Genom çapında karmaşık özellik analizi - Genome-wide complex trait analysis

Genom çapında karmaşık özellik analizi (GCTA) Genom bazlı sınırlı maksimum olasılık (GREML) için istatistiksel bir yöntemdir varyans Genetikte bir özelliğin toplam dar anlamda (katkı) katkısını ölçen bileşen tahmini kalıtım genetik varyantların belirli bir alt kümesinin (tipik olarak SNP'ler ile MAF >% 1, dolayısıyla "çip kalıtsallığı" / "SNP kalıtılabilirliği" gibi terimler). Bu, ilgisiz bireylerin şans genetik benzerliğini doğrudan ölçerek ve bunu bir özellik üzerindeki ölçülen benzerlikleriyle karşılaştırarak yapılır; Eğer iki ilgisiz birey genetik olarak nispeten benzerse ve aynı zamanda benzer özellik ölçümlerine sahipse, ölçülen genetik muhtemelen bu özelliği nedensel olarak etkileyecektir ve korelasyon bir dereceye kadar ne kadarını söyleyebilir. Bu, bireyler arasındaki ikili özellik farklılıklarının karelerinin hesaplanmış ilişkililik derecelerine göre çizilmesiyle gösterilebilir.[1] GCTA çerçevesi çeşitli ayarlarda uygulanabilir. Örneğin, yaşlanma ve gelişme üzerindeki kalıtımdaki değişiklikleri incelemek için kullanılabilir.[2] Ayrıca iki değişkenli analiz etmek için genişletilebilir genetik korelasyonlar özellikler arasında.[3] GCTA'nın mevcut SNP verileri üzerinde kullanıldığında güvenilir mi yoksa kararlı kalıtsallık tahminleri mi oluşturduğuna dair devam eden bir tartışma vardır.[4] Yöntem, genlerin çevreye karşı eski ve yanlış ikilemine dayanmaktadır. Aynı zamanda duyarlılık gibi ciddi metodolojik zayıflıklardan muzdariptir. nüfus katmanlaşması.[5]

GCTA kalıtım tahminleri yararlıdır çünkü daha düşük sınırlar sağlarlar[6] gibi özelliklere genetik katkılar için zeka kullanılan varsayımlara güvenmeden ikiz çalışmalar ve diğer aile ve soyağacı çalışmalar, böylece onları doğruluyor[7][8][9] ve kuyu tasarımını sağlamakgüçlendirilmiş genom çapında ilişkilendirme çalışması (GWAS), ilgili spesifik genetik varyantları bulmak için tasarlar. Örneğin,% 30 SNP kalıtsallığına ilişkin bir GCTA tahmini,% 70'lik daha büyük bir toplam genetik kalıtım ile tutarlıdır. Bununla birlikte, GCTA tahmini ~% 0 ise, bu üç şeyden birini ifade eder: a) genetik katkı yoktur, b) genetik katkı tamamen dahil edilmeyen genetik varyantlar biçimindedir veya c) genetik katkı tamamen katkı dışı etkiler biçimindedir. epistasis /hakimiyet. GCTA'yı tek tek kromozomlar üzerinde çalıştırmak ve her bir kromozom tarafından açıklanan özellik varyansının tahmini oranını o kromozomun uzunluğuna göre geriletmek, sorumlu genetik varyantların kümelenip kümelenmediğini veya genom boyunca eşit bir şekilde dağılmış olup olmadığını ortaya çıkarabilir. cinsiyete bağlı. Kromozomlar elbette daha ince taneli veya işlevsel olarak bilgilendirilmiş alt bölümlerle değiştirilebilir. Genetik korelasyonların incelenmesi, zeka ve sosyoekonomik durum gibi gözlenen korelasyonların ne ölçüde aynı genetik özelliklerden kaynaklandığını ortaya çıkarabilir ve hastalıklar söz konusu olduğunda, ortaklaşa ilişkili genetik varyasyondan çıkarılabilecek ortak nedensel yolları gösterebilir. şizofreni ve diğer akıl hastalıkları veya azalmış zeka ile.

Tarih

Standart kullanarak biyoloji / hayvan yetiştiriciliğinde tahmin ANOVA /REML kalıtım, paylaşılan çevre, anne etkileri vb. gibi varyans bileşenlerinin yöntemleri tipik olarak ebeveyn / çocuk gibi bilinen ilişkiye sahip bireyleri gerektirir; bu genellikle mevcut değildir veya soy ağacı verileri güvenilir değildir, bu da yöntemlerin uygulanamamasına veya tüm yetiştiriciliğin katı laboratuvar kontrolünün yapılmasına neden olur dış geçerlilik Tüm tahminler) ve birkaç yazar, ilişkinin doğrudan genetik belirteçlerden ölçülebileceğini (ve eğer bireyler makul bir şekilde ilişkili olsaydı, ekonomik olarak istatistiksel güç için ekonomik olarak az sayıda belirtecin elde edilmesi gerekeceğini) belirterek, Kermit Ritland'ın 1996'da doğrudan ölçülen ikili ilişki, ikili fenotip ölçümleriyle karşılaştırılabilir (Ritland 1996, "Doğal Popülasyonlarda Kantitatif Kalıtım Hakkında Çıkarımlar için Marker Tabanlı Bir Yöntem"[10]).

Genom dizileme maliyetleri 2000'lerde hızla düştüğü için, çok uzaktaki bireyleri kullanarak güvenilir tahminler için yeterli konuda yeterli sayıda işaretçi elde etmek mümkün hale geldi. Yöntemin insanlara erken uygulaması, Visscher ve ark. 2006[11]/2007,[12] kardeşlerin gerçek ilişkilerini tahmin etmek ve doğrudan genetikten kalıtsallığı tahmin etmek için SNP belirteçlerini kullandı. İnsanlarda, orijinal hayvan / bitki uygulamalarının aksine, akrabalık genellikle 'vahşi popülasyona' yüksek güven ile bilinir ve GCTA'nın yararı, klasik davranışsal genetik tasarımların varsayımlarından kaçınmak ve sonuçlarını doğrulamak ve kalıtımsallığı şu şekilde bölümlere ayırmakla daha çok bağlantılıdır: SNP sınıfı ve kromozomlar. İnsanlarda uygun GCTA'nın ilk kullanımı 2010 yılında yayınlandı, insan boyunda% 45 varyans bulunması dahil edilen SNP'ler ile açıklanabilir.[13][14] (Yükseklikteki büyük GWAS'lar tahmini doğruladı.[15]) GCTA algoritması daha sonra tanımlandı ve 2011'de bir yazılım uygulaması yayınlandı.[16] O zamandan beri insanlarda çok çeşitli biyolojik, tıbbi, psikiyatrik ve psikolojik özellikleri incelemek için kullanıldı ve birçok değişken yaklaşıma ilham verdi.

Faydaları

Sağlam kalıtım

İkiz ve aile çalışmaları, belirli genetik ve çevresel neden kategorileri tarafından açıklanan varyansı tahmin etmek için uzun süredir kullanılmaktadır. İncelenen çok çeşitli insan özellikleri arasında, tipik olarak minimum paylaşılan çevre etkisi, önemli ölçüde paylaşılmayan çevre etkisi ve büyük bir genetik bileşen (çoğunlukla katkı maddesi) vardır; bu, ortalama olarak ~% 50 ve bazen bu tür bazı özellikler için çok daha yüksektir. yükseklik veya zeka olarak.[17] Bununla birlikte, ikiz ve aile çalışmaları, eşit ortamlar varsayımı gibi (ortamların eşit olduğu varsayımı) doğrulanması zor veya imkansız olan bir dizi varsayıma dayandıkları için eleştirilmiştir. monozigotik ve dizigotik İkizler eşit derecede benzerdir), zigotluğun yanlış sınıflandırılmadığına (kardeş için özdeştir ve tam tersi), ikizlerin genel popülasyonu temsil etmediğine ve çeşitli çiftleşme. Bu varsayımların ihlali, parametre tahminlerinde hem yukarı hem de aşağı yönlü yanlılığa neden olabilir.[18] (Bu tartışma ve eleştiri özellikle IQ'nun kalıtsallığı.)

İlgisiz denek katılımcılarından alınan SNP veya tüm genom verilerinin kullanımı (katılımcılarla çok ilgili, tipik olarak> 0.025 veya ~ dördüncü kuzen benzerlik seviyeleri, kaldırılıyor ve birkaç Ana bileşenleri önlemek ve kontrol etmek için regresyona dahil edildi nüfus katmanlaşması ) birçok kalıtsallık eleştirisini atlar: ikizler genellikle tamamen karışmaz, eşit muamele sorusu yoktur, ilişkililik kesin olarak tahmin edilir ve örnekler çok çeşitli konulardan alınır.

İkiz çalışma varsayımlarının ihlallerine karşı daha sağlam olmanın yanı sıra, SNP verilerinin toplanması daha kolay olabilir çünkü nadir ikizler gerektirmez ve bu nedenle nadir özellikler için kalıtım da tahmin edilebilir (gerekli düzeltme ile tespit önyargısı ).

GWAS gücü

GCTA tahminleri şu sorunu çözmek için kullanılabilir: Kalıtım problemini kaçırmak ve tasarım Genom genelinde istatistiksel olarak önemli isabetler verecek GWAS'lar. Bu, GCTA tahminini daha küçük GWAS'lerin sonuçlarıyla karşılaştırarak yapılır. SNP verilerini kullanan n = 10k'lik bir GWAS herhangi bir isabeti ortaya çıkaramazsa, ancak GCTA, SNP'ler tarafından açıklanan yüksek bir kalıtsallığı gösterirse, bu, çok sayıda varyantın dahil olduğu anlamına gelir (çokgenlik ) ve bu nedenle, her SNP'nin etkisini doğru bir şekilde tahmin etmek ve GCTA kalıtımının bir kısmını doğrudan hesaba katmak için çok daha büyük GWAS'lar gerekli olacaktır.

Dezavantajları

  1. Sınırlı çıkarım: GCTA tahminleri, yalnızca SNP'lerden kaynaklanan kalıtsallığı tahmin ettikleri için ikiz / aile çalışmaları gibi geniş kapsamlı kalıtımı tahmin edemedikleri için doğal olarak sınırlıdır. Bu nedenle, ikiz / aile çalışmalarının tarafsızlığı konusunda kritik bir kontrol görevi görürken, GCTA'lar bir özelliğe toplam genetik katkıları tahmin etmek için bunların yerini alamaz.
  2. Önemli veri gereksinimleri: Kişi başına genotiplendirilen SNP sayısı, makul genetik benzerlik tahminleri için binler ve ideal olarak yüzbinler olmalıdır (bu artık yüzbinlerce veya milyonlarca varsayılana sahip mevcut ticari yongalar için böyle bir sorun olmasa da) belirteçler); ve makul SNP kalıtsallığının biraz istikrarlı tahminleri için kişi sayısı en az olmalıdır n> 1000 ve ideal olarak n>10000.[19] Buna karşılık, ikiz çalışmalar, örneklem büyüklüğünün bir kısmıyla kesin tahminler sunabilir.
  3. Hesaplamalı verimsizlik: Orijinal GCTA uygulaması, artan veri boyutuyla (), dolayısıyla kesin GCTA tahminleri için yeterli veri mevcut olsa bile, hesaplama yükü uygulanabilir olmayabilir. GCTA, standart bir hassas ağırlıklı sabit etkili meta-analiz olarak meta analiz edilebilir,[20] bu nedenle araştırma grupları bazen kohortları veya alt kümeleri tahmin eder ve daha sonra bunları meta-analitik olarak bir araya getirir (ek karmaşıklık ve bir miktar hassasiyet kaybı pahasına). Bu, kullanmak gibi farklı varsayımlar yapan daha hızlı uygulamaların ve değişken algoritmaların oluşturulmasını motive etmiştir. an eşleştirme.[21]
  4. Ham veri ihtiyacı: GCTA tüm deneklerin genetik benzerliğini ve dolayısıyla ham genetik bilgilerini gerektirir; Gizlilik endişeleri nedeniyle, bireysel hasta verileri nadiren paylaşılır. GCTA, birçok GWAS projesi tarafından halka açık olarak bildirilen özet istatistikler üzerinde çalıştırılamaz ve birden fazla GCTA tahmini bir arada toplanıyorsa, meta-analiz yapılmalıdır.
    Bunun aksine, ham verileri gerektirmeden GWAS'lar tarafından bildirilen özetler üzerinde çalışan alternatif teknikler vardır.[22] Örneğin. "LD puan regresyonu "[23] zıtlıklar Bağlantı dengesizliği istatistikler (gibi halka açık veri kümelerinden edinilebilir 1000 Genom ) kalıtılabilirlik sonucunu çıkarmak ve çoklu özelliğin genetik korelasyonlarını / örtüşmelerini tahmin etmek için genel özet etki boyutları ile. Geniş Enstitüsü koşar LD Hub LD skor regresyonu ile> = 177 özelliğe genel bir web arayüzü sağlar.[24] Özet verileri kullanan diğer bir yöntem HESS'dir.[25]
  5. Güven aralıkları yanlış olabilir veya 0-1 kalıtım aralığı dışında olabilir ve asimptotikler nedeniyle oldukça belirsiz olabilir.[26]
  6. SNP kalıtsallığının eksik tahmin edilmesi: GCTA örtük olarak tüm SNP sınıflarının, daha nadir veya yaygın, daha yeni veya daha eski, bağlantı dengesizliğinde aşağı yukarı aynı etkilere sahip olduğunu varsayar; insanlarda, daha nadir ve daha yeni varyantlar daha büyük ve daha olumsuz etkilere sahip olma eğilimindedir[27] temsil ettikleri gibi mutasyon yükü tarafından arındırılmak negatif seçim. Ölçüm hatasında olduğu gibi, bu, GCTA tahminlerini kalıtsallığı olduğundan az hesaplamaya doğru yönlendirecektir.

Yorumlama

GCTA tahminleri genellikle "toplam genetik katkı" olarak yanlış yorumlanır ve genellikle ikiz çalışma tahminlerinden çok daha az olduklarından, ikiz çalışmaların önyargılı olduğu varsayılır ve belirli bir özelliğe genetik katkı küçüktür.[28][güvenilmez kaynak? ] GCTA tahminleri alt sınırlar olduğu için bu yanlıştır.

Daha doğru bir yorum şu olacaktır: GCTA tahminleri, belirli bir zamanda belirli bir popülasyonda basit bir eklemeli doğrusal model (herhangi bir etkileşim veya daha yüksek dereceli etkiler olmaksızın) kullanılarak belirsiz derecede büyük bir GWAS tarafından tahmin edilebilecek beklenen varyans miktarıdır. SNP'lerin sınırlı seçimi ve belirli bir hassasiyetle ölçülen bir özellik. Dolayısıyla, GCTA tahminlerini aşmanın birçok yolu vardır:

  1. SNP genotipleme verileri tipik olarak en yaygın veya bilimsel olarak ilginç SNP'lerin 200.000-1m'si ile sınırlıdır, ancak 150 milyon + genom dizilimi ile belgelenmiştir;[29] SNP fiyatları düştükçe ve diziler daha kapsamlı hale geldikçe veya tam genom dizileme, SNP genotiplemesinin tamamen yerini alacağından, analize daha fazla genetik varyant dahil edildikçe beklenen dar kapsamlı kalıtılabilirlik artacaktır. Seçim ayrıca kullanılarak önemli ölçüde genişletilebilir haplotipler[30] ve atama (SNP'ler, kalıtsal olma eğiliminde oldukları gözlemlenmemiş genetik varyantlar için vekil olabilir); Örneğin. Yang vd. 2015[31] gözlemlenmemiş varyantları çıkarmak için daha agresif isnat kullanımıyla, GCTA yüksekliğinin% 45'ten% 56'ya genişlediğini ve Hill ve ark. 2017, GCTA'yı daha nadir varyantları kapsayacak şekilde genişletmenin zeka tahminlerini ~% 30'dan ~% 53'e yükselttiğini ve örneklerindeki tüm kalıtımı açıkladığını buldu;[32] Birleşik Krallık Biobank'taki 4 özellik için SNP kalıtsallık tahminlerini yükseltti.[33] Ek genetik varyantlar şunları içerir: de novo mutasyonlar /mutasyon yükü & yapısal varyasyonlar gibi kopya numarası varyasyonları.
  2. dar kapsamlı kalıtım tahminleri, etkileşimleri göz ardı ederek etkilerin basit toplamsallığını varsayar. Bazı özellik değerleri, bu daha karmaşık etkilerden kaynaklanacağından, toplam genetik etki, GCTA ile ölçülen alt kümeninkini aşacak ve ilave SNP'ler bulunup ölçüldükçe, daha karmaşık istatistiksel veriler kullanılarak etkileşimleri bulmak da mümkün hale gelecektir. modeller.
  3. tüm korelasyon ve kalıtsallık tahminleri, aşağıdakilerin varlığıyla sıfıra doğru eğilimlidir. ölçüm hatası; bunu ayarlama ihtiyacı aşağıdaki gibi tekniklere yol açar Spearman'ın ölçüm hatası düzeltmesi Büyük ölçekli ve doğru ölçümün zor ve pahalı olduğu özellikler için eksik tahmin oldukça ciddi olabileceğinden,[34] zeka gibi. Örneğin, 0,31'lik bir istihbarat GCTA tahmini, test-tekrar test güvenilirliği , düzeltmeden sonra olur (), ortak SNP'lerin tek başına varyansın yarısını açıkladığını gösteren ~ 0.48'lik gerçek bir tahmin olacaktır. Bu nedenle, daha iyi bir zeka ölçümüne sahip bir GWAS, daha gürültülü bir ölçüme dayalı bir GCTA tarafından belirtilenden daha fazla istihbarat isabeti bulmayı bekleyebilir.

Uygulamalar

GCTA
Orijinal yazar (lar)Jian Yang
İlk sürüm30 Ağustos 2010
Kararlı sürüm
1.25.2 / 22 Aralık 2015
YazılmışC ++
İşletim sistemiLinux (Mac / Windows desteği v1.02'de düştü)
Uyguningilizce
Türgenetik
LisansGPL v3
İnternet sitesicnsgenomics.com/yazılım/ gcta/; forumlar: gcta.freeforums.ağ
İtibariyle22 Mayıs 2016

Orijinal "GCTA" yazılım paketi en yaygın kullanılanıdır; birincil işlevi, SNP kalıtsallığının GREML tahminini kapsar, ancak diğer işlevleri içerir:

  • Genom genelindeki SNP'lerden genetik ilişkiyi tahmin edin;
  • Tahmin et akrabalık katsayısı genom çapında SNP'lerden;
  • Tümünün açıkladığı varyansı tahmin edin otozomal SNP'ler;
  • Genetik varyansı ayrı ayrı kromozomlara ayırın;
  • X kromozomu ile ilişkili genetik varyansı tahmin edin;
  • Doz telafisinin genetik varyans üzerindeki etkisini test edin. X kromozomu;
  • Bireysel özneler ve bireysel SNP'ler için genom genelindeki ilave genetik etkileri tahmin edin;
  • Hedef SNP'lerin bir listesini kapsayan LD yapısını tahmin edin;
  • GWAS verilerini gözlemlenen genotip verilerine dayanarak simüle edin;
  • Dönüştürmek Illumina ham genotip verileri PLINK biçim;
  • Bireysel düzey genotip verileri olmadan GWAS özet istatistiklerinin koşullu ve ortak analizi
  • Tahmin etmek genetik korelasyon SNP verilerini kullanarak iki özellik (hastalık) arasında
  • Karışık doğrusal model ilişki analizi

Diğer uygulamalar ve varyant algoritmaları şunları içerir:

Özellikler

GCTA tahminleri genellikle genel kalıtım tahminleriyle tutarlı olan 0.1-0.5 tahminlerini bulur (kişilik özellikleri haricinde, bunun için teori ve mevcut GWAS sonuçları, frekansa bağlı seçim[49][50]). Tek değişkenli GCTA'nın kullanıldığı özellikler (LD skor regresyonu gibi diğer algoritmalar kullanılarak hesaplanan SNP kalıtsallık tahminleri ve şurada listelenen iki değişkenli GCTA'lar hariç) genetik korelasyon ) include (nokta tahmin biçimi: "(standart hata )"):

Ayrıca bakınız

Referanslar

  1. ^ Figür 3 Yang ve ark. 2010 veya Şekil 3, Ritland & Ritland 1996
  2. ^ "Çocukluktan yaşlılığa istikrar ve zeka değişimine genetik katkılar", Deary vd 2012
  3. ^ Lee vd 2012, "Tek nükleotid polimorfizminden türetilen genomik ilişkiler ve sınırlı maksimum olasılık kullanılarak karmaşık hastalıklar arasındaki pleiotropinin tahmini"
  4. ^ Krishna Kumar, Siddharth; Feldman, Marcus W .; Rehkopf, David H .; Tuljapurkar, Shripad (2016/01/05). "Eksik kalıtsallık sorununa bir çözüm olarak GCTA'nın sınırlamaları". Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi Bildirileri. 113 (1): E61–70. doi:10.1073 / pnas.1520109113. ISSN  1091-6490. PMC  4711841. PMID  26699465.
  5. ^ BURT, CALLIE H .; SIMONS, RONALD L. (Şubat 2015). "Postgenomik Dönemde Kalıtım Çalışmaları: Ölümcül Kusur Kavramsaldır". Kriminoloji. 53 (1): 103–112. doi:10.1111/1745-9125.12060.
  6. ^ Duncan, L. E .; Ratanatharathorn, A .; Aiello, A. E .; Almli, L. M .; Amstadter, A. B .; Ashley-Koch, A. E .; Baker, D. G .; Beckham, J. C .; Bierut, L.J. (Mart 2018). "PTSD'nin en büyük GWAS'ı (N = 20 070) şizofreni ile genetik örtüşme ve kalıtım açısından cinsiyet farklılıkları sağlar". Moleküler Psikiyatri. 23 (3): 666–673. doi:10.1038 / mp.2017.77. ISSN  1476-5578. PMC  5696105. PMID  28439101. "GCTA ve LDSC ile hesaplanan SNP-çip kalıtım tahminleri hakkında yaygın bir yanılgı, gerçekte ikiz çalışmaların tüm genetik etkileri (yaygın, nadir ve mevcut yöntemlerle genotiplenmemiş olanlar) yakalama avantajına sahipken, ikiz çalışma tahminlerine benzer olmaları gerektiğidir. Bu nedenle, GCTA ve LDSC kullanılırken h2SNP
  7. ^ Eric Turkheimer ("Hala kayıp", Turkheimer 2011), GCTA sonuçlarını ikiz çalışma tartışması bağlamında tartışır: "Kantitatif genetik kalıtım hakkında başlangıçta ana hatları verilen üç çekinceden - ikiz ve aile çalışmalarının varsayımları, kalıtımın evrenselliği ve yokluğu mekanizma - yeni paradigma ilkini dinlendirdi ve en önemli sorunların çözülüp çözülmediğine dair şüphelerimi açıklamaya devam etmeden önce, bunun ne kadar önemli bir başarı olduğunu takdir etmeye değer. Visscher araştırma programı sayesinde, Şimdi, insan gelişimi için genlerin evrensel önemini gösteren nicel genetik araştırmanın tüm gövdesinin, bir şekilde, ikiz çalışmalardaki eşit çevre varsayımına dair iyimser bir görüşe dayandığını ve gelenekseller arasında yanlış yönlendirilmiş bir düşünce okuluna son verdiğini iddia etmek imkansız. klasik nicel (ve davranışsal ilişkiye göre) genetiğin muhalifleri (örn. Joseph, 2010; Kamin & Goldberger, 2002) " ; Ayrıca bakınız Turkheimer, Harden ve Nisbett: "Bu yöntemler bilim insanlarına kalıtımı hesaplamak için yeni bir yol sağladı: DNA dizisi varyasyonunu doğrudan ölçen araştırmalar, akraba olmayan ancak genetik olarak biraz daha benzer olan insan çiftlerinin de diğer insan çiftlerinden daha fazla benzer IQ'ya sahip olduğunu göstermiştir. Bu “DNA temelli” kalıtım araştırmaları, size klasik ikiz çalışmalarından çok daha fazlasını söylemiyor, ancak ikiz çalışmalarının bir şekilde temelden kusurlu olduğuna dair süregelen şüphelerin çoğunu yatıştırıyorlar. Zeka testinin geçerliliği gibi, zekanın kalıtılabilirliği de artık bilimsel olarak tartışmalı değil. "
  8. ^ "Genel zeka tarafından indekslenen, çeşitli bilişsel ve öğrenme yeteneklerinde güçlü genom çapında pleotropi bulgusu, zekadaki bireysel farklılıkların kökenleri hakkında önemli bir bulgudur. Bununla birlikte, bu bulgunun bilişsel gibi ilgili alanlarda çok az etkisi olduğu görülmektedir. Nörobilim veya deneysel bilişsel psikoloji. Bu ihmalin nedeninin bir kısmının, bu alanların genellikle bireysel farklılıkları görmezden gelmesi olduğunu öne sürüyoruz.65,66 Diğer bir neden, bu bulgunun kanıtlarının büyük ölçüde, her zaman var olan ikiz tasarıma dayanması olabilir. varsayımlarından bazıları hakkında endişeler vardı; 6 GCTA ikiz sonuçları doğrulamaya başladığından şimdi bunun değişeceğine karar veriyoruz. " -"Genetik ve zeka farklılıkları: beş özel bulgu", Plomin ve Deary 2015
  9. ^ "Davranış Genetiğinden Yinelenen En İyi 10 Bulgu", Plomin et al., 2016: "Bu araştırma öncelikle tek ve çift yumurta ikizlerinin benzerliğinin karşılaştırıldığı ikiz tasarımına ve evlat edinme ile ayrılan akrabaların benzerliğinin karşılaştırıldığı evlat edinme tasarımına dayanmaktadır. İkiz ve evlat edinme olmasına rağmen tasarımlar ayrı ayrı eleştirilmiştir (Plomin vd., 2013), bu iki tasarım, bu sonuçlara güç katan çok farklı varsayımlara dayanmasına rağmen genellikle aynı sonuç üzerinde birleşir ... GCTA, çeşitli nedenlerle genetik etkiyi hafife alır ve örnekler gerektirir. Genomdaki DNA farklılıklarının gürültüsünden gelen minik tesadüfi genetik benzerlik sinyalini ortaya çıkarmak için birkaç bin kişiden oluşuyordu (Vinkhuyzen, Wray, Yang, Goddard ve Visscher, 2013). Bununla birlikte, GCTA sürekli olarak bilişsel etki için önemli genetik etkilere dair kanıtlar sağlamıştır. yetenekler (Benyamin ve diğerleri, 2014; Davies ve diğerleri, 2015; St. Pourcain ve diğerleri, 2014), psikopatoloji (LK Davis ve diğerleri, 2013; Gaugle r vd., 2014; Klei ve diğerleri, 2012; Lubke ve diğerleri, 2012, 2014; McGue ve diğerleri, 2013; Ripke ve diğerleri, 2013; Wray ve diğerleri, 2014), kişilik (CA Rietveld, Cesarini ve diğerleri, 2013; Verweij ve diğerleri, 2012; Vinkhuyzen ve diğerleri, 2012) ve madde kullanımı veya uyuşturucu bağımlılığı (Palmer ve diğerleri, 2015; Vrieze, McGue, Miller, Hicks ve Iacono, 2013), böylece ikiz ve evlat edinme çalışmalarının sonuçlarını destekliyor. "
  10. ^ ayrıca bkz. Ritland 1996b, "İkili ilişki ve bireysel akrabalılık katsayıları için tahmin ediciler"; Ritland ve Ritland 1996, "Sarı maymun çiçeğindeki doğal popülasyon yapısına dayanan nicel kalıtımla ilgili çıkarımlar, Mimulus guttatus"; Lynch ve Ritland 1999, "Moleküler Belirteçlerle İkili İlişkinin Tahmini"; Ritland 2000, "Doğada kalıtımsallığı tespit etmek için bir araç olarak işaretçi ile çıkarılan ilişki"; Thomas 2005, "Moleküler belirteçler kullanarak genetik ilişkilerin tahmini ve doğal popülasyonlarda kalıtsallığı tahmin etmedeki etkinlikleri"
  11. ^ Visscher ve diğerleri 2006, "Tam kardeşler arasında genom çapında kimlik temelli paylaşımdan kalıtımın varsayımdan bağımsız tahmini"
  12. ^ Visscher ve diğerleri 2007, "11,214 kardeş çiftinden yükseklik için genetik varyasyonun genom bölümlenmesi"
  13. ^ "Yaygın SNP'ler, insan boyu için büyük bir kalıtım oranını açıklar", Yang vd 2010
  14. ^ "Yang ve diğerleri tarafından "Yaygın SNP'ler İnsan Boyu İçin Kalıtılabilirliğin Büyük Bir Oranını Açıklar" üzerine bir Yorum. (2010) ", Visscher ve diğerleri 2010
  15. ^ "Yetişkin insan boyunun genomik ve biyolojik yapısındaki ortak varyasyonun rolünün tanımlanması", Wood vd 2014
  16. ^ "GCTA: Genom Çapında Karmaşık Özellik Analizi İçin Bir Araç", Yang vd 2011
  17. ^ "Elli yıllık ikiz çalışmalarına dayanan insan özelliklerinin kalıtımsallığının meta-analizi", Polderman vd 2015
  18. ^ Barnes, J. C .; Wright, John Paul; Boutwell, Brian B .; Schwartz, Joseph A .; Connolly, Eric J .; Nedelec, Joseph L .; Kunduz, Kevin M. (2014-11-01). "Kriminolojide İkiz Araştırmanın Geçerliliğini Göstermek". Kriminoloji. 52 (4): 588–626. doi:10.1111/1745-9125.12049. ISSN  1745-9125.
  19. ^ "GCTA sonunda, ikiz ve evlat edinme çalışmalarına dayalı kantitatif genetik sonuçların doğrudan DNA testlerini sağlayacaktır. Bir problem, binlerce kişinin güvenilir tahminler sağlaması gerektiğidir. Diğer bir sorun, mevcut genotipli milyon SNP'den bile daha fazla SNP'ye ihtiyaç duyulmasıdır. SNP mikrodizileri çünkü bu SNP'ler tarafından yakalanmayan çok fazla DNA varyasyonu vardır Sonuç olarak, GCTA tüm kalıtımı, belki de kalıtımın sadece yaklaşık yarısını tahmin edemez.GCTA analizlerinin ilk raporları, kalıtımın, boy için ikiz ve evlat edinme çalışmalarından elde edilen kalıtım tahminlerinin yaklaşık yarısı olduğunu tahmin etmektedir (Lee, Wray, Goddard ve Visscher, 2011; Yang ve diğerleri, 2010; Yang, Manolio, ve diğerleri "2011) ve zeka (Davies vd., 2011). " pg110, Davranışsal Genetik, Plomin vd 2012
  20. ^ "Birden çok kohorttan GREML sonuçlarının meta analizi", Yang 2015
  21. ^ "İngiltere Biyobankasının Fenom Çapında Kalıtım Analizi", Ge vd 2016
  22. ^ Pasaniuc & Price 2016, "Özet ilişki istatistiklerini kullanarak karmaşık özelliklerin genetiğini incelemek"
  23. ^ "LD Skor Regresyonu, Genom Çapında İlişkilendirme Çalışmalarında Karıştırıcılığı Çokgenlikten Ayırır", Bulik-Sullivan ve diğerleri 2015
  24. ^ "LD Hub: SNP kalıtsallığı ve genetik korelasyon analizi için özet düzey GWAS verilerinin potansiyelini en üst düzeye çıkaran merkezi bir veritabanı ve LD puan regresyonuna yönelik web arayüzü", Zheng vd 2016
  25. ^ "Özet ilişkilendirme verilerinden elde edilen 30 karmaşık özelliğin genetik mimarisini karşılaştırmak", Shi vd 2016
  26. ^ "Kalıtım için Güven Aralıklarının Hızlı ve Doğru Oluşturulması", Schweiger vd 2016
  27. ^ "İnsan karmaşık özelliklerinin bağlantı dengesizliğine bağlı mimarisi, negatif seçilim eylemini gösterir", Gazal vd 2017
  28. ^ "Hala Hayaletleri Peşinde: Yeni Bir Genetik Metodoloji 'Eksik Kalıtımı' Bulamayacak", Charney 2013
  29. ^ "10.000 İnsan Genomunun Derin Sıralaması", Telenti 2015
  30. ^ "Yaygın SNP'lerin haplotipleri, karmaşık hastalıkların eksik kalıtsallığını açıklayabilir", Bhatia ve diğerleri 2015
  31. ^ "İlgili varyantlarla genetik varyans tahmini, insan boyu ve vücut kitle indeksi için ihmal edilebilir eksik kalıtım buluyor", Yang ve diğerleri 2015
  32. ^ Hill ve diğerleri 2017, "Aile verilerinin genomik analizi, zeka ve kişilik üzerindeki ek genetik etkileri ortaya çıkarmaktadır"
  33. ^ Evans ve diğerleri 2017, "Karmaşık özelliklerin kalıtsallığını ve genetik yapısını tahmin etmek için tüm genom verilerini kullanan yöntemlerin karşılaştırması"
  34. ^ Meta Analiz Yöntemleri: Araştırma Bulgularında Hata ve Yanlılığın Düzeltilmesi, Hunter ve Schmidt 2004
  35. ^ "Genom çapında ilişkilendirme çalışmaları için hızlı doğrusal karma modeller", Lippert 2011
  36. ^ "Genom çapında ilişkilendirme çalışmaları için geliştirilmiş doğrusal karma modeller", Listgarten vd 2012
  37. ^ "Karma model ilişkilendirme yöntemlerinin uygulanmasındaki avantajlar ve tuzaklar", Yang ve diğerleri 2014
  38. ^ "Popülasyon yapısı düzeltmesiyle ilişkilendirme eşlemesi için kementli çok işaretli karma model", Rakitsch ve diğerleri 2012
  39. ^ "İlişkilendirme çalışmaları için genom çapında verimli karma model analizi", Zhou ve Stephens 2012
  40. ^ "Genom çapında ilişkilendirme çalışmalarında örnek yapısını hesaba katmak için varyans bileşen modeli", Kang vd 2012
  41. ^ "Gelişmiş Karmaşık Özellik Analizi", Gray vd 2012
  42. ^ "GPU ve Geleneksel Paralel Mimari için Bölgesel Kalıtılabilirlik Gelişmiş Karmaşık Özellik Analizi", Cebamanos vd 2012
  43. ^ "Verimli Bayes karışık model analizi, büyük kohortlarda ilişki gücünü artırır", Loh vd 2012
  44. ^ "Hızlı varyans bileşen analizi kullanarak şizofreni ve diğer karmaşık hastalıkların zıt genetik mimarileri", Loh ve diğerleri 2015; Ayrıca bakınız "Hızlı varyans bileşen analizi kullanarak şizofreni ve diğer karmaşık hastalıkların bölgesel mimarilerini zıtlaştırmak", Loh ve diğerleri 2015
  45. ^ "Meta-Analiz ve Sıralama için Karışık Modeller", Bulik-Sullivan 2015
  46. ^ "Büyük ölçüde hızlandırılmış genom çapında kalıtım analizi (MEGHA)", Ge vd 2015
  47. ^ Speed ​​ve diğerleri 2016, "Karmaşık insan özelliklerinde SNP kalıtsallığının yeniden değerlendirilmesi"
  48. ^ Evans ve diğerleri 2017, "Özdeşlik bilgileri kullanılarak karmaşık özelliklerin dar anlamda kalıtım tahmini."
  49. ^ "İnsan kişiliğindeki genetik çeşitliliğin korunması: Yaygın nedensel varyantlara bağlı kalıtsallığı tahmin ederek ve uzaktaki akrabalılığın etkisini araştırarak evrimsel modelleri test etmek", Verweij vd 2012
  50. ^ "Kişiliğin Evrimsel Genetiği", Penke ve diğerleri 2007; "Kişiliğin Evrimsel Genetiği Yeniden Ziyaret Edildi", Penke & Jokela 2016

daha fazla okuma

Dış bağlantılar