Jingmenvirüs - Jingmenvirus

Jingmenvirüs
Virüs sınıflandırması e
(rütbesiz):Virüs
Diyar:Riboviria
Krallık:Orthornavirae
Şube:Kitrinoviricota
Sınıf:Flasuviricetes
Sipariş:Amarillovirales
Aile:Flaviviridae (?)
(rütbesiz):Jingmenvirüs
Üye virüsleri

Jingmenvirüs bir grup pozitif anlamda tek sarmallı RNA virüsleri parçalı genomlar. Öncelikle aşağıdakilerle ilişkilidir: eklembacaklılar ve hayvan konakçıları enfekte eden bilinen tek parçalı RNA virüsleridir.[1][2] Grubun ilk üyesi olan Jingmen kene virüsü (JMTV), 2014 yılında tanımlanmıştır.[3] Başka bir üye, Guaico Culex virüsü (GCXV), genom segmentlerinin ayrı ayrı farklı viral kapsidler içine alındığı oldukça sıra dışı bir çok bileşenli mimariye sahiptir.[4]

Örnekler

Jingmen kene virüsü

Grubun ilk üyesi 2014 yılında tanımlanmış ve Jingmen kene virüsü (JMTV) çünkü bir tık örneklenmiş Jingmen, Çin.[3] O bir zarflı küresel virüs, en yakın viral akrabalarından biraz daha büyük. JMTV genomu, ikisi ile genleri içeren dört segmente sahiptir. dizi homolojisi bulunan yapısal olmayan proteinlere flavivirüsler, dahil olmak üzere metiltransferaz ve RNA'ya bağımlı RNA polimeraz. Varsayılan yapısal proteinler JMTV genomunda bilinen homologlar yoktur.[3]

Guaico Culex virüsü

Guaico Culex virüsü (GCXV), 2016 yılında Culex sivrisinekler yakınında bulundu Guaico, Trinidad.[4] Virüsün farklı izolatları, dört veya beş genom segmentine sahiptir, ancak beşincisi önemli viral proliferasyon için. GCXV, her genom segmentinin kendi küçük zarf içinde bulunduğu çok bileşenli (çok parçalı olarak da bilinir) bir virüstür. viral kapsid. Yapısal olmayan proteinler ve kapsid bileşenleri için genler içeren en az üç genom segmenti, onu başarılı bir şekilde enfekte etmek ve virüsü yeniden üretmek için bir hücreye girmelidir.[4] GMXV'nin keşfedilmesinden önce, çok bileşenli mimari daha önce yalnızca bulaşan virüslerde rapor edilmişti. bitkiler ve mantarlar ve zarflı bir virüste hiç görülmemişti.[1][4]

Diğer virüsler

Muhtemelen diğer jingmenvirüslere ait olan genetik materyal, biyoinformatik. Bazı durumlarda, bu tür diziler viral olarak tanınmadı veya genomun bölümlere ayrılmış doğası, JMTV tarif edilmeden önce tanınmadı. Örneğin, köpek parazitinin bildirilen genomu Toxocara canis muhtemelen dizilenmiş parazitte bir viral enfeksiyonu temsil eden JMTV'ye homolojiye sahip diziler içerdiği bulunmuştur.[3][5] Mogiana kene virüsü ilk olarak 2011'de bildirilen, benzer bir örnektir; segmentlere ayrılmış genomu ilk yayında tanınmadı, ancak 2017'de yeniden analiz edildi ve bir jingmenvirüs olarak tanımlandı.[6]

JMTV'ye homolojiye sahip diziler de bir kırmızı colobus maymunu enfeksiyona yol açabilen, bölümlere ayrılmış, muhtemelen çok bileşenli bir virüs olasılığını düşündürmektedir. primatlar.[4] Bir metagenomik Eklem bacaklı flavivirüslerin incelenmesi, olası jingmenvirüs dizilerinin beş ek örneğini belirledi.[7]

Evrim

Jingmenvirüsler ile ilgilidir flavivirüsler, tek bir kapsid içinde iletilen bölümlenmemiş genomlara sahip olan. Jingmenvirüslerin yapısal olmayan proteinlerini kodlayan genler ve flavivirüsler arasında tutarlı bir şekilde homoloji gözlemlenmiştir. RNA'ya bağımlı RNA polimeraz. Bununla birlikte, homolog genlerin genomik mimarisi önemli ölçüde değişir; kanonik flavivirüs genomu tek bir açık okuma çerçevesi (ORF) protein ürünü tarafından işlenen proteazlar yapısal olmayan jingmenvirüs proteinleri, her biri bir ORF içeren iki genom segmentinde kodlanır. Bilinen birkaç jingmenvirüs dizisi olmasına rağmen, genom bölümlerinin gen bileşimi iyi korunmuş görünmektedir.[3][4][7] Aksine, varsayılan jingmenvirüs yapısal proteinler bu muhtemelen onu oluşturur kapsidler bilinen proteinlerle homolojisi yoktur.[3][4]

Segmentli jingmenvirüslerin bilinen en yakın akrabalarının segmentlere ayrılmamış olması dikkat çekicidir.[1][2] Genom segmentasyonunun ve özellikle çok bileşenli mimarinin altında yatan evrim mekanizmaları tam olarak anlaşılamamıştır. Bölünmüş genomlar, virome Bu yapının altında yatan evrim mekanizması belirsizdir.[8][9] Aynı şekilde, çok bileşenli mimarinin ayrı bir evrimsel strateji mi yoksa bölümleme mekanizmasının bir ürünü olup olmadığı, muhtemelen oluşum yoluyla mı belirsizdir. kusurlu müdahale eden parçacıklar.[1][8]

Referanslar

  1. ^ a b c d Holmes, Edward C. (Eylül 2016). "Genişleyen Virosfer". Hücre Konakçı ve Mikrop. 20 (3): 279–280. doi:10.1016 / j.chom.2016.08.007. PMID  27631697.
  2. ^ a b Attar, Naomi (6 Eylül 2016). "Parçalı hayvan virüsleri". Doğa İncelemeleri Mikrobiyoloji. 14 (10): 606–7. doi:10.1038 / nrmicro.2016.133. PMID  27595788.
  3. ^ a b c d e f Qin, X.-C .; Shi, M .; Tian, ​​J.-H .; Lin, X.-D .; Gao, D.-Y .; He, J.-R .; Wang, J.-B .; Li, C.-X .; Kang, Y.-J .; Yu, B .; Zhou, D.-J .; Xu, J .; Plyusnin, A .; Holmes, E. C .; Zhang, Y.-Z. (21 Nisan 2014). "Kene kaynaklı segmentli RNA virüsü, segmentlere ayrılmamış viral atalardan türetilen genom segmentlerini içerir". Ulusal Bilimler Akademisi Bildiriler Kitabı. 111 (18): 6744–6749. Bibcode:2014PNAS..111.6744Q. doi:10.1073 / pnas.1324194111. PMC  4020047. PMID  24753611.
  4. ^ a b c d e f g Ladner, Jason T .; Wiley, Michael R .; Beitzel, Brett; Auguste, Albert J .; Dupuis, Alan P .; Lindquist, Michael E .; Sibley, Samuel D .; Kota, Krishna P .; Fetterer, David; Eastwood, Gillian; Kimmel, David; Prieto, Karla; Guzman, Hilda; Aliota, Matthew T .; Reyes, Daniel; Brueggemann, Ernst E .; St. John, Lena; Hyeroba, David; Lauck, Michael; Friedrich, Thomas C .; O’Connor, David H .; Gestole, Marie C .; Cazares, Lisa H .; Popov, Vsevolod L .; Castro-Llanos, Fanny; Kochel, Tadeusz J .; Kenny, Tara; Beyaz, Bailey; Ward, Michael D .; Loaiza, Jose R .; Goldberg, Tony L .; Weaver, Scott C .; Kramer, Laura D .; Tesh, Robert B .; Palacios, Gustavo (Eylül 2016). "Sivrisineklerden İzole Edilen Çok Bileşenli Bir Hayvan Virüsü". Hücre Konakçı ve Mikrop. 20 (3): 357–367. doi:10.1016 / j.chom.2016.07.011. PMC  5025392. PMID  27569558.
  5. ^ Tetteh, KK; Loukas, A; Tripp, C; Maizels, RM (Eylül 1999). "Toxocara canis'in enfektif larva aşamasından bolca ifade edilen yeni ve korunmuş genlerin, ifade edilmiş bir dizi etiketi stratejisi ile tanımlanması". Enfeksiyon ve Bağışıklık. 67 (9): 4771–9. PMC  96808. PMID  10456930.
  6. ^ Villa, Erika C .; Maruyama, Sandra R .; de Miranda-Santos, Isabel K. F .; Palacios, Gustavo; Ladner, Jason T. (4 Mayıs 2017). "Brezilya'daki Kenelerden İzole Edilen Bir Jingmenvirüs olan Mogiana Kene Virüsü için Tam Kodlama Genom Dizisi". Genom Duyuruları. 5 (18): e00232–17. doi:10.1128 / genomA.00232-17. PMC  5477184. PMID  28473376.
  7. ^ a b Shi, Mang; Lin, Xian-Dan; Vasilakis, Nikos; Tian, ​​Jun-Hua; Li, Ci-Xiu; Chen, Liang-Jun; Eastwood, Gillian; Diao, Xiu-Nian; Chen, Ming-Hui; Chen, Xiao; Qin, Xin-Cheng; Genişlet, Steven G .; Wood, Thomas G .; Tesh, Robert B .; Xu, Jianguo; Holmes, Edward C .; Zhang, Yong-Zhen; Ou, J.-H. J. (15 Ocak 2016). "Eklembacaklılarda ve Omurgalılarda Bulunan Farklı Virüsler Flaviviridae ve İlgili Virüslerin Evrimsel Tarihini Gözden Geçiriyor". Journal of Virology. 90 (2): 659–669. doi:10.1128 / JVI.02036-15. PMC  4702705. PMID  26491167.
  8. ^ a b Lucía-Sanz, Adriana; Manrubia, Susanna (9 Kasım 2017). "Çok parçalı virüsler: uyarlanabilir hile mi yoksa evrimsel muamele mi?". Npj Sistemleri Biyolojisi ve Uygulamaları. 3 (1): 34. doi:10.1038 / s41540-017-0035-y. PMC  5680193. PMID  29263796.
  9. ^ Sicard, Anne; Michalakis, Yannis; Gutiérrez, Serafin; Blanc, Stéphane; Hobman, Tom C. (3 Kasım 2016). "Çok Taraflı Virüslerin Garip Yaşam Tarzı". PLOS Patojenleri. 12 (11): e1005819. doi:10.1371 / journal.ppat.1005819. PMC  5094692. PMID  27812219.