Desulfitobacterium hafniense - Desulfitobacterium hafniense - Wikipedia

Desulfitobacterium hafniense
bilimsel sınıflandırma
Alan adı:
Bakteri
Şube:
Firmicutes
Sınıf:
Clostridia
Sipariş:
Clostridiales
Aile:
Peptococcaceae
Cins:
Desulfitobacterium
Türler:
D. hafniense
Binom adı
Desulfitobacterium hafniense
Christiansen ve Ahring 1996

Desulfitobacterium hafniense bir gram pozitif bakteri türüdür, türü DCB-2'dirT.[1] (NCBI taksonomi kimliği 272564; DSM 10664).

D. hafniense anaerobik spor oluşturan bakteriler. Tanımlanan izolatların çoğu, isteğe bağlı olarak organohalid soluyan bakterilerdir. klorsuzlaştırma nın-nin organohalidler gibi klorofenoller, ve tetrakloroeten. Hücreleri D. hafniense çubuk şeklindedir ve 3,3 ila 6 μm 0,6 ila 0,7 μm genişliğinde, hareketli her hücre bir veya iki terminale sahiptir kamçı. Test edilen tüm suşlar antibiyotiğe dirençlidir vankomisin.[2][3]

Yıllar geçtikçe, çeşitli ek suşlar hafniense türler, çok çeşitli ortamlardan tanımlanmıştır. PCP-1, TCE1, DP7, TCP-A ve G2 suşları orijinal olarak ayrı bir türün üyeleri olarak yayınlandı Frappieri, ama bugün hepsi, hafniense Türler.[4][5]

D. hafniense izolatlar
GerginlikKaynakDSM
DCB-2T[1]Lağım pisliği10664
PCP-1[6]Lağım pisliği12420
TCP-A[7]Nehir tortusu13557
GBFH[4]Nehir tortusu---
Y51[8]Kirli toprak---
TCE1[9]Kirli toprak---
PCE-S[10]Kirli toprak14645
G2[11]Yer altı16228
DP7[12]İnsan dışkısı13498
LBE[13]tarif edilmemiş---

Genomlar

D. hafniense'in genomu, her ikisinin mekanizmasını içerir. pirolizin ve selenosistein Bu, onu protein çevirisinde potansiyel olarak 22 amino asidi kullanan bilinen tek organizma yapıyor. [14]Desulfitobacterium hafniense DCB-2 suşuT 5.045 geni kodlayan 5.78 Mbp içeren tek bir dairesel genoma sahiptir. Genomu Desulfitobacterium hafniense DCB-2 suşuT indirgeyici dehalojenazları kodlayan yedi geni barındırır, bunlardan beşi işlevsel görünmektedir ve ikisi mutasyonlarla bozulmuştur.[15]

Tam genom dizisi bilgisi dokuz kişi için mevcuttur desulfitobacterium hafniense suşlar. Hepsi 5 ila 5,7 Mbp arasında değişen genom boyutlarına sahiptir, dizilen suşların hiçbiri plazmit içermez. Genomlar yalnızca sınırlı sayıda indirgeyici dehalojenazlar, çok çeşitli elektron vericileri ve alıcılarını kullanmak için genlere ek olarak.

GerginlikGenom boyutu (Mbp)İndirgeyici sayısı

dehalojenazlar

Genom tanımlandı
Y515,712006[16]
DCB-2T5,372012[15]
PCE-S5,722015[17]
DH5,402016[18]
TCE15,712017[19]
PCP-15,672017[19]
LBE5,522017[19]
DP75,202017[19]
TCP-A552017[19]


Referanslar

  1. ^ a b Christiansen N, Ahring BK (1996). "Desulfitobacterium hafniense sp. Nov., Bir Anaerobik, İndirgeyici Olarak Klordan Arındıran Bakteri". Uluslararası Sistematik Bakteriyoloji Dergisi. 46 (2): 442–448. doi:10.1099/00207713-46-2-442.
  2. ^ Kalan L, Ebert S, Kelly T, Wright GD (Temmuz 2009). "Desulfitobacterium hafniense Y51'den kanonik olmayan vankomisin direnç kümesi". Antimikrobiyal Ajanlar ve Kemoterapi. 53 (7): 2841–5. doi:10.1128 / AAC.01408-08. PMC  2704641. PMID  19414574.
  3. ^ Kruse T, Levisson M, de Vos WM, Smidt H (Eylül 2014). "vanI: Desulfitobacterium hafniense'de bulunan yeni bir D-Ala-D-Lac vankomisin direnç gen kümesi". Mikrobiyal Biyoteknoloji. 7 (5): 456–66. doi:10.1111/1751-7915.12139. PMC  4229326. PMID  25042042.
  4. ^ a b Niggemyer A, Spring S, Stackebrandt E, Rosenzweig RF (Aralık 2001). "As (V)-indirgeyen yeni bir bakterinin izolasyonu ve karakterizasyonu: arsenik mobilizasyonu ve Desulfitobacterium cinsi için çıkarımlar". Uygulamalı ve Çevresel Mikrobiyoloji. 67 (12): 5568–80. doi:10.1128 / AEM.67.12.5568-5580.2001. PMC  93345. PMID  11722908.
  5. ^ Villemur R, Lanthier M, Beaudet R, Lépine F (Eylül 2006). "Desulfitobacterium cinsi". FEMS Mikrobiyoloji İncelemeleri. 30 (5): 706–33. doi:10.1111 / j.1574-6976.2006.00029.x. PMID  16911041.
  6. ^ Bouchard B, Beaudet R, Villemur R, McSween G, Lépine F, Bisaillon JG (Ekim 1996). "Desulfitobacterium frappieri sp. Nov., Pentaklorofenolü 3-klorofenole indirgeyici olarak klordan arındıran anaerobik bir bakteri izolasyonu ve karakterizasyonu". Uluslararası Sistematik Bakteriyoloji Dergisi. 46 (4): 1010–5. doi:10.1099/00207713-46-4-1010. PMID  8863430.
  7. ^ Breitenstein A, Saano A, Salkinoja-Salonen M, Andreesen JR, Lechner U (Şubat 2001). "2,4,6-triklorofenol dehalojenleştirici zenginleştirme kültürünün analizi ve dehalojenleştirici üye Desulfitobacterium frappieri suşu TCP-A'nın izolasyonu". Mikrobiyoloji Arşivleri. 175 (2): 133–42. doi:10.1007 / s002030000248. PMID  11285741.
  8. ^ Suyama A, Iwakiri R, Kai K, Tokunaga T, Sera N, Furukawa K (Temmuz 2001). "Tetrakloroeten ve polikloroetanların etkili bir şekilde halojenasyonunu giderebilen Desulfitobacterium türü Y51'in izolasyonu ve karakterizasyonu". Biyobilim, Biyoteknoloji ve Biyokimya. 65 (7): 1474–81. doi:10.1271 / bbb.65.1474. PMID  11515528.
  9. ^ Gerritse J, Drzyzga O, Kloetstra G, Keijmel M, Wiersum LP, Hutson R, Collins MD, Gottschal JC (Aralık 1999). "Desulfitobacterium frappieri TCE1 tarafından tetrakloroetenin dehalorespirasyonu üzerindeki farklı elektron vericilerinin ve alıcıların etkisi". Uygulamalı ve Çevresel Mikrobiyoloji. 65 (12): 5212–21. PMC  91707. PMID  10583967.
  10. ^ Miller E, Wohlfarth G, Diekert G (Aralık 1997). "Desulfitobacterium türü tür PCE-S'nin aracılık ettiği tetrakloroeten indirgeyici klorsuzlaştırma üzerine karşılaştırmalı çalışmalar". Mikrobiyoloji Arşivleri. 168 (6): 513–9. doi:10.1007 / s002030050529. PMID  9385143.
  11. ^ Shelobolina ES, VanPraagh CG, Lovley DR (Mart 2003). "Desulfitobacterium frappieri tarafından Solunum için Ferrik ve Demirli Demir İçeren Minerallerin Kullanımı". Jeomikrobiyoloji Dergisi. 20 (2): 143–156. doi:10.1080/01490450303884.
  12. ^ van de Pas BA, Harmsen HJ, Raangs GC, de Vos WM, Schraa G, Stams AJ (Haziran 2001). "Kloroetenleri veya klorofenolleri deklorine etmeyen insan dışkısından izole edilmiş bir Desulfitobacterium suşu". Mikrobiyoloji Arşivleri. 175 (6): 389–94. doi:10.1007 / s002030100276. PMID  11491079.
  13. ^ Comensoli L, Maillard J, Albini M, Sandoz F, Junier P, Joseph E (Mayıs 2017). "Arkeolojik Demiri Stabilize Etmek İçin Bakterilerin Kullanımı". Uygulamalı ve Çevresel Mikrobiyoloji. 83 (9). doi:10.1128 / AEM.03478-16. PMC  5394308. PMID  28283522.
  14. ^ Ringa, S .; Ambrogelly, A .; Polycarpo, C. R .; Soll, D. Desulfitobacterium Hafniense Pirolizil-TRNA Sentetaz tarafından Pirrolisinin TRNA'sının Tanınması. Nucleic Acids Research 2007, 35 (4), 1270–1278. https://doi.org/10.1093/nar/gkl1151.
  15. ^ a b Kim SH, Harzman C, Davis JK, Hutcheson R, Broderick JB, Marsh TL, Tiedje JM (Şubat 2012). "Desulfitobacterium hafniense DCB-2'nin genom dizisi, dehalojenasyon ve metal indirgeme yeteneğine sahip bir Gram-pozitif anaerob". BMC Mikrobiyoloji. 12: 21. doi:10.1186/1471-2180-12-21. PMC  3306737. PMID  22316246.
  16. ^ Nonaka H, ​​Keresztes G, Shinoda Y, Ikenaga Y, Abe M, Naito K, Inatomi K, Furukawa K, Inui M, Yukawa H (Mart 2006). "Dehalorespiring bakterisi Desulfitobacterium hafniense Y51'in tam genom dizisi ve Dehalococcoides ethenogenes 195 ile karşılaştırma". Bakteriyoloji Dergisi. 188 (6): 2262–74. doi:10.1128 / JB.188.6.2262-2274.2006. PMC  1428132. PMID  16513756.
  17. ^ Goris T, Hornung B, Kruse T, Reinhold A, Westermann M, Schaap PJ, Smidt H, Diekert G (2015). "Desulfitobacterium hafniense PCE-S taslak genom dizisi ve karakterizasyonu". Genomik Bilimlerde Standartlar. 10: 15. doi:10.1186/1944-3277-10-15. PMC  4511579. PMID  26203328.
  18. ^ Zhang X, Li GX, Chen SC, Jia XY, Wu K, Cao CL, Bao P (Şubat 2016). "Desulfitobacterium hafniense Suşu DH'nin, Çeltik Topraklarından İzole Edilen Sülfat İndirgeyen Bir Bakteri Taslak Genom Dizisi". Genom Duyuruları. 4 (1). doi:10.1128 / genomA.01693-15. PMC  4751313. PMID  26868389.
  19. ^ a b c d e Kruse T, Goris T, Maillard J, Woyke T, Lechner U, de Vos W, Smidt H (Aralık 2017). "Desulfitobacterium cinsinin karşılaştırmalı genomiği". FEMS Mikrobiyoloji Ekolojisi. 93 (12). doi:10.1093 / femsec / fix135. PMID  29040502.

daha fazla okuma

Dış bağlantılar