Geworkbench - Geworkbench

geWorkbench
Geliştirici (ler)Kolombiya Üniversitesi,
İlk Genetik Güven
Ulusal Kanser Enstitüsü
İlk sürüm2004; 16 yıl önce (2004)
Kararlı sürüm
2.6.0.3 / 21 Aralık 2016; 3 yıl once (2016-12-21)
İşletim sistemipencereler, Linux, Mac OS X
Platformx86
Uyguningilizce
TürGenetik şifre veri analizi
LisansBSD benzeri[1]
İnternet sitesiwww.geworkbench.org

geWorkbench[2] (genomics Workbench) bir açık kaynaklı yazılım entegre platform genomik veri analizi. Programlama dilinde yazılmış bir masaüstü uygulamasıdır Java. geWorkbench bir bileşen mimarisi kullanır. 2016 itibariyle70'ten fazla eklenti var[3] mevcut, görselleştirme ve analiz için gen ifadesi, sıra ve yapı verileri.

geWorkbench, MAGNet'in Biyoinformatik platformudur,[4] Ulusal Genomik ve Hücresel Ağların Çok Ölçekli Analiz Merkezi, 8 Ulusal Biyomedikal Hesaplama Merkezleri[5] NIH Yol Haritası aracılığıyla finanse edildi (NIH Ortak Fonu[6]). MAGNet araştırmacıları tarafından geliştirilen birçok sistem ve yapı biyolojisi aracı geWorkbench eklentileri olarak mevcuttur.

Özellikleri

  • T-testi, hiyerarşik kümeleme, kendi kendini organize eden haritalar, düzenleyici ağ yeniden inşası, BLAST aramaları, model motif keşfi, protein yapısı tahmini, yapı bazlı protein notu vb. Gibi hesaplamalı analiz araçları.
  • Gen ifadesinin görselleştirilmesi (ısı haritaları, yanardağ grafiği), moleküler etkileşim ağları ( Cytoscape ), protein dizisi ve protein yapısı verileri (örneğin, MarkU'lar).
  • Düzenlenmiş kaynaklardan ve Gene Ontoloji zenginleştirme analizinden gelen gen ve yol ek açıklama bilgilerinin entegrasyonu.
  • Girdi ve çıktıların platform yönetimi yoluyla bileşen entegrasyonu. Bileşenler arasında paylaşılabilen veriler arasında ifade veri kümeleri, etkileşim ağları, örnek ve işaret (gen) kümeleri ve dizileri bulunur.
  • Veri kümesi geçmişi izleme - kullanılan veri kümelerinin ve giriş ayarlarının eksiksiz kaydı.
  • 3. taraf araçlarla entegrasyon Genepattern, Cytoscape, ve Genomespace.

Açıklanan her özelliğin gösterimleri şu adreste bulunabilir: http://wiki.c2b2.columbia.edu/workbench/index.php/Tutorials.

Versiyonlar

  • geWorkbench açık kaynaklı yazılım yerel olarak indirilebilir ve kurulabilir. Yayınlanan sürüm Java kaynağının bir zip dosyası da mevcuttur.
  • Önceden paketlenmiş yükleyici sürümleri de mevcuttur[7] Windows, Macintosh ve Linux için.

Ayrıca bakınız

Referanslar

  1. ^ geWorkbench lisansı
  2. ^ Floratos, A .; Smith, K .; Ji, Z .; Watkinson, J .; Califano, A. (2010). "GeWorkbench: Bütünleştirici genomik için açık kaynaklı bir platform". Biyoinformatik. 26 (14): 1779–1780. doi:10.1093 / biyoinformatik / btq282. PMC  2894520. PMID  20511363.
  3. ^ http://wiki.c2b2.columbia.edu/workbench/index.php/Plugins
  4. ^ Mıknatıs
  5. ^ http://www.ncbcs.org
  6. ^ "Arşivlenmiş kopya". Arşivlenen orijinal 2013-06-21 tarihinde. Alındı 2013-07-16.CS1 Maint: başlık olarak arşivlenmiş kopya (bağlantı)
  7. ^ http://wiki.c2b2.columbia.edu/workbench/index.php/Download_and_Installation

Dış bağlantılar