C14orf93 - C14orf93

C14orf93 bir protein insanlarda C14orf93 tarafından kodlanan gen. Konserve edilmiş küresel bir proteindir. C-terminali yerelleştirilmiş çekirdek. Hariç tüm dokularda nispeten yüksek oranda ifade edilirken sinir dokusu özellikle yüksek oranda ifade edilir T hücreleri ve diğeri bağışıklık dokuları.

Gen

c14orf93, makinenin kısa kolunda bulunur. kromozom 14 (14q11.2).[1] c14orf93’ün erişim numarası 021944 ve takma adları FLJ12154 ve LOC60686’dır. Gen 2430 bp ve 7 eksona sahiptir.[2]

Protein

Özellikleri

C14orf93 proteininde 9 izoformlar.[3] En yaygın ve en büyük izoformda 538 AA bulunur,[4] a moleküler ağırlık 58.7 kdal,[5] ve teorik izoelektrik nokta 5,7.[6] Bu protein küreseldir ve korunmuş C-terminali, 371'den 399'a kadar bir karma şarj kümesi ve 28'den 58'e kadar yüksek puanlı şarjsız bir bölüm.[5] SDSC PELE fikir birliği verileri tahmin ediyor 15 alfa sarmalları ve 8 beta dizisi.[5]

Çeviri sonrası değişiklikler

Çeviri sonrası değişiklikler c14orf93'e dahil fosforilasyon, N-asetilasyon, ve Sumolasyon. Serin fosforilasyon bölgeleri 23 kalıntıda tahmin edilmektedir, treonin 6 kalıntıda ve tirozin 2 kalıntıda.[7] 285 ve 428 kalıntılarında deneysel olarak doğrulanmış iki serin fosforilasyon bölgesi vardır,[2] etkinleştirme veya devre dışı bırakma siteleri olarak hizmet edebilir. N-asetilasyon, ikinci kalıntıda öngörülür; bu değişiklik kararlılığı ve lokalizasyonu etkiler.[8] Yüksek toparlanma olasılığı olan 6 motif vardır.[9] SUMO (küçük ubikuitin benzeri değiştiriciler) gibi küçük proteinlerdir. Ubikitin bu bir Çağlayan protein stabilitesi, nükleer-sitosolik taşıma ve transkripsiyonel düzenlemede yer alır.

Hücre altı yerelleştirme

PSORTII verileri, c14orf93'ün, çekirdek.[10] Var nükleer yerelleştirme sinyali 298-301 kalıntılarında. Ayrıca iki tane var peroksizomal hedefleme sinyalleri 451-459 ve 479-487 kalıntılarında.

İfade

c14orf93, tüm dokularda ortalama genden 2,7 kat daha fazla ifade edilir.[3] Hariç tüm dokularda nispeten yüksek oranda ifade edilir. sinir dokusu.[11] Belirgin şekilde daha yüksek ifade görülüyor T hücreleri ve diğerlerinde gösterilen biraz daha yüksek bir ifade kalıbı var bağışıklık dokuları gibi kemik iliği, dalak, ve Lenf düğümleri.

Etkileşen Proteinler

C14orf93'ün fiziksel olarak etkileşime girdiği gösterilmiştir. PTP1, MRFAP1, Ayarlamak, UYGULAMA, ve MOV10;[12][13][14] bu etkileşimler aşağıdaki tabloda listelenmiştir. Organizma sütunu, fiziksel etkileşimleri gösteren deneyde proteinin nereden kaynaklandığını gösterir.

ProteinOrganizma
PTP1Saccharomyces cerevisiae S288c
MRFAP1Homo sapiens
AyarlamakMus musculus
UYGULAMAHomo sapiens
MOV10Homo sapiens

Bu beş etkileşimden PTP1, MRFAP1 ve SET en fazla doğrulamadan geçti. PTP1, tirozin-protein fosfataz 1, mayada bulunan bir proteindir, ancak insanlarda bir ortolog vardır.[15] PTP1, fosfataz aktivitesi ve perinükleer konumu nedeniyle c14orf93'ün etkinleştirilmesinden / devre dışı bırakılmasından sorumlu olabilir. MRFAP1, MORF4 ailesiyle ilişkili protein 1, MORF4 / MRG ailesinin üyeleri ve tümör baskılayıcı Rb ile etkileşime giren bir insan proteinidir.[16] Bu protein yaşlanma, hücre büyümesi ve ölümsüzleşmede rol oynayabilir. Fare Set proteinine (fosfataz 2A inhibitörü veya I2PP2A) bir insan ortoloğu vardır ve çekirdeğe lokalizedir.[17] Bir onkojen olarak işlev gören nöron apoptotik süreçlerini ve transkripsiyonu negatif olarak düzenlemek için DNA'ya bağlanır.

Homoloji

Var ortologlar hepsi c14orf93 için omurgalılar itibaren Homo sapiens -e kemikli balık.[18] Yok paraloglar c14orf93 için. C14orf93, DUF4616 ailesinin bir parçasıdır; bu aile, C-terminal alanında bilinmeyen bir işlev alanı ile işaretlenir. DUF4616 proteinleri 166 ile 538 arasındadır amino asitler uzunluktadır ve sI21231'in parçasıdır üst aile. Son 200 kalıntı C-terminali, tüm ortologlarda dikkate değer biçimde korunan 439-456'dan on yedi kalıntı modeli ile yüksek oranda korunmuştur.[5] Bu bölge muhtemelen c14orf93'ün işlevinde önemli bir rol oynamaktadır.

Referanslar

  1. ^ "NCBI Gene: c14orf93". NCBI.
  2. ^ a b "NCBI Nucleotide: c14orf93". NCBI.
  3. ^ a b "Aceview: c14orf93". NCBI.
  4. ^ "NCBI Proteini: c14orf93". NCBI.
  5. ^ a b c d "SDSC Biyoloji Workbench". SDSC.[kalıcı ölü bağlantı ]
  6. ^ "ExPasy Compute Pi / MW aracı". ExPasy.
  7. ^ "ExPasy NetPhos aracı". ExPasy.
  8. ^ "ExPasy NetAcet aracı". ExPasy.
  9. ^ "ExPasy SUMOplot analiz programı". ExPasy.
  10. ^ "PSORTII". PSORT.
  11. ^ "NCBI GEO Profili: c14orf93 - Çoklu Normal Dokular". NCBI.
  12. ^ "Mentha Interactome Tarayıcısı". Mentha.
  13. ^ "BioGRID 3.4". BioGRID.
  14. ^ "IntAct Moleküler Etkileşim Veritabanı". Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü.
  15. ^ "UniProt Profili: PTP1". UniProt.
  16. ^ "UniProt Profili: MRFAP1". UniProt.
  17. ^ "UniProt Profili: Ayarla". UniProt.
  18. ^ "NCBI BLAST". NCBI.