Genomespace - Genomespace - Wikipedia

GenomeSpace
GenomeSpace Logo.png
Geliştirici (ler)Geniş Enstitüsü
Kararlı sürüm
beta 5.0 / Nisan 2012; 8 yıl önce (2012-04)
İşletim sistemiÇapraz platform
Platforminternet tarayıcısı
Uyguningilizce
LisansLGPL 2.1
İnternet sitesiwww.genomespace.org

GenomeSpace, genomik yazılım araçları ve uygulamaları için bir ortamdır. Kullanıcıların, web uygulamaları ve masaüstü araçları dahil olmak üzere çok çeşitli araçları içeren analiz iş akışlarını yönetmelerine yardımcı olur ve otomatik format dönüştürme yoluyla araçlar arasında veri aktarımını kolaylaştırır. Analizler, yerel veya bulut tabanlı mağazalardaki verileri kullanabilir.

GenomeSpace, web tabanlı bir Kullanıcı arayüzü (UI) kullanıcılar için ve hem Temsili Devlet Transferi (RESTful) uygulama programlama Arayüzü (API) ve a Java uygulamalarını GenomeSpace ile entegre eden geliştiriciler için tabanlı istemci geliştirme kiti (CDK).

GenomeSpace araçları

GenomeSpace, genomik analizi için çeşitli araçlar ve veri kaynakları ile bağlantılıdır: Cytoscape,[1] Gökada,[2][3] GenePattern,[4] Genomica,[5] geWorkbench,[6] InSilico DB ,[7] Integrative Genomics Viewer (IGV),[8] ve [9] UCSC Genom Tarayıcısı. Bu programlar, ağ analizi ve görselleştirme, dizi analizi, tüm genom analizi, genel istatistiksel yöntemler, gen ekspresyon analizi dahil olmak üzere çok çeşitli genomik analizler sağlar. proteomik, akış sitometrisi, yeni nesil dizi analizi ve genomik veri kümeleri. Diğer genomik yazılım geliştiricileri, araçlarını eklemek için GenomeSpace API'yi kullanabilir.

Ortak çalışanlar

GenomeSpace projesi, Mesirov ve Regev laboratuvarlarının bir işbirliğidir. Geniş Enstitüsü; de Chang laboratuvarı Stanford Üniversitesi; Ideker laboratuvarı California Üniversitesi, San Diego; Nekrutenko laboratuvarı Pensilvanya Devlet Üniversitesi; Segal laboratuvarı Weizmann Bilim Enstitüsü; ve Haussler ve Kent laboratuvarları Kaliforniya Üniversitesi, Santa Cruz. GenomeSpace tarafından finanse edilmektedir. Ulusal İnsan Genomu Araştırma Enstitüsü of Ulusal Sağlık Enstitüleri.

Referanslar

  1. ^ [1]
  2. ^ Goecks, J .; Nekrutenko, A .; Taylor, J .; Galaxy Takımı, T. (2010). "Galaxy: Yaşam bilimlerinde erişilebilir, tekrarlanabilir ve şeffaf hesaplamalı araştırmaları desteklemek için kapsamlı bir yaklaşım". Genom Biyolojisi. 11 (8): R86. doi:10.1186 / gb-2010-11-8-r86. PMC  2945788. PMID  20738864.
  3. ^ Blankenberg, D .; Kuster, G. V .; Coraor, N .; Ananda, G .; Lazarus, R .; Mangan, M .; Nekrutenko, A .; Taylor, J. (2010). "Galaxy: Deneyciler için Web Tabanlı Genom Analiz Aracı". Frederick M. Ausubel'de (ed.). Moleküler Biyolojinin Güncel Protokolleri. s. Birim Un19.10.Un19–21. doi:10.1002 / 0471142727.mb1910s89. ISBN  0471142727. PMID  20069535.
  4. ^ [2]
  5. ^ [3]
  6. ^ http://www.geworkbench.org
  7. ^ Coletta, A .; Molter, C .; Duqué, R .; Steenhoff, D .; Taminau, J .; De Schaetzen, V .; Meganck, S .; Lazar, C .; Venet, D .; Detours, V .; Nowé, A .; Bersini, H .; Weiss Solís, D.Y. (2012). "InSilico DB genomik veri kümeleri merkezi: GenePattern, Integrative Genomics Viewer ve R / Bioconductor'da genom çapında çalışmaları analiz etmek için etkili bir başlangıç ​​noktası". Genom Biyolojisi. 13 (11): R104. doi:10.1186 / gb-2012-13-11-r104. PMC  3580496. PMID  23158523.
  8. ^ [4]
  9. ^ [5]

Dış bağlantılar

Resmi internet sitesi