CGView - CGView
| İçerik | |
|---|---|
| Açıklama | Dairesel genomları görselleştirmek için |
| Veri tipleri yakalanan | Veri girişi: XML'de, sekmeyle ayrılmış biçimde veya NCBI ptt biçiminde ek açıklamalar içeren genomik diziler. Veri çıkışı: Genomik haritaların statik veya etkileşimli görüntüleri. |
| İletişim | |
| Araştırma Merkezi | Alberta Üniversitesi |
| Laboratuvar | Dr. Paul Stothard ve Dr. David Wishart |
| Birincil alıntı | [1] |
| Yayın tarihi | 2004 |
| Giriş | |
| İnternet sitesi | dilek |
| Çeşitli | |
| Veri yayınlama Sıklık | Son güncelleme tarihi 2012 |
CGView (Dairesel Genom Görüntüleyici) ücretsiz olarak indirilebilen bir Java yazılım programı, uygulaması ve API (uygulama programlama Arayüzü ) renkli, yakınlaştırılabilir, köprü bağlantılı, zengin açıklamalı görseller oluşturmak için dairesel genomlar gibi bakteri kromozomları, mitokondriyal DNA ve plazmitler.[1][2][3] Web için uygun görsel çıktı oluşturmak için yaygın olarak bakteriyel sekans açıklama boru hatlarında kullanılır. Ayrıca çeşitli popüler web sunucularında (CGView web sunucusu, PlasMapper, TEMELLER ) ve veritabanları (BacMap ).
Genel Bakış
4000'den fazla bakteri genomları ve DNA dizileme teknolojisindeki ilerlemeler sayesinde binlerce plazmit genomu dizilenmiştir. CGView, bakteriyel, plazmid, kloroplast, mitokondriyal DNA sekansları gibi dairesel genomların görselleştirilmesi ve açıklanması için özel ihtiyaçları karşılamak üzere geliştirilmiştir. Kurulduktan sonra, CGView programı, özellik verilerinin ve işleme bilgilerinin olabileceği bir dizi farklı dosya biçimini kabul eder. XML dosya, sekmeyle ayrılmış dosya veya NCBI ptt dosyası. CGView daha sonra girişi çeşitli şekillerde grafiksel bir haritaya dönüştürür (PNG, JPG veya SVG ) etiketleri, başlıkları, göstergeleri ve dipnotları içerebilen görüntü formatları. Görüntüler, yazdırmak veya web sayfalarına gömmek için statik, etkileşimli veya poster boyutunda görüntüler olabilir.
Teknoloji ve Erişilebilirlik
CGView, Java programlama dili. İndirilebilir bir Java uygulama paketinin yanı sıra bir uygulama ve bir API. Uygulama paketi, etkileşimli haritaları web sayfalarına yerleştirmek için kullanılabilir. API CGView'ı başka bir Java uygulamasına dahil etmek için kullanılabilir. Yakın zamanda bir CGView sunucusu geliştirildi.
Ayrıca bakınız
Referanslar
- ^ a b Stothard, P; Wishart DS (2005). "CGView kullanarak dairesel genom görselleştirme ve keşif". Biyoinformatik. 21 (4): 537–9. doi:10.1093 / biyoinformatik / bti054. PMID 15479716.
- ^ Grant, JR; Stothard P (2008). "CGView Sunucusu: dairesel genomlar için karşılaştırmalı bir genomik aracı". Nükleik Asitler Res. 36 (Web Sunucusu sorunu): W181–4. doi:10.1093 / nar / gkn179. PMC 2447734. PMID 18411202.
- ^ Grant, JR; Arantes AS; Stothard P. (2012). "CGView Karşılaştırma Aracını kullanarak binlerce dairesel genomu karşılaştırma". BMC Genomics. 13: 202. doi:10.1186/1471-2164-13-202. PMC 3469350. PMID 22621371.