Chloroflexi (sınıf) - Chloroflexi (class)

Klorofleksi
bilimsel sınıflandırma
Alan adı:
Bakteri
Şube:
Klorofleksi
Sınıf:
Klorofleksi

Gupta ve ark. 2013
Siparişler ve Alt Siparişler

Herpetosiphonales
Kloroflexales

Eş anlamlı

Klorofleksi Castenholz 2001

Klorofleksi altı sınıftan biridir bakteri içinde filum Klorofleksi, ipliksi olarak bilinir yeşil kükürt içermeyen bakteri. Işığı enerji için kullanırlar ve adını genellikle fotosentetik cisimlerde bulunan yeşil pigmentlerinden alırlar. klorozomlar.

Klorofleksi tipik olarak filamentözdür ve içinde hareket edebilir. bakteriyel kayma. Onlar isteğe bağlı olarak aerobik, ancak ışıktan enerji üretme sürecinde oksijen üretmeyin veya fototrofi. Ek olarak, Chloroflexia'nın farklı bir fototrofi yöntemi vardır (fotoheterotrofi ) doğrudan fotosentetik bakteriler.

Etimoloji

"Chloroflexi" adı, tanımlanan ilk cinsin adı olan "Chloroflexus" un bir Neolatin çoğuludur. İsim, Yunanca'nın bir kombinasyonudur Chloros (χλωρός)[1] "yeşilimsi sarı" anlamına gelir ve Latince flexus (nın-nin flecto)[2] "eğik" anlamına gelen "yeşil bir bükülme" anlamına gelir.[3] İsim klordan kaynaklanmıyor, 1810'da olduğu gibi, Efendim Humphry Davy adını soluk yeşil renginden almıştır.

Taksonomi ve moleküler imzalar

Ayrıca bakınız: Genomik ve Korunan imza indelleri

Chloroflexia sınıfı, bir grup derin dallanma grubudur fotosentetik bakteriler (nın istisnası ile Herpetosiphon ve Kallotenue türler) şu anda üç siparişten oluşan: Kloroflexales, Herpetosiphonales, ve Kallotenuales.[4][5][6][7][8] Herpetosiphonales ve Kallotenuales'in her biri kendi ailesi içinde tek bir cinsten oluşur. Herpetosiphonaceae (Herpetosiphon ) ve Kallotenuaceae (Kallotenue ) sırasıyla, oysa Kloroflexales filogenetik olarak daha çeşitlidir.[4][5][7]

Mikroskobik ayırt edici özellikler

Filum üyeleri Klorofleksi vardır monodermler ve çoğunlukla Gram negatif boyarken çoğu bakteri türü diderms ve leke Gram negatif, Gram pozitif istisnalar dışında Firmicutes (düşük GC Gram pozitifler), Aktinobakteriler (yüksek GC, Gram pozitifler) ve Deinococcus-Thermus grubu (Gram pozitif, kalın peptidoglikan ile didermler).[9][10][11]

Genetik ayırt edici özellikler

Karşılaştırmalı genomik analiz, son zamanlarda sınıfın taksonomisini geliştirdi Klorofleksi, bölen Kloroflexales alt sıraya Chloroflexineae ailelerden oluşan Osilakloridaceae ve Chloroflexaceae ve alt sipariş Roseiflexineae içeren aile Roseiflexaceae.[4] Revize edilmiş taksonomi, bir dizi tanımlamaya dayanıyordu korunmuş imza indelleri (CSI'lar) paylaşılan ataların oldukça güvenilir moleküler belirteçleri olarak hizmet eder.[12][13][14][15]

Fizyolojik ayırt edici özellikler

Chloroflexales'in iki alt sınıra bölünmesi için ek destek, her bir alt sıranın ayrı ayrı karakterize edildiği fizyolojik özelliklerde gözlemlenen farklılıklardır. karotenoidler, Kinonlar, ve yağ asidi diğer alt düzende sürekli olarak bulunmayan profiller.[4][16][17]

Sınıflandırılmış taksonomik sıralara ek olarak, CSI'lar, klad içindeki üyelerin benzersiz özelliklerinde bir rol oynayabilir: Özellikle, protein piruvat flavodoksin / ferredoksin oksidoredüktazda önemli roller oynayan bir protein olan dört amino asitli bir ek fotosentetik organizmalar, yalnızca cinsin tüm üyeleri arasında bulunmuştur Kloroflexusve önemli bir işlevsel rol oynadığı düşünülmektedir.[18][19]

CSI'lar kullanılarak filogenetik konumu sınırlandırmak için ek çalışma yapılmıştır. Klorofleksi Siyanobakteriler gibi komşu fotosentetik gruplara göre.[20]

Klorofleksi türler ile ayrı bir soy oluşturur Klorobi türler, en yakın filogenetik akrabaları. Her ikisi arasında paylaşılan bir CSI bulundu Klorofleksi ve Klorobi bir sonucu olarak yorumlanan üyeler yatay gen transferi iki akraba arasındaki olay.[21]

Taksonomi

Ayrıca bakınız: Bakteriyel taksonomi

Şu anda kabul edilen sınıflandırma aşağıdaki gibidir:[4][5][22]

Ek olarak, "Kouleothrix aurantiaca" ve "Dehalobium chlorocoercia" tam olarak tarif edilmemiştir.

Referanslar

  1. ^ χλωρός. Liddell, Henry George; Scott, Robert; Yunanca-İngilizce Sözlük -de Perseus Projesi
  2. ^ Lewis, Charlton T. ve Charles Short, Latin Sözlük. Oxford: Clarendon Press, 1879. Perseus'ta çevrimiçi sürüm
  3. ^ Brenner, Don J .; Krieg, Noel R .; James T. Staley (26 Temmuz 2005) [1984]. "Tanıtım Yazıları". In Garrity, George M. (ed.). Bergey'in Sistematik Bakteriyoloji El Kitabı. 2A (2. baskı). New York: Springer (orig-pub London: Williams & Wilkins). s. 304. ISBN  978-0-387-24143-2. İngiliz Kütüphanesi no. GBA561951.
  4. ^ a b c d e Gupta RS, Chander P, George S (2013). "Chloroflexia sınıfı ve farklı sınıfları için filogenetik çerçeve ve moleküler imzalar; Chloroflexia sınıfı sınıfının bölünmesi için teklif. Nov. [Düzeltilmiş] Chloroflexineae subord. Nov., Büyütülmüş Oscillochloridaceae familyasından ve Chloroflexaceae fam ailesinden oluşan alt sıraya bölünmüştür. nov. ve Roseiflexineae subord. nov. alt takımı, Roseiflexaceae fam. nov "ailesini içerir. Antonie van Leeuwenhoek. 103 (1): 99–119. doi:10.1007 / s10482-012-9790-3. PMID  22903492.
  5. ^ a b c Cole JK, Gieler BA, Heisler DL, Palisoc MM, Williams AJ, Dohnalkova AC, Ming H, Yu TT, Dodsworth JA, Li WJ, Hedlund BP (2013). "Kallotenue papyrolyticum gen. Nov., Sp. Nov., Chloroflexia sınıfı içinde yeni bir soy (Kallotenuales ord. Nov., Kallotenuaceae fam. Nov.) Temsil eden bir selülolitik ve filamentli termofil". Int. J. Syst. Evol. Mikrobiyol. 63 (Bölüm 12): 4675–82. doi:10.1099 / ijs.0.053348-0. PMID  23950149.
  6. ^ Gupta RS, Mukhtar T, Singh B (1999). "Fotosentetik prokaryotlar (Heliobacterium chlorum, Chloroflexus aurantiacus, cyanobacteria, Chlorobium tepidum ve proteobacteria) arasındaki evrimsel ilişkiler: Fotosentezin kökeni ile ilgili çıkarımlar". Mol Microbiol. 32 (5): 893–906. doi:10.1046 / j.1365-2958.1999.01417.x. PMID  10361294.
  7. ^ a b Sayers; et al. "Klorofleksi". taksonomi veritabanı. Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi (NCBI). Alındı 25 Ekim 2016.
  8. ^ Euzeby J (2013). "Yeni adların ve yeni kombinasyonların listesi daha önce etkili, ancak geçerli bir şekilde değil, yayınlandı". Int. J. Syst. Evol. Mikrobiyol. 63: 1577–1580. doi:10.1099 / ijs.0.052571-0.
  9. ^ Sutcliffe, I.C. (2010). "Bakteriyel hücre zarf mimarisi üzerine filum düzeyinde bir bakış açısı". Mikrobiyolojideki Eğilimler. 18 (10): 464–470. doi:10.1016 / j.tim.2010.06.005. PMID  20637628.
  10. ^ Campbell C, Sutcliffe IC, Gupta RS (2014). "Acidaminococcus intestini'nin karşılaştırmalı proteom analizi, Negativicutes ve Proteobacteria'daki dış zar biyogenezi arasındaki ilişkiyi destekler" (PDF). Arch. Mikrobiyol. 196 (4): 307–310. doi:10.1007 / s00203-014-0964-4. PMID  24535491.
  11. ^ Gupta RS (2003). "Fotosentetik bakteriler arasındaki evrimsel ilişkiler". Photosynth Res. 76 (1–3): 173–183. doi:10.1023 / A: 1024999314839. PMID  16228576.
  12. ^ Gupta, R.S. (2016). "Genom biliminin mikrobiyal evrim ve sınıflandırmanın anlaşılmasına etkisi: Darwin'in sınıflandırma hakkındaki görüşlerinin önemi". FEMS Microbiol. Rev. 40 (4): 520–553. doi:10.1093 / femsre / fuw011. PMID  27279642.
  13. ^ Gupta, R.S. (1998). "Protein filogenileri ve imza dizileri: Arkebakteriler, öbakteriler ve ökaryotlar arasındaki evrimsel ilişkilerin yeniden değerlendirilmesi". Mikrobiyoloji ve Moleküler Biyoloji İncelemeleri. 62 (4): 1435–1491. doi:10.1128 / MMBR.62.4.1435-1491.1998. PMC  98952. PMID  9841678.
  14. ^ Rokas, A .; Holland, P.W. (2000). "Filogenetik için bir araç olarak nadir görülen genomik değişiklikler". Ekoloji ve Evrimdeki Eğilimler. 15 (11): 454–459. doi:10.1016 / S0169-5347 (00) 01967-4. PMID  11050348.
  15. ^ Gupta, R.S .; Griffiths, E. (2002). "Bakteriyel soyoluşta kritik sorunlar". Teorik Popülasyon Biyolojisi. 61 (4): 423–434. doi:10.1006 / tpbi.2002.1589. PMID  12167362.
  16. ^ Hanada, S .; Pierson, B.K. (2006). "Chloroflexaceae Ailesi". Dworkin, M .; Falkow, S .; Rosenberg, E .; Schleifer, K.H .; Stackebrandt, E. (editörler). Prokaryotlar: Bakterilerin biyolojisi üzerine bir el kitabı. New York: Springer. sayfa 815–842.
  17. ^ Pierson, B.K .; Castenholz, R.W. (1992). "Chloroflexaceae Ailesi". Balows, A .; Truper, H.G .; Dworkin, M .; Daha sert, W .; Schleifer, K.H. (eds.). Prokaryotlar. New York: Springer. s. 3754–3775.
  18. ^ Gupta RS (2010). "Fotosentetik bakteri ve alt gruplarının ana filumları için moleküler imzalar". Fotosentez. Res. 104 (2–3): 357–372. doi:10.1007 / s11120-010-9553-9. PMID  20414806.
  19. ^ Stolz, F.M .; Hansmann, I. (1990). "Akışla sıralanmış kromozom 20'ye özgü bir DNA kitaplığından izole edilmiş, pFMS76 D20S23 probu tarafından tespit edilen bir MspI RFLP". Nükleik Asit Araştırması. 18 (7): 1929. doi:10.1093 / nar / 18.7.1929. PMC  330654. PMID  1692410.
  20. ^ Khadka B, Adeolu M, Blankenship RE, Gupta RS (2016). "Çekirdek reaksiyon merkezi proteinlerindeki korunmuş indellerin analizlerine dayanan fotosentezin kökeni ve çeşitliliğine ilişkin yeni bilgiler". Photosynth Res. 131 (2): 159–171. doi:10.1007 / s11120-016-0307-1. PMID  27638319.
  21. ^ Gupta RS (2012). "Anahtar bakteriyoklorofil biyosentez proteinlerindeki korunmuş dizi özelliklerine dayalı olarak fotosentezin kökeni ve yayılması". Mol Biol Evol. 29 (11): 3397–412. doi:10.1093 / molbev / mss145. PMID  22628531.
  22. ^ Chloroflexi girişinin sınıflandırılması içinde LPSN; Euzéby, J.P. (1997). "İsimlendirmede Bulunan Bakteriyel Adların Listesi: İnternette bulunan bir klasör". Uluslararası Sistematik ve Evrimsel Mikrobiyoloji Dergisi. 47 (2): 590–2. doi:10.1099/00207713-47-2-590. PMID  9103655.

daha fazla okuma

Dış bağlantılar

Dış bağlantılar