Multipleks polimeraz zincir reaksiyonu - Multiplex polymerase chain reaction

Multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (Multipleks PCR) kullanımı ifade eder polimeraz zincirleme reaksiyonu aynı anda birkaç farklı DNA dizisini çoğaltmak için (tek bir tepkimede birden çok ayrı PCR tepkimesi gerçekleştiriyormuş gibi) Bu süreç güçlendirir DNA çoklu kullanan örneklerde primerler ve sıcaklık aracılı DNA polimeraz içinde termal ısıl döngüleyici. Tüm primer çiftleri için primer tasarımı, tüm primer çiftlerinin PCR sırasında aynı tavlama sıcaklığında çalışabilmesi için optimize edilmelidir.

Multiplex-PCR, ilk olarak 1988'de, distrofin gen.[1] Ayrıca, steroid sülfataz gen.[2] 2008 yılında, multipleks-PCR, mikro uydular ve SNP'ler.[3] 2020'de, RT-PCR multipleks tahlilleri, Hastalıklar ve Kontrol Merkezi'nden alınan birden fazla gen hedefini tek bir reaksiyonda birleştirerek moleküler test erişilebilirliğini ve SARS-CoV-2 teşhis. [4]

Multiplex-PCR, tek bir PCR karışımı içinde çoklu primer setlerinden oluşur amplikonlar farklı DNA dizilerine özgü değişen boyutlarda. Birden çok diziyi aynı anda hedefleyerek, tek bir test çalışmasından, aksi takdirde reaktiflerin birkaç katı ve gerçekleştirmek için daha fazla zaman gerektiren ek bilgiler elde edilebilir. Primer setlerinin her biri için tavlama sıcaklıkları, tek bir reaksiyon içinde doğru şekilde çalışmak üzere optimize edilmelidir ve amplikon boyutları, yani bunların baz çifti uzunlukları, görselleştirildiğinde farklı bantlar oluşturacak kadar farklı olmalıdır jel elektroforezi. Alternatif olarak, amplikon boyutları çakışırsa, farklı amplikonlar, farklı renkli floresan boyalarla boyanmış primerler kullanılarak farklılaştırılabilir ve görselleştirilebilir. PCR için ticari çoklama kitleri mevcuttur ve birçok adli tıp laboratuvarı tarafından bozulmuş DNA örneklerini büyütmek için kullanılır.

Başvurular

Bazıları uygulamaları multipleks PCR şunları içerir:

  1. Patojen Tanımlama[5]
  2. Yüksek Verimli SNP Genotiplemesi[6]
  3. Mutasyon Analizi[7]
  4. Gen Silme Analizi[8]
  5. Şablon Miktar Tayini[9]
  6. Bağlantı Analizi[10]
  7. RNA Tespiti[11]
  8. Adli Çalışmalar[12]
  9. Diyet Analizi[13]

Referanslar

  1. ^ Chamberlain JS, Gibbs RA, Ranier JE, Nguyen PN, Caskey CT (1988). "Duchenne musküler distrofi lokusunun multipleks DNA amplifikasyonu yoluyla delesyon taraması". Nükleik Asit Araştırması. 16 (23): 11141–11156. doi:10.1093 / nar / 16.23.11141. PMC  339001. PMID  3205741.
  2. ^ Ballabio A, Ranier JE, Chamberlain JS, Zollo M, Caskey CT (1990). "Multipleks DNA amplifikasyonu ile steroid sülfataz (STS) gen delesyonlarının taranması" (PDF). İnsan Genetiği. 84 (6): 571–573. doi:10.1007 / BF00210812. hdl:2027.42/47626. PMID  2338343.
  3. ^ Hayden MJ, Nguyen TM, Waterman A, Chalmers KJ (2008). "Multiplex-ready PCR: multiplexed SSR ve SNP genotipleme için yeni bir yöntem". BMC Genomics. 9: 80. doi:10.1186/1471-2164-9-80. PMC  2275739. PMID  18282271.
  4. ^ Perchetti, GA; Nalla, AK; Huang, ML; Jerome, KR; Greninger, AL (2020). "SARS-CoV-2'nin qRT-PCR ile tespiti için çoğullama primer / prob setleri". Klinik Viroloji Dergisi. 129: 104499. doi:10.1016 / j.jcv.2020.104499. PMID  32535397.
  5. ^ Järvinen, Anna-Kaarina; Laakso, Sanna; Piiparinen, Pasi; Aittakorpi, Anne; Lindfors, Merja; Huopaniemi, Laura; Piiparinen, Heli; Mäki, Minna (2009). "Bakteriyel patojenlerin PCR ve mikrodizi tabanlı bir test kullanılarak hızlı bir şekilde tanımlanması". BMC Mikrobiyoloji. 9: 161. doi:10.1186/1471-2180-9-161. PMC  2741468. PMID  19664269.
  6. ^ Myakishev, M.V. (2001). "Evrensel Enerji Aktarımı Etiketli Primerlerle Alele Özgü PCR ile Yüksek Verimli SNP Genotiplemesi". Genom Araştırması. 11 (1): 163–169. doi:10.1101 / gr.157901. PMC  311033. PMID  11156625.
  7. ^ Morlan, John; Baker, Joffre; Sinicropi, Dominick (2009). "Gerçek Zamanlı PCR ile Mutasyon Algılama: Basit, Sağlam ve Son Derece Seçici Bir Yöntem". PLOS ONE. 4 (2): e4584. Bibcode:2009PLoSO ... 4,4584M. doi:10.1371 / journal.pone.0004584. PMC  2642996. PMID  19240792.
  8. ^ Abbs, S; Bobrow, M (1992). "Distrofin genindeki delesyon ve duplikasyon taşıyıcılarının teşhisi için kantitatif PCR analizi". Tıbbi Genetik Dergisi. 29 (3): 191–196. doi:10.1136 / jmg.29.3.191. PMC  1015896. PMID  1552558.
  9. ^ "Hoş Geldiniz | Adli DNA Profilleme Tesisi" (PDF).
  10. ^ Reis, Andre (1991). "Genetik Hastalıkların Bağlantı Analizinde PCR". PCR Konuları. s. 75–79. doi:10.1007/978-3-642-75924-6_15. ISBN  978-3-540-52934-7.
  11. ^ Miyakawa, Y .; Yoshizawa, H .; Mishiro, S .; Machida, A .; Akahane, Y .; Sugai, Y .; Tanaka, T .; Sugiyama, Y .; Okada, S .; Okamoto, H. (Ağustos 1990). "5'-kodlamayan bölgeden çıkarılan iki primer çifti ile iki aşamalı bir polimeraz zincir reaksiyonu ile hepatit C virüsü RNA'sının tespiti". Japon Deneysel Tıp Dergisi. 60 (4): 215–222. PMID  1963453.
  12. ^ "DNA Kanıtı: Analizin Temelleri".
  13. ^ Dunshea Glenn (2009). "Herhangi Bir Yırtıcı Hayvan İçin DNA Tabanlı Diyet Analizi". PLOS ONE. 4 (4): e5252. Bibcode:2009PLoSO ... 4,5252D. doi:10.1371 / journal.pone.0005252. PMC  2668750. PMID  19390570.