Glikozit hidrolaz ailesi 28 - Glycoside hydrolase family 28 - Wikipedia

Glikosil hidrolaz ailesi 28
PDB 1rmg EBI.jpg
rhamnogalacturonase a aspergillus aculeatus kaynaklı
Tanımlayıcılar
SembolGlyco_hydro_28
PfamPF00295
Pfam klanCL0268
InterProIPR000743
PROSITEPDOC00415
SCOP21rmg / Dürbün / SUPFAM
CAZyGH28
Membranom73

Moleküler biyolojide, glikozit hidrolaz ailesi 28 bir aile nın-nin glikozit hidrolazlar.

Glikozit hidrolazlar EC 3.2.1. yaygın bir enzim grubudur. hidroliz glikosidik bağ iki veya daha fazla karbonhidrat arasında veya bir karbonhidrat ile karbonhidrat olmayan bir kısım arasında. Glikozit hidrolazlar için sekans benzerliğine dayalı bir sınıflandırma sistemi,> 100 farklı ailenin tanımlanmasına yol açmıştır.[1][2][3] Bu sınıflandırma şu adreste mevcuttur: CAZy İnternet sitesi,[4][5] ve ayrıca karbonhidrat aktif enzimlerin çevrimiçi bir ansiklopedisi olan CAZypedia'da tartışıldı.[6][7]

Glikozit hidrolaz ailesi 28 CAZY GH_28 birkaç bilinen aktiviteye sahip enzimler içerir; poligalakturonaz (EC 3.2.1.15 ); ekso-poligalakturonaz (EC 3.2.1.67 ); ekso-poligalakturonaz (EC 3.2.1.82 ); ramnogalakturonaz (EC tanımlanmadı).

Poligalakturonaz (PG) (pektinaz)[8][9] pektat ve diğer galakturonanlarda 1,4-alfa-D-galaktosiduronik bağların rastgele hidrolizini katalize eder. Meyvede poligalakturonaz önemli bir rol oynar. hücre çeperi metabolizma olgunlaşma sırasında. Bitki bakteriyel patojenlerde, örneğin Erwinia carotovora veya Ralstonia solanacearum (Pseudomonas solanacearum) ve fungal patojenler Aspergillus niger, poligalakturonaz katılır maserasyon ve bitki dokusunun yumuşak çürümesi. Ekzo-poli-alfa-D-galakturonosidaz (EC 3.2.1.82 ) (exoPG)[10] peptik asidi indirgeyici olmayan uçtan hidrolize ederek digalakturonatı serbest bırakır. PG ve exoPG, birkaç dizi benzerlik bölgesini paylaşır ve glikosil hidrolazların 28 ailesine aittir.

Referanslar

  1. ^ Henrissat B, Callebaut I, Fabrega S, Lehn P, Mornon JP, Davies G (Temmuz 1995). "Korunmuş katalitik mekanizma ve çeşitli glikozil hidrolaz familyaları için ortak bir katın tahmini". Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi Bildirileri. 92 (15): 7090–4. Bibcode:1995PNAS ... 92.7090H. doi:10.1073 / pnas.92.15.7090. PMC  41477. PMID  7624375.
  2. ^ Davies G, Henrissat B (Eylül 1995). "Glikosil hidrolazların yapıları ve mekanizmaları". Yapısı. 3 (9): 853–9. doi:10.1016 / S0969-2126 (01) 00220-9. PMID  8535779.
  3. ^ Henrissat B, Bairoch A (Haziran 1996). "Glikosil hidrolazların sekans bazlı sınıflandırmasının güncellenmesi". Biyokimyasal Dergi. 316 (Pt 2): 695–6. doi:10.1042 / bj3160695. PMC  1217404. PMID  8687420.
  4. ^ "Ev". CAZy.org. Alındı 2018-03-06.
  5. ^ Lombard V, Golaconda Ramulu H, Drula E, Coutinho PM, Henrissat B (Ocak 2014). "2013 yılında karbonhidrat aktif enzimler veritabanı (CAZy)". Nükleik Asit Araştırması. 42 (Veritabanı sorunu): D490-5. doi:10.1093 / nar / gkt1178. PMC  3965031. PMID  24270786.
  6. ^ "Glikozit Hidrolaz Ailesi 28". CAZypedia.org. Alındı 2018-03-06.
  7. ^ CAZypedia Consortium (Aralık 2018). "On yıllık CAZypedia: karbonhidrat aktif enzimlerin yaşayan bir ansiklopedisi" (PDF). Glikobiyoloji. 28 (1): 3–8. doi:10.1093 / glikob / cwx089. PMID  29040563.
  8. ^ Ruttkowski E, Labitzke R, Khanh NQ, Löffler F, Gottschalk M, Jany KD (Eylül 1990). "Aspergillus niger RH5344'ten bir poligalakturonaz cDNA'nın klonlanması ve DNA dizisi analizi". Biochimica et Biophysica Açta (BBA) - Gen Yapısı ve İfadesi. 1087 (1): 104–6. doi:10.1016 / 0167-4781 (90) 90130-t. PMID  2400785.
  9. ^ Huang JH, Schell MA (Temmuz 1990). "PglA'nın DNA dizi analizi ve poligalakturonaz ürününün Pseudomonas solanacearum'dan ihraç mekanizması". Bakteriyoloji Dergisi. 172 (7): 3879–87. doi:10.1128 / jb.172.7.3879-3887.1990. PMC  213369. PMID  2193922.
  10. ^ He SY, Collmer A (Eylül 1990). "Erwinia chrysanthemi EC16'nın ekso-poli-alfa-D-galakturonosidaz kodlayan pehX geninin moleküler klonlaması, nükleotid dizisi ve işaret değişim mutagenezi". Bakteriyoloji Dergisi. 172 (9): 4988–95. doi:10.1128 / jb.172.9.4988-4995.1990. PMC  213154. PMID  2168372.
Bu makale kamu malı metinleri içermektedir Pfam ve InterPro: IPR000743