Metabolik akı analizi - Metabolic flux analysis

Metabolik akı analizi (MFA) deneysel fluxomics biyolojik bir sistemdeki metabolitlerin üretim ve tüketim oranlarını incelemek için kullanılan teknik. Hücre içi düzeyde, metabolitlerin ölçülmesine izin verir ve böylece hücrenin merkezi metabolizmasını aydınlatır.[1] İstihdam stokiyometrik modeller metabolizma ve kütle spektrometrisi izotopik kütle çözünürlüğü olan yöntemler, aktarımı Parçalar birinden izotopik izleyiciler içeren metabolit bir başkasına açıklanabilir ve bu şekilde metabolik ağ hakkında bilgi elde edilebilir. Metabolik akı analizi (MFA), biyolojik bir sistemin etanol gibi bir biyokimyasal üretme kabiliyeti üzerindeki sınırların belirlenmesi gibi birçok uygulamaya sahiptir.[2] ve gen ilavelerine veya nakavtlara tepkinin tahmin edilmesi.[3][4]

Metabolik akı analizi kullanabilir 13C yol akılarını belirlemek için, NMR teknikler ve kütle spektrometrisi.[5][1][6][7]

Termodinamiğe Dayalı Metabolik Akı Analizi[4]

Termodinamiğe Dayalı Metabolik Akı Analizi (TMFA), ek olarak doğrusal termodinamik kısıtlamaları kullanan özel bir metabolik akı analizi türüdür. kütle dengesi termodinamik olarak uygulanabilir akılar ve metabolit aktivite profilleri oluşturmak için kısıtlamalar. TMFA, yalnızca aşağıdaki kullanımla mümkün olan yolları ve akışları dikkate alır. Gibbs serbest enerjisi modelin parçası olan metabolitlerin reaksiyonlarının ve aktivitelerinin değişimi.[4]

Ayrıca bakınız

Görmek İzotopik etiketleme kararlı izotop etiketlemenin kısa bir tedavisi için.

Akı Dengesi Analizi

Referanslar

  1. ^ a b 13C metabolik akı analizi. Metab. Müh. 2001, 3 (3), 195-206, Wiechert W
  2. ^ Papoutsakis, Eleftherios Terry; Meyer, Charles L. (1985-01-01). "Butandiol ve karışık asit fermentasyonları için ürün verimleri ve tercih edilen yolların denklemleri ve hesaplamaları". Biyoteknoloji ve Biyomühendislik. 27 (1): 50–66. doi:10.1002 / bit.260270108. ISSN  1097-0290. PMID  18553576.
  3. ^ Burgard, Anthony P .; Maranas, Kostas D. (2001-09-05). "Escherichia coli metabolik ağının performans sınırlarının, gen ilavelerine veya silinmelerine tabi olarak araştırılması". Biyoteknoloji ve Biyomühendislik. 74 (5): 364–375. doi:10.1002 / bit.1127. ISSN  1097-0290. PMID  11427938.
  4. ^ a b c Hatzimanikatis, Vassily; Broadbelt, Linda J .; Henry, Christopher S. (2007-03-01). "Termodinamiğe Dayalı Metabolik Akı Analizi". Biyofizik Dergisi. 92 (5): 1792–1805. Bibcode:2007BpJ .... 92.1792H. doi:10.1529 / biophysj.106.093138. ISSN  0006-3495. PMC  1796839. PMID  17172310.
  5. ^ 13C tabanlı metabolik akı analizi, Nature Protocols 4, 878-892 (2009), Nicola Zamboni1, Sarah-Maria Fendt, Martin Rühl & Uwe Sauer
  6. ^ GC-MS ve güçlü akı hesaplama yöntemi kullanılarak 13C etiketli asetat ve glikoz üzerinde yetiştirilen Escherichia coli K12'nin metabolik akı analizi. J Biotechnol. (2003) 101 (2): 101-17. Zhao J, Shimizu K.
  7. ^ Karmaşık sistemlerde 13C metabolik akı analizi. Curr Opin Biotechnol. 22 (1): 103-8 (2011) Zamboni N.