasına ve / veya çıkarılmasına izin veren bir Veri Çıkarıcı seçeneğini destekler. YMDB'nin referans bileşiğinin spektral aramaları NMR ve MS spektral verileri de MS aracılığıyla desteklenir, MS / MS, GC-MS ve NMR Spectra Arama bağlantıları. Kullanıcılar YMDB’nin tüm metin verilerini indirebilir, kimyasal yapılar İndir düğmesine tıklayarak verileri sıralayın.
Ayrıca bakınız
Referanslar
- ^ a b c Jewison, Timothy; Knox, Craig; Neveu, Vanessa; Djoumbou, Yannick; Guo, An Chi; Lee, Jacqueline; Liu, Philip; Mandal, Rupasri; Krishnamurthy, Ram; Sinelnikov, Igor; Wilson, Michael; Wishart, David S. (Ocak 2012). "Maya Metabolom Veritabanı". Nükleik Asit Araştırması. 40 (Veritabanı sorunu): D815–20. doi:10.1093 / nar / gkr916. PMC 3245085. PMID 22064855.