Dinamik enerji bütçesi teorisi - Dynamic energy budget theory

dinamik enerji bütçesi (DEB) teori resmi metabolik teori dinamik olarak açıklamak için tek bir niceliksel çerçeve sağlayan metabolizma enerji alımı, depolanması ve çeşitli maddelerin kullanımı hakkındaki varsayımlara dayalı olarak, bireysel düzeyde tüm canlı organizmaların (enerji ve kütle bütçeleri).[1][2][3][4][5][6][7][8][9] DEB teorisi, katı termodinamik ilkelere bağlıdır, evrensel olarak gözlemlenen modellerle motive edilir, türe özgü değildir ve farklı biyolojik organizasyon düzeylerini birbirine bağlar (hücreler, organizmalar, ve popülasyonlar ) enerjinin etkilerinin öngördüğü gibi.[8][9][10][11] DEB teorisine dayanan modeller, koruma, su ürünleri yetiştiriciliği, genel ekoloji ve ekotoksikolojiye kadar değişen gerçek yaşam uygulamaları ile 1000'den fazla türe başarıyla uygulanmıştır. [12][13] (ayrıca bkz. Evcil hayvanımı ekle koleksiyonu ). Teori, yeni ortaya çıkan alanın teorik temeline katkıda bulunuyor. metabolik ekoloji.

Varsayımların açıklığı ve ortaya çıkan tahminler, biyolojik organizasyonun çeşitli seviyelerinde çok çeşitli deneysel sonuçlara karşı test yapılmasını sağlar.[1][2][8][14][15] Teori, belirli fizyolojik özelliklerin vücut büyüklüğü ölçekleme ilişkileri gibi birçok genel gözlemi açıklar ve yaygın olarak kullanılan dolaylı kalorimetri yöntemine teorik bir temel sağlar.[4][7][8][16] Birkaç popüler ampirik model, DEB modelinin özel durumları veya çok yakın sayısal tahminlerdir.[1][16][17]

Teorik arka plan

Teori, enerjinin (ve besinlerin) alımını ve tahsisini ve bir organizmanın yaşam döngüsü boyunca fizyolojik organizasyonun sonuçlarını tanımlayan basit mekanik kurallar sunar; enerjetiklerin yaşlanma ile ilişkileri ve toksik maddelerin etkileri dahil.[1][2][4][6][8] DEB teorisinin varsayımları açık bir şekilde tasvir edilmiştir, yaklaşım, metabolik hızlardaki intra‐ ve spesifikler arası varyasyonla ilişkili mekanizmaları açıkça ayırt eder ve enerji akışları için denklemler, fizik ve basitlik ilkelerine göre matematiksel olarak türetilir.[1][2][18][19]

Teorinin temel taşları:

  • korunması kitle, enerji ve zaman,
  • yüzey alanı ve hacim arasındaki ilişkiler
  • stokiyometrik üretim üzerindeki kısıtlamalar
  • metaboliklerin örgütsel ayrılması modüller (asimilasyon, dağılma, büyüme)
  • güçlü ve zayıf homeostaz (Bölmelerin bileşimi sabittir; yiyecek sabit olduğunda organizmanın bileşimi sabittir)
  • Çevreden alınan substratlar, daha fazla metabolizma için kullanılmadan önce rezervlere dönüştürülür / dönüştürülür

Teori, bir organizmanın iki ana bölümden oluştuğunu belirtir: (enerji) rezervi ve yapı. Enerjinin asimilasyonu yapının yüzey alanıyla orantılıdır ve bakımı hacmi ile orantılıdır. Rezerv bakım gerektirmez. Enerji mobilizasyonu, enerji rezervinin nispi miktarına ve rezerv ile yapı arasındaki arayüze bağlı olacaktır. Harekete geçtiğinde, enerji iki kola ayrılır:

  • sabit bir oran (kappa, κ olarak adlandırılır) tahsis edilir büyüme (yapısal kütlenin artışı) ve yapının bakımı
  • kalan oran (1- κ) olgunlaşma süreçlerine (karmaşıklığın artması, düzenleme sistemlerinin kurulması, yeniden üretime hazırlık) ve elde edilen olgunluk düzeyinin sürdürülmesine (örneğin, savunma sistemlerinin bakımı dahil) tahsis edilir.

Bu nedenle κ kuralı, büyüme ve olgunlaşma süreçlerinin doğrudan rekabet etmediğini belirtir. Bakım diğer süreçlere enerji tahsis etmeden önce ödenmesi gerekir.[4][8]

Enerji edinimi ve tahsisi bağlamında, teori üç ana gelişim aşamasını kabul eder: embriyobeslenmeyen veya üremeyen, çocuk, besleyen ancak çoğalmayan ve yetişkin, hem besleyen hem de üremeye enerji ayıran. Bu yaşam aşamaları arasındaki geçişler şu şekilde belirtilen olaylarda gerçekleşir: doğum ve ergenlik, enerji olgunlaşmaya yatırıldığında ulaşılan ('seviyesi' olarak izlenir) olgunluk') belirli bir eşiğe ulaşır. Yetişkinlik döneminde olgunluk artmaz ve olgunluğun korunması olgunlukla orantılıdır.[1][2][4][8]

Rezerv ve yapının biyokimyasal bileşimi, genelleştirilmiş bileşikler ve sabittir (güçlü homeostaz varsayımı), ancak mutlaka aynı değildir. Gıdalardan rezerve (asimilasyon) ve rezervden yapıya (büyüme) biyokimyasal dönüşüm genel giderleri içerir. Bu genel giderler, somatik ve olgunluk süreçleriyle birlikte bakım ve üreme genel giderleri (rezervden üreme materyaline dönüşümdeki verimsizlikler), tümü oksijen tüketimine ve karbondioksit üretimine katkıda bulunur, yani. metabolizma.[1][4][6][8]

DEB modelleri

Tüm dinamik enerji bütçe modelleri, yaşam döngüsü boyunca tek bir organizmanın enerji bütçesini izler; Buna karşılık, "statik" enerji bütçe modelleri, belirli bir yaşam aşamasını tanımlar veya boyut bir organizmanın.[14][20] DEB teorisine dayalı modelin diğer modellerin çoğuna göre temel avantajı, enerji asimilasyonu ve kullanımı (rezerv dinamikleri ) ayrıştırılmış büyüme süreçleriyle eşzamanlı olarak, gelişme / olgunlaşma, ve bakım.[11][21][22] DEB teorisi, rezervler yapıdan ayrı olarak: bunlar iki durum değişkenleri fiziksel hacme katkıda bulunan ve (yetişkinlerin üreme tamponuyla birlikte) bir bireyin boyutunu tam olarak tanımlayan. Olgunluk (ayrıca bir durum değişkeni modelin) olgunlaşmaya ne kadar enerji harcandığını izler ve bu nedenle yaşam aşaması geçişlerinin (doğum ve ergenlik) meydana geldiği olgunluk düzeylerine göre organizmanın yaşam aşamasını belirler. Durum değişkenlerinin dinamikleri şu şekilde verilir: adi diferansiyel denklemler enerji alımı ve kullanımının başlıca süreçlerini içerir: asimilasyon, mobilizasyon, bakım, büyüme, olgunlaşma ve üreme.[1][2][4][5][7][8]

  • Gıda, diğer tüm metabolik süreçleri besleyen rezerv haline getirilir. Besleme hızı yüzey alanıyla orantılıdır; gıdanın işleme süresi ve gıdalardan rezerve dönüşüm verimliliği, gıda yoğunluğundan bağımsızdır.
  • Sabit bir mobilize rezerv fraksiyonu (kappa) somatik bakım artı büyümeye (soma), geri kalanı olgunluğun sürdürülmesine artı olgunlaşma veya üremeye tahsis edilir. Bakımın diğer süreçlere göre önceliği vardır. Somatik bakım, yapısal vücut hacmi ile orantılıdır ve olgunluğun korunması olgunluğa kadardır. Endotermler ve ozmotik işler için ısıtma maliyetleri (tatlı su organizmaları için) yüzey alanıyla orantılı somatik bakım maliyetleridir.
  • Aşama geçişleri, birikmiş yatırımın olgunlaşma eşik değerlerini aşıyor. Yaşam evreleri tipik olarak şunlardır: embriyo, genç ve yetişkin. Yeniden üretime tahsis edilen rezerv ilk önce bir tamponda biriktirilir. Tamponun gametlere dönüştürülmesine ilişkin kurallar türe özgüdür (örneğin, yumurtlama her mevsimde bir kez olabilir).

Parametreler Modelin her biri kişiye özeldir, ancak aynı türün bireyleri arasındaki benzerlikler türe özgü parametre tahminleri sağlar.[8][14][23] DEB parametreleri tahmini aynı anda çeşitli veri türlerinden.[14][23][24][25] Veri girişi ve parametre tahmini için rutinler ücretsiz yazılım paketi olarak mevcuttur DEBtool uygulanan MATLAB ortam, model yapım süreci ile bir Wiki tarzı kılavuz. Tahmini parametreler, adı verilen çevrimiçi kitaplıkta toplanır. Evcil hayvanımı ekle projesi.

Standart DEB modeli

Standart model, bir izomorf (sırasında şekli değişmeyen organizma ontogeny ) sabit bir bileşime sahip bir tür gıda ile beslenen (bu nedenle zayıf homeostaz geçerlidir, yani vücudun kimyasal bileşimi sabittir). Bireyin durum değişkenleri 1 rezerv, 1 yapı, olgunluk ve (yetişkin aşamasında) üreme tamponudur. Parametre değerleri ömür boyu sabittir. Doğumdaki rezerv yoğunluğu, yumurta oluşumundaki anneninkine eşittir. Fetüsler benzer şekilde gelişir, ancak gelişim sırasında anneden sınırsız miktarda rezerv alır.

Standart modelin uzantıları

DEB teorisi, aşağıdakiler gibi birçok yöne genişletilmiştir:

  • büyüme sırasındaki şekil değişikliklerinin etkileri (ör. V1-morphs ve V0-morphs )
  • standart olmayan embriyo-> juvenil-> yetişkin geçişleri, örneğin holometabolik böceklerde [26]
  • gerektiren daha fazla gıda türünün (substrat) dahil edilmesi sentezleme birimleri modellemek
  • Daha fazla rezervin (diğer organizmalarla beslenmeyen organizmalar için gereklidir) ve daha fazla yapının (bitkilerle uğraşmak için gereklidir) veya ekotoksikolojide uygulanabilir modelin basitleştirilmiş bir versiyonunun (DEBkiss) dahil edilmesi [27][28]
  • metabolik ürünlerin oluşumu ve atılımı (bunun temelini oluşturur sözdizimsel ilişkiler ve yararlı biyoteknoloji )
  • Serbest radikallerin üretimi (boyut ve beslenme durumuna bağlı olarak) ve bunların hayatta kalma üzerindeki etkileri (yaşlanma )
  • vücut parçalarının büyümesi (dahil tümörler )
  • kimyasal bileşiklerin etkileri (toksik maddeler ) parametre değerleri ve tehlike oranı ( etki konsantrasyonları yok çevre için risk değerlendirmesi ): DEBtoks yöntem
  • substratların mevcudiyetine adaptasyon (gen ifadesi) süreçleri (önemli biyolojik bozunma )

En yaygın tiplendirilmiş modellerin bir listesi ve açıklaması bulunabilir İşte.

Eleştiri

Ana eleştiri, teorinin resmi sunumuna (ağır matematiksel jargon), listelenen parametrelerin sayısına, sembol ağır gösterime ve modellenmiş (durum) değişkenlerin ve parametrelerin, doğrudan ölçülemeyen soyut nicelikler olduğu gerçeğine yöneliktir. hedef kitlesine (ekolojistler) ulaşma ve "etkili" bir teori olma olasılığı daha düşüktür.[2][18][19][29]

Bununla birlikte, daha yeni yayınlar, DEB teorisini "ekoloji-matematik boşluğunu kapatmak" için "sindirimi daha kolay" bir içerikte sunmayı amaçlamaktadır.[2][18][19] Verilerden DEB parametrelerinin tahmin edilmesine yönelik genel metodoloji, van der Meer 2006; Kooijman ve diğerleri 2008 hangi belirli bileşik parametrelerinin tek bir gıda yoğunluğunda birkaç basit gözlemden tahmin edilebileceğini ve birkaç gıda yoğunluğunda daha fazla miktar gözlenirse artan sayıda parametrenin nasıl tahmin edilebileceğini gösterir. Prensipte parametrelerin bilinebildiği doğal bir sıra mevcuttur. Ek olarak, veri girişi için rutinler ve parametre tahmini için komut dosyaları ücretsiz ve belgelenmiş bir yazılım paketi olarak mevcuttur DEBtool daha az matematik ve programlama geçmişine sahip kullanıcılar için kullanıma hazır bir araç sağlamayı amaçlamaktadır. Biyoenerjetik bir model için nispeten seyrek olarak gösterilen parametre sayısı,[10][20] Ana uygulamaya bağlı olarak değişir ve bir organizmanın tüm yaşam döngüsü tanımlandığından, veri seti oranı başına toplam parametre sayısı nispeten düşüktür.[14][15][30] DEB (özet) ve ölçülen özelliklerin ilişkilendirilmesi, yardımcı parametreleri içeren (DEB teorisi tarafından da tanımlanan ve DEBtool rutinler) ve ayrıca enerji-zaman ve kütle-zaman bağlamları arasında geçişi içerir.[2][1][31][9] Evcil hayvanımı ekle (AmP) proje, taksonlar arasında parametre örüntü değerlerini araştırır. DEB gösterimi, bilimin ana alanlarından sembollerin birleştirilmesinin bir sonucudur (Biyoloji, kimya, fizik, matematik ), sembolleri tutarlı tutmaya çalışırken teoride kullanılır.[8] Sembollerin kendileri biraz bilgi içerdiğinden [1][2][8] (görmek DEB gösterimi belge), DEB literatürünün çoğunda saklanırlar.

DEB teorisinin / modellerinin diğer yaklaşımlarla uyumluluğu (ve uygulanabilirliği)

Dinamik enerji bütçe teorisi, tüm yaşam formlarında ortak olan ve yaşamın başlangıcından bu yana metabolik organizasyonun evrimini anlamaya yardımcı olabilecek nicel bir metabolik organizasyon çerçevesi sunar.[5][8][10] Bu nedenle, yaygın olarak kullanılan diğer metabolik teori ile ortak bir amacı vardır: West-Brown-Enquist (WBE) ekolojinin metabolik teorisi, bu iki yaklaşımın yan yana analizine yol açtı.[3][14][15][32] İki teori bir dereceye kadar tamamlayıcı olarak kabul edilebilirse de,[11][33] farklı varsayımlar üzerine inşa edilmişlerdir ve farklı uygulama kapsamlarına sahiptirler.[3][11][14][15] Daha genel bir uygulanabilirliğe ek olarak, DEB teorisi, WBE teorisi için belirtilen tutarlılık sorunlarından muzdarip değildir.[3][11][15]

Başvurular

  • Evcil hayvanımı ekle (AmP) proje, 1000'den fazla tür için DEB modellerinin bir koleksiyonudur ve taksonlar arasında parametre değerlerinde modelleri araştırır. Parametre araştırması için rutinler şurada mevcuttur: AmPtool.
  • DEB teorisine dayanan modeller, altta yatan varsayımlardan sapmadan daha geleneksel biyoenerjetik modellere bağlanabilir.[11][31] Bu, model performansının karşılaştırılmasına ve test edilmesine olanak tanır.
  • Bir DEB modülü (DEB teorisine dayanan fizyolojik model), çevresel kısıtlamalar altındaki bireylerin fizyolojik tepkilerini yeniden yapılandırmak ve tahmin etmek için başarıyla uygulandı. [34][35][36]
  • Ekolojik toksikolojik mekanik modellerde bir DEB modülü de yer almaktadır (DEBtox uygulaması ) toksik maddelerin ölümcül olmayan etkilerini modellemek için (örn. üreme veya büyüme oranındaki değişiklik) [27][28][37][38][39]
  • Aynı matematiksel çerçevenin farklı türlere ve yaşam evrelerine sahip organizmalara yaklaşımının ve uygulanabilirliğinin genelliği, parametre değerleri temelinde türler arası ve türler arası karşılaştırmalara olanak sağlar,[3][21] ve evrimsel bağlamda parametre değerlerinde modellerin teorik / ampirik keşfi,[40] örneğin odaklanmak gelişme,[41][42][22][43] belirli bir ortamda enerji kullanımı,[44][45][46] üreme[47] karşılaştırmalı enerji,[48][49] ve metabolik hızlarla bağlantılı toksikolojik duyarlılık.[50]
  • Desenler üzerinde çalışmak vücut ölçüsü ölçekleme ilişkiler: Modelin varsayımları, bir organizmadaki tüm enerji ve kütle akışlarını nicelleştirir ( sıcaklık, dioksijen, karbon dioksit, amonyak ) kullanmaktan kaçınırken allometrik ilişkiler.[8][21][40] Ek olarak, aynı parametreler türler arasında aynı süreçleri tanımlar: örneğin, endotermler (yüzey alanıyla orantılı) her ikisinin de hacme bağlı metabolik maliyetlerinden ayrı kabul edilir. ektotermler ve endotermler ve büyümenin maliyeti, hepsi katkıda bulunsa da metabolizma organizmanın.[8] Türler arasında parametre değerlerinin birlikte varyasyonu için kurallar, model varsayımları tarafından ima edilir ve parametre değerleri, allometrik parametrelere bağlanabilecek boyutsal tutarsızlıklar olmadan doğrudan karşılaştırılabilir.[14][21] Boyutla birlikte değişen DEB parametrelerinin bir fonksiyonu olarak yazılabilen herhangi bir eko-fizyolojik miktar, bu nedenle maksimum vücut büyüklüğünün bir fonksiyonu olarak da yazılabilir.[8]
  • DEB teorisi, hücre altı süreçlerin metabolik organizasyonu üzerinde kısıtlamalar sağlar.[4][10] Bireyler arasındaki etkileşim kurallarıyla birlikte (rekabet, sözdizimi, av-avcı ilişkileri), aynı zamanda popülasyon ve ekosistem dinamiklerini anlamak için bir temel sağlar.[10][51]

Bilimsel literatürde daha birçok uygulama örneği yayınlanmıştır.[12]

Ayrıca bakınız

Referanslar

  1. ^ a b c d e f g h ben j Sousa, Tânia; Domingos, Tiago; Kooijman, S.A. L. M. (2008). "Ampirik modellerden teoriye: biçimsel bir metabolik yaşam teorisi". Royal Society of London B'nin Felsefi İşlemleri: Biyolojik Bilimler. 363 (1502): 2453–2464. doi:10.1098 / rstb.2007.2230. ISSN  0962-8436. PMC  2606805. PMID  18331988.
  2. ^ a b c d e f g h ben j Jusup, Marko; Sousa, Tânia; Domingos, Tiago; Labinac, Velimir; Marn, Nina; Wang, Zhen; Klanjšček, Tin (2017). "Metabolik organizasyon fiziği". Physics of Life Yorumları. 20: 1–39. Bibcode:2017PhLRv..20 .... 1J. doi:10.1016 / j.plrev.2016.09.001. PMID  27720138.
  3. ^ a b c d e van der Meer, Jaap (2006). "Ekolojide metabolik teoriler". Ekoloji ve Evrimdeki Eğilimler. 21 (3): 136–140. doi:10.1016 / j.tree.2005.11.004. ISSN  0169-5347. PMID  16701489.
  4. ^ a b c d e f g h Kooijman, S.A. L.M. (2001). "Metabolik organizasyonun kantitatif yönleri: kavramların tartışılması". Royal Society of London B'nin Felsefi İşlemleri: Biyolojik Bilimler. 356 (1407): 331–349. doi:10.1098 / rstb.2000.0771. ISSN  0962-8436. PMC  1088431. PMID  11316483.
  5. ^ a b c Kooijman, S.A. L. M .; Troost, T.A. (2007-02-01). "Dinamik Enerji Bütçesi teorisinde belirtildiği gibi metabolik organizasyonun evrimindeki nicel adımlar". Biyolojik İncelemeler. 82 (1): 113–142. doi:10.1111 / j.1469-185x.2006.00006.x. ISSN  1469-185X. PMID  17313526. S2CID  801451.
  6. ^ a b c M., Kooijman, S.A. L. (1993). Biyolojik sistemlerde dinamik enerji bütçeleri: ekotoksikolojide teori ve uygulamalar. Cambridge: Cambridge University Press. ISBN  978-0521452236. OCLC  29596070.
  7. ^ a b c M., Kooijman, S.A. L. (2000). Biyolojik sistemlerde dinamik enerji ve kütle bütçeleri. Kooijman, S.A. L. M. (2. baskı). Cambridge, İngiltere: Cambridge University Press. ISBN  978-0521786089. OCLC  42912283.
  8. ^ a b c d e f g h ben j k l m n Ö p Kooijman, S.A. L. M. (2010). Metabolik Organizasyon için Dinamik Enerji Bütçesi Teorisi. Cambridge University Press. ISBN  9780521131919.
  9. ^ a b c Sousa, Tânia; Domingos, Tiago; Poggiale, J.-C .; Kooijman, S.A. L. M. (2010). "Dinamik enerji bütçesi teorisi, biyolojide tutarlılığı yeniden sağlar". Royal Society of London B'nin Felsefi İşlemleri: Biyolojik Bilimler. 365 (1557): 3413–3428. doi:10.1098 / rstb.2010.0166. ISSN  0962-8436. PMC  2981977. PMID  20921042.
  10. ^ a b c d e Nisbet, R. M .; Muller, E. B .; Lika, K .; Kooijman, S.A. L. M. (2008). "Dinamik enerji bütçe modelleri aracılığıyla moleküllerden ekosistemlere". Hayvan Ekolojisi Dergisi. 69 (6): 913–926. doi:10.1111 / j.1365-2656.2000.00448.x.
  11. ^ a b c d e f Maino, James L .; Kearney, Michael R .; Nisbet, Roger M .; Kooijman, Sebastiaan A.L.M. (2014-01-01). "Metabolik ölçeklendirme için uzlaştırıcı teoriler". Hayvan Ekolojisi Dergisi. 83 (1): 20–29. doi:10.1111/1365-2656.12085. ISSN  1365-2656. PMID  23668377.
  12. ^ a b "Zotero DEB bilimsel literatür kütüphanesi".
  13. ^ van der Meer, Jaap; Klok, Chris; Kearney, Michael R .; Wijsman, Jeroen W.M .; Kooijman, Sebastiaan A.L.M. (2014). "35 yıllık DEB araştırması". Deniz Araştırmaları Dergisi. 94: 1–4. Bibcode:2014JSR .... 94 .... 1V. doi:10.1016 / j.seares.2014.09.004.
  14. ^ a b c d e f g h van der Meer, Jaap (2006). "Parametre tahminine özel vurgu yapan Dinamik Enerji Bütçesi (DEB) modellerine giriş". Deniz Araştırmaları Dergisi. 56 (2): 85–102. Bibcode:2006JSR .... 56 ... 85V. doi:10.1016 / j.seares.2006.03.001. ISSN  1385-1101.
  15. ^ a b c d e Kearney, Michael R .; Beyaz Craig R. (2012-11-01). "Metabolik Teorileri Test Etmek" (PDF). Amerikan Doğa Uzmanı. 180 (5): 546–565. doi:10.1086/667860. ISSN  0003-0147. PMID  23070317. S2CID  1733463.
  16. ^ a b Kooijman, S.A.L.M. (1988). "Fizyolojik parametrelerin bir fonksiyonu olarak von Bertalanffy büyüme oranı: karşılaştırmalı bir analiz". Hallam'da, G Thomas; Gross, J. L .; Levin, A.S. (eds.). Matematiksel Ekoloji - Sonbahar Kursu Araştırma Seminerleri Bildirileri Uluslararası Ctr For Theoretical Physics. # YOK. sayfa 3–45. ISBN  9789814696777.
  17. ^ Kooijman, S.A.L.M. (1986-08-07). "Enerji bütçeleri vücut büyüklüğü ilişkilerini açıklayabilir". Teorik Biyoloji Dergisi. 121 (3): 269–282. doi:10.1016 / S0022-5193 (86) 80107-2. ISSN  0022-5193.
  18. ^ a b c Ledder Glenn (2014). "Temel Dinamik Enerji Bütçe Modeli ve Bazı Çıkarımlar". Biyomatematikte Mektuplar. 1:2 (2): 221–233. doi:10.1080/23737867.2014.11414482.
  19. ^ a b c Sarà, Gianluca; Rinaldi, Alessandro; Montalto Valeria (2014-12-01). "Organizma enerji kullanımının ötesinde düşünmek: deniz organizmalarındaki yaşam öyküsü özelliklerinin tahminleri için özellik tabanlı bir biyoenerjetik mekanik yaklaşım". Deniz Ekolojisi. 35 (4): 506–515. Bibcode:2014 MarEc..35..506S. doi:10.1111 / maec.12106. hdl:10447/104609. ISSN  1439-0485.
  20. ^ a b Lika, Konstadia; Nisbet, Roger M. (2000-10-01). "Net üretimin bölünmesine dayanan Dinamik Enerji Bütçesi modeli". Matematiksel Biyoloji Dergisi. 41 (4): 361–386. doi:10.1007 / s002850000049. ISSN  0303-6812. PMID  11103872. S2CID  46678581.
  21. ^ a b c d Zonneveld, C; Kooijman, S (1993). "Embriyo gelişiminin karşılaştırmalı kinetiği". Matematiksel Biyoloji Bülteni. 55 (3): 609–635. doi:10.1016 / s0092-8240 (05) 80242-3. PMID  8364420.
  22. ^ a b Mueller, Casey A .; Augustine, Starrlight; Kooijman, Sebastiaan A.L.M .; Kearney, Michael R .; Seymour Roger S. (2012). "Kurbağalarda hızlı gelişme sırasında olgunlaşma ve büyüme arasındaki değiş tokuş". Karşılaştırmalı Biyokimya ve Fizyoloji Bölüm A: Moleküler ve Bütünleştirici Fizyoloji. 163 (1): 95–102. doi:10.1016 / j.cbpa.2012.05.190. PMID  22613786.
  23. ^ a b Marques, G.M., Lika, K., Augustine, S., Pecquerie, L., Domingos, T. ve Kooijman, S.A. L. M (2018). "AmP projesi: Türleri Dinamik Enerji Bütçesi Parametreleri Bazında Karşılaştırma". PLOS Hesaplamalı Biyoloji. 14 (5): e1006100. Bibcode:2018PLSCB..14E6100M. doi:10.1371 / journal.pcbi.1006100. PMC  5962104. PMID  29742099. Alındı 2018-04-05.CS1 bakimi: birden çok ad: yazarlar listesi (bağlantı)
  24. ^ Lika, Konstadia; Kearney, Michael R .; Freitas, Vânia; Veer, Henk W. van der; Meer, Jaap van der; Wijsman, Johannes W.M .; Pecquerie, Laure; Kooijman, Sebastiaan A.L.M. (2011). "Standart Dinamik Enerji Bütçe modeli I: Felsefe ve yaklaşımın parametrelerini tahmin etmek için" kovaryasyon yöntemi ". Deniz Araştırmaları Dergisi. 66 (4): 270–277. Bibcode:2011JSR .... 66..270L. doi:10.1016 / j.seares.2011.07.010.
  25. ^ Kooijman, S.A. L. M .; Sousa, T .; Pecquerie, L .; Meer, J. Van Der; Jager, T. (2008-11-01). "Gıdaya bağlı istatistiklerden metabolik parametrelere, dinamik enerji bütçesi teorisinin kullanımına yönelik pratik bir kılavuz". Biyolojik İncelemeler. 83 (4): 533–552. doi:10.1111 / j.1469-185x.2008.00053.x. ISSN  1469-185X. PMID  19016672. S2CID  406961.
  26. ^ Llandres, Ana L .; Marques, Gonçalo M .; Maino, James L .; Kooijman, S.A. L. M .; Kearney, Michael R .; Casas, Jérôme (2015-08-01). "Holometabolous böceklerin tüm yaşam döngüsü için dinamik bir enerji bütçesi". Ekolojik Monograflar. 85 (3): 353–371. doi:10.1890/14-0976.1. ISSN  1557-7015.
  27. ^ a b Jager, Tjalling; Zimmer, Elke I. (2012). "Ekotoksisite verilerini analiz etmek için basitleştirilmiş Dinamik Enerji Bütçesi modeli". Ekolojik Modelleme. 225: 74–81. doi:10.1016 / j.ecolmodel.2011.11.012.
  28. ^ a b Jager, Tjalling; Martin, Benjamin T .; Zimmer, Elke I. (2013). "DEBkiss veya hayvan yaşamı tarihinin en basit jenerik modeli arayışı". Teorik Biyoloji Dergisi. 328: 9–18. doi:10.1016 / j.jtbi.2013.03.011. PMID  23523873.
  29. ^ Marquet, Pablo A .; Allen, Andrew P .; Brown, James H .; Dunne, Jennifer A .; Enquist, Brian J .; Gillooly, James F .; Gowaty, Patricia A .; Green, Jessica L .; Harte, John (2014/08/01). "Ekolojide Teori Üzerine". BioScience. 64 (8): 701–710. doi:10.1093 / biosci / biu098. ISSN  0006-3568.
  30. ^ Kearney, Michael R .; Domingos, Tiago; Nisbet, Roger (2015/04/01). "Dinamik Enerji Bütçesi Teorisi: Ekoloji İçin Etkin ve Genel Bir Teori". BioScience. 65 (4): 341. doi:10.1093 / biosci / biv013. ISSN  0006-3568.
  31. ^ a b Nisbet, Roger M .; Jusup, Marko; Klanjscek, Tin; Pecquerie, Laure (2012-03-15). "Dinamik enerji bütçesi (DEB) teorisini geleneksel biyoenerjetik modellerle bütünleştirme". Deneysel Biyoloji Dergisi. 215 (6): 892–902. doi:10.1242 / jeb.059675. ISSN  0022-0949. PMID  22357583.
  32. ^ White, Craig R .; Kearney, Michael R .; Matthews, Philip G. D .; Kooijman, Sebastiaan A. L. M .; Marshall, Dustin J. (2011-12-01). "Metabolik Ölçeklendirme için Rakip Teorilerin Manipülatif Testi" (PDF). Amerikan Doğa Uzmanı. 178 (6): 746–754. doi:10.1086/662666. ISSN  0003-0147. PMID  22089869. S2CID  13736270.
  33. ^ Brown, James H .; Gillooly, James F .; Allen, Andrew P .; Savage, Van M .; Batı, Geoffrey B. (2004-07-01). "Metabolik Ekoloji Teorisine Doğru". Ekoloji. 85 (7): 1771–1789. doi:10.1890/03-9000. ISSN  1939-9170.
  34. ^ Kearney, Michael; Porter, Warren (2009-04-01). "Mekanistik niş modelleme: türlerin aralıklarını tahmin etmek için fizyolojik ve mekansal verileri birleştirmek". Ekoloji Mektupları. 12 (4): 334–350. doi:10.1111 / j.1461-0248.2008.01277.x. ISSN  1461-0248. PMID  19292794.
  35. ^ Huey, Raymond B .; Kearney, Michael R .; Krockenberger, Andrew; Holtum, Joseph A. M .; Jess, Mellissa; Williams, Stephen E. (2012-06-19). "İklim ısınmasına karşı organizmanın savunmasızlığını tahmin etmek: davranış, fizyoloji ve adaptasyon rolleri". Phil. Trans. R. Soc. B. 367 (1596): 1665–1679. doi:10.1098 / rstb.2012.0005. ISSN  0962-8436. PMC  3350654. PMID  22566674.
  36. ^ Kearney, Michael; Simpson, Stephen J .; Raubenheimer, David; Helmuth Brian (2010-11-12). "Ekolojik nişin işlevsel özelliklerden modellenmesi". Royal Society of London B'nin Felsefi İşlemleri: Biyolojik Bilimler. 365 (1557): 3469–3483. doi:10.1098 / rstb.2010.0034. ISSN  0962-8436. PMC  2981966. PMID  20921046.
  37. ^ Jager, Tjalling (2015-08-11). "Kimyasal stresi anlamlandırma". leanpub.com. Alındı 2018-04-04.
  38. ^ Jager, Tjalling; Heugens, Evelyn H. W .; Kooijman, Sebastiaan A.L.M. (2006-04-01). "Ekotoksikolojik Test Sonuçlarını Anlamlandırma: Proses Tabanlı Modellerin Uygulamasına Doğru". Ekotoksikoloji. 15 (3): 305–314. CiteSeerX  10.1.1.453.1811. doi:10.1007 / s10646-006-0060-x. ISSN  0963-9292. PMID  16739032. S2CID  18825042.
  39. ^ Jager, Tjalling; Vandenbrouck, Tine; Baas, Jan; Coen, Wim M. De; Kooijman, Sebastiaan A.L.M. (2010-02-01). "Yaşam döngüsü boyunca birden fazla son noktanın karışım toksisitesi için biyoloji tabanlı bir yaklaşım". Ekotoksikoloji. 19 (2): 351–361. doi:10.1007 / s10646-009-0417-z. ISSN  0963-9292. PMC  2811243. PMID  19771510.
  40. ^ a b Lika, Konstadia; Kearney, Michael R .; Kooijman, Sebastiaan A.L.M. (2011). "Standart Dinamik Enerji Bütçe modeli II: Özellikler ve ön modeller" parametrelerini tahmin etmek için "kovaryasyon yöntemi". Deniz Araştırmaları Dergisi. 66 (4): 278–288. Bibcode:2011JSR .... 66..278L. doi:10.1016 / j.seares.2011.09.004.
  41. ^ Kooijman, S.A.L.M .; Pecquerie, L .; Augustine, S .; Jusup, M. (2011). "Balık gelişiminde hızlanma senaryoları ve metamorfozun rolü". Deniz Araştırmaları Dergisi. 66 (4): 419–423. Bibcode:2011JSR .... 66..419K. doi:10.1016 / j.seares.2011.04.016.
  42. ^ Kooijman, S.A.L.M. (2014). "Hayvan ontogenisinde metabolik hızlanma: Evrimsel bir bakış açısı". Deniz Araştırmaları Dergisi. 94: 128–137. Bibcode:2014JSR .... 94..128K. doi:10.1016 / j.seares.2014.06.005.
  43. ^ Kooijman, S. a. L.M. (1986-02-01). "Tavuk yumurtaları hakkında ne söyleyebilir: enerji bütçelerine dayalı yumurta gelişimi". Matematiksel Biyoloji Dergisi. 23 (2): 163–185. doi:10.1007 / BF00276955. ISSN  0303-6812. PMID  3958633. S2CID  20241067.
  44. ^ Kooijman, S.A. L. M. (2013-03-01). "Acele etmek için israf: dinamik enerji bütçeleri, çiçek açan kaynakları tam olarak kullanmak için israf etme ihtiyacını açıklıyor". Oikos. 122 (3): 348–357. doi:10.1111 / j.1600-0706.2012.00098.x. ISSN  1600-0706.
  45. ^ Lika, Konstadia; Augustine, Starrlight; Pecquerie, Laure; Kooijman, Sebastiaan A.L.M. (2014). "Standart DEB modeli ile verilerden parametre uzayına bağlantı, arz-talep spektrumunu nicelleştirir". Teorik Biyoloji Dergisi. 354: 35–47. doi:10.1016 / j.jtbi.2014.03.025. PMID  24662502.
  46. ^ Marn, Nina; Jusup, Marko; Legović, Tarzan; Kooijman, S.A.L.M .; Klanjšček, Tin (2017). "Caretta caretta kaplumbağalarının büyüme, üreme ve yaşam öyküsü özellikleri üzerindeki çevresel etkiler" (PDF). Ekolojik Modelleme. 360: 163–178. doi:10.1016 / j.ecolmodel.2017.07.001.
  47. ^ Kooijman, Sebastiaan A. L. M .; Lika, Konstadia (2014-11-01). "Hayvanlarda üreme için kaynak tahsisi". Biyolojik İncelemeler. 89 (4): 849–859. doi:10.1111 / brv.12082. ISSN  1469-185X. PMID  24517882. S2CID  20357527.
  48. ^ Lika, Konstadia; Kooijman, Sebastiaan A.L.M. (2011). "Bütçe modellerinde enerji dağıtımının karşılaştırmalı topolojisi". Deniz Araştırmaları Dergisi. 66 (4): 381–391. Bibcode:2011JSR .... 66..381L. doi:10.1016 / j.seares.2011.10.005.
  49. ^ Kooijman, Sebastiaan A.L.M .; Lika, Konstadia (2014). "Dinamik enerji bütçeleri temelinde 5 balık sınıfının karşılaştırmalı enerjileri". Deniz Araştırmaları Dergisi. 94: 19–28. Bibcode:2014JSR .... 94 ... 19K. doi:10.1016 / j.seares.2014.01.015.
  50. ^ Baas, Jan; Kooijman, Sebastiaan A.L.M. (2015/04/01). "Hayvanların kimyasal bileşiklere duyarlılığı, metabolik hıza bağlanır". Ekotoksikoloji. 24 (3): 657–663. doi:10.1007 / s10646-014-1413-5. ISSN  0963-9292. PMID  25564013. S2CID  11235066.
  51. ^ Kooijman, S.A.L.M. (2014-03-11). "Bütçe bazında nüfus dinamikleri". Metz'de, Johan A .; Diekmann, Odo (editörler). Fizyolojik Olarak Yapılandırılmış Popülasyonların Dinamikleri. Springer. s. 266–297. ISBN  9783662131596.

daha fazla okuma

Dış bağlantılar

  • DEBwiki - DEB teorisi ile bağlantılı etkinlikler, yazılım araçları, koleksiyonlar, araştırma grupları vb. bağlantıların bulunduğu ana sayfa
  • Evcil hayvanımı ekle (AmP) proje portalı - DEB modeli parametre değerlerinin tahmin edildiği türlerin koleksiyonu ve etkileri, türler arası parametre desenleri
  • Zotero DEB kitaplığı - DEB teorisi üzerine bilimsel literatür koleksiyonu
  • DEB Bilgileri sayfa