IMES-2 RNA motifi - IMES-2 RNA motif - Wikipedia

IMES-2 RNA'larının konsensüs sekonder yapısı. Bu rakam, önceki bir yayının tamamlayıcı verilerinden uyarlanmıştır.[1]
Alfaproteobacterium HIMB114'te tahmini IMES-2 RNA ikincil yapısı. Nükleotidler, 5 'ucundan başlayarak numaralandırılır. "0 nt" etiketli çizgiler herhangi bir nükleotid içermez.

IMES-2 RNA motifi korunmuş RNA dayalı bir çalışma ile belirlenen yapı metagenomik ve biyoinformatik,[1] ve alttaki RNA dizileri, daha önceki benzer bir çalışma ile bağımsız olarak tanımlandı.[2] Bu RNA'lar çevresel dizilerde mevcut ve keşfedildiğinde hiçbir ekili alanda mevcut olduğu bilinmemektedir. Türler. Ancak, bir IMES-2 RNA'sı tespit edilmiştir. alphaproteobacterium Sınıflandırılan HIMB114 SAR11 sınıfı nın-nin deniz bakterileri. Bu bulgu, IMES-2 RNA'larını kullanan türlerin en yakın akraba olduğu tahminlerine uymaktadır. alfaproteobakteriler.[2] IMES-2 RNA'ları son derece bol miktarda bulunur, çünkü IMES-2 RNA'larının iki katı bulunur. ribozomlar[1] örneklenen RNA'larda Pasifik Okyanusu.[2][3] Yalnızca iki bakteriyel RNA bilinmektedir (6S RNA ve transfer RNA ) ribozomlardan daha yüksek oranda transkripsiyona tabi tutulmalıdır.

IMES-2 RNA ikincil yapısı dört gövde halkası yapılar ve bir pseudoknot.

Referanslar

  1. ^ a b c Weinberg Z, Perreault J, Meyer MM, Breaker RR (Aralık 2009). "Bakteriyel metagenom analizi ile ortaya çıkan olağanüstü yapılandırılmış kodlamayan RNA'lar". Doğa. 462 (7273): 656–659. doi:10.1038 / nature08586. PMC  4140389. PMID  19956260.
  2. ^ a b c Shi Y, Tyson GW, DeLong EF (Mayıs 2009). "Metatranscriptomics, okyanusun su sütunundaki benzersiz mikrobiyal küçük RNA'ları ortaya çıkarır". Doğa. 459 (7244): 266–269. doi:10.1038 / nature08055. PMID  19444216.
  3. ^ Frias-Lopez J, Shi Y, Tyson GW, vd. (Mart 2008). "Okyanus yüzey sularında mikrobiyal topluluk gen ifadesi". Proc. Natl. Acad. Sci. AMERİKA BİRLEŞİK DEVLETLERİ. 105 (10): 3805–3810. doi:10.1073 / pnas.0708897105. PMC  2268829. PMID  18316740.