KIAA0895 - KIAA0895

KIAA0895
Tanımlayıcılar
Takma adlarKIAA0895, 9530077C05Rik, 1110003N12Rik, Kiaa0895, mKIAA0895
Harici kimliklerMGI: 1915533 HomoloGene: 19280 GeneCard'lar: KIAA0895
Gen konumu (İnsan)
Kromozom 7 (insan)
Chr.Kromozom 7 (insan)[1]
Kromozom 7 (insan)
KIAA0895 için genomik konum
KIAA0895 için genomik konum
Grup7p14.2Başlat36,324,221 bp[1]
Son36,390,125 bp[1]
Ortologlar
TürlerİnsanFare
Entrez

23366

68283

Topluluk

ENSG00000164542

ENSMUSG00000036411

UniProt

Q8NCT3

Q7TQE7

RefSeq (mRNA)

NM_026739
NM_183273
NM_001378982
NM_001378983

RefSeq (protein)

NP_081015
NP_001365911
NP_001365912

Konum (UCSC)Tarih 7: 36.32 - 36.39 MbTarih 9: 22.41 - 22.44 Mb
PubMed arama[3][4]
Vikiveri
İnsanı Görüntüle / DüzenleFareyi Görüntüle / Düzenle

KIAA0895 bir protein içinde Homo sapiens KIAA0895 tarafından kodlanmıştır gen. Gen bir protein yaygın olarak KIAA0895 proteini olarak bilinir. Takma adları varsayımsal protein LOC23366, OTTHUMP00000206979, OTTHUMP00000206980, 9530077C05Rik ve 1110003N12Rik'i içerir.[5] 7p14.2 adresinde bulunur.[6]

KIAA proteinleri üzerine yapılan araştırmalar, bunların, aşağıdakilerle ilgili işlevleri olan bilinen genlere benzer olduğunu göstermiştir. hücre sinyali / iletişim, hücre yapısı / hareketliliği ve nükleik asit yönetimi.[7]

Gen

Yer yer

KIAA0895 geni 7p14.2'de bulunur.[6] Genomik DNA 65.976 baz çifti uzunluğundadır,[8] ürettiği en uzun mRNA 4463 baz uzunluğundadır.

15'e yazılabilir transkript çeşitleri, bu da 13 farklı izoformlar protein.[9]

KIAA0895 geninin 7. kromozom üzerindeki konumu

Gene Mahalle

KIAA0895, kromozom 7'de aşağıdaki genlerle çevrilidir:[8]

Gen boyutu

KIAA0895 proteini için kodlanan gen 65.975'tir. nükleotidler uzun, nükleotidler 36324150'den 36390125'e, yedi Eksonlar.

mRNA

On farklı var izoformlar KIAA0895 için.[6]

  • NP_001093895.1
  • EAW94064.1
  • NP_056129.2
  • NP_001186636.1
  • NP_001186635.1
  • XP_005249746.1
  • EAW94065.1
  • XP_024302470.1
  • NP_001186637.1
  • NP_001287885.1

Protein

En uzun protein izoformu KIAA0895 geni tarafından üretilen, LOC23366 izoform 1 olarak adlandırılır ve 520 amino asitler uzun.[10] Tahmin edilen moleküler ağırlık 61kDa'dır.[11] Ek olarak, teorik izoelektrik nokta 10'dur.[11]

Amino asit bileşimi

KIAA0895 bir lizin ve arginin yarı zenginleştirilmiş protein.[12] KIAA0895, pozitif yüklü lizin ve arginin grupları ve pozitif ve negatif yüklü lizin, arginin açısından yarı zenginleştirilmiştir. glutamik asit ve aspartik asit gruplar.[12] Ancak KIAA0895, polar olmayan alanin, glisin ve prolin gruplar.[12]

Yük dağılımı analizi, negatif veya karışık yük kümelerinin olmadığını gösterir.[12] Bununla birlikte, amino asitler 12'den 36'ya kadar bir pozitif yük kümesi vardır.[12]

Bilinmeyen işlevin etki alanı 1704
Tanımlayıcılar
SembolDUF1704
PfamPF08014
InterProIPR012548

Bölgeler

LOC23366 bir protein içerir bilinmeyen işlev alanı DUF1704 aradı.[13] Ayrıca proteinde 120. pozisyondan 150. pozisyona kadar düşük karmaşıklıkta bir bölge içerir,[14] ve bir arginin 12. pozisyondan 51. pozisyona zengin alan.[15]

Destekleyiciler

ElDorado by Genomatrix kullanılarak bir promoter bölge dizisi bulundu.[16] KIAA0895 için en olası destekleyici 36389926'da başlar ve 1224 uzunluğunda 36391149'a gider.[16]

Tahmin edilen serin, treonin, ve tirozin KIAA0895 proteininin fosforilasyon siteleri

Çeviri sonrası değişiklik

KIAA0895'in geçeceği tahmin ediliyor fosforilasyon birkaçında serinler, treoninler, ve tirozinler yapısı boyunca.[17] Bu sitelerdeki fosforilasyon, bir gen düzenlemesi. Fosforilasyon, bir konformasyonel değişim birçok enzim ve reseptörün yapısında. Bu, bunların etkinleştirilmesine veya devre dışı bırakılmasına neden olur.

Kök döngüler

Mfold adlı bir veritabanı kullanarak, 5 'UTR bölgesi için bir gövde-döngü oluşumu, koruma eksikliği olduğunu gösterir, bu da bu sapların ve döngülerin çeviri düzenlemesi için kullanılmadığına dair bazı öncelikler olduğu anlamına gelir.[18] ΔG değeri, üç döngü ile -12.90 kcal / mol idi.[18] Aynı veri tabanını kullanarak, 3 'UTR bölgesi için bir kök-döngü oluşumu, korumanın olduğunu gösterir, yani çeviri düzenlemesi için kullanılmalarının bir önceliği vardır.[18] ΔG değeri -636.80 kcal / mol idi.[18]

Üçüncül yapı

KIAA0895, üçüncül bir yapıya sahiptir. alfa sarmalları ve beta sayfaları.[19]

KIAA0895 için Önerilen Üçüncül Yapı.
KIAA0895'in% 24'ü için Önerilen Üçüncül Yapı. Gökkuşağı ile renklendirilmiş görüntü N → C terminali.

Etkileşen proteinler

KIAA0895 ile proteinleri etkileşime girmesi muhtemel üç protein vardır. Bu proteinler ELAVL1,[20] vata,[21] ve glym.[21] Bu etkileşimler, sağlanan kaynaklardan deneysel kanıtlara sahiptir.

İfade

KIAA0895 en yaygın olarak testis ancak aynı zamanda güçlü bir ifadeye sahiptir. böbrekler, adrenal bezler, ve beyin. [6]

RNA-sekans doku verileri ortalama TPM (milyon başına transkript) olarak rapor edilir.
27 farklı doku tipinde KIAA0895 için Ortalama RPKM değerleri.

Sağlık Durumu Başına

NCBI'den bir EST profili kullanan KIAA0895, servikal tümörlerde ve mesane karsinomunda güçlü ekspresyona sahiptir.[22]

NCBI tarafından bir EST profili oluşturulmuştur. EST profilleri, EST sayımlarından ve cDNA kitaplık kaynaklarından çıkarılan yaklaşık gen ekspresyon modellerini gösterir.

Etkileşen proteinler

Üç farklı veri tabanı kullanılarak, üç farklı etkileşen protein bulundu. Bunlara ELAVL1, VATA ve GLYM dahildir.[21] Bu etkileşen proteinlerin üçü için deneysel kanıtlar vardı.

Homologlar ve ortologlar

KIAA0895'te 228'in üzerinde ortologlar.[6] Ortologlar bulundu memeliler ve ökaryotlar.[23] Var homologlar 9 türde.[6] Homologların bulunduğu organizmaların tam listesi aşağıda verilmiştir.

Paraloglar

KIAA0895'in içinde 7 paralog var Homo sapiens:[23]

  • Adsız protein ürünü
  • Karakterize edilmemiş protein KIAA0895 benzeri
  • hCG28832, izoform CRA_a
  • Varsayımsal protein
  • Adsız protein ürünü
  • hCG38687, izoform CRA_a, kısmi
  • hCG38687, izoform CRA_b

Referanslar

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl sürümü 89: ENSG00000164542 - Topluluk, Mayıs 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Topluluk sürümü 89: ENSMUSG00000036411 - Topluluk, Mayıs 2017
  3. ^ "İnsan PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
  4. ^ "Mouse PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
  5. ^ "GeneCards: KIAA0895 Gene". Alındı 2011-04-24.
  6. ^ a b c d e f "KIAA0895 KIAA0895 [Homo sapiens (insan)] - Gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Alındı 2019-02-24.
  7. ^ Nagase T, Ishikawa K, Suyama M, Kikuno R, Hirosawa M, Miyajima N, Tanaka A, Kotani H, Nomura N, Ohara O (Aralık 1998). "Tanımlanmamış insan genlerinin kodlama dizilerinin tahmini. XII. İn vitro büyük proteinleri kodlayan beyinden 100 yeni cDNA klonunun tam dizileri". DNA Araştırması. 5 (6): 355–64. doi:10.1093 / dnares / 5.6.355. PMID  10048485.
  8. ^ a b "Entrez Gene: KIAA0895". Alındı 2011-04-24.
  9. ^ "NCBI AceView: KIAA0895". Alındı 2011-04-24.
  10. ^ "NCBI Proteini: LOC23366 izoform 1". Alındı 2011-05-09.
  11. ^ a b "ExPASy - pI / Mw hesaplama aracı". web.expasy.org. Alındı 2019-04-17.
  12. ^ a b c d e "SAPS . www.ebi.ac.uk. Alındı 2019-04-17.
  13. ^ "Hoş Geldiniz Güven Sanger Enstitüsü, Pfam". Arşivlenen orijinal 2014-06-17 tarihinde. Alındı 2011-05-09.
  14. ^ "MyHits Dotlet". Alındı 2011-05-09.
  15. ^ "Uniprot". Alındı 2011-05-09.
  16. ^ a b "ElDorado Tanıtımı". www.genomatix.de. Alındı 2019-05-13.
  17. ^ "DTU Biyolojik Bilimler Merkezi, NetPhos". Alındı 2011-05-09.
  18. ^ a b c d "Mfold Web Sunucusu | mfold.rit.albany.edu". unafold.rna.albany.edu. Alındı 2019-04-17.
  19. ^ "PHYRE2 Protein Katlama Tanıma Sunucusu". www.sbg.bio.ic.ac.uk. Alındı 2019-04-20.
  20. ^ "mentha: interactome tarayıcısı". mentha.uniroma2.it. Alındı 2019-04-20.
  21. ^ a b c "KIAA0895 arama terimi için 2 ikili etkileşim bulundu". IntAct Moleküler Etkileşim Veritabanı. Alındı 2019-04-20.
  22. ^ "KIAA0895'in doku ifadesi - Özet - İnsan Protein Atlası". www.proteinatlas.org. Alındı 2019-05-13.
  23. ^ a b "NCBI BLAST". Alındı 2011-05-09.