YkkC-yxkD lideri - YkkC-yxkD leader

ykkC-yxkD lideri
RF00442.jpg
Tahmin edilen ikincil yapı ve dizi koruma ykkC-yxkD'nin
Tanımlayıcılar
SembolykkC-yxkD
RfamRF00442
Diğer veri
RNA tipCis-reg; riboswitch
Alan (lar)Bakteri
YANİİşletim Sistemi: 0000233
PDB yapılarPDBe

ykkC / yxkD lideri bir korunmuş RNA yapısı bulundu yukarı ykkC ve yxkD genlerinin Bacillus subtilis ve diğer bakterilerdeki ilgili genler. Bu ailenin işlevi uzun yıllardır belirsizdir, ancak açma işlevi görebileceği öne sürülmüştür. akış pompaları ve zararlı çevresel moleküllere yanıt olarak detoksifikasyon sistemleri.[1] Thermoanaerobacter tengcongensis sıra AE013027 ile örtüşüyor pürin riboswitch ikisinin riboswitchler TTE0584'ü kodlayan upstream geni düzenlemek için birlikte çalışabilir (Q8RC62), bir üye nüfuz etmek aile.

Nelson vd.[2] bu riboswitch'in algıladığını ve tepki verdiğini gösterdi. guanidin ve yeniden adlandırıldı Guanidin-I riboswitch. Dahası, bakterilerin endojen olarak guanidin üretebildiklerini ve riboswitch'in ürünleri bakterilerden toksik bir bileşik olarak guanidin'i değiştirmeye veya dışarı pompalamaya dahil olan genleri kontrol ettiğini gösterdiler. Liganda bağlanan riboswitchin kristal yapıları da belirlendi.[3][4]

mini-ykkC RNA motifi varsayımsal cisgörünüşte benzer düzenleyen düzenleyici unsur genler tarafından düzenlenenlere Guanidin-I riboswitch (ykkC / yxkD lideri). Bununla birlikte, mini-ykkC RNA motifinin yapısı daha basittir ve daha az yüksek oranda korunmuştur. nükleotid ykkC-yxkD liderinden daha pozisyon.[5] Buna rağmen, iki gövde-halka yapısının her biri, serbest guanidini doğrudan bağlar. Bu nedenle mini-ykkC RNA motifi, farklı bir guanidin algılayıcı RNA sınıfını temsil eder. Guanidin-II riboswitch.[6] Kristal yapısı da belirlendi.[7]

ykkC-III RNA motifi[8] farklı bir aday cis- önceki motiflerle ilişkili genleri düzenlediği görülen düzenleyici RNA. Yapısı olmasına rağmen ykkC-III RNA'lar ykkC / yxkD RNA'lara benzemez, her ikisi de riboswitchleri ​​temsil ettikleri önermesine yol açan bir yapı karmaşıklığına sahiptir. ykkC-III motif, mini içinde bulunan daha az katı bir şekilde korunmuş bir ACGA veya ACGG dizisine benzeyen, içinde sert bir şekilde korunmuş bir ACGA dizisine sahiptir.ykkC RNA'lar, ancak bu gözlemin biyolojik bir ilişkiyle ilgili olup olmadığı bilinmemektedir. Biyokimyasal doğrulama, bu motifin üçüncü sınıf guanidin riboswitchler olduğunu göstermek için sunulmuştur. Guanidin-III riboswitch.[9]

Konsensüs ikincil yapısı ykkC-III RNA'lar. Bu rakam, önceki bir yayından uyarlanmıştır.[8]

Referanslar

  1. ^ Barrick, JE; Corbino KA; Winkler WC; Nahvi A; Mandal M; Collins J; Lee M; Roth A; Sudarsan N; Jona I; Wickiser JK; Kırıcı RR (2004). "Yeni RNA motifleri, bakteriyel genetik kontrolde riboswitchler için genişletilmiş bir kapsam önermektedir". Proc Natl Acad Sci ABD. 101 (17): 6421–6426. doi:10.1073 / pnas.0308014101. PMC  404060. PMID  15096624.
  2. ^ Nelson, James W .; Atilho, Ruben M .; Sherlock, Madeline E .; Stockbridge, Randy B .; Kırıcı, Ronald R. (2017-01-19). "Bakterilerdeki Serbest Guanidinin Metabolizması Yaygın Riboswitch Sınıfı Tarafından Düzenlenir". Moleküler Hücre. 65 (2): 220–230. doi:10.1016 / j.molcel.2016.11.019. ISSN  1097-4164. PMC  5360189. PMID  27989440.
  3. ^ Battaglia, Robert A .; Price, Ian R .; Ke, Ailong (Nisan 2017). "YkkC riboswitch ailesi tarafından guanidin algılamanın yapısal temeli". RNA. 23 (4): 578–585. doi:10.1261 / rna.060186.116. ISSN  1469-9001. PMC  5340920. PMID  28096518.
  4. ^ Reiss, Caroline W .; Xiong, Yong; Strobel Scott A. (2017/01/03). "Guanidin-I Riboswitch'e Ligand Bağlanmasının Yapısal Temeli". Yapısı. 25 (1): 195–202. doi:10.1016 / j.str.2016.11.020. ISSN  1878-4186. PMC  5317007. PMID  28017522.
  5. ^ Weinberg Z, Barrick JE, Yao Z, vd. (2007). "CMfinder karşılaştırmalı genomik boru hattı kullanılarak bakterilerde 22 aday yapılandırılmış RNA'nın belirlenmesi". Nükleik Asitler Res. 35 (14): 4809–4819. doi:10.1093 / nar / gkm487. PMC  1950547. PMID  17621584.
  6. ^ Sherlock, Madeline E .; Malkowski, Sarah N .; Kırıcı, Ronald R. (2017/01/17). "Bakterilerde İkinci Guanidin Riboswitch Sınıfının Biyokimyasal Doğrulaması". Biyokimya. 56 (2): 352–358. doi:10.1021 / acs.biochem.6b01270. ISSN  1520-4995. PMC  5340285. PMID  28001368.
  7. ^ Huang, Lin; Wang, Jia; Lilley, David M.J. (2017/06/22). "Guanidin-II Riboswitch'in Yapısı". Hücre Kimyasal Biyolojisi. 24 (6): 695–702.e2. doi:10.1016 / j.chembiol.2017.05.014. ISSN  2451-9456. PMC  5486947. PMID  28529131.
  8. ^ a b Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, vd. (Mart 2010). "Karşılaştırmalı genomik, bakteriler, arkeler ve bunların metagenomlarından 104 aday yapılandırılmış RNA ortaya koyuyor". Genom Biol. 11 (3): R31. doi:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. PMC  2864571. PMID  20230605.
  9. ^ Sherlock, Madeline E .; Kırıcı, Ronald R. (2017/01/17). "Bakterilerde Üçüncü Guanidin Riboswitch Sınıfının Biyokimyasal Doğrulaması". Biyokimya. 56 (2): 359–363. doi:10.1021 / acs.biochem.6b01271. ISSN  1520-4995. PMC  5315414. PMID  28001372.

Dış bağlantılar