BacMap - BacMap
 | Bu makale çok güveniyor Referanslar -e birincil kaynaklar. (Ekim 2017) (Bu şablon mesajını nasıl ve ne zaman kaldıracağınızı öğrenin) |
| İçerik | |
|---|---|
| Açıklama | Açıklamalı bakteri genomları ve bunların kromozom / genom haritalarının bir veritabanı |
| Veri tipleri yakalanan | Gen dizisi verileri, protein dizisi verileri, genel gen ve protein ek açıklaması, gen konumları, genel genom / proteom istatistikleri, taksonomik ve fenotipik bilgiler, bakteriyel kromozom haritaları (görüntüler) |
| İletişim | |
| Araştırma Merkezi | Alberta Üniversitesi |
| Laboratuvar | Dr. David Wishart |
| Birincil alıntı | [1][2] |
| Giriş | |
| İnternet sitesi | http://wishart.biology.ualberta.ca/BacMap/ (sürüm 1.0); http://bacmap.wishartlab.com/ (sürüm 2.0) |
| Çeşitli | |
| Veri yayınlama Sıklık | 2-3 ayda bir güncellenir |
| Kürasyon politikası | Manuel olarak seçilmiş |
BacMap tamamen açıklamalı, tamamen yakınlaştırılabilir ve tamamen aranabilir içeren, ücretsiz olarak kullanılabilen web erişimli bir veritabanıdır kromozom 2500'den fazla harita prokaryotik (arkebakteriyel ve öbakteriyel) türler.[1] BacMap, ilk olarak 2005 yılında, artan sayıda bakteri genomları büyük ölçekli sıralama çabalarıyla üretiliyordu. İlk tanıtıldığından beri, sayısı bakteri genomları BacMap'te 15 kattan fazla büyümüştür. Temelde BacMap, mikrobiyal bir çevrimiçi görsel atlas olarak işlev görür. genomlar. Tümü genetik şifre BacMap'teki açıklamalar, TEMELLER genetik şifre açıklama sistemi.[3] TEMELLER ham (veya etiketli) üzerinde kapsamlı biyonformatik analizler gerçekleştiren, yaygın olarak kullanılan bir mikrobiyal açıklama altyapısıdır bakteri genomu sıra verileri. BacMap'teki tüm genom (kromozom) haritaları olarak bilinen program kullanılarak oluşturulmuştur. CGView.[4] CGView etkileşimli, web uyumlu oluşturmak için popüler bir görselleştirme programıdır dairesel kromozom haritalar (Şekil 1). Her biri kromozom haritası BacMap'te kapsamlı bir şekilde köprülenmiştir ve her bir kromozom görüntüsü, gezinme düğmeleri veya köprüler kullanılarak etkileşimli olarak gezinebilir, genişletilebilir ve döndürülebilir. Bir BacMap'te tanımlanmış tüm genler kromozom haritası kodlama yönlerine göre renklendirilir ve yeterince yakınlaştırıldığında gen etiketleri görünür. Bir BacMap genom haritasındaki her gen etiketi ayrıca bir 'gen kartına' hiper bağlantılıdır (Şekil 2). Gen kartları, ilgili DNA ve protein dizileri hakkında ayrıntılı bilgi sağlar. BacMap'teki her bir genom haritası şu yolla aranabilir: ÜFLEME ve bir gen adı / eşanlamlı arama.
Metagenomiklere ve büyük ölçekte artan ilgi nedeniyle bakteri genomu BacMap, 2012 yılında kapsamlı bir şekilde güncellendi.[2] En son güncelleme ile BacMap’ın tümü bakteri genomu haritalar artık ayrı peygamberlik genom haritalarının yanı sıra ayrı tRNA ve rRNA haritaları. Her bakteri kromozom BacMap'teki giriş artık çeşitli gen ve protein istatistikleri hakkında grafikler ve tablolar içermektedir. BacMap'te listelenen tüm bakteri türlerinin artık bakteriyel 'biyografi' kartları ve mikrobun taksonomisine karşılık gelen bilgiler vardır. fenotipik özellikler, diğer açıklamalar ve elektron mikroskobu veya diğer yüksek çözünürlüklü görüntüleri mikrop kendisi. BacMap ayrıca filtreleme, sıralama ve daha kolay görüntüleme sağlayan bir dizi güncellenmiş veri tarama ve metin arama aracına sahiptir. kromozom haritalar ve içerikleri.
Kapsam ve Erişim
BacMap'teki tüm veriler tescilli değildir veya tescilli olmayan bir kaynaktan elde edilmiştir. Ücretsiz olarak erişilebilir ve herkes tarafından kullanılabilir. Ek olarak, neredeyse her veri öğesi tamamen izlenebilirdir ve orijinal kaynağa açıkça atıfta bulunulur. BacMap verilerine halka açık bir web arayüzü ve indirmeler yoluyla erişilebilir.
Ayrıca bakınız
Referanslar
- ^ a b Stothard P, Van Domselaar G, Shrivastava S, Guo A, O'Neill B, Cruz J, Ellison M, Wishart DS (2005). "BacMap: açıklamalı bakteri genomlarının etkileşimli resim atlası". Nükleik Asitler Res. 33 (Veritabanı sorunu): D317–20. doi:10.1093 / nar / gki075. PMC 540029. PMID 15608206.
- ^ a b Cruz J, Liu Y, Liang Y, Zhou Y, Wilson M, Dennis JJ, Stothard P, Van Domselaar G, Wishart DS (2012). "BacMap: açıklamalı bakteri genomlarının güncel bir elektronik atlası". Nükleik Asitler Res. 40 (Veritabanı sorunu): D599–604. doi:10.1093 / nar / gkr1105. PMC 3245156. PMID 22135301.
- ^ Van Domselaar, GH; Stothard P; Shrivastava S; Cruz JA; Guo A; Dong X; Lu P; Szafron D; Greiner R; Wishart DS. (2005). "BASys: otomatik bakteri genomu açıklama için bir web sunucusu". Nükleik Asitler Res. 33 (Web Sunucusu sorunu): W455–9. doi:10.1093 / nar / gki593. PMC 1160269. PMID 15980511.
- ^ Stothard, P; Wishart DS. (2005). "CGView kullanarak dairesel genom görselleştirme ve keşif". Biyoinformatik. 21 (4): 537–9. doi:10.1093 / biyoinformatik / bti054. PMID 15479716.