Halostagnicola larsenii - Halostagnicola larsenii

Halostagnicola larsenii
bilimsel sınıflandırma
Alan adı:
Archaea
Krallık:
Euryarchaeota
Şube:
Euryarchaeota
Sınıf:
Halobakteriler
Sipariş:
Halobakteriyeller
Aile:
Halobacteriaceae
Cins:
Halostagnicola
Binom adı
Halostagnicola larsenii Suşu XH-48
Castillo vd. 2006
Türler
  • H. larsenii

Halostagnicola larsenii hareketsizdir, aerobik, gram negatif, Çubuk şekilli Archaeon.[1] Bu bir halofilik, nötrofilik, kemo-organotrof Çin'deki tuzlu bir gölden alınan örneklerden izole edildi.[1] İsmin etimolojisi nereden geliyor? hals, haleler Yunanca tuz durgunluk Latince bir parça duran su için, -Kola Yerleşik veya sakin için Latince ve Larsenii adını Norveçli mikrobiyolog Helge Larsen'den almıştır. halofiller.[1]

Keşif

Eylül 2003'te, Sevilla Üniversitesi, ispanya, bir gölden tortu örnekleri aldı İç Moğolistan, Çin.[1] Xilinholt Gölü son derece tuzlu bir göldür, bu nedenle en uygun büyüme koşullarını sağlar. Halostagnicola larsenii .[1] Örnekler,% 20 tuzlu su çözeltisinde yetiştirildi.[1] Besleyici agar örnekleri yetiştirmek için plakalar kullanıldı.[1] Medya içeriyordu sodyum klorit ve 7.5 pH'da optimize edildi.[1] H. larsenii % 15 NaCl, 37 ° C ve pH 7-8'de optimum şekilde büyür.[1] 50 ° C'nin üzerindeki sıcaklıklarda büyüyemez.[1] Türlerin daha fazla karakterizasyonu gerçekleştirildi ve Castillo ve diğerleri tarafından XH-48 türünün yeni bir tür olarak tanımlanması önerildi. Halostagnicola filum.[1]

Karakterizasyon

Morfoloji

Morfoloji kullanılarak belirlendi faz kontrastı Olympus BX41 mikroskobu ile optik.[1] Hücreleri Halostagnicola larsenii XH48 0.5-1.0 mikrometre genişliğinde ve 1.0-3.0 mikrometre uzunluğundadır.[1] Hücreleri H. larsenii vardır pleomorfik ve çubuk, kare veya disk şeklindeki hücreleri görüntüleyin.[1] Bu, tuzluluk gibi ortamdaki değişikliklere yanıt olarak türün boyutunu ve şeklini değiştirme yeteneğini yansıtır.[1] Koloni morfolojisi H. larsenii dairesel, pürüzsüz, opak ve pembe renklidir.[1] Zarında bulunan polar eter lipitleri şunları içerir: fosfatidilgliserol ve fosfatidilgliserometilfosfat.[1] Bu lipitler ile ekstrakte edildi kloroform ve metanol.[1] Testler bu organizmanın oksidaz pozitif ve katalaz olumsuz.[1]

Metabolizma

Halostagnicola larsenii bir halofilik, nötrofilik, kemo-organotrof ve oksijeni terminal elektron alıcısı olarak kullanır.[1] H. larsenii çeşitli kullanabilir karbonhidratlar gibi fruktoz, gliserol, laktoz, glikoz, arabinoz, asetat, riboz, nişasta, maltoz, galaktoz, riboz, ksiloz, glutamat, ve propiyonatlı gibi substratlar büyüme için.[1] Büyüme substratlar kullanımı ile belirlendi izolasyon ortamı içeren substrat ile birlikte test ediliyor maya özü.[1] Bunlara ek olarak, H. larsenii asimile olur nitrat indirgeme nitrit -e amonyak.[2] Bu işlem nitrat indirgemesinden farklıdır çünkü aerobik olarak gerçekleşir ve Ferrodoxin olarak elektron vericisi.[3]

Antibiyotik direnci

H. larsenii aşağıdaki antibiyotiklere dirençlidir: ampisilin, kloramfenikol, eritromisin, antibiyotik, nalidiksik asit, neomisin, penisilin G, rifampisin, streptomisin, ve tetrasiklin.[1] Organizma duyarlıdır basitrasin ve Novobiocin.[1] Antibiyotik duyarlılığı ve direnci, agar difüzyon testi antibiyotiklerle doyurulmuş kağıt disklerin agar plakalarına yerleştirildiği.[1]

Ekoloji

Halostagnicola larsenii başlangıçta bir tuzlu gölde keşfedildi İç Moğolistan, Çin.[1] Ayrıca Batı Kıyısı'ndaki kaya çukuru deniz suyundan izole edilmiştir. Maharashtra, Hindistan.[4] Tipik, Haloarchaea gibi H. larsenii büyüme için yüksek tuzluluk ortamları gerektirir ve su ortamlarının tortularında bulunabilir. temiz su göller.[5]

Genomik

2014 yılında, tüm genom H. larsenii kullanılarak sıralandı Illumina boya sıralaması HiSeq 2000, Iain Anderson tarafından desteklenen Archaeal Hayat Ağacı Projesi'nin bir parçası olarak Ortak Genom Enstitüsü.[6] Genom 2,79 Mega bazdan oluşur [6] dört dairesel olan dairesel bir kromozom üzerinde plazmitler.[7] Genom, 4,171'i protein kodlayan genler olan 4,246 gen içerir, 19'u sözde genler, 6 rRNA genler ve 49 tRNA genler.[6] GC içeriği genomun% 61'i.[6]

Castillo ve diğerleri tarafından 2008 yılında yapılan bir çalışmada, kromozomal DNA, Marmur deterjanla basit hücre parçalama yöntemleri liziz bir organik tarafından nükleik ekstraksiyon çözücü ve DNA kurtarma ile etanol çökeltme kullanılmış.[1][8] 16S ribozomal RNA gen dizisi H. larsenii kullanılarak çalışıldı ARB yazılımı.[1] komşu birleştirme yöntem, 16s rRNA gen dizisi analizi yapmak ve belirlemek için kullanıldı filogenetik ilişkiler.[1] En yakın komşu türler Natrialba Aegypitaca ve Natrialba Asya sırasıyla% 94.5 ve% 93.3 genom benzerliğine sahipti.[1] Temel fark Natrialba bu mu H. larsenii 403G ve 560G temellerinden yoksundur.[1]

Referanslar

  1. ^ a b c d e f g h ben j k l m n Ö p q r s t sen v w x y z aa ab AC reklam ae Castillo, A. M., vd. "Halostagnicola larsenii gen. Nov., Sp. Nov., İç Moğolistan, Çin'deki bir tuzlu gölün son derece halofilik bir arkeonu." International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 56.7 (2006): 1519-1524. PUB MED doi: 10.1099 / ijs.0.64286-0
  2. ^ "Azot Metabolizması: H. Larsenii." Azot Metabolizması: H. Larsenii. KEGG, tarih yok. Ağ. 23 Nisan 2015.
  3. ^ Guerrero, M. G. "Asimilasyon nitrat indirgemesi." (1985): 170-171.
  4. ^ Kanekar vd. "Bir haloarchaeon keşfi, Halostagnicola larsenii, Bacteriorhodopsin (BR) üretimi için Hindistan'ın Batı Kıyısı Maharashtra, kaya ocağı deniz suyundan izole edilmiştir." Journal of Applied Microbiology. (2014) YAYINLANMIŞdoi: 10.1111 / jam.12784
  5. ^ Luque, R., vd. "Rambla Salada, Murcia'dan (İspanya) izole edilmiş kültürlenebilir halofilik arkelerin çeşitliliği." Extremophiles 16.2 (2012): 205-213.
  6. ^ a b c d "Halostagnicola Larsenii XH-48, Tam Genom." Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi. ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi, n.d. Ağ. 01 Nisan 2015.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP007055
  7. ^ "KEGG GENOMU: Halostagnicola Larsenii." KEGG GENOMU: Halostagnicola Larsenii. N.p., tarih yok. Ağ. 01 Nisan 2015. http://www.genome.jp/kegg-bin/show_organism?org=hlr
  8. ^ Moore, E. vd. "Bakteriyel kültürlerden genomik DNA'nın hazırlanması için basitleştirilmiş protokoller." Moleküler mikrobiyal ekoloji kılavuzu 1.1 (1999): 1-15.

Dış bağlantılar